磺胺基羟肟酸类HDAC抑制剂三维定量构效关系

组蛋白去乙酰化酶(HDAC)对染色质分布和基因调节起着重要的作用,也是治疗癌症和其它疾病的新靶点.羟肟酸类抑制剂是目前研究最多的组蛋白去乙酰化酶抑制剂.应用比较分子力场(CoMFA)法对一系列磺胺基羟肟酸类HDAC抑制剂进行了结构活性关系研究,得到的模型具有较高的交叉验证系数(q²=0.704).并在此基础上,建立了非交叉验证的偏最小二乘分析(PLS)模型.用该模型对随机选择的6个化合物组成的测试集进行了预测,得到了令人满意的结果,所建模型具有良好的预测能力.本研究对于设计高活性的HDAC抑制剂及抗癌药物都有指导意义.     

利用ASP实现基于Internet中药化学数据库的检索

ＡＳＰ（Ａｃｔｉｖｅ Ｓｅｒｖｅｒ Ｐａｇｅ）是Ｍｉｃｒｏｓｏｆｔ推出的一种服务器端命令执行环境,是Ｍｉｃｒｏｓｏｆｔ Ｉｎｔｅｒｎｅｔ Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ Ｓｅｒｖｅｒ下最先进的Ｗｅｂ服务技术,本文用ＡＳＰ技术在Ｉｎｔｅｒｎｅｔ上实现了中药化学数据库的检索,不仅更容易地完成了传统方法很难达到的功能,而且页面结构简单清晚易于维护。     

柔性原子受性模型（FLARM）

柔性原子受体模型(Flexible Atom Receptor Model, FLARM)方法使用了改进 的遗传算法(IGA),比传统的受体模型方法具有更快的计算速度;FLARM受体模型中 的原子空间坐标在遗传演化过程中是可变的,避免了不合适的起始位点对模型的影 响;另外,FLARM用增加空原子权重的方法,可以生成不完全封闭的、允许有大段 空区域的受体模型,这样的模型能更好地模拟实际受体的结构,并且容易和药效团 模型找到对应关系。我们用FLARM方法分别计算了甾类化合物体系的CBG蛋白亲和性 和1,1,3-三氧-2H,4H-噻吩并[3,4-e] [1,2,4]噻二嗪衍生物(TTD)体系的抗HIV-1活 性,计算结果表明FLARM生成的虚拟受体模型对配体分子的活性具有较高的预测能 力,在此虚拟受体模型的基础上还可以进一步分析虚拟受体分子与配体分子的相互 作用机制,对真实受体分子结构的活性位点进行初步预测。     

中药活性成分对血栓素A2受体抑制作用的分子模拟

中药中黄酮类化合物和白藜芦醇等活性成分对血栓素A2受体具有抑制作用,但具体机理不详.本研究通过同源模建方法,以墨鱼视紫红质蛋白为模板,构建血栓素A2受体的蛋白质结构模型.并使用分子对接方法研究中药活性成分白藜芦醇和芹菜苷元与血栓素A2受体模型的作用方式,据此建立药效团模型,筛选其他潜在的血栓素A2受体抑制剂.结果表明:白藜芦醇等中药活性成分能与血栓素A2受体活性口袋中的残基发生氢键作用,结合方式与血栓素相似.血栓素与Ser201、Leu198、Arg295和Thr298发生氢键作用,白藜芦醇等活性成分与Ser201、Leu198和Arg295发生氢键作用.建立的药效团模型由7个药效元素以及排斥性空间元素组成,经测试对高活性的血栓素A2受体抑制剂有比较好的选择性.使用该药效团模型对中药天然产物数据库进行筛选,命中了一批可能具有血栓素A2受体抑制作用的活性化合物.其中一些已经报道有抑制血小板凝聚活性.本研究表明血栓素A2受体可能是活血化瘀类中药的一个潜在的靶点.     

原始文献中化学动力学数据的报道——CODATA“化学动力学数据”任务组报告

前言题为“化学动力学实验数据的报道”的一套建议,现提交给 CODATA 供考虑、批准和出版用。提出这些建议的目的是:保证准确的速率测量结果能保存下来,而不致由于撰写报告不当而遗漏。为此,文中介绍了何种类型的数据、何种辅助性资料应予     

钾离子通道开放剂的药效团模型分析

In this paper, a set of ATP sensitive K+ channel openers (KCO), whose structure are different, were investigated with the aim to develope our previously defined KCO's pharmacophore model. To validate the effectiveness of the pharmacophore model, A comparative molecule field analysis (CoMFA) was proceeded, aligning the molecules according to the requirernent of the model, and good results were obtained. This pharmacophore model may be a start point to design new KCO compounds.     

海洋天然产物数据库的设计与建立

对海洋天然产物信息进行了分析，设计并建立了海洋天然产物数据库（Marine Natural Prod-ucts Database,MNPD），该数据库包含海洋天然产物的分子结构及其生物来源、生物活性、生物种类、物理化学参数和参考文献等信息，目前约有11,000条记录。     

由原子净电荷及分子结构信息关联脂水分配系数

脂水分配系数是反映化合物疏水性质的一种参数,它的定义是一个化合物在脂(如常用的正辛醇)水两相中平衡浓度之比P,常取对数后用logP来表示。化合物的疏水性质对于生物系统非常重要,在生命起源、生物进化及生存过程中起着关键作用,它是定量结构与活性(QSAR)研究方法中的最重要参数之一。因此,建立可靠的logP估算方法的研究工作受到了特別注意。目前最常用的估算方法是碎片加     

用于结构信息数值化的电负性拓扑指数方法

本文提出了一种用于结构信息数值化的电负性拓朴指数（ETI）方法．此法是用基团电负性（ETIO）来表达原子及其相邻键的结构信息，这一表达较E－state模型中的本征状态项Ii更为合理．基干ETIO建立的ETI方法可用来在原子水平上直接表达分子的结构信息．应用实例表明，用ETI指数表达结构信息，进而用多元回归及人工神经网络相结合建立结构一活性关系模型适用于某些体系．1结构信息数值化方法中的“直接法”结构信息数值化是应用各种数学及人工智能方法建立QSAR模型的必要前提．其方法大体上可分为两类．一类是通过结构的物化参数来实…     

比较分子场分析研究哒嗪酮的体系的三维构效关系

用比较分子场分析（CoMFA）法对两个体系的化合物进行了研究，得到了预报能力较强的模型. 初步的研究表明，作为一种三维定量构效（3D-QSAR）方法，它能够揭示分子三维结构对活性的贡献，有较广阔的应用前景．