高温胁迫条件下大菱鲆肾脏转录组研究

为探索大菱鲆(Scophthalmus maximus)耐高温的分子机制,筛选耐高温相关基因,采用高通量测序平台(IlluminaHiSeq-2500)分别对5个不同高温处理组的大菱鲆肾脏组织开展转录组测序,进行生物信息学分析,包括GO(基因功能注释)、SSR(简单重复序列)分析等。结果显示,通过组装得到Unigenes总数目为68525,长度范围为201~23456 bp,平均长度为1124 bp,N50长度为2316 bp。将Unigenes分别在Nr、Swissprot、KEGG、KOG、GO数据库进行序列比对及功能注释,共注释25498条,其中,Nr数据库注释到的Unigenes最多;按GO功能分类,共分为细胞组分、分子功能及生物学过程3类,包括56个功能组,其中,大量Unigenes与细胞进程、代谢过程、催化活性、生物调节、应激反应相关。将Unigenes进行pathway注释,归属于218条代谢通路,分为5类KEGG途径：代谢途径、遗传信息处理、细胞过程、环境信息和生物系统。进行转录因子分析,共检测到65类转录因子,其中,C2H2锌指蛋白家族的基因数目最多。通过对不同温度胁迫下基因表达谱结果进行分析,不同温度组之间存在着显著差异,在不同温度胁迫组中,20℃组与28℃组存在差异最大,差异基因达到4734个,其中,上调基因3386个,下调基因1348个。本研究建立了大菱鲆热应激肾脏转录组数据库,为大菱鲆高温胁迫分子机理研究提供了参考数据。     

针叶树种子园开花物候重叠指数及其应用

介绍了Askew和Blush提出的种子园开花物候重叠指数(PO)的计算方法,以贵州黎平县东风林场杉木种子园花期观察数据为例,进行了计算,为优化种子园亲本组成,估算种子园整体的遗传增益提供了参数。     

大菱鲆(Scophthalmus maximus)PRL基因、Na+-K+-ATPase a1基因对盐度胁迫的响应

采用荧光定量PCR技术对不同盐度胁迫下各时间点大菱鲆(Scophthalmus maximus)幼鱼肠、鳃中催乳素(PRL)基因和Na+-K+-ATPase a1两种基因的表达量进行检测。以盐度30为对照组,盐度5、10、40和50为实验组进行数据分析。结果显示,两种基因在两种组织中均有表达,且基因的表达量具有组织和时间特异性。肠组织PRL、Na+-K+-ATPase a1基因的表达量,在盐度50和5条件下,随胁迫时间的延长呈先升高后降低的变化趋势;鳃组织PRL基因表达量,在盐度50和盐度5条件下,随胁迫时间延长先升高后降低,而Na+-K+-ATPase a1基因表达量在低盐条件下(盐度5)没有显著变化,在高盐条件下(盐度50)随时间延长呈现先降低后升高的变化趋势。在肠组织中,两种基因存在极显著的协同作用,随着盐度的升高,两种基因的表达量都呈现先升高后降低的趋势,且相关系数均接近于1;在鳃组织中,在10–40盐度范围内,两种基因的表达存在明显的拮抗作用,当PRL基因的表达量呈现升高(或下降)趋势时,Na+-K+-ATPase a1基因的表达量呈现下降(或升高)趋势,且两种基因的相关系数均为负值。研究表明,PRL具有抑制Na+/K+-ATP酶活性的作用,为今后盐度胁迫分子调控机理研究提供理论依据。