应用R软件pcnetmeta程序包实现网状Meta分析

R软件pcnetmeta程序包是一款基于贝叶斯理论实现网状Meta分析的程序包,其融合了JAGS软件的优势计算功能与R软件特有的数据整合和强大的图形绘制等功能。pcnetmeta程序包通过调用JAGS软件来实现运算,提供了3种不同模型供操作者选取,每种模型均给出3种不同的效应量(RR、OR及RD)结果;同时可以绘制多种图形,极大程度上满足了使用者处理复杂网状Meta分析的客观需求。本文以实例方式展现该程序包的完整操作流程。     

R软件调用OpenBUGS软件实现网状Meta分析

R软件当前可通过R2OpenBUGS程序包、BRugs程序包和rbugs程序包来调用OpenBUGS程序包实现网状Meta分析。本文分别对这3种程序包实现网状Meta分析的过程进行演示。从结果来看,3种程序包的计算结果相近,但rbugs程序包无绘图功能,仅R2OpenBUGS程序包能绘制森林图。     

R软件调用JAGS软件实现网状Meta分析

JAGS(Just Another Gibbs Sampler)是为弥补BUGS软件无法在Unix或Linux等非Windows系统上运行的缺陷而研发的编程软件,其自身独立拥有一套贝叶斯理论运算函数及公式,具有操作界面简单、与系统兼容好、运行流畅、且与其他编程软件具有良好交互性等特点。然而,由于JAGS软件在结果数据读取、解读以及图形绘制方面存在功能性缺失,限制了其推广应用;通过R2jags、rjags及runjags程序包从R中调用JAGS软件则克服了这些缺陷。R2jags、rjags及runjags这3款程序包的工作原理均是在R语言的框架下通过调用JAGS软件来完成相关迭代运算,它们的功能结构基本相似,都具有操作简单、命令简洁、数据读取和结果汇总以及图形绘制功能较完善的特点,但在实践运用中仍存在差异。本文介绍了如何使用R软件通过R2jags、rjags及runjags程序包调用JAGS软件来实现网状Meta分析。     

应用R语言netmeta程序包实现网状Meta分析

netmeta程序包是基于经典频率学派研发、在R语言框架下运行的专用于网状Meta分析的程序包。该程序包克服了基于贝叶斯统计学派研发的软件及程序包实现网状Meta分析时对先验设定的难点,同时具备操作流程简单、操作难度小等优点。此外,该程序包还能同时以随机效应与固定效应模型展现单个配对研究及Meta分析合并的结果,并能绘制森林图。本文通过实例展示了应用netmeta程序包实现网状Meta分析的过程。     

R软件Metafor程序包在Meta分析中的应用

R软件是一款免费使用且功能强大的统计软件,常用的Meta分析程序包有Metafor、Meta、Rrneta等.Metafor程序包可以方便地进行Meta分析,包括二分类及连续性变量的Meta分析、Meta回归、累积Meta分析及对发表偏倚的Begg's检验和Egger's检验等,以及绘制森林图、漏斗图、星状图、拉贝图、Q-Q正态分位图等图形.此外,Metafor程序包是R软件Meta分析程序包中唯一可以进行混合效应模型(包括单个、多个分类或连续性变量)拟合运算的,还可以检验模型系数并获得可信区间.本文结合实例对应用Metafor程序包进行Meta分析的具体操作方法进行详细介绍.     

应用Stata软件mvmeta程序包实现网状Meta分析

Stata软件是一款集编程与非编程于一体的统计软件,其操作简单、使用效率高且具有良好的扩展性,在Meta分析制作方面功能强大。Stata软件mvmeta程序包是一款基于多元回归模型实现网状Meta分析的程序包,且能够实现"多结局-多变量"数据的同时处理。当前该程序包实现网状Meta分析的操作过程较为繁琐,排序功能较差,且缺少绘图功能。本文通过实例展示介绍了如何使用该程序包实现网状Meta分析。     

R软件R2WinBUGS程序包在网状Meta分析中的应用

R软件是一个自由、免费及开放的统计软件,并具有强大的绘图功能,但其处理网状Meta分析数据的代码命令较为复杂,因此易错且不易掌握.WinBUGS软件是基于贝叶斯理论而开发的一款统计软件,具有强大的数据处理功能,在处理网状Meta分析数据时,代码编写易懂且操作方便,但对结果的绘图功能欠佳.为充分发挥R软件与WinBUGS软件各自的优势,开发者在R软件的基础上研发了R2WinBUGS程序包,构建了R软件与WinBUGS软件之间的“桥梁”,使网状Meta分析的过程和结果处理方便快捷又美观.本文以实例操作的方式展示使用R软件R2WinBUGS程序包进行网状Meta分析的过程.     

应用R软件dosresmeta程序包和mvmeta程序包实现剂量-反应关系Meta分析

剂量-反应关系Meta分析在探讨潜在风险因素暴露水平与对应疾病发生风险方面具有重要作用,且应用日益广泛。随着各种函数模型的不断优化,剂量-反应关系函数模型的建立逐渐成熟,已由单纯的线性关系发展成集线性及非线性关系于一体的函数模型,由单纯的一次回归函数发展为多次回归函数。基于R软件实现这一分析的软件程序也逐渐研发出来,本文介绍了如何使用R软件mvmeta及dosresmeta进行剂量-反应关系Meta分析。     

应用R软件crossnma程序包实现跨研究设计与跨数据格式的网状Meta分析

网状Meta分析（NMA）是一种通过综合多个临床研究数据且比较多种干预措施的疗效和安全性的统计技术,可为证据网络中所有干预方案提供优劣排序结果,并为临床决策提供直接证据支撑。当前,NMA通常基于同一类型数据集的汇总,而对于实现跨研究设计与跨数据格式的数据集合并仍存在方法学与软件操作上难点。R软件crossnma程序包基于贝叶斯框架与马尔可夫链蒙特卡罗算法,将三级分层模型扩展到标准NMA数据模型中以实现不同数据类型的差异化合并。crossnma程序包通过引入模型变量充分考虑不同类型数据间合并所带来的偏倚风险对结果的影响。此外,该程序包还提供结果输出和简易图形绘制等功能,这为实现跨研究设计与跨数据格式证据的NMA提供可能。本研究将通过4个个体参与者数据集与2个聚合数据集的实例对crossnma程序包模型方法和软件操作进行实例演示和讲解。     

诊断性试验的Meta分析--SROC曲线法介绍

目的：本对国外多个诊断性试验Meta分析－SROC曲线的数理统计推导做了一个简要介绍，结合我国临床医生的实际情况，重点介绍SROC曲线分析的理论和实践步骤，即如何将多个独立的诊断性试验合并成SROC曲线的具体实践方法，以供诊断性试验研究参考。     

Improving Diagnostic Accuracy Using an Evidence-Based Nursing Model

PURPOSE: To propose an evidence-based model (EBM) to improve diagnostic accuracy in nursing. DATA SOURCES: Published literature, experience, and expertise of authors. DATA SYNTHESIS: Using an EBM directs clinicians on how to use the best available evidence from the literature to determine the best fit between cues and diagnoses, integrate this evidence with clinician expertise and patient preferences, and conduct a self-evaluation of the process. CONCLUSIONS: Use of an EBM to teach nurses how to ask relevant diagnostic questions and provide a framework for nurse educators to teach evidenced-based practice may lead to developing more competent diagnosticians and improving diagnostic accuracy in nursing.     

GRADE在诊断准确性试验系统评价中应用的原理、方法、挑战及发展趋势

诊断性试验的系统评价按基于原始研究的类型可分为两类：一类是基于诊断性随机对照试验的系统评价,其GRADE分级与干预性系统评价的方法类似;另外一类是基于诊断准确性试验的系统评价,其GRADE分级原理和方法是本文论述的重点。本文主要从理论分析的角度阐述了GRADE在诊断准确性试验系统评价中应用的原理、方法以及挑战。     

R软件gemtc程序包在网状Meta分析中的应用

R软件相关程序包对于网状Meta分析的理论原理大多是基于贝叶斯统计模型,也有少部分使用广义线性模型。R软件gemtc程序包通过调用对应的rjags程序包、BRugs程序包或R2WinBUGS程序包（软件依次为JAGS、OpenBUGS及WinBUGS）来执行网状Meta分析。同时,还可以为GeMTC软件生成相关的数据存储文件。其本质是调用基于MCMC法的软件进行网状Meta分析。本文简要介绍R软件gemtc程序包调用OpenBUGS软件进行网状Meta分析。     

Diagnostic Value of Transthoracic Echocardiography for Patent Foramen Ovale: A Meta-analysis

As a non-invasive and convenient modality, transthoracic echocardiography (TTE) has been widely recommended for the diagnosis of patent foramen ovale (PFO). In this study our aim was to systematically review the diagnostic accuracy of TTE in detection of PFO. We conducted comprehensive searches in PubMed, Embase and the Cochrane Library to the end of September 1, 2012. Sixteen studies comprising 1831 patients were included in the meta-analysis. The quality of reported studies was modest. The summary sensitivity and specificity of TTE in diagnosis of PFO were 88% (95% confidence interval [CI], 79–94) and 97% (95% CI, 92–99), respectively. The positive likelihood ratio was 27.1 (95% CI, 11.2–65.1), and the negative likelihood ratio was 0.12 (95% CI, 0.07–0.22). The summary diagnostic odds ratio was 221 (95% CI, 95–518). Subgroup analyses suggested that age and initial disease may affect the accuracy of TTE in detection of PFO. The meta-analysis suggested that TTE is a test with high sensitivity and specificity in detection of PFO, but it may not be appropriate for screening for PFO in all patients, especially patients with a small right-left shunt.     

Wilson评分预测困难气道准确性的Meta分析

目的系统评价Wilson评分预测困难气道的准确性。方法计算机检索PubMed、EMbase、CNKI、WanFangData和VIP数据库,纳入Wilson评分预测困难气道准确性的文献,检索时间截至2013年1月。由两位研究者独立进行文献筛选、资料提取,并采用QUADAS条目评价纳入研究的方法学质量后,使用Meta—Disc1．4软件通过随机效应模型计算合并敏感度、特异度、阳性似然比、阴性似然比、诊断比值比及其95％CI,绘制综合受试者工作特征曲线（SROC）,以综合探讨Wilson评分预测困难气道的总体诊断准确性。结果共纳入9个研究,包括6506例研究对象。Meta分析结果显示：Wilson评分预测困难气道的合并敏感度为O．57[95％CI（O．53,0．62）],特异度为0．89[95％CI（O．88,0．90）,阳性似然比为6．11[95％CI（4．63,8．07）】,阴性似然比为0．52[95％CI（0．41,0．66）],诊断比值比为12．76[95％CI（8．60,18．93）],SROC曲线下面积为0．84。结论Wilson评分对于困难气道具有一定的预测价值,但应用中还需要参考其他临床指标。     

结核分枝杆菌耐乙胺丁醇诊断试验的系统评价

目的系统评价各种检测结核分枝杆菌耐乙胺丁醇诊断试验方法的准确性。方法计算机检索PubMed、EMbase等数据库,并手工检索相关期刊,全面收集结核分枝杆菌耐乙胺丁醇诊断试验的研究,依据QUADAS评价纳入诊断试验的质量,并对结果进行Meta分析。结果最终纳入9个研究。Meta分析结果显示：硝酸盐还原法与比例法相比,以及BACTEC MGIT 960与BACTEC 460 TB相比,其敏感度、特异度、阳性似然比、阴性似然比及SROC曲线下面积分别为92%、99%、30.50、0.13、0.9752和93%、92%、6.27、0.11、0.9;MB/BacT,噬菌体生物扩增法亦显示了较好的检验效能。结论硝酸盐还原试验可代替比例法作为结核分枝杆菌耐乙胺丁醇的筛查试验;BACTEC MGIT 960可代替BACTEC 460检测系统作为结核分枝杆菌耐乙胺丁醇的确诊试验。