猪繁殖与呼吸综合征病毒GX1001株和GX1002株全基因组分子特征分析

为了解广西地区猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的变异情况及分子遗传特征,采用RT-PCR分段扩增2010年PRRSV广西地方分离株GX1001株和GX1002株基因片段,经克隆、测序、拼接,获得2个分离株的全基因序列。结果显示,不包括Poly(A)尾,GX1001株、GX1002株基因组全长分别为15329和15318 bp。同源性分析结果表明,2个分离株间全基因组核苷酸序列同源性为99.3%,与国内外北美洲型代表毒株间的全基因组核苷酸序列同源性为84.9%~99.5%,与欧洲型代表毒株间的同源性为61.5%~61.9%。序列分析结果表明,2个分离株的NSP2编码区均存在第481和533-561位,共30个氨基酸的不连续缺失,具有PRRSV高致病性变异毒株(HP-PRRSV)的遗传特征,但分别在不同区域出现新的突变、缺失及插入等变异现象。遗传进化分析结果表明,所有美洲型毒株可分为4个亚群,GX1001株和GX1002株均属于以高致病性JXA1株为代表的第4亚群。上述结果表明,本研究获得的PRRSV广西地方分离株GX1001株和GX1002株均属于HP-PRRSV,但其基因组在不同区域发生了新的遗传变异现象。     

PEDV、TGEV和PRoV多重RT-PCR检测方法的建立及应用

为建立猪流行性腹泻病毒（PEDV）、猪传染性胃肠炎病毒（TGEV）及猪轮状病毒（PRoV）的快速鉴别检测方法,本试验针对PEDV、TGEV、PRoV的基因组序列设计3对特异性引物PEDV-N、TGEV-M和PRoV-VP6,分别扩增PEDV N基因、TGEV M基因和PRoV VP6基因。经优化反应条件,成功建立了能同时检测并区分PEDV、TGEV、PRoV的多重RT-PCR方法。该方法可特异扩增PEDV、TGEV、PRoV相应的基因片段,而与猪瘟病毒（CSFV）、猪口蹄疫病毒（FMDV）、猪伪狂犬病病毒（PRV）、猪细小病毒（PPV）、猪圆环病毒2型（PCV2）均无交叉反应;对PEDV、TGEV、PRoV基因重组质粒标准品的检出限分别为1.41×10³、1.41×10²和1.41×10³拷贝/μL;在相同条件下重复试验可获得一致的结果。应用该方法对临床采集的190份腹泻病料进行检测,结果PEDV阳性42份,阳性率22.11%;TGEV阳性58份,阳性率30.53%;PRoV阳性34份,阳性率17.89%,且存在不同病毒混合感染的现象。结果表明,所建立的多重RT-PCR方法具有特异性强、敏感性高、重复性好的优点,可用于PEDV、TGEV和PRoV的临床检测和流行病学调查。     

广西种猪场CSF、PRRS、PCV2与PR监控效果研究

采用PCR和RT—PCR对2004～2008年广西种猪场猪瘟（CSF）、猪繁殖与呼吸综合征（PRRS）、猪圆环病毒2型（PCV2）、猪伪狂犬病（PR）进行监控。结果表明,2004～2008年广西种猪场CSF、PRRS、PR、PCV2均有不同程度的发生,其中2004年阳性率最高,2008年阳性率最低（全部为阴性）。从2004～2008年,组织样品的PRRSV阳性率呈逐年下降趋势;CSFV和PRV的阳性率变化趋势相似,即2004年较高、2005年有所下降、2006年有所反弹、2007～2008年呈下降趋势;PCV2阳性率变化趋势则是在2005～2006年出现一个峰值。在公猪精液方面,PRRSV、PRV、PCV2阳性检出率呈逐年下降趋势。不同年份内不同疫病对种猪场的影响程度也存在差异。可见,以PCR和RT—PCR来监控种猪场疫病具有较高的可行性。     

广西部分地区鸭圆环病毒感染情况调查

为了解广西鸭圆环病毒(duck circovirus,DuCV)感染情况,根据已发表的鸭圆环病毒序列合成了1对PCR引物,利用该引物对采集于百色、柳州和桂林3个市的321份鸭组织样品进行了检测。结果表明,58份样品能扩增出228 bp的特异条带,总阳性率为18.07%;且3个市均能检出阳性样品,阳性率分别为18%（54/300）、5.6％（1/18）和100％（3/3）。结果证实,广西百色、柳州、桂林地区的鸭群中不同程度地存在鸭圆环病毒感染现象。     

广西壮族自治区猪圆环病毒2型（PCV2）分子流行病学调查及遗传变异分析

[目的]了解猪圆环病毒2型（porcine circovirus type 2,PCV2）在广西壮族自治区的流行情况及遗传特征。[方法]采用PCR方法对广西壮族自治区不同地区送检的病料进行PCV2检测和全基因组序列扩增。应用BioEdit、Mega 7.0、RDP 5和SimPlot(ver 3.5.1)软件对获得的24株PCV2毒株全基因组序列进行核苷酸序列相似性、遗传变异和重组分析,并对Cap蛋白氨基酸序列变异位点进行分析。[结果]PCV2广西株基因组大小均为1 768 bp;核苷酸序列相似性分析显示,广西株与参考株PCV1～PCV4的相似性在44.7%～99.7%,与PCV3亲缘性最低;广西株为PCV2b和PCV2d型,PCV2d流行最为广泛;全基因组序列重组分析显示,部分广西株存在重组事件;与疫苗株AY686764-PCV2b和HM641752-PCV2b相比,PCV2广西株的Cap蛋白氨基酸序列共有21个位点发生变异。[结论]PCV2广西流行毒株以PCV2d型为主,部分毒株具有重组现象,部分位点发生独特的氨基酸变异,遗传进化趋势明显。研究结果为广西壮族自治区PCV2的流行病学...     

2016—2018年广西玉林市和百色市主要家畜疫病定点监测

为了解广西地区口蹄疫(FMD)、猪瘟(CSF)、猪繁殖与呼吸综合征(PRRS)、猪伪狂犬病(PR)、布鲁氏菌病和小反刍兽疫(PPR)等重大动物疫病的免疫动态、疫情流行风险,按照国家动物疫病定点监测实施方案相关要求,2016—2018年运用ELISA和实时荧光定量PCR方法,对玉林市和百色市20个定点监测场点的猪、牛、羊...     

广西地区禽致病性大肠杆菌的耐药性分析

禽致病性大肠杆菌(APEC)是一种能引起鸡、火鸡和其他鸟类肠外感染的致病性大肠杆菌,可以导致肉鸡气囊炎、败血型全身感染、蜂窝织炎和蛋鸡输卵管炎、腹膜炎。为了了解广西地区禽致病性大肠杆菌的耐药表型以及耐药基因的携带情况,本实验室对2019年从广西分离到的69株APEC采取K-B药敏纸片法进行药敏试验,药敏结果显示,69株APEC对氧氟沙星(56.5%)、恩诺沙星(69.6%)、氟苯尼考(79.7%)、氨苄西林(91.3%)、四环素(98.6%)耐药率较高,而对美罗培南、丁胺卡那霉素、呋喃妥因均不耐药;其中,多重耐药现象严重,对10种抗菌药物以耐4种、5种、6种的情况居多。同时用PCR扩增的方法对其耐药基因,包括碳青霉稀类、β-内酰胺类、氨基糖苷类、黏菌素类、喹诺酮类、四环素类在内的6大类共计17种耐药基因进行了检测。特别值得关注的是,发现了7株携带mcr-1基因的多黏菌素耐药APEC。药敏纸片法检测菌株的耐药表型和耐药基因存在一定关联度。本研究可为养禽场临床用药提供参考,同时为减缓耐药菌传播、降低对人类健康和公共卫生安全威胁提供依据。     

猪脑心肌炎病毒抗体间接ELISA检测方法的建立及应用

以猪脑心肌炎病毒(Encephalomyocarditis virus,EMCV)VP1重组蛋白为包被抗原,建立了检测EMCV血清抗体的间接酶联免疫吸附试验(enzyme-linked immunosorbent assay,ELISA).经优化,获得间接ELISA的最佳反应条件为抗原包被浓度0.625 μg/mL,待...     

禽流感病毒H5、H7和H9亚型一步法多重RT-PCR检测方法的建立

为了建立能同时检测H5、H7和H9亚型禽流感病毒(AIV)的方法,参考GenBank中H5、H7和H9亚型AIV的HA基因序列的保守区域,利用Primer 5.0软件设计3对分别针对AIV H5、H7和H9亚型的特异性引物,预期特异扩增H5AIV片段大小为380bp、H7AIV为501bp、H9AIV为732bp。经过反应条件的优化,建立了同时检测H5、H7和H9亚型AIV的一步法多重RT-PCR方法。该方法特异性强,对其他亚型AIV和禽呼吸道病原体检测结果为阴性;敏感性高,H5、H7和H9亚型AIV RNA的最低检出量分别为10-4、10-4、10-2拷贝/μL。初步建立了快速、敏感、特异地鉴别检测H5、H7和H9亚型禽流感病毒的分子生物学诊断方法。     

禽冠状病毒分离株的系统命名法及其种属地位

目前,还没有针对家鸡(Gallus gallus domesticus)传染性支气管炎病毒(IBV)分离株的统一命名系统。为IBV分离株建立统一的、能反映多方面信息的命名体系是很有用的。此外,由于最近发现从火鸡(Meleagris galloopavo)和雉鸡(Pheasianus colchicus)体内分离到的冠状病毒具有和IBV的非