分子动力学模拟中基于GPU的范德华非键作用计算

GPU最初是专为图形渲染而设计的.近年来已经演化为高并行度、多线程、具有强大计算能力和极高存储器带宽的通用多核处理器,目前主流GPLJ的峰值计算能力通常可达CPU的数10倍.这提供了1种解决大计算量难题的新的可能.分子动力学模拟需要极强的计算能力.故使用GPU来进行分子动力学模拟的尝试是很自然的选择.本文基于NVIDIA的GeForceGTX295 GPU和CUDA2.3开发环境实现了范德华力计算、范德华势能计算和基于网格的邻居搜索.在邻居搜索算法实现中,对于不同计算能力的GPU给出了不同的实现策略.对36万粒子规模的高分子聚乙烯体系算例的测试表明:1个时间步的计算结果与计算性能突出的分子动力学软件GROMACS相应的计算结果一致(运行在工作站Intel Xeon E 5405上),相对于CPU单核计算性能有大幅提高,其中邻居搜索加速了17倍,范德华力计算加速了47倍;并且解决了邻居搜索时的边界问题.虽然本文是针对范德华力的计算,但是策略是通用的,其他方向的研究人员也可以参考.测试结果表明,使用 GPU来加速较大规模计算量的计算是可取的.     

大规模化合物子结构检索的并行实现与优化

化合物的子结构检索在计算机辅助药物设计、波普学、化学数据库等领域是不可或缺的工具.然而由于子结构检索是一个NP完备性的问题,获得用户可接受的平均检索时间一直是研究人员十分关注的问题,其方法主要有改进算法和提升硬件条件2个方面.当化学结构数据库的规模达到百万乃至千万级别时,尽管改进算法的方式能够获得一定的检索效率提升,但其提升的空间有限,因而,集群并行方式是大规模化合物子结构检索应用的必然选择.本文以Chem D B Portal的化学子结构检索系统为基础,实现了基于集群并行的化学子结构检索系统,并进行了任务均分、多线程并行等优化.在包含800万个化合物结构的化学结构数据库中,利用5个节点的小型集群,选取10个较为典型的提问结构进行子结构检索测试.测试结果为基于集群的化学子结构检索的平均检索时间由初始单节点时的34.1 min降低为2.75 min,检索效率平均提高12.4倍,表明在大规模乃至超大规模的数据条件下,集群并行化方式能够显著地提高子结构检索系统的执行效率.     

建立企业设备档案的必要性

企业建立设备档案管理系统是很有必要的,它能为企业生产提供安全的保障;也为企业技术改造提供依据;更能为企业降低生产成本.     

组策略在计算机实验室的智能化管理应用

怎样才能实现计算机实验室的智能化管理,便于工作人员管理,是一个普遍而且十分重要的问题。在计算机实验室中应用组策略可以有效解决这一问题。本文介绍了组策略的概念及特点,阐述了组策略在计算机实验室的智能化管理应用。     

石油化工信息系统Web权限管理的研究

对Web权限控制进行了研究分析和应用,首先分析了进行权限控制的必要性;介绍了进行要限控制的几种实现形式,包括利用Web Server本身权限管理工具,通过在ASP／PHP页面中嵌入权限认证代码,或是将二者结合;最后,基于Apache服务器开发了图形化的权限管理系统,并已将它应用在Internet石化信息服务系统中。该软件可以方便地完成增删改用户／组,为用户／组设定权限,限制某些IP对本系统的访问等功能,并可以方便地移植到其他类似系统中。     

Internet化学资源导航系统中的相关资源链接

化学家利用Internet通用资源搜索引擎如Yahoo、Google获取Internet资源时，检索结果常包含大量相关性较小的内容。Internet化学资源导航系统如ChemDex用人工方法收集和组织资源使资源内容质量和相关性比通过搜索引擎有所提高，但进行细致的分类仍比较困难。由中国科学院过程工程研究所建立、Internet化学化工资源导航系统ChIN的维护工具ChIN-Manager采用把两个内容相关的资源简介页互链来表示资源之间的密切相关关系，目前维护人员主要通用浏览分类目录来确定相关资源，但这种方式在被索引的资源数量日益增大时其可用性降低。本论文开发了一种新的基于ChIN数据库检索的链接两个关系密切的相关简介页的方法。该方法针对ChIN数据库中简介页的组织特点设计了面向不同资源类型数据表的多种检索策略，这些策略侧重于被检索字段的确定；并为20余种不同类型的资源描述表建立了实现相应检索策略的检索界面。这些检索界面无缝集成到了ChIN-Manager相应的资源编辑界面中，为ChIN提供了一种快速确定被索引资源的密切相关资源的方法。     

VC++6.0应用开发中简捷实现3D文字

本文通过对CFont类和CDC绘图类的使用,结合色彩学的有关知识,实现在VC下以简单的代码绘制3维立体文字。     

创新思想、优化教学--基于PBL教学模式的两个教学案例的研究比较

创新思想、优化教学,这是我国长期以来教学改革的目标.国外案例<水>和国内案例<生命之源--水>这两个教学案例都采用了一种新型的、有效的教学方式,即基于问题的学习(Problem-based learning,简称PBL).它们在教学思想和教学观念上有一些突破,在教学方法、教学理念上有一些创新,这大大优化了教学.两个案例都设计、实施得不错,两者各有自己的优点,也存在一些各自的缺点.现对两个案例具体比较分析如下.     

关于公装设计施工流程中若干问题探析

公装是指有一定规模的公共场所设施的装饰工程,它的工程量大,施工时间长,而且造价相对较高,但是回收的利润相对较大。公装设计实施分为七大步骤:首先是前期沟通,初步创意,目标深化,设计定稿和签订协议,以及工作协调;其次是施工准备与现场施工,以及现场配合。     

浅谈建筑装饰材料的趣味性在室内设计中的应用

分析了建筑装饰材料的趣味性在室内设计中的应用。提出了通过仿生拟人的设计手法、夸张变形的表现手法、流行可爱的装饰材料的应用等方式,提升房屋的整体质量和感官效果的设计理念。