乙型和丙型肝炎病毒对主要组织相容性复合体基因的调节

众所周知，免疫学上把能引起强而迅速排斥反应者称为主要组织相容性抗原，其编码基因是一组紧密连锁的基因群，称之为主要组织相容性复合体(major histocompatibility complex，MHC)。MHC在不同的哺乳动物中有不同的命名，但是其组成、结构以及编码产物的功能等却很相似。人主要组织相容性抗原称为人白细胞抗原系统(human leucocyte antigen，HLA)。     

肝再生增强因子对肝星状细胞基因表达谱的影响

目的将pcDNA3．1（-）．ALR（hALR）和pcDNA3．1（-）分别转染人肝星形细胞（HSC）,筛选在人肝星形细胞中存在表达差异的基因,进一步研究hALR的生物学功能及机制。方法以脂质体技术将pcDNA3．1（-）．ALR和pcDNA3．1（-）分别转染人肝星形细胞系,提取总mRNA,逆转录为cDNA,应用基因表达谱芯片方法分析差异表达的基因。结果在所筛选的4096个基因中,有2个基因表达水平显著上调,25个基因表达水平显著下调。结论hALR对于人肝星形细胞基因表达谱有显著影响,为进一步研究hALR的生物学功能和作用机制提供了线索。     

HBxAg蛋白反式激活基因5的生物信息学分析及真核表达载体的构建

目的 对HBxAg蛋白反式激活基因5(XTP5)进行生物信息学分析,并构建其真核表达载体.方法 利用生物信息学软件对XTP5基因进行CpG岛、启动子活性、转录终止信号和氨基酸的一、二级结构以及信号肽、跨膜特性和功能基序进行预测.构建XTP5基因的真核表达载体pcDNA3.1-XTP5和pGBKT7-XTP5.结果 生物信息学分析发现XTP5基因有200 bp左右的CpG岛,有高启动子活性序列、转录终止信号位点,二级结构以Helix为主,存在信号肽的概率为0.0000A,无跨膜区域信号,存在数个功能基序.成功构建了XTP5基因的真核表达载体pcDNA3.1-XTP5和pGBKT7-XTP5.结论 为深人研究XTP5结构和功能、进一步探讨乙型肝炎病毒(hepatitis B virus,HBV)发病机制创造了条件.     

丙型肝炎病毒非结构蛋白4A反式激活基因NS4ATP1的克隆化研究

目的：筛选并克隆丙型肝炎病毒（HCV）非结构蛋白4A（NS4A）反式激活新型靶基因。方法：以HCVNS4A蛋白表达质粒pcDNA3．1（-）-NS4A转染HepG2细胞，以空载体pcDNA3．1（-）为平行对照，提取mRNA并进行抑制性消减杂交分析。分析筛选得到的克隆，其中之一与GenBank中注册的已知功能基因序列没有同源性，通过序列同源性比对和电子拼接，根据基因起始密码子的Kozak规则和终止密码子下游保守的多聚腺苷酸信号序列，确定新型基因序列。从转染peDNA3．1（-）-NS4A的HepG2细胞提取总RNA，以逆转录多聚酶链反应（RT-PCR）技术扩增获得该新基因的全长序列，并对克隆的基因及其编码产物的序列进行分析。结果：该新基因的编码序列全长为963个核苷酸（nt），编码产物由321个氨基酸残基（aa）组成，并测序证实，命名为NS4ATP1，在GenBank中注册，注册号为AY740521。结论：分子生物学技术与生物信息学技术相结合，发现并鉴定、克隆了HCV非结构蛋白反式激活作用的新型靶基因NS4ATP1，为进一步研究HCV非结构蛋白反式激活作用的分子生物学机制和探索新型治疗技术奠定基础。     

丙型肝炎病毒核心蛋白结合蛋白6的反式调节基因研究

目的：筛选、克隆新基因HCBP6转染肝癌细胞后的反式调节基因，探索HCBP6基因表达对肝细胞基因表达谱的影响。方法：应用酵母双杂交技术和生物信息学(bioinfonnatics)技术，筛选得到的人HCV核心蛋白结合蛋白6(HCBP6)的基因。构建HCBP6基因的真核表达载体pcDNA3．1(-)-HCBP6，应用抑制性消减杂交技术对重组表达质粒pcDNA3．1(-)-HCBP6转染的HepG2细胞和空载体转染的相同细胞差异表达的mRNA进行研究，将富集的二次PCR产物与T／A载体连接，并转化大肠杆菌进行文库扩增，随机挑取克隆聚合酶链反应(PCR)扩增后进行测序及同源性分析。结果：消减文库扩增后得到30个阳性克隆，菌落PCR分析显示，其中24个克隆含有200—1000bp插入片段。对插入片段测序，并通过生物信息学分析，结果共获得11种蛋白编码基因。结论：应用SSH技术成功筛选了HCBP6对肝癌细胞的反式调节基因，本实验结果对初步探索新基因的功能提供重要的信息，为进一步阐明HCV核心蛋白与HCBP6相互作用后的肝细胞生物大分子变化提供了理论依据。     

乙型肝炎病毒前S1蛋白反式调节基因2的克隆、表达及功能

目的 应用原核表达系统表达HBV前S1蛋白反式调节基因2(PS1TP2),酵母双杂交技术筛选白细胞文库中与之结合的蛋白质,了解该基因产物在肝癌细胞系中的亚细胞定位.方法 应用生物信息学初步探讨PS1TP2结构及功能.PCR扩增PS1TP2基因,构建pET32a(+)-PS1TP2表达载体,在大肠埃希菌Rosettap中进行诱导表达.构建pGBKT7-PS1TP2重组载体,应用酵母双杂交技术,在营养缺陷型培养基上筛选白细胞cDNA文库中与之结合的蛋白质.构建pEGFP-C1-PS1TP2表达质粒,转染肝癌细胞株HepG2,利用荧光显微镜和共聚焦显微镜观察PS1TP2的亚细胞分布.结果 PS1TP2基因位于6q24.1,疏水指数较高.PS1TP2能在原核系统中表达,表达产物相对分子质量约4.1×104.酵母双杂交技术筛选出白细胞cDNA文库中与之结合的蛋白质26个.PS1TP2亚细胞定位于细胞质中.结论 在原核表达系统中成功表达了PS1TP2,为抗体的制备奠定了基础.PS1TP2可与白细胞表达的某些蛋白质相互作用,在肝癌细胞系中定位于细胞质,为进一步探究HBV感染的发病机制提供了新线索.     

应用噬菌体展示技术筛选原发性肝癌血清结合蛋白

目的:通过筛选原发性肝癌血清蛋白结合蛋白,探究肝癌的分子发病机制.方法:应用噬菌体展示技术,以肝癌患者的血清作为固相筛选分子,对T7 Select噬菌体人肝细胞cDNA文库进行5轮"吸附-洗脱-扩增"的筛选过程,经噬斑的聚合酶链式反应(PCR)扩增后,对阳性PCR产物直接进行序列测定和同源性分析.结果:噬菌体经富集后,随机挑取48个噬斑进行PCR扩增,得到5种大小不同的PCR片断,序列测定后经序列同源性分析,结果发现与肝癌患者血清蛋白结合的蛋白有以下5种:人核仁螺旋体磷酸化蛋白NOLC1,人高度迁移基核小体结合域1(HMGN1),人依赖ATP的DNA连接酶1(LIG1),人小EDRK-丰富因子2(SERF2)和A-kinase anchor protein 9 isoform.结论:用噬菌体人肝cDNA文库筛选得到了肝癌血清蛋白结合蛋白,为进一步阐明肝癌的发生及发病机制奠定了基础.     

应用抑制性消减杂交技术筛选乙型肝炎病毒DNA聚合酶末端蛋白的反式激活基因

目的 应用抑制性消减杂交(SSH)技术构建乙型肝炎病毒(HBV)DNA聚合酶末端蛋白(TP)反式激活基因的差异表达的cDNA消减文库，克隆TP反式激活相关基因。方法 以TP表达质粒pcDNA3．1(-)-TP转染HepG2细胞，以空载休peDNA3，1(-)为对照；制备转染后的细胞裂解液，提取mRNA并逆转录为cDNA，经Rsal酶切后，将实验组cDNA分成两组，分别与两种不同的接头衔接，再与对照组cDNA进行两次消减杂交及两次抑制性PCR，将产物与T／A载体连接，构建cDNA消减文库，并转染大肠杆菌进行文库扩增，随机挑选克隆PCR扩增后进行测序及同源性分析。结果 文库扩增后得到35个阳性克隆，经菌落聚合酶链反应(PCR)分析，得到34个200-1000bp插入片段。对所得片段测序，并进行同源性分析，显示14种己知基因编码蛋白和1种未加功能基因序列，可能是TP反式激活靶基因。结论 成功构建乙型肝炎病毒TP反式激活基因差异发达的cDNA消减文库，为今后进一步分析、研究病毒蛋白的致病机制奠定基础。     

丙型肝炎病毒E2蛋白结合蛋白E2-BP3剪切体的基因克隆及生物信息学分析

HCV感染致肝细胞损伤的机制，很大程度上与病毒蛋白和肝细胞蛋白间的相互作用有关。因此，研究HCV各抗原成分与肝细胞内蛋白的相互作用及其机制能在一定程度上解释HCV的致病机制，为寻找有效防治HCV的方法提供新线索。HCV基因组含有1个长的开放阅读框架（ORF），编码一个约3010个氨基酸残基组成的多蛋白，它被细胞和病毒蛋白酶切至少产生10个病毒产物：核心蛋白（core）、E1、E2、p7、NS2、NS3、NS4A、NS4B、NS5A和NS5B蛋白等。HCV包膜蛋白E2的生物学特性与HCV感染的慢性化和抗病毒免疫关系极为密切。张健等采用酵母双杂交系统，在酵母细胞融合蛋白表达型人肝cDNA文库中进行筛选，得到76个与E2特异性结合的阳性克隆，包括人类肝细胞癌相关抗原、硒结合蛋白、核苷传送系统、果糖磷酸激酶等26种已知的功能蛋白基因和14个未知的功能基因，包括E2-BP3基因，为揭示E2潜在的生物学功能提供依据。为进一步探讨未知的功能新基因E2-BP3的生物学功能及其作用，我们对该基因或其剪接体进行分子克隆，期望对其生物学功能进行预测分析，为今后更广泛深入地研究新基因的生物学功能打下基础，并为研究HCV E2的调节作用、丙型肝炎发病机制创造条件。