乙烯酮自由基(HCCO·)与氧气(O2)反应势能面的理论研究

在G2(B3LYP／MP2／CC)水平上对反应HCCO O2进行了计算,得到了反应势能面,提出了3种可能的反应机理：(1)四元环反应机理得到产物P1(HCO CO2);(2)三元环反应机理得到产物P2(CO HCO2);(3)O-O键断裂反应机理得到产物P3(O OCC(O)H)和P4(O CO HCO)．由反应势能面推测产物P1(HCO CO2)为主要产物,产物P2(CO HCO2),P3(O OCC(O)H)P4(O CO HCO)为次要产物．     

恢复蛋白Recoverin正则模式分析的理论研究

采用旋转平移块方法对Ca2+/豆蔻酰基开关进行了正则模式分析(NMA). 研究结果表明, 恢复蛋白(Recoverin)的T态的N-末端与C-末端易于发生刚体逆向旋转, 一旦结合Ca2+, 很容易发生构象变化, 形成具有双向构象转变特征的I态. I态是一个中间结构, 既可以发生构象回转到T态, 又可以继续相对旋转到R态, 使豆蔻酰基完全暴露, 从而行使其信号传导生物功能. 从低频振动模式分析可以看出, 恢复蛋白具有构象转变这一本质属性.     

嵌段共聚物组成对薄膜形貌影响的多体耗散粒子动力学研究

利用多体耗散粒子动力学(Multibody Dissipative Particle Dynamics, Multibody DPD)方法研究了在溶剂蒸发条件下, 嵌段共聚物在表面自组装形成薄膜的过程, 分别考虑了两嵌段共聚物和三嵌段共聚物及不同组成对薄膜形貌的影响. 模拟得到了无序状薄膜和层状薄膜, 并计算了这些薄膜的序参量和薄膜厚度随时间的演化. 结果表明, 嵌段共聚物的组成对薄膜厚度几乎没有影响, 当某种组分的链段很短时, 只能形成序参量较小的无序薄膜, 相反, 则可以得到序参量较大的层状薄膜.     

自由基HO2与C2H2反应势能面的理论研究

应用量子化学从头计算和密度泛函理论(DFT)对HO2+C2H2反应体系的反应机理进行了研究.在B3LYP/6-311G**和CCSD(T)/6-311G**水平上计算了HO2+ C2H2反应的二重态反应势能面.计算结果表明,主要反应方式为自由基HO2的H原子和C2H2分子中的C原子结合,经过一系列异构化,最后分解得到主要产物P1 (CH2O+ HCO).此反应是放热反应,化学反应热为-321.99 kJ·mol-1.次要产物为P2 (CO2 +CH3),也是放热反应.     

分子动力学模拟极端嗜热核糖结合蛋白的热力学稳定性

采用分子动力学模拟方法研究极端嗜热性核糖结合蛋白(tteRBP)的嗜热机理.在常温(300 K)和最佳活性温度(375 K)时,分别对tteRBP分子进行动力学模拟,结果表明,整体分子均保持结构稳定,但分子内部的协调运动不同.在375 K时蛋白整体柔性显著提高,使分子能够局部调整构象以适应极端高温.蛋白结构变化的分析也确认了高温时构象局部微调对蛋白极端高温稳定性的关键作用.     

H2CO和NO2反应机理的密度泛函理论计算研究

用密度泛函理论方法在UB3LYP/ 6-311++G(d,p)并包含零点能水平上计算得到了H2CO和NO2反应的势能面.在势能面上找到了由H2CO和NO2反应生成HCO和trans-HONO的两条反应通道.直接H迁移反应通道的势垒只有90.54 kJ*mol-1,是主要的反应通道,其TST速率是7.9 cm3*mol-1*s-1,与文献值相符;另一条通道是H2CO异构化为trans-HCOH,然后C位H迁移,最后生成的HOC分子异构化为HCO,这条通道反应势垒高达348.03 kJ*mol-1,是一条次要反应通道.     

Si2P2分子结构和光谱的理论研究

用密度泛函方法「Ｂ３ＬＹＰ／６－３１１Ｇ（ｄ）」研究了ＳｉＰ２分子的各种可能异构体的结构、能量和红外光谱。结果表明：Ｓｉ２Ｐ２分子有５个稳定的异构体,能量最低的异构体为具有Ｐ－Ｐ桥键湖蝶形结构,其次为具有Ｓｉ－Ｓｉ桥键的菱形结构,而具有Ｓｉ－Ｓｉ中心键的直线结构能量高,并进一步将Ｓｉ２Ｐ２和Ｃ２Ｎ２分子结构和能量上的差异进行了比较和分析。     

鳞状上皮细胞癌抗原2与组蛋白G的柔性对接研究

蛋白质与蛋白质间的相互作用在生物体内具有极其重要的意义 .确定蛋白质间的相互作用的机制对生物调节和药物设计都是关键的步骤 .近年来 ,随着计算机和软件技术的发展 ,使建立蛋白质 -蛋白质复合物模型成为可能 ,为研究蛋白质间的相互作用提供了直观和比较准确的参考 .目前的蛋白质 -蛋白质对接软件将对接的两个蛋白质看成刚性 ,并不考虑蛋白质对接时的柔性 ,即没有考虑由于界面氨基酸间的相互作用而导致的界面结构的变化 .本文在直接的蛋白质 -蛋白质刚性对接的基础上 ,应用动力学模拟的方法 ,对刚性对接的结构进行蛋白质界面的构象搜索 ,…     

HAsS2异构体结构与稳定性

在MP2/6-311++G(d,p)和QCISD(t)/6-311++G(3df,2p)(单点)水平下计算得到9个异构体和10个过渡态的HAsS₂体系势能面.异构体cis-HSAsS(E1)的能量最低,其次是trans-HSAsS(E2)、具有AsSS三元环的立体HAs(S)S(C_{s,E3)和HAs(S)S(C2v,E4)结构的异构体,能量分别比cis-HSAsS高1.46,60.78和93.63kJ/mol.根据体系的势能面,异构体E1,E2,E3和E4具有一定的动力学稳定性.AsH和S2第一步反应产物将会异构化为具有较高动力学稳定性的异构体E3,而SH和AsS第一步反应产物将会异构化为E1.计算结果与HNO2,HNS2,HPO2,HPS2和HAsO2等价电子相同的分子的势能面进行了比较.}     

Curing theory of A_f-A_g type free radical polymerization (I)──Distribution function and its invariant property

ＴｈｅｔｈｅｏｒｙｏｆｎｏｎｌｉｎｅａｒｐｏｌｙｍｅｒｉｚａｔｉｏｎｗａｓｉｎｉｔｉａｔｅｄｂｙＦｌｏｒｙ[1]ａｎｄＳｔｏｃｋｍａｙｅｒ[2].Ｆｏｒｓｉｍｐｌｉｆｙｉｎｇｔｈｅｅｖａｌｕａｔｉｏｎｏｆａｖｅｒａｇｅｐｏｌｙｍｅｒｑｕａｎｔｉｔｉｅｓ,ｍａｎｙｏｔｈｅｒｓｔａｔｉｓｔｉｃａｌｍｅｔｈｏｄｓｓｕｃｈａｓｔｈｅｐｒｏｂａｂｉｌｉｔｙｏｆｇｅｎｅｒａｔｉｎｇｆｕｎｃｔｉｏｎｍｅｔｈｏｄ[3],ｔｈｅｌａｗｏｆｔｏｔａｌｐｒｏｂａｂｉｌｉｔｙｍｅｔｈｏｄ[4,5]ａｎｄｔｈｅｏｔｈｅｒｍｅｔｈｏｄｓ[6…