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牦牛MSTN基因分子克隆及序列分析 总被引:1,自引:0,他引:1
设计特定引物对牦牛MSTN基因PCR分段扩增并克隆和测序,利用分子生物学软件进行序列拼接,获得牦牛MSTN基因序列(GenBank登录号EU926670).该基因由3个外显子和2个内含子组成,CDS序列全长为1 128 bp(GenBank登录号EU926671),由375个氨基酸组成.外显子大小分别为373,374,381 bp,内含子大小分别为1 843,2 028 bp.牦牛与普通牛的MSTN基因编码区中,在417位发生一次碱基转换(C→T),但未造成氨基酸改变.不同物种间在该基因编码区核苷酸序列和氨基酸序列上有较高的相似性,牦牛与普通牛、绵羊、猪、人、狗、小鼠、马、兔子、鸡、猩猩各物种间核苷酸相似性大小分别为99.9%,96.5%,94.3%,89.1%,91.9%,91.3%,93.6%,91.7%,82.0%,92.0%.牦牛与普通牛MSTN氨基酸序列相似性最高,为100%;而与绵羊、猪、小鼠、人、狗、马、兔子、鸡、猩猩各物种间相似性大小分别为93.3%,95.5%,92.5%,94.1%,93.3%,94.9%,94.4%,88.0%,94.4%.生物信息学软件分析发现:牦牛MSTN基因编码蛋白的理论分子量约为42.6 kDa,PI值为6.14,Leu的含量最高(9.9%),其次是Lys(7.2%).牦牛MSTN基因编码蛋白二级结构以β折叠为主,属于跨膜蛋白,跨膜区位于AA6-AA23之间;具有一个分泌信号肽结构,其氨基酸序列MQKLQICVYIYLFMLIVA具有TGF-β家族的特征. 相似文献
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牦牛SRY基因克隆与分子特征 总被引:2,自引:0,他引:2
SRY(Sex-determining region on the Y chromosome,SRY)基因位于哺乳动物的Y染色体,对性别形成起着决定性作用.对高原牦牛SRY基因的编码区进行克隆和分子特征分析,以期从分子水平了解牦牛的性别形成机制.以雄性高原牦牛血液为材料,从基因组DNA中扩增SRY基因编码区(单外显子)序列,将其克隆至pGEM-T easy载体并测序.同时,将牦牛SRY基因编码区与奶牛进行序列比对;对牦牛SRY蛋白与其他物种SRY蛋白进行序列比对;采用在线生物软件对牦牛SRY蛋白的特性和结构进行预测.牦牛SRY基因(GenBank:EU547257)编码区长687 bp,编码229个氨基酸.克隆获得的牦牛SRY基因编码区与奶牛该序列存在2个碱基的变异,造成1个氨基酸的变异;各物种SRY蛋白具有较高的同源性;牦牛SRY蛋白(GenBank:ACB 29799)主要由亲水性氨基酸构成,同源建模预测的SRY HMG区域的3D模型显示,SRY HMG区域三维结构呈由三个α-螺旋组成的"L"型.首次从高原牦牛基因组中克隆了SRY基因,并进一步揭示了其分子特征,为从分子水平人为的控制牦牛性别奠定了重要基础. 相似文献
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牦牛MSTN基因内含子Ⅱ遗传多样性研究 总被引:3,自引:1,他引:2
利用PCR-SSCP技术研究了5个牦牛群体共计401头个体的MSTN基因第2内含子的多态性.结果表明:牦牛MSTN基因第2内含子存在多态性,测序发现该片段第192 bp处有一个A 到G的单碱基突变.所检测的5个牦牛群体中,除新疆巴州牦牛群体未检测到AA基因型,其他4个群体中均发现AA、AB和BB 3种基因型,大通牦牛、甘南牦牛、青海高原牦牛群体中均以BB型为优势基因型,而天祝白牦牛和新疆巴州牦牛则以AB为优势基因型.不同牦牛群体中均检测到A,B两个等位基因,并且B基因频率均高于A基因频率,B等位基因为各牦牛群体中的优势等位基因.各群体经过χ~2检验,在该基因座上,甘南牦牛、天祝白牦牛、青海高原牦牛3个群体处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05),大通牦牛、新疆巴州牦牛两个群体处于不平衡状态(P<0.05).分析了5个牦牛群体的遗传结构,发现大通牦牛的基因杂合度、有效等位基因数、多态信息含量等均最低,分别为:0.171,1.207,0.157;而天祝白牦牛的基因杂合度,有效等位基因数、多态信息含量等均最高,分别为:0.490,1.961,0.370;新疆巴州牦牛的基因杂合度、有效等位基因数、多态信息含量等均略低于天祝白牦牛. 相似文献
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为了阐述甘南亚高山草甸草原的牧草品质和产量,试验在甘南州临潭县选取有代表性的样地,对草原植被的群落结构进行了分析,对生物生长量进行了测定。结果表明:甘南亚高山草甸草原牧草种类繁多,群落结构复杂,主要以莎草科和禾本科牧草为优势种或亚优势种。植被总覆盖度比较好,在75%~97%之间。8月份牧草产量明显高于6月份,8,6月份莎科草、禾本科干草产量分别为91.42 g/m2和50.05 g/m2,二者差异极显著(P0.01);8,6月份杂类草干草产量产量分别为123.69 g/m2和79.87 g/m2,差异不显著(P0.05);8,6月份总干草产量分别为215.11 g/m2和129.91 g/m2,差异极显著(P0.01)。 相似文献
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本研究利用相关生物信息学软件和数据库对牦牛miR-101进行了靶基因预测与生物信息学分析。通过高通量测序获取牦牛miR-101的序列,并分析其序列保守性;选取TargetScan、miRanda、PicTar预测结果的交集并结合miRTarbase中已证实的靶基因集合,取二者并集,采用BINGO和DAVID数据库获得靶基因集合的本体注释,进行GO功能富集及Pathway信号通路富集分析。结果显示,miR-101序列在各物种间高度保守,miR-101调控的靶基因GO功能富集主要包括多细胞生物体发育、发育过程、系统发育、解剖结构发育、器官发育等基本生物学过程和蛋白连接、转录因子活性等分子功能;靶基因存在于细胞各个组分中,包括细胞质、细胞核、细胞器中;信号转导通路显著富集于MAPK信号通路(MAPK signaling pathway)、黏着斑(focal adhesion)、ErbB信号通路(ErbB signaling pathway)、Wnt信号通路(Wnt signaling pathway)、TGF-beta信号通路(TGF-beta signaling pathway)和mTOR信号通路(mTOR signaling pathway)中(P<0.05)。通过对牦牛miR-101靶基因的生物信息学分析,为进一步研究miR-101在牦牛肌肉发育中的作用奠定基础。 相似文献
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[目的]提高牦牛乳的开发利用价值以及牦牛乳产品的附加值。[方法]对青海高原牦牛乳氨基酸、脂肪酸组分及其含量进行了测定。[结果]在牦牛乳中共检测到16种氨基酸,其谷氨酸、异亮氨酸、酪氨酸和精氨酸含量相对较高,赖氨酸、甘氨酸、蛋氨酸和丙氨酸含量相对较低。牦牛初乳中总氨基酸含量(5.485%)显著高于常乳。在牦牛初乳和常乳中均检测到28种脂肪酸,其中饱和脂肪酸19种,不饱和脂肪酸9种。常乳中的油酸和硬脂酸含量显著高于初乳。[结论]该研究可为牦牛乳的开发利用提供基础数据与科学依据。 相似文献