新型冠状病毒感染史及奥密克戎不同分支毒株感染对感染者症状影响分析

目的对北京市新型冠状病毒感染者的再次感染情况和症状进行分析, 为进一步做好新型冠状病毒感染疫情防控工作提供参考。方法将2023年3—5月北京市新型冠状病毒感染导致的聚集性疫情中涉及的病例作为研究对象, 收集并比较二次感染者和首次感染者性别、年龄、感染时间、症状发生的占比, 比较XBB和非XBB变异株在上述变量占比差异, 探索调整其他因素情况下, 首次/二次感染以及不同变异株对高热、咳嗽等症状的影响。结果共纳入321例病例, 244例(76.01%)为二次感染, 198例(61.68%)感染毒株为XBB变异株。二次感染者主要分布在4月(28.95%)和5月(71.08%), 呈上升趋势。首次感染和二次感染均以发热、咽痛、咳嗽等症状为主, 但二次感染者出现发热(58.44%vs. 90.98%)、高热(体温≥38.5 ℃)(11.69%vs. 61.48%)、咳嗽(35.06%vs. 57.79%)、头痛(20.78%vs. 45.49%)、乏力(25.97%vs. 45.90%)和肌肉关节疼痛(14.29%vs. 26.64%)等症状的比例低于首次感染者, 出现呕吐症状的占比高于首次感染...     

2022年北京市新型冠状病毒分支BA.5.2的流行特征与基因组学特征分析

目的了解北京市2022全年新型冠状病毒分支BA.5.2流行特征与基因组学特征, 为科学监测和防控新冠病毒感染提供依据。方法收集北京市2022全年新冠病毒感染病例呼吸道标本, 过滤后采用高通量测序法进行全基因组测序, 测序数据进行比对、分析并构建系统发育树。结果截止2022年12月中旬累计获得2 881条新冠病毒全长序列, 其中BA.5.2占比12.22%, 与Wuhan-Hu-1参考基因组的核苷酸和氨基酸序列一致性中位数分别为99.2%和99.0%。352条BA.5.2新冠序列共发现271个氨基酸突变位点, 其中常见突变位点有ORF1ab区域的S135R和S蛋白区的D614G等35个;常见缺失位点有ORF1a基因的3 675～3 677位、ORF9b基因的27～29位和S基因的69～70位等;未发现插入变异。系统发育分析显示, 北京市2022全年的BA.5.2的病毒基因组均位于GR进化支, 与GISAID上的其他分支以及北京监测的其他分支存在一定的进化距离。结论北京市2022年BA.5.2变异株的流行规律基本与全球流行趋势相一致。352条新冠病毒序列由于时间跨度长、多波输入和本土局部传...     

病毒载量对SARS-CoV-2测序准确性的影响

目的评估病毒载量对严重急性呼吸综合征冠状病毒2型(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2, SARS-CoV-2)全基因组测序准确性的影响, 为新冠病毒基因监测提供技术支撑。方法提取3例新冠病毒阳性病例的核酸进行4个梯度稀释处理, 同时提取83例新冠病毒阳性病例的核酸进行验证, 通过测序深度、基因组覆盖率和测序深度均一性等指标对测序结果进行评价。结果病毒载量的改变不能影响原始测序数据的质量, 病毒载量对测序数据的准确性具有一定的影响:当Ct值≤32时, 病毒载量变化对测序深度和基因组覆盖率的影响并不显著, 能够达到全基因组测序目的;当Ct达到38时, 覆盖率急剧下降至50%以下, 无法测到病毒的基因组全长。结论通过评估病毒载量对SARS-CoV-2的测序准确性的影响, 我们建议选取Ct值≤32的样本, 产生的测序数据的全基因组覆盖率能够满足后续分析要求。     

2013—2019年北京市境外输入性疟疾流行病学特征分析

了解2013—2019年北京市境外输入性疟疾病例特征,为进一步做好疟疾防控工作提供科学依据.2013—2019年北京市共报告境外输入性疟疾病例614例,死亡10例,非洲输入的病例占95.11％(584/614).所有病例为实验室确诊病例,包括恶性疟504例(82.08％,504/614)、间日疟46例(7.49％,46/614)、卵形疟34(5.54％,34/614)、三日疟20例(3.26％,20/614)、混合感染10例(1.63％,10/614).病例报告无明显季节分布,男女性别比为13.62:1,80.65％的病例集中在20～49岁年龄段,排名前两位的职业是干部职员(35.12％,216/614)和务工人员(25.41％,156/614).614名病例中包括中国籍534例,外籍80例,现居住地分布广,其中现住址在北京的病例占57.00％(350/614),分布于全市15个区.病例的发病—确诊时间间隔中位数是3 d,3 d内确诊比例57.98％(356/614),其中恶性疟3 d内确诊比例为61.71％(311/504).结果表明,北京市输入性疟疾病例较多,且近两年三日疟、卵形疟、混合感染病例有所增加,须继续加强疟疾健康教育宣传和提升实验室检测能力.     

环境样本新型冠状病毒核酸检测阳性结果评估及处置建议

核酸检测作为新型冠状病毒实验室检测的主要手段,在国内疫情防控中发挥了重大作用。随着国内本土病例的动态"清零"和对病毒经物品传播风险的深入认识,"人物同防"已成为当前我国疫情防控的重点,环境新型冠状病毒核酸监测成为常态化防控中不可或缺的环节之一。然而,由于新冠疫苗接种和相关科学研究的进行,新型冠状病毒核酸环境监测屡屡出现...     

北京市2022—2023年甲型H3N2流感病毒流行特征与血凝素基因变异分析

目的掌握2022—2023年北京市流感流行特征及甲型H3N2流感病毒血凝素(hemagglutinin, HA)基因、抗原性变异情况, 为北京市流感防控提供科学依据。方法对北京市2022年第14周至2023年第20周流感病原学监测结果进行统计分析, 并选取不同时间、不同人群来源79株甲型H3N2流感病毒, 通过HA基因扩增测序及抗原性分析实验, 分析其基因变异和进化特征。结果 2022年第14周至2023年第20周, 北京市流感病原学监测流感样病例咽拭子24 244份, 检出流感病毒核酸阳性4 987份, 其中甲型H3N2流感病毒2 749份, 检出阳性率为11.34%。79株毒株中50株(63.29%)为疫苗株的低反应株, 2022年8～11月毒株中94.44%为低反应株, 2023年2～3月毒株中54.10%为低反应株, 两者差异有统计学意义(χ2=8.079, P=0.004)。79株甲型H3N2流感病毒HA基因序列与疫苗株A/Darwin/9/2021相比, 核苷酸相似度为97.47%～98.47%, 氨基酸相似度为97.05%～98.17%。基因进化分析显示2022年8～11...     

一种快速核酸提取试剂在流感病毒检测中的应用评价

目的 探讨一种快速核酸提取试剂在流感病毒检测中的适用性及有效性。方法 选取流感病毒H3亚型、乙型Yamagata系细胞株和甲型H1N1型鸡胚株各1株,对其倍比稀释液及2015年北京市流感病原学监测阳性的67份咽拭子样本,同时采用快速提取法及离心柱提取法提取病毒核酸,经实时荧光PCR法进行定性、定量检测,检测结果采用SPSS 19.0软件进行统计分析。结果 快速提取法提取细胞培养液、鸡胚培养液中流感病毒核酸的最低检测限高于离心柱法10倍,咽拭子样本则高100倍;快速提取法提取核酸后检测到的病毒载量均低于离心柱法,其中对含有病毒量较高的毒株检测到的病毒载量低于离心柱法10倍,而对病毒量较少的咽拭子样本,则低100倍;快速提取法稳定性优于离心柱法;提取后的核酸-80℃保存10 d后冻融复测,快速提取法核酸损失量大于离心柱法。67份离心柱提取法检测阳性咽拭子样本使用快速提取法提取核酸后检测,两种方法阳性符合率总计为92.54%,其中10～102拷贝/ml组,阳性符合率为76.92%,102～103拷贝/ml组,阳性符合率为92.59%,103拷贝/ml组,阳性符合率为100%。结论 快速提取法具有稳定性高、易于操作、不易污染的优势,适用于细胞培养液、鸡胚培养液等病毒含量较高的大量样本中流感病毒核酸提取,适于检测样本量大、人手不足、设备欠缺的基层实验室使用;但-80℃冻融后核酸损失量较大,不宜反复冻融后使用;传统的离心柱法对于病毒含量较少的咽拭子样本及核酸需被反复冻融使用时具有优势。     

北京市儿童A组链球菌分离株耐药特征及相关因素研究

目的 分析北京市儿童A组链球菌临床分离株对抗菌药物的耐药特点,为临床用药提供依据.方法 2011年5-7月从北京市36家医院收集儿童A组链球菌临床分离株.采用VITEK 2全自动生化分析仪测定上述菌株对10种抗菌药物的最低抑菌浓度(MIC),计算敏感率(S％)、中介率(I％)、耐药率(R％);用双纸片法(D实验)检测菌株对大环内酯类抗菌药物的耐药表型.结果 共采集咽拭子3315份,分离A组链球菌633株,咽拭子培养阳性率为19.1％.菌株对青霉素、氨苄西林、链阳霉素、利奈唑胺、替加环素和万古霉素的敏感率达100％,其次为左氧氟沙星(96.5％,611/633).对红霉素、四环素和克林霉素有较高的耐药率,依次为96.1％ (608/633)、93.7％(593/633)和79.3％ (502/633).共观察到9种耐药模式,以红霉素、克林霉素和四环素联合耐药为主(72.7％,460/633),其次为红霉素和四环素联合耐药(18.0％,114/633).608株对大环内酯类耐药的菌株中,83.2％(506/608)表现为固有型耐药(cLMS),诱导型耐药(iLMS)占16.0％(97/608),5株表现为主动外排型耐药.学龄儿童和菌株为郊区来源是A组链球菌对四环素耐药率的相关因素,OR值及其95％CI分别为2.43(1.16～5.09)和2.35(1.47～3.73);菌株为郊区来源是A组链球菌对克林霉素的耐药率的相关因素,OR值及其95％CI为0.48(0.25～0.92).结论 北京市儿童分离的A组链球菌对青霉素、氨苄西林全部敏感,对红霉素、四环素和克林霉素耐药水平较高,耐药表型以固有型耐药为主.研究对象职业和菌株为郊区来源是四环素耐药率相关因素,后者也是克林霉素耐药率相关因素.     

2010—2011年北京市四次甲型H1N1流感病毒抗体水平动态变化分析

目的了解和掌握北京市不同人群对甲型H1N1流感的免疫水平。方法在2010年1月-2011年4月期间,四次采用多阶段分层随机抽样方法,在北京市六个区分年龄组随机选取调查对象进行问卷调查,并采集血清标本进行甲型H1N1流感病毒抗体检测。结果共选取调查对象18264名。5456名（28．9％）调查对象体内甲型H1N1流感病毒抗体为阳性。总体人群甲型H1N1流感抗体滴度主要集中在1：40—1：320,其中抗体滴度为1：40的人数占总体阳性数的比例达41．61％。同一时间点不同年龄组问、同一年龄组的不同时间点间,血凝抑制（HI）保护性抗体阳性率、抗体GMT水平比较的差异均有统计学意义（P〈0．05）。HI保护性抗体阳性率和抗体GMT存在地区差异（P〈0．05）。不同职业人群间HI保护性抗体阳性率和抗体GMT水平比较差异存在统计学意义（P〈0．05）。结论目前北京市人群中已有超过25％的人群具有甲型H1N1流感病毒保护性抗体,甲型H1N1流感疫苗接种与HI抗体阳性存在相关性,普通人群中已经建立了一定的免疫屏障,但抗体滴度水平较低。     

2010年北京市急性出血性结膜炎病原学初步研究

目的 了解2010年北京地区急性出血性结膜炎的病原学特征.方法 收集北京市2010年7月至10月疑似急性出血性结膜炎病例,采集患者眼拭子标本207件,采用荧光定量RT-PCR方法对标本进行CoxA24v、EV70病毒核酸检测,同时使用Hep-2细胞进行病毒分离.将获得的阳性CoxAE4v毒株进行VP1区基因全长的序列分...