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目的分析1株从菌血症患者血液中分离到的O139群霍乱弧菌产毒株的耐药性及基因组特征。方法使用肉汤稀释法和全自动药敏分析仪测定菌株的抗生素敏感性, 使用二代基因测序和纳米孔测序获得菌株的完整基因组序列, 使用BLAST在线比对与CARD、Resfinder、ISfinder、VFDB等数据库进行比对分析, 明确菌株携带的耐药基因、插入序列和毒力基因等, 使用MEGA 5.1软件构建基于核心基因组单核苷酸多态性的遗传系统发生树。结果霍乱弧菌SH400为O139群产霍乱毒素的菌株, 携带了多个毒力相关基因和4个毒力岛。该菌株对链霉素、四环素、磺胺甲恶唑/甲氧苄啶耐药并携带了相应的耐药基因。该菌株携带了大小为172 914 bp并且含有10种耐药基因的IncA/C型质粒。结合基因组进化关系发现, 菌株间携带耐药基因和耐药质粒的情况呈现出一定聚集性。菌株SH400的传统ST型为ST69, cgMLST型为与cgST-252高度相似的新型别。结论该株O139群霍乱弧菌携带ctxAB毒力基因、多种耐药基因和IncA/C型质粒, 且存在多重耐药岛。 相似文献
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目的分析霍乱弧菌O1血清群El Tor产毒株基因组的重组特征。方法在美国国立生物技术信息中心数据库中,选取分离时间从1937—2015年的292株霍乱弧菌O1血清群El Tor菌株完成图序列或草图序列,以菌株N16961的基因组序列为参照,使用snippy软件获得菌株的全基因组比对信息,利用ClonalFrameML软件对数据进行重组分析,比较大小染色体间重组数目及重组区域总长度的差异,以及不同分离地区菌株的基因组重组片段数目和总长度的差异。使用KOBAS分析工具对重组热点基因进行基因本体富集分析。结果292株霍乱弧菌菌株中,发生基因重组163株(55.8%);其中,归一化处理的小染色体重组片段数目M(P25,P75)为4.7×10^-(69.3×10^-7,2.0×10^-5),大于大染色体[2.4×10^-(63.4×10^-7,5.7×10^-6)](P<0.001);小染色体重组区域占小染色体长度的比例M(P25,P75)7.1%×10^-(53.7%×10^-6,4.8%×10^-4),大于大染色体[2.2%×10^-(52.4%×10^-6,8.4%×10^-5)](P<0.001)。分离自非洲、亚洲、欧洲、北美洲和南美洲的菌株重组片段数目M(P25,P75)分别为23(1.0,33.0)、1.0(0.0,34.0)、6.0(2.0,13.0)、0.0(0.0,1.0)和29.5(6.8,56.8)(P<0.001);分离自各大洲的菌株重组区域总长度M(P25,P75)分别为233.0(4.0,461.0)、11.0(0.0,695.5)、56.0(4.0,111.0)、0.0(0.0,9.0)和347.5(132.8,1323.5)bp(P<0.001)。富集分析结果显示,62个重组热点编码基因的功能主要集中在趋化、趋性、对外界刺激的反应、受体活性和分子转导活性。结论霍乱弧菌El Tor大小染色体的重组片段数目及区域长度存在差别,不同大洲菌株重组片段数目及重组区域总长度不同。 相似文献
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目的通过有限稀释艾滋病病毒(HIV)感染者外周血单个核细胞(PBMCs)与正常供体PBMCs共培养,分离培养HIV-1生物性克隆毒株。方法选择6位新疆HIV-1CRF07_BC感染者,分离病人PBMCs,以不同浓度的病人PBMCs细胞数梯度(推荐浓度分别为5×103、2×104、4×104/孔)与健康供体的1×105PBMCs共培养,每个浓度设置32个复孔,每周检测HIV p24抗原。当某一浓度的复孔中p24阳性率低于33%时,可认为在这些阳性孔中的病毒是起源于同一个感染细胞。同时进行env区V1-V5基因扩增、测序和分析。结果经过有限稀释法共培养后,样本XJZK007在1×104细胞/孔的浓度下,各复孔HIV-1p24阳性率为31.3%;样本CBJB539在4×104细胞/孔的浓度下,得到9.4%分离阳性率;样本CBJB540在2×104细胞/孔的浓度下,得到25%分离阳性率;样本CBJB541在2×104细胞/孔的浓度下,得到12.5%分离阳性率;样本CBJB543在1×104细胞/孔的浓度下,得到21.9%分离阳性率;样本CBJB544在2×104细胞/孔的浓度下,得到25%分离阳性率。同一样本分离的不同生物克隆表现出不同的生物表型。对样本XJZK007分离得到的12株生物克隆的序列分析显示,各序列相互之间存在氨基酸的变异、插入及缺失,从而验证了生物性克隆方法的正确性与可行性。结论有限稀释病人PBMCs共培养方法,以常规分离方法十分之一的细胞数即可分离得到个体内多样性的病毒,即生物克隆病毒。 相似文献
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目的 利用重组酶聚合酶扩增技术与测流层析相结合方法建立霍乱弧菌中SXT元件的快速检测方法。方法 基于SXT元件的保守区设计重组酶聚合酶扩增方法的引物及探针,评价该方法的特异度及灵敏度。结果 该方法可检测核酸浓度最低为20拷贝/μl,与实时荧光定量PCR方法的检测下限相近,且特异性较好。结论 该检测方法操作简单,特异性良好,敏感度高且无需大型精密实验设备,适合现场使用。 相似文献
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目的探讨河流流经海口市前后河水中细菌菌群结构、抗生素耐药基因组和病原菌毒力基因组的变化, 及其传播扩散模式。方法从流经海口市前的南渡江上游至南渡江入海口划分前、中、后段3个研究区域, 每个区域选择3个采样点, 每个采样点平行采集6份样本并混合为1份, 每份3 L。通过宏基因组测序和16S rRNA基因全长测序获得相关生物信息数据, 分析前、中、后3段水体中微生物群落结构以及耐药基因、毒力因子和可移动遗传元件信息。运用主坐标分析、普氏分析和曼特尔检测等方法分析样本间菌群分布差异以及传播模式相关性。结果随着河水流经海口市, 微生物的α多样性呈现逐渐降低趋势。其中变形菌门在前、中、后段的细菌群落中均占据主导地位, 中、后段变形菌门相对丰度高于前段。抗生素耐药基因、毒力因子及可移动遗传元件的多样性和丰度在前段均处于较低水平, 流经海口市后, 均明显升高。同时, 可移动遗传元件介导的水平传播在抗生素耐药基因和毒力因子扩散中发挥较大作用。结论城市化对河流中的微生物及其携带的耐药基因、毒力因子和可移动遗传元件产生显著影响。在海口市南渡江, 河流流经城市受纳了人群排出的抗生素耐药菌和病原相关细菌, 同... 相似文献
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