基于InDel标记的斑节对虾早期性别鉴定方法的建立

为分辨斑节对虾(Penaeus monodon)发育早期的性别,利用改良的插入/缺失(InDel)标记追踪了从受精卵、无节幼体、溞状幼体、糠虾幼体、仔虾后1 d(PL1)、仔虾后30 d(PL30)及亚成虾个体的性别,建立了测序和荧光定量PCR熔解曲线的检测方法。结果表明,InDel标记可扩增获得雌雄特异性序列,用测序法判定亚成虾性别的结果与外部观察结果一致,准确率达100%,对受精卵、无节幼体、溞状幼体及糠虾幼体均可得到雌雄特异性序列;进而建立了基于SYBR Green实时荧光定量PCR(Quantitative real-time polymerase chain reaction,q RT-PCR)熔解曲线的快速鉴定斑节对虾性别的方法,其中雄性特异序列的熔解温度(Melting temperature,Tm)为(79.10±0.10)℃,雌性为(78.45±0.20)℃,通过特异的熔解曲线可准确区分PL30、亚成虾和无节幼体Ⅵ期个体,准确率可达96.3%以上。     

斑节对虾7个全同胞家系间亲缘关系的微卫星分析

为了斑节对虾（Penaeus monodon）后续育种工作的需要,研究了斑节对虾7个全同胞家系的亲缘关系。从95对微卫星引物中筛选出16对,16个微卫星位点共发现79个等位基因（A）。每个位点的A为2～10个,平均4.9375,有效等位基因（Ne）1.7575～5.3980,平均3.3878,平均杂合度观测值（Ho）0.6679,平均杂合度期望值（He）0.6698。平均多态信息含量（PIC）0.6110。7个家系总近交系数（FIT）0.0099,家系内近交系数（FIS）-0.3725,家系间基因分化系数（FST）0.2709。根据遗传距离采用UPGMA法对7个家系进行聚类,F2和F6家系之间的遗传距离最小聚为一类,与F7家系遗传距离最远。结果表明,家系间基因交流较低,遗传分化程度较高,且很少发生近交,F7家系可以优先考虑与其他家系进行杂交选育。     

广西钦洲湾养殖牡蛎线粒体16S rRNA基因片段序列变异分析

采用PCR技术对广西钦洲湾水域的养殖牡蛎(传统上被认为是近江牡蛎Crassotea ariakensis Fujita)群体26个个体的线粒体DNA16SrRNA基因片段序列进行扩增，获得了大约500bp的扩增产物。PCR产物经纯化后进行序列测定，经同源排序，得到415bp可供分析的核苷酸片段。26个个体中共检测到18个变异位点，包括1个碱基插入／缺失、11个转换位点及6个颠换位点。共有6种单倍型，这6种单倍型又分为2大类单倍型。运用MEGA软件计算出不同个体间的遗传距离，并构建了UPGMA和NJ系统树。26个个体聚成明显的2支，一支有19个个体，占73．08％；另一支有7个个体，占26．92％；2支间序列差异为3．54％。据此得出结论：钦洲湾养殖牡蛎应存在两大种群或是2个亚种，其差异是否到了种间的分界限，还需进一步研究证实。