SiC2S分子结构和光谱的理论研究

在CCSD（T）/6-311G（2df)//B3LYP/6-311G(d)水平上对SiC2S的各种可能异构体进行了研究。得到了其几何构型,精确能量和红外光谱。结果表明：SiC2S有8个稳定的异构体,能量最低的是直线型,电子态为^1∑的SiCCP1,其次是C2v对称性的S-cSiCC5,第三稳定的是直线型^1∑电子态异构体SSiCC2,第四稳定的是具有CC桥键C2v对称性的长菱形结构的.     

人类A3腺苷受体拮抗剂1,2,4-三唑并[1,5-α]喹喔啉衍生物的QSAR研究

采用遗传算法构建了27种人类腺苷受体拮抗剂1,2,4-三唑并[1,5-α]喹喔啉衍生物与受体之间的亲和性的QSAR模型. 为得到理想模型, 计算了拓扑学、热力学、空间、电子拓扑状态和量子化学描述符. 结合这些参数得到最终模型: pK_i＝13.407－0.027*F_C－8^E－0.033*F_C－8^N＋0.845*Atype_C_28－19.493*Shadow_XYfrac.计算得到的统计学指标为: LOF＝0.291, r²＝0.766, r_adj²＝0.723, F-test＝17.974, PRESS＝3.469, CV-r²＝0.791. 通过对模型进行分析, 得到如下结论: 降低C-8位亲电、亲核原子的前线电子密度的权重和分子在XY平面的投影分数, 增加疏水性原子类型描述符Atpye_C_28的值, 都对增加化合物分子与受体的亲和性有利. 利用此模型合理的设计了两个新的化合物, 并预测具有较高的结合活性. 该研究为喹喔啉衍生物作为人类A₃腺苷受体拮抗剂的结构改造提供理论指导, 并为进一步研究受体与配体亲和性机理奠定理论基础.     

乙烯基自由基(C2H·3)与羟基自由基(OH·)反应势能面的理论研究

在QCISD（T）/6-311G（2df,p)//B3LYP/6-311G（d,p)水平上对自由基反应C2H3^. OH^.进行了计算，结果表明，经过缔合、多步H转移、CH3转移和离解等复杂过程，最终要得到8种产物（P1-P8），茯中产物P2（H2CCO H2）和P6（CH3CO^. H^.）是主要产物。本文得到的CH2CHOH（1或1‘），CH3CHO（2）和CH3COH（3）之间的过渡态TS1/2，TS1‘/3和TS2/3的能量顺序与Wesdemiotis等的实验推测相反，而与Smith等的计算结果一致。     

B4C2,B2C4簇的从头算研究

用量子化学从头计算方法研究了Ｂ４Ｃ２，Ｂ２Ｃ４簇各种可能的几何构型，计算了相应的振动光谱。Ｂ４Ｃ２的稳定构型除直线，平面构型外还有三维模型，而Ｂ２Ｃ４的稳定构型均为直线、平面构型，因此，Ｂ４Ｃ２与Ｂ６接近，Ｂ２Ｃ４与Ｃ６接近。Ｂ－Ｃ和Ｃ－Ｃ多重键及强共轭效应是Ｂ４Ｃ２和Ｂ２Ｃ４簇稳定的重要因素。     

反应Si+HCl→SiCl+H的直接动力学研究

利用从头算直接动力学方法，研究反应Si HCl→SiCl H的动力学性能，在QCISD／6－311＋G（d,p)和CCSD（T）／aug-cc-pvtz(单点）水平上，得到体系的势能面信息，进而利用变分过渡态理论计算了反应的速率常数及其与温度的关系。计算结果与实验符合得很好。     

细胞松弛素B对葡萄糖/质子共转运蛋白GlcPSe的抑制机理

通过分子动力学对细胞松弛素B与葡萄糖/质子共转运蛋白的两种质子化状态进行了模拟, 发现细胞松弛素B对处于去质子化阶段的葡萄糖转运蛋白具有更好的抑制效果. 结果表明, 357号色氨酸和117号脯氨酸是葡萄糖转运蛋白结合细胞松弛素B的关键氨基酸; 并且当抑制剂与受体蛋白结合时, 位于第10号跨膜螺旋上的357号色氨酸与细胞松弛素B的相对位置对抑制剂的结合有重要意义.     

光诱导分步分态的苯型脱芳构化反应的理论研究

采用密度泛函理论(DFT)和含时密度泛函理论(TD-DFT)研究了一类重要的含有杂原子的光催化苯型脱芳反应. 研究结果表明, 该脱芳反应是一个分步分态的[4+2]环加成反应, 即前一步脱芳发生在三重态, 后一步脱芳发生在单重态基态. 其中, 苯乙酮基团可被看作为光的接收装置, 吸光后使得体系从单重态经内转换和系间窜越无能垒到达三重态, 并在三重态完成质子转移生成具有反应活性的双烯, 进而引发后续的脱芳反应. 更重要的是, 通过构建势能面发现该反应具有高度的立体选择性, 与实验结果完全相符.     

预测[Si, C, S]＋和[Si, C, S]－体系的稳定异构体

采用DFT, QCISD及CCSD(T)方法分别对二重态的[Si, C, S]＋和[Si, C, S]－体系势能面进行理论计算, 用QCISD/6-311＋G(d)方法, 在[Si, C, S]＋和[Si, C, S]－体系中, 我们分别得到了2个过渡态连接的3个稳定体和2个过渡态连接的4个稳定体, 经热力学及动力学分析发现, [Si, C, S]＋体系只有二重态线性的离子[Si—C—S]＋可能稳定存在, 而[Si, C, S]－体系有二重态线性的离子[Si—C—S]－和三元环c-[SiCS]－可能稳定存在.     

预测[Si，C，S]^＋和[Si，C，S]^-体系的稳定异构体

采用DFT,QCISD及CCSD(T)方法分别对二重态的[Si,C,S] 和[Si,C,S]-体系势能面进行理论计算,用QCISD/6-311 G(d)方法,在[Si,C,S] 和[Si,C,S]-体系中,我们分别得到了2个过渡态连接的3个稳定体和2个过渡态连接的4个稳定体,经热力学及动力学分析发现,[Si,C,S] 上体系只有二重态线性的离子[Si-C-S] 可能稳定存在,而[Si,C,S]-体系有二重态线性的离子[Si-C-S]-和三元环c-[SiCS]-可能稳定存在.     

精氨酸酶Ⅰ与丁基苯酞的相互作用

利用代谢物组学推测出精氨酸酶Ⅰ作为丁基苯酞的作用靶点的可能性, 然后用分子对接和分子动力学模拟研究了单一手性的左旋(L)和右旋(D)丁基苯酞与精氨酸酶Ⅰ的相互作用, 结果发现, L-丁基苯酞与精氨酸酶Ⅰ形成的复合物比较稳定. 随后的酶学实验也证实, L-丁基苯酞对精氨酸酶Ⅰ有明显的激活作用, 而D-丁基苯酞对其活性无明显影响.