黄芪异鼠李素抗肿瘤作用机制的网络药理学分析

目的：通过网络药理学方法和分子对接技术探讨黄芪黄酮类活性成分异鼠李素抗肿瘤作用及调控机制。方法：从中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）数据库筛选出异鼠李素的靶点信息,Gene Cards数据库筛选出肿瘤相关靶点,通过R软件获得二者靶点交集。使用STRING在线数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用网络,Cytoscape软件构建药理学调控网络,筛选出核心靶点。通过R语言进行基因本体论（GO）富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析,分析作用靶点相关基因功能及信号通路。最后以活性成分异鼠李素为配体,与核心靶点进行分子对接分析以了解活性成分与核心靶点分子间的亲和力。结果：筛选出异鼠李素调控肿瘤的潜在靶点29个,其中雌激素受体（Estrogen Receptor,ESR）1、前列腺素氧化环化酶（ProstaglandinEndoperoxide Synthase,PTGS）2、RELA癌基因（RELA Proto-Oncogene, NF-KB Subunit,RELA）、雄激素受体（Androgen Receptor,AR）、过氧化物酶体增殖物激活受体γ(Peroxisom...     

基于网络药理学探讨复方蛇龙胶囊治疗膜性肾病的作用机制

目的：利用网络药理学探究复方蛇龙胶囊治疗膜性肾病的作用机制。方法：基于中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）获取复方蛇龙胶囊中三味组成药材白花蛇舌草、穿山龙、鬼箭羽的靶基因,通过基因组注释数据库平台（GeneCards）和OMIM数据库收集膜性肾病的靶基因。将复方蛇龙胶囊和膜性肾病的靶基因在Venny 2.1中取交集,通过STRING和Cytoscape进行蛋白质-蛋白质相互作用网络构建及关键共有靶点筛选,并通过Metascape数据库对共同靶点进行基因本体论（GO）富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析。结果：本研究共获得符合标准有效活性成分5个,复方蛇龙胶囊-膜性肾病交集靶点84个,通过Cytoscape拓扑分析得到核心靶点18个,主要富集于生物过程、细胞组成、分子功能及164条信号通路上,主要表现在癌症通路、糖尿病并发症中的晚期糖基化终末产物-糖基化终末产物受体（AGE-RAGE）信号通路、丝裂原活化蛋白激酶（MAPK）信号通路、缺氧诱导因子-1α(Hypoxia Inducible Factor-1 Subunit Alpha, HIF-1α)信号通路、核...     

基于网络药理学和分子对接探索严长宏教授核心处方治疗新型冠状病毒感染的作用机制

目的：通过网络药理学与分子对接方法探究严长宏教授治疗新型冠状病毒感染的核心处方的分子机制和作用靶点,为后续临床治疗提供依据。方法：收集严长宏教授2022年底于包头市方舱医院的诊疗新型冠状病毒感染患者数据,构建疾病数据库,使用数据挖掘得出治疗核心处方。利用网络药理学的方法预测新型冠状病毒感染的靶点以及潜在通路,使用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）数据库筛选核心处方药物的有效成分以及靶点。通过人类基因数据库（GeneCards）、在线人类孟德尔遗传数据库（OMIM）、疗效药靶（TDD）数据库获取新型冠状病毒感染相关的靶点;取交集靶点后上传至STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用网络,导入Cytoscape 3.7.1软件中,运用Network analyzer插件得到核心靶点,并进行基因本体论（GO）以及京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析。最后通过Autodock vina软件进行分子对接,对关键成分与靶点进行验证。结果：筛选出162个核心处方的有效成分,其中槲皮素、豆甾醇、山柰酚、谷甾醇、汉黄芩素等是关联度值最高的化合物。获得73个交集靶点,其中JUN原癌基因...     

基于网络药理学及分子对接技术研究荷丹片治疗代谢综合征的机制

目的：运用网络药理学和分子对接技术探究荷丹片治疗代谢综合征的机制。方法：通过检索TCMSP、Chemistry Database和ETCM数据库,获取荷丹片所含中药的活性成分;通过PubChem、SwissTargetPrediction、SEA和Batman-TCM数据库,获取荷丹片相关作用靶点;通过GeneCards、CTD和DisGeNET疾病数据库获取代谢综合征的靶点。将两者靶点取交集,得到药物-疾病交集靶点,并导入STRING平台进行蛋白质-蛋白质相互作用网络分析;通过Cytoscape软件构建网络模块及模块功能注释分析,导入Metascape平台进行基因本体论（GO）功能及京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析;最后采用AutoDockTools进行分子对接验证。结果：筛选出荷丹片治疗代谢综合征活性成分共129个,共同靶点80个;GO富集分析显示,荷丹片治疗代谢综合征与蛋白质二聚化活动、受体配体活动等分子功能有关,与质膜穴样内陷、分泌颗粒内腔等细胞组成有关,与活性氧代谢过程、有机氮化合物的细胞反应等生物过程相关。KEGG通路主要涉及非酒精性脂肪肝病、在糖尿病并发症...     

基于网络药理学和分子对接分析白术-茯苓治疗克罗恩病的作用机制

目的：基于网络药理学和分子对接研究白术-茯苓治疗克罗恩病的作用机制。方法：通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）分别检索“白术”“茯苓”,得到活性成分和药物作用靶点,再将蛋白靶点输入UniProt数据库获得相应基因靶点;在GeneCards数据库检索“克罗恩病”作用靶点,药物和疾病作用靶点通过Venny取交集后,借助Cytoscape绘制药物-活性成分-靶点的网络图,通过String、Cytoscape分别进行蛋白质-蛋白质相互作用网络图和筛选核心靶点。通过David和京都基因与基因组百科全书进行富集分析,获得潜在通路和作用靶点的可视化分析。使用AutoDock软件对有效活性成分和关键作用靶点进行分子对接验证。结果：（1）白术-茯苓的有效活性成分共22种,主要成分有苍术酮、白术内酯、常春藤皂苷元、三萜类化合物等;（2）白术-茯苓药对与治疗克罗恩病的共同靶点有15个,关键靶点有前列腺素内过氧化物合酶2(ProstaglandinEndoperoxide Synthase 2,PTGS2)、乙酰胆碱酯酶（Acetylcholinesterase,ACHE）、神经型烟碱乙酰胆碱受体...     

瓜蒌薤白半夏汤治疗慢性萎缩性胃炎的网络药理学机制探讨

目的：通过网络药理学方法探讨瓜蒌薤白半夏汤治疗慢性萎缩性胃炎的活性成分,并对其作用机制进行研究。方法：首先,利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）筛选瓜蒌、薤白、半夏的有效成分及其作用靶点。然后,利用GeneCards和OMIM数据库,检索与慢性萎缩性胃炎有关的靶点,利用Cytoscape 3.7.2软件建立活性成分-靶点结构图,并对其中的主要成分进行筛选,利用STRING数据库对交集靶点进行蛋白质交互作用的研究,并对其进行了初步的筛选。最后,选用Metascape和Wiscape网站对基因本体论（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集进行研究。结果：研究结果显示,瓜蒌薤白半夏汤治疗慢性萎缩性胃炎的关键成分是槲皮素、β-谷甾醇、柚皮素等。丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(Akt Serine/Threonine Kinase 1,AKT1)、肿瘤坏死因子（Tumor Necrosis Factor,TNF）、白细胞介素（Interleukin,IL）-6是其核心靶点。GO富集过程包含1 323个生物过程、50个细胞组成、95个分子功能,其中KEGG通路主要有癌症信号通路...     

基于网络药理学与分子对接研究人参-五味子药对治疗冠状动脉粥样硬化性心脏病的作用机制

目的：基于网络药理学与分子对接研究人参-五味子药对治疗冠状动脉粥样硬化性心脏病（简称冠心病）的作用机制。方法：借助中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）检索人参和五味子的化学成分,并进行筛选,通过PharmMapper和STRING数据库进行药物化学成分靶点的预测,再结合CytoScape软件绘制出可以反映药物、化学成分和靶点之间联系的网络图;通过PharmGKB、TTD、GeneCards、DisGENET和OMIM数据库获得冠心病的相关靶点。制作韦恩图得到药物与疾病之间的交集而获取共同靶点,利用STRING数据库和CytoScape软件绘制药物疾病共同靶点的蛋白质-蛋白质相互作用网络并进行可视化分析。通过R语言对共同靶点进行京都基因与基因组百科全书（KEGG）和基因本体论（GO）富集分析,研究筛选出人参-五味子治疗冠心病的关键信号通路,最后根据高拓扑分析选择核心有效成分与核心靶点进行分子对接验证。结果：共获得人参-五味子药对30个活性成分,药物靶点188个,冠心病靶点1 632个,两者共同靶点65个,其中度值比较高的有白蛋白（Albumin,ALB）、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1...     

基于网络药理学及分子对接技术分析马鞭草-虎杖治疗新型冠状病毒感染的作用机制

目的：运用网络药理学方法及分子对接技术探讨马鞭草-虎杖治疗新型冠状病毒感染(Coronavirus Disease 2019,COVID-19)的有效成分、作用靶点、信号通路,从而找出马鞭草-虎杖治疗COVID-19的作用机制,探索治疗COVID-19的新策略。方法：借助中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）筛选出马鞭草-虎杖药对的活性成分和作用靶标,通过Uniport数据库查找其作用靶标对应的基因;在GeneCards数据库中检索出COVID-19的相关疾病基因,通过Venny网站得出药物与疾病的交集基因,将交集基因导入STRING数据库进行蛋白质-蛋白质相互作用网络构建,运用DAVID数据库进行京都基因与基因组百科全书（KEGG）和基因本体论（GO）富集分析,并通过Cytoscape 3.7.2软件制作“疾病-通路-靶点-成分-药物”网络图。利用微生信制作相应的GO和KEGG富集分析图。采用AutoDockTools及Vina软件将关键活性成分与治疗COVID-19的受体进行分子对接。结果：检索出马鞭草-虎杖药对有22个有效活性成分、752个靶点基因,同时获得COVID-19...     

基于“血实宜决之”理论运用网络药理学讨论丹参-海风藤治疗紫癜性肾炎的作用机制

目的：基于“血实宜决之”理论运用网络药理学讨论丹参-海风藤治疗紫癜性肾炎（Henoch-Schonlein Purpura Nephritis,HSPN）的作用机制。方法：“血实宜决之”出自《素问·阴阳应象大论篇》,是活血化瘀法的治疗总纲。基于“血实宜决之”理论,选取“丹参-海风藤”作为研究药物。使用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）获取丹参-海风藤的活性成分和其对应的靶点。借助GeneCards数据库、DisGenet数据库获取HSPN的致病靶点。使用在线绘图工具微生信获得药物-疾病交集靶点,导入Cytoscape 3.9.1绘制“药物-主要活性成分-疾病-靶点”图。采用STRING数据库获取交集靶点的蛋白质-蛋白质相互作用（Protein-protein Interaction,PPI）网络信息,并通过Cyto NCA插件筛选出治疗HSPN的核心靶点。利用Metascape数据库对交集靶点进行基因本体论（GO）富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析,采用Auto Duck Vina对核心成分与核心靶点进行分子对接验证。结果：本研究筛选丹参-海风藤治疗HSP...     

基于网络药理学研究二妙散对防治痛风的作用机理

目的：利用网络药理学研究二妙散治疗痛风的分子机制。方法：即利用Perl、Cytoscape、Autodock、Vina等软件系统以及TCMSP、OMIM、TTD等数据库检测药物的活性成分、疾病和有效成分的靶点,再利用软件进行整理、合并和富集等分析,最后再利用Autodock、Vina软件系统,对活性成分与靶点蛋白进行分子连接。结果：靶点C-C基序趋化因子2(C-C Motif Chemokine 2,CCL2)、前列腺素内过氧化物合成酶（Prostaglandin-endoperoxide Synthase,PTGS）2、过氧化物酶体增生激活受体γ(Peroxisome Proliferators-activated Receptor γ,PPARG)分别与槲皮素、汉黄芩素、豆甾醇都具有较好的结合能力。其中PTGS2蛋白与有效成分对接的绝对值相对最大,即其结合能力最强;且有效成分与精氨酸-469、络氨酸-130、丙氨酸-199、组氨酸-207、谷氨酰胺-203等残基形成氢键,具有最强的结合能力。结论：二妙散在本研究所示机制和通路水平发挥抗炎、镇痛、降尿酸的可能性较大,此方治疗痛风有多成...