PCR法快速识别Actinobacteria的五种模板制备方法的比较

放线细菌的23S rRNA基因序列具有较好的保守性和相对的可变性,被认为是快速筛选放线细菌的合适部位。能否快速有效地扩增特异性区间,聚合酶链反应(PCR)扩增前的模板制备质量是关键,故比较了基因组DNA作为PCR模板的5种制备方法。旨在寻找准确、快速、简便、经济的放线细菌筛选技术,为普通和极端环境放线细菌资源的研究和开发利用创造条件。     

分离自印度洋深海沉积物的部分链霉菌分离株多位点序列分析

【目的】采用多位点序列分析方法,研究印度洋3 000 m以下深海沉积物中分离得到的16S rRNA基因比对高度相似的链霉菌菌株的种间系统发育关系,同时探讨各管家基因及多基因聚类分析后的种间区分能力。【方法】以分离自印度洋深海沉积物的7株Streptomyces albidoflavus,11株Streptomyces cavourensis,16株Streptomyces pratensis为研究对象,以16S rRNA、atpD、recA和rpoB基因片段为标记,通过PCR扩增、测序,获得序列。同时从NCBI上下载5株S.pratensis上述4个基因的序列,将所有序列在MLST网站进行比对,并构建系统进化树进行比较。【结果】S.pratensis各菌株种内比较发现,16S rRNA基因构建的系统进化树中相同基因型的菌株没有聚在一起,系统进化树不稳定,区分度不高。其余3个构建的系统进化树稳定,菌株的聚类关系与MLST数据库得到的基因型一致。同时,多基因聚类分析后将菌株分为6个类群。在3个种的种间多位点序列比较中,除区分度明显增加、进化树更加稳定以外,还发现rec A基因进化上比较特殊的菌株。【结论】多位点序列分析将实验菌株分为很多不同的类型,成功地将所分离的链霉菌进行了更细的分类,同时也找到部分菌株在个别基因上差异较大。此方法可以用于相近种的快速鉴定。     

凡口铅锌矿酸性底泥可培养微生物资源的探索分离

通过改良优化多种传统分离培养基,对凡口铅锌尾矿的酸性底泥可培养微生物资源进行分离,并结合多种分子标记基因对分离资源进行系统发育地位分析。结果表明,凡口铅锌尾底泥中分离获得细菌41株,分属于放线菌门(Actinomycetes)、变形菌门(Proteobacteria)和厚壁菌门(Firmicutes)的11目,18科,18属;真菌8株,分属于2门,5目,5科,5属;藻类1株,属于Galdieria属的红藻。改良ISP 2和改良9号培养基的分离效果较好,分离获得的微生物多样性较为良好。研究结果为矿山酸性废水微生物多样性研究提供参考,为酸性废水的修复及生态治理研究提供物质基础。     

土壤环境下的根际微生物和植物互作关系研究进展

植物根系、土壤、根际微生物以及根际范围内其他因子等组成了根际微生态系统,在根际微生态系统中的不同组分之间存在着广泛的相互作用,其中以根系-土壤-微生物之间的相互作用网络最为复杂,同时也对整个根际系统的稳定和发展有着至关重要的影响.综述了近年来国内外对于土壤环境中根际互作关系研究的进展,探讨了土壤环境对植物和根际微生物群...     

湛江硇洲岛海葵相关可培养细菌系统发育多样性

【目的】了解湛江硇洲岛海葵样品中相关可培养细菌的多样性。【方法】运用纯培养法和基于16S rRNA基因序列的系统发育分析对样品中可培养细菌多样性进行研究。【结果】用补充0～2.0 mol/L NaCl 的MA、ISP 2、NA、SWA和HAA培养基从海葵样品中分离到126株细菌,通过形态观察和部分生理生化实验去冗余,选取42株具有代表性的菌株进行基于16S rRNA基因序列的系统发育多样性分析。结果表明,42个分离菌株可分为25个物种,属于3个大的系统发育类群(Firmicutes,Gamma-Proteobacteria,Actinobacteria)、11个科、18个属。多数菌株属于Firmicutes门（17株,40.5％）和Gamma-Proteobacteria亚门（14株,33.3％）。这些分离菌株中,至少有6个菌株可能代表6个不同属的6个新物种：JSM 071004、JSM 071068、JSM 071073、JSM 072002、JSM 073008和JSM073097分别代表Bacillus、Halobacillus、Piscibacillus、Pontibacillus、Alteromonas和Nocardiopsis属的新物种。【结论】从以上结果可以看出,湛江硇洲岛海葵中存在较为丰富的微生物物种多样性和系统发育多样性,并且潜藏着较多的新的微生物类群（物种）。     

16S rRNA二级结构的研究进展及其在系统分类中的应用

16S rRNA作为研究系统进化的生物大分子极受重视,是系统分类中必不可少的一个指标。然而,在进行系统发育分析时通常的序列联配方法有明显的局限性,即无法摆脱一级结构的束缚。20世纪80年代以来,一些研究者把目光投向了16S rRNA二级结构的分析研究,并且已经取得了相当不错的进展。研究表明,16S rRNA二级结构可能作为一个新的分类指标,成为系统分类的一个重要补充。     

嗜盐放线菌的研究进展

嗜盐放线菌是极端微生物的重要组成部分 ,也是一类极具应用前景的微生物资源。就嗜盐菌的分类标准、嗜盐放线菌的分离、分布及系统学研究的历史、现状及其发展趋势、应用前景进行了概述。同时还讨论了嗜盐放线菌的分离及其生理学、分类学研究中存在的问题及困难     

贵州兴义喀斯特洞穴土可培养细菌多样性及其产蛋白酶、淀粉酶活性筛选

【目的】进一步了解贵州喀斯特洞穴土可培养细菌的物种多样性组成及其产蛋白酶、淀粉酶生物活性能力。【方法】选取11种分离培养基,利用稀释直接涂布平板法对贵州黔西南兴义市喀斯特地区白碗窑镇魔家大溶洞洞内土壤进行可培养细菌分离;利用两种鉴定培养基对相关细菌进行生物活性判定。【结果】根据16S rRNA基因序列的系统进化分析,将分离得到的217株细菌分别归类到24个属的63个不同种类,其中红球菌属(Rhodococcus)和链霉菌属(Streptomyces)为该洞内土壤可培养细菌的优势菌群,分别占24.42%和21.66%。大多数菌株与已知典型菌株的16S rRNA基因序列相似性为97.90%-99.99%,其中至少有4株菌株(D3T01、D911、D961和D502)为潜在的新分类单元。对217株细菌进行蛋白酶和淀粉酶活性筛选,其中具有蛋白酶或淀粉酶活性的99株,占分离菌株的45.62%,分别属于18个属的38个不同种;同时具有蛋白酶和淀粉酶活性的36株,占具有酶活性菌株的36.36%,占分离菌株的16.59%。【结论】贵州兴义喀斯特洞穴土中存在丰富多样的细菌类群,且蕴藏着一定数量的潜在新物种资源;此外功能酶菌株在喀斯特洞穴土壤中大量存在,为工业应用奠定了资源基础,极具进一步发掘和研究的价值。     

链霉菌最新研究进展

链霉菌(streptomycetes)因其产生的抗生素广泛应用于医疗与制药领域而闻名,是放线菌门中最为庞大且极富物种多样性的分支。链霉菌经过多年来系统且深入的研究,在系统分类学、多样性以及天然产物资源勘探等领域都取得了巨大进展。本文综述了链霉菌3个主要方向的研究近况,阐述了目前研究面临的机遇与挑战,并对未来的研究工作进行了展望。     

地质微生物学:一门新兴的交叉学科

正地质微生物学(Geomicrobiology)涉及地质学和微生物学,是一门研究地质环境与微生物相互作用的交叉学科。没有地质微生物就没有我们现在所看到的地球,更没有地球上的动植物和人类。地质微生物在地球上无处不在、种类繁多、功能丰富,且在漫长的地质演化历史中发挥着举足轻重的作用。地质微生物决定了地球生态系统的演化方向。微生物大约占据生命进化树的2/3,具有30多亿年的地球演化历史。地球早期产氧光合作用