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为开发马口鱼(Opsariichthys bidens)多态性简单重复序列(simple sequence repeat, SSR)标记,利用微卫星识别工具(microsatellite identification tool, MISA)搜索统计马口鱼全基因组SSR,采用生物信息学方法对其分布特征进行比较分析;选取39个三核苷酸SSR位点设计引物进行多态性检测。结果显示:马口鱼全基因组中SSR总数量为304 870个,占全基因组长度的0.10%;二核苷酸SSR为马口鱼基因组中的主要重复类型。5种重复类型SSR数量为二核苷酸SSR>四核苷酸SSR>三核苷酸SSR>六核苷酸SSR>五核苷酸SSR。内含子区SSR数量最多,为93 380个;5′非翻译区SSR数量最少,为622个。各区域SSR数量分布情况为内含子区>基因间隔区>启动子区>3′非翻译区>编码区>5′非翻译区。编码区数量最多的是三核苷酸SSR,而其他5个区域最多的是二核苷酸SSR。各重复类型拷贝数分布范围为5~350,主要集中在5~30。通过筛选得到15对多态性引物,在野生群... 相似文献
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为筛选出较强的启动子用于提高外源基因在罗氏沼虾活体细胞中的转化表达效率,本研究构建包含eGFP基因和IE1、hr5-IE1及Sv40启动子的3个表达载体,分别按照10 μg·g-1标准注射于体重5~7 g的活体罗氏沼虾肌肉内,采集注射活体肌肉的RNA样品检测各个启动子转录eGFP基因的效率。结果表明,在罗氏沼虾体内hr5-IE1启动子对eGFP基因的表达活性最强,其对eGFP外源基因的转录水平是IE1的3倍以上,IE1对于eGFP的转录水平也显著高于SV40的转录启动效率,其中SV40在罗氏沼虾体内的转录启动水平未检测到eGFP基因的转录表达,表明包含节肢动物门跨物种转录调控元件(增强子hr5)的IE1启动子能够在罗氏沼虾体内正常启动下游基因的转录表达及翻译,是罗氏沼虾开展分子功能研究较优的外源基因表达启动调控元件。 相似文献
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马口鱼(Opsariichthys bidens)在我国各大淡水流域分布广泛,是重要的溪流性鱼类,具有重要经济地位。微生物与鱼类的生长和健康状态密切相关。为实现马口鱼的高效健康养殖,本研究从消化道微生物着手,对其消化道菌群总DNA的V3~V4区进行了PCR扩增和建库分析,就其主要微生物组成、分类和相关性等开展分析。结果显示,马口鱼消化道微生物中,芽孢杆菌门(Bacillota)占79.32%,拟杆菌门(Bacteroidota)占4.75%,梭杆菌门(Fusobacteriota)占2.55%,变形菌门(Proteobacteria)占1.69%。在属水平上,支原体属(Mycoplasma)的相对丰度最高,为77.50%,与黄杆菌属(Flavobacterium)和Haliangium的相对丰度表现出显著(P<0.05)负相关。从饲料、养殖水体和滤砂的微生物组成及其相对丰度判断,饲料是马口鱼消化道微生物的主要来源,其次是养殖水体和滤砂,滤砂对水体起到了一定的过滤作用,可基本满足该系统下马口鱼健康养殖的需要。 相似文献