来自东亚的黑耳属一新种,亚东黑耳

“亚东黑耳”是西藏近几年备受关注的一种特色野生珍稀食用菌,但对其分类学地位尚无定论。本文基于分子系统学和形态学研究了东亚、欧洲和北美洲与亚东黑耳相近的黑耳属标本,发现碟形黑耳Exidia recisa是个物种复合群,已知包括4个种,欧洲有碟形黑耳和浅波黑耳E. repanda两个种,北美洲有钝齿黑耳E. crenata,东亚的为1新种,本文将其描述为亚东黑耳Exidia yadongensis。这4个种在系统发育关系中相近,形态相似,但亚东黑耳的子实体边缘基本是全缘,担孢子大小为12-16×3-4μm (Q=3.62-3.83),而欧洲的碟形黑耳E. recisa和北美洲的钝齿黑耳E. crenata子实体边缘通常锯齿状,担孢子分别为13-15.5×2.8-3.8μm (Q=4.51)和12-14×3-4μm (Q=4.11),浅波黑耳E. repanda具有垫状至波浪状折叠的子实体,区别于其他3个种的盘状至耳状的子实体,其担孢子为12.7-15.7×2.8-3.7μm (Q=4.33-4.57)。此外,亚东黑耳具有树状分枝和叉形的子实层侧丝,但其他3个种只有树状分枝的子实层侧丝。尽管亚东黑耳广泛分布于东亚地区,但由于亚东黑耳的汉语名称已经在中国普遍使用,所以我们提出了上述拉丁学名。     

林麝及其近缘物种编码区微卫星分布规律及功能分析

麝科和鹿科动物均属于偶蹄反刍类动物,具有重要的经济价值。通过系统的微卫星序列 (Simple sequences repeats, SSRs) 从基因组水平揭示物种间的系统进化关系,探索微卫星序列的基因功能及其富集的信号通路,目前仍缺乏相关研究。随着林麝 (Moschus berezovskii)、原麝 (Moschus moschiferus)、小麂 (Muntiacus reevesi)、赤麂 (Muntiacus vaginalis) 和马鹿 (Cervus elaphus) 基因组测序的完成,本文利用生物信息学方法提取了这些动物蛋白质编码区 (coding sequences, CDS) 序列,统计和分析了其CDS区微卫星序列分布规律及其生物学功能,探索了含SSR 基因富集的信号通路及其与疾病的关联性。结果表明,林麝、原麝、小麂、赤麂和马鹿蛋白质编码区含SSR序列的基因所占比例分别为6.96% (1 696个)、7.18% (2 359个)、7.29% (3 005个)、7.36% (1 916个) 和7.48% (1 924个),并且这5种动物CDS区SSRs分布模式具有相似性,均是三倍体核苷酸 (即三核苷酸和六核苷酸) SSRs最多,分别为96.85%、94.87%、65.44%、64.23%和88.04%。GO功能富集表明,林麝与其他4种动物蛋白质编码区SSR序列在分子功能、细胞组成和生物学过程3个方面具有较多共同显著富集的功能,包括DNA结合、染色质和生长发育等。KEGG 通路分析表明,林麝及其他4种动物蛋白质编码区SSR序列具有7个共同显著富集的KEGG通路,包括遗传信息调控蛋白家族、转录因子、染色体及相关蛋白、剪接体、转录机制和Notch信号通路和成体糖尿病。通过对林麝编码区含SSR关键免疫基因及其相关联的KEGG通路进行分析,发现10个含SSR的关键免疫基因对应的KEGG通路与疾病密切相关。     

滇西北野生长柱鹿药的资源分布与保护利用

报道了滇西北野生长柱鹿药的资源分布状况、开发利用现状及存在的问题,提出了开发与保护可持续发展的措施.     

全基因组测序技术对沙门氏菌血清型和耐药性的预测能力分析

【目的】评价全基因组测序技术在沙门氏菌血清型和耐药性检测方面的应用能力。【方法】对我国1950–2015年分离的290株鸡源沙门氏菌用常规检测方法进行了血清分型和药敏试验;提取全基因组进行测序,应用SeqSero和ResFinder数据库分析沙门氏菌的血清型和耐药性;对用常规检测方法和全基因组测序分析方法得到的血清型和耐药性结果进行比较,分析两种方法所得结果的符合性情况。【结果】沙门氏菌的主要血清型为肠炎和鸡白痢(≥84.5%),常规检测方法和全基因组测序分析方法在沙门氏菌血清分型方面的总体符合率为97.6%。对11种抗菌药物的最小抑菌浓度(MIC)检测结果显示,沙门氏菌对磺胺异噁唑(39.3%)、氨苄西林(39.0%)和粘菌素(39.0%)的耐药率较高,对其他抗菌药物的耐药率较低。全基因组测序分析能够100%预测美罗培南、氟苯尼考、阿奇霉素和阿莫西林/克拉维酸的耐药性,而且对恩诺沙星、四环素、复方新诺明、氨苄西林、头孢噻呋、磺胺异噁唑的预测符合率均超过95.0%。【结论】本研究结果表明,全基因组测序技术对沙门氏菌的血清分型和耐药性的预测具有较高的准确性和敏感性,是分析沙门氏菌血清型和...     

利用蛋白质组学技术揭示的植物高温胁迫响应机制

高温是限制植物生长和产量的主要非生物胁迫因子.近年来,蛋白质组学研究为我们从系统生物学水平深入认识植物高温胁迫应答的复杂的分子机制提供了重要信息.目前,已经分析了模式植物拟南芥、主要粮食作物(大豆、水稻和小麦)、耐热植物(匍匐剪股颖、马齿苋、假虎刺),以及野生毛葡萄、胡杨、苜蓿、半夏等应答高温胁迫过程中的蛋白质组变化特征.这些研究共鉴定到838种响应高温胁迫的蛋白质,其中534种蛋白质表达受到高温诱导,304种蛋白质表达受到抑制.本文整合分析了上述植物在应对不同程度高温胁迫(30～45 ℃处理0～10 d)时蛋白质表达模式的变化特征,为解释高温胁迫应答网络体系中重要的信号与代谢通路(如：信号转导、胁迫防御、糖类与能量代谢、光合作用、转录、蛋白质合成与命运、膜与转运等)的变化提供了证据和线索,为深入认识植物应答高温胁迫的分子调控机制奠定了坚实的基础.     

蛋白质组学研究揭示的植物根盐胁迫响应机制

植物根是感知外界盐胁迫信号的首要器官。近年来,人们利用高通量的差异表达蛋白质组学技术,分析了水稻(Oryzasativa)、拟南芥(Arabidopsis thaliana)、大豆(Glycine max)、大麦(Hordeum vulgare)、小麦(Triticum aestivum)、木榄(Bruguieragymnorhiza)和匍匐翦股颖(Agrostis stolonifera)等植物根应答盐胁迫过程中蛋白质组的动态变化特征。通过整合植物根响应盐胁迫蛋白质组学研究结果,揭示了植物根部响应盐胁迫的多种调节机制,包括:利用多种信号通路与蛋白质磷酸化/去磷酸化感知并传递盐胁迫信号;通过膜蛋白与转运蛋白调节离子吸收/外排与区室化;通过抗氧化酶系统活性清除活性氧,并通过合成多种渗透调节物质与防御物质减轻细胞受到的伤害;通过改变参与糖类与能量代谢相关酶的表达调节能量代谢水平;通过细胞骨架动态重塑保持正常的细胞结构、物质运输与信息传递;通过转录、翻译与翻译后调控调节各种蛋白质的动态变化与相互作用;通过调控各种基础代谢与次生代谢水平保持细胞结构与代谢状态正常。     

冠状病毒蛋白结构基因组研究进展

冠状病毒（coronaviridae / Coronaviruse,CoV）是一类对人及家畜具有严重危害的病原微生物,其中的SARS（Severe Acute Respiratory Syndromes）- CoV更是于2003年引起全球性爆发,对人类健康和全球经济造成了严重威胁和重大损失。冠状病毒拥有目前已知最大的正链RNA基因组。侵染细胞后,它通过直接翻译与不连续转录－翻译得到一系列病毒蛋白,包括非结构蛋白、结构蛋白与附属蛋白。对冠状病毒转录/复制过程具有重要作用的非结构蛋白与附属蛋白,由于与目前研究较为深入的蛋白序列相似性很低,因此系统地开展与冠状病毒转录/复制密切相关的蛋白质的结构基因组研究,不仅能够从分子水平深入了解冠状病毒转录复制的分子机制,而且对于有针对性地设计抗冠状病毒的药物具有非常关键的作用。因此,美国,欧洲及我国的多个研究组实施了与冠状病毒及其相关病原体的结构基因组计划,使人类对冠状病毒蛋白质结构与功能的认识进入了一个新阶段。本文将对目前世界范围内冠状病毒结构基因组研究取得的进展进行综合性地展示与介绍。     

云南老君山药用真菌资源初步调查

云南西北部老君山的大型真菌资源十分丰富,据初步调查统计,仅药用菌就有约211种,其中最具开发利用价值的近50种,这些野生药用菌在改善老君山山区各族人民膳食结构和经济发展过程中,起着不可忽视的作用。重点介绍了该地区药用价值最大的21种珍稀药用真菌,除较详细地描述其功效外,还介绍它们的生长习性和分布位置,以期为有效保护和持续利用老君山野生药用真菌资源提供参考。