H5亚型和N6亚型禽流感病毒二重RT-PCR检测方法的建立

为了建立一种快速、简便的H5亚型、N6亚型禽流感病毒(AIV)的检测方法,根据GenBank中H5亚型、N6亚型AIV的HA和NA基因保守序列,分别设计了2对特异性引物,通过优化条件,建立了H5亚型和N6亚型AIV二重RT-PCR检测方法。特异性试验结果显示,该方法对H5N6亚型AIV特异性扩增出418bp和251bp目的片段,对H5Ny(y≠6)亚型AIV扩增出418bp目的片段,对HxN6(x≠5)亚型AIV扩增出251bp目的片段,对其他亚型和常见的禽病病原体均未扩增出目的片段;敏感性结果显示,该方法对H5亚型和N6亚型最低检测限为1.59×10-5ng/μL。本研究建立的H5亚型和N6亚型AIV检测方法,具有特异性强,灵敏度高的特点,为H5亚型和N6亚型AIV临床检测以及防控提供了有效方法。     

基于UL2基因B片段序列建立鸭瘟强毒检测方法的可行性分析

通过比较10株鸭瘟强毒与11株鸭瘟弱毒的UL2基因序列(包括GenBank中所有登录的鸭瘟病毒UL2基因序列),发现鸭瘟弱毒的UL2基因均缺失了528bp的B片段。基于UL2基因B片段序列设计引物,建立了理论上能特异检测鸭瘟强毒的荧光定量PCR和常规PCR检测方法(即对鸭瘟强毒的检测为阳性,对鸭瘟弱毒的检测为阴性),并对PCR产物进行了克隆和测序分析。结果显示,2种检测方法除了对鸭瘟强毒的检测为阳性外,对5株鸭瘟弱毒的检测也均为阳性,PCR产物的测序分析也说明扩增产物为UL2基因的B片段。结果表明,不能通过在UL2基因的B片段设计引物,来建立特异检测鸭瘟强毒的检测方法。     

二重荧光RT-LAMP方法鉴别检测口蹄疫病毒和水泡性口炎病毒

口蹄疫和水泡性口炎是牛常见高度急性病毒传染病,在全球范围内广泛存在。本研究旨在建立一种可同时鉴别口蹄疫病毒和水泡性口炎病毒的二重荧光RT-LAMP检测方法。根据口蹄疫病毒(FMDV)3D基因和水泡性口炎病毒(VSV)N基因的保守序列,设计了2套特异性引物,在每条内引物的5′端标记荧光基团,通过扩增产物颜色判断检测结果。优化反应条件,建立了可同时检测口蹄疫病毒和水泡性口炎病毒的二重荧光RT-LAMP方法。结果显示,该方法灵敏性高,每个反应最低能够检测到100个拷贝混合模板;特异性好,能在同一个反应管里检测到两种病毒,对其他牛病原体无扩增;干扰性小,扩增效率不受模板浓度影响。本研究建立的口蹄疫病毒和水泡性口炎病毒二重荧光RT-LAMP方法具有简便、快速、特异、敏感等优点,可用于FMDV和VSV的临床检测和流行病学调查。     

心包积水-肝炎综合征转归的病理学观察

为研究心包积水-肝炎综合征（HHS）的转归,试验采用血清4型禽腺病毒感染4周龄SPF鸡,建立发病率为90%、死亡率为20%的动物模型,观察SPF鸡大体病变并采集肝脏、心脏、脾脏、腺胃、胰腺、肺、肾脏、法氏囊、胸腺、脑、肌肉、小肠、肌胃、食管和气管制作组织病理学切片,检测组织样本中的病毒载量。结果显示：心包积液完全吸收,腺胃出血消失,脾脏轻微肿胀,肝脏仍存在部分黄染和肿胀,组织学检查发现肺脏已完全恢复,肝脏、法氏囊、胸腺、脾脏仍存在组织变性坏死及广泛的炎性细胞浸润;转归期后器官的病毒含量均显著降低（P<0.05）。结果表明HHS的转归为不完全痊愈,对肝脏及免疫器官的功能将造成长期影响。     

微滴式数字PCR定量检测禽偏肺病毒方法的建立

为建立禽偏肺病毒(aMPV)微滴式数字PCR (ddPCR)检测方法,本研究以aMPV F基因为靶基因,根据其保守区域设计特异性引物和探针,通过各反应条件的优化,初步建立检测aMPV的dd PCR方法。反应条件优化结果显示,最佳引物终浓度1μmol/μL,探针终浓度0.5μmol/μL,退火温度56℃。绘制的标准曲线显示,重组质粒标准品稀释倍数的对数与相应质粒检出拷贝数的对数呈良好的线性关系(R²=0.999 8)。采用该方法同时检测aMPV、禽流感病毒、鸡新城疫病毒、鸡传染性支气管炎病毒、禽呼肠孤病毒、禽脑脊髓炎病毒、鸡传染性喉气管炎病毒和禽腺病毒,结果显示,仅aMPV检测为阳性,其他病原均为阴性。特异性较强。将p MD18-aMPV重组质粒标准品10倍倍比稀释(105～10⁹,4.3×10³拷贝/μL～4.3×10^-1拷贝/μL)后作为模板,采用该方法检测,结果显示该方法对重组质粒标准品的检测限为4.3拷贝/μL,比荧光定量PCR (qPCR)检测限(43拷贝/μL)敏感。对3个稀释度质粒标准品...     

H6N1亚型禽流感病毒二重荧光RT-PCR检测方法的建立

根据GenBank中H6、N1亚型禽流感病毒(AIV)的HA、NA基因序列,设计2对特异性引物和2条用不同荧光基团标记的TaqMan探针.经反应条件优化,本试验建立了检测H6N1亚型AIV的二重荧光RT-PCR方法.该法特异性强,只对H6亚型和N1亚型AIV进行特异性扩增,对其他H亚型AIV、N亚型AIV及新城疫病毒、传染性支气管炎病毒等病原体的检测均为阴性;该法敏感性好,对H6N1亚型AIV的检测限为100拷贝/μL.本试验建立的H6N1亚型AIV的二重荧光RT-PCR方法,具有快速、敏感、特异的优点,为H6N1亚型AIV的防控提供技术支撑.     

禽呼肠孤病毒σB和σC蛋白二级结构及其细胞抗原表位预测

研究旨在运用DNAStar生物软件及Garnier-Robson、Chou-Fasman等方法分析禽呼肠孤病毒（avian reovirus,ARV）标准毒株S1133重要结构蛋白σB和σC的二级结构及其T细胞和B细胞抗原表位。通过分析其亲水性、柔韧性、表面可及性和抗原指数等特性,对σB和σC蛋白的B细胞抗原表位进行预测;以Rothbard-Taylor和AMPHI方法预测σB和σC蛋白的T细胞抗原表位。结果显示,σB和σC蛋白形成α-螺旋结构的能力较差,但与σB蛋白相比,σC蛋白含有较多的β-折叠结构、转角及无规则卷曲等二级结构,因而σC蛋白二级结构较复杂。分析结果还表明σB和σC蛋白均含有潜在B细胞和T细胞抗原表位,尤其是σC蛋白具有较多的B细胞和T细胞抗原表位。本试验为深入研究σB和σC蛋白的免疫学特性及研发ARV新型疫苗和药物靶标奠定基础。     

禽呼肠孤病毒σA基因酵母双杂交诱饵载体的构建与鉴定

为了筛选与禽呼孤病毒σA基因相互作用的宿主蛋白,本试验应用酵母双杂交技术构建禽呼孤病毒σA基因的诱饵载体pGBKT7-σA。从禽呼肠孤病毒S1133标准毒株抽提RNA,采用RT-PCR方法扩增得到σA基因片段,将其连接到诱饵载体pGBKT7上,把通过测序的重组诱饵载体命名为pGBKT7-σA。将重组诱饵载体转化酿酒酵母Y2HGold后,把不同浓度的诱饵载体转化液涂布在营养缺陷型培养基上,观察该重组诱饵载体在酵母细胞中有无毒性作用和自激活现象。结果显示,酵母双杂交诱饵载体pGBKT7-σA构建成功,且对酿酒酵母无毒性和自激活现象。本研究为进一步利用酵母双杂交技术筛选与σA蛋白互作的宿主蛋白奠定了基础。     

鸭瘟病毒强弱毒株PCR检测方法的建立

根据基因库中鸭瘟病毒强毒株和弱毒株UL2基因保守区设计特异性引物,优化PCR反应的引物浓度和退火温度等,初步建立了可同时鉴别鸭瘟病毒强毒株和弱毒株的PCR检测方法,并对建立的方法进行了敏感性、特异性验证和临床样品检测。该PCR检测方法最低能检出1pg的鸭瘟病毒强毒和弱毒DNA模板。对鸭瘟病毒强毒和弱毒模板的检测,得到了与试验设计相符的827bp(强毒)和299bp(弱毒)的扩增条带,而对鸭副黏病毒、鸭坦布苏病毒、鸭圆环病毒、番鸭细小病毒、鸭Ⅰ型肝炎病毒、禽流感病毒和小鹅瘟病毒等病原体的检测均为阴性。说明建立了一种敏感性高、特异性好的鉴别鸭瘟病毒强毒和弱毒的PCR检测方法。     

牛传染性鼻气管炎病毒和牛病毒性腹泻病毒双重荧光定量PCR检测方法的建立

为建立基于TaqMan探针的双重荧光PCR技术检测牛传染性鼻气管炎病毒(IBRV)和牛病毒性腹泻病毒(BVDV)的方法,根据IBRV gB基因序列和BVDV 5′端非编码区序列的保守区域,分别设计1对IBRV的特异性引物和1条FAM标记的TaqMan探针,1对BVDV的特异性引物和1条ROX标记的TaqMan探针,建立双重荧光定量PCR检测IBRV和BVDV的方法。对建立的检测方法进行特异性和敏感性测定,并用临床样品进行检测验证。特异性试验结果显示,该方法检测参试的IBRV毒株,在波长530μm(FAM)时收集到特异性荧光信号曲线,检测参试的BVDV毒株,在610μm(ROX)时收集到特异性荧光信号曲线,无交叉信号出现,对照的毒株无论是在530μm(FAM),还是610μm(ROX)处,均无荧光信号曲线出现,方法的特异性好;敏感性试验结果显示,该双重荧光定量PCR可检测到100个拷贝的IBRV和BVDV质粒DNA模板;临床样品检测结果表明,对保存在-70℃的127份牛病料样品核酸进行检测,IBRV阳性12份,BVDV阳性26份,IBRV和BVDV同为阳性2份,为混合感染,检测的拷贝数分别为6.24×105和6.32×104拷贝/μL。阳性样品经序列比对分析,分别与IBRV和BVDV的序列100%同源。建立的双重实时荧光定量PCR方法检测IBRV和BVDV具有特异、敏感等优点,可用于临床样品的鉴别检测。