上海市闵行区未经抗病毒治疗的HIV-1感染者耐药突变研究

目的研究上海市闵行区未经HIV抗病毒治疗的HIV-1感染者/获得性免疫缺陷综合征(AIDS)患者的原发耐药水平和闵行区现今HIV病毒的流行现状。方法收集2016年-2018年上海市闵行区首次确认为HIV-1阳性的HIV感染者血浆,采用反转录/巢式PCR扩增pol基因,并进行序列测定和亚型分析。结果闵行区HIV-1感染者感染途径为异性性行为(29/27.9),同性性行为(70/67.3),注射毒品及输血(5/4.8),基因亚型共6种:CRF01_AE、CRF07_BC、CRF B、CRF D、CRF C、CRF08_BC,主要的基因亚型为CRF01_AE(57例,54.8%)和CRF07_BC(31例,29.8%); 104例中有10例(9.6%)分别产生了对非核苷类反转录酶抑制剂(NNRTIs)以及蛋白酶类抑制剂(PIs)的耐药突变,其中9例具有潜在低度耐药。结论闵行区未出现主要的耐药基因突变,传播耐药处于低度流行水平,应加强对HIV-1耐药情况的监测;闵行区艾滋病的防治重点为外来流动人员以及男男性行为人群。     

2018年临沂市MSM人群新感染 HIV-1病毒基因亚型分析

目的了解临沂市MSM人群新感染HIV-1病毒基因的流行亚型。方法收集2018年1～4月临沂市新感染的经男男性行为传播的未经治疗的HIV-1阳性血浆样本,应用巢式-聚合酶链反应(Nested-PCR)扩增病毒基因的pol区片段,进行基因测序和亚型分析。结果收集到符合条件的样本31例,成功扩增出29例感染者病毒的有效序列,共检出4种基因亚型:CRF07_BC、CRF01_AE、C、CRF55_01B,优势毒株为CRF01_AE(62.07%)和CRF07_BC(20.69%)亚型。结论本时段内临沂市新确证的MSM感染者毒株以CRF01_AE亚型为主,监测临沂市MSM人群HIV-1感染者毒株亚型分子流行病学特征,对临沂市艾滋病防治非常必要。     

浙江省台州地区新确诊HIV感染者耐药突变研究

目的 了解浙江省台州地区新确诊艾滋病病毒(human immunodeficiency virus,HIV)感染者HIV原发性耐药情况.方法 对浙江省台州地区2012-2013年新确诊的所有≥18岁的HIV感染者进行pol基因扩增并测序.运用美国阿拉莫斯国家实验室HIV核酸序列库,判定HIV基因亚型.根据WHO耐药突变位点列表(2009年)并参照美国斯坦福大学HIV耐药数据库,确定HIV耐药突变位点及其对各种抗逆转录病毒药物的敏感性.结果 共有507名HIV感染者纳入研究,成功扩增416例(82.1％)患者血浆HIV的pol基因,共发现7种HIV基因亚型,分别是CRF01_AE、CRF07_BC、CRF08_BC、B、CRF01 _AE/B、CRF01_BC和CRF06_cpx,以CRF01_AE为最具优势的亚型,占49.8％;其次是CRF07_BC,占32.0％.13例感染者具有WHO推荐的耐药突变位点,耐药率为3.1％.结论 浙江省台州地区的HIV原发性耐药率处于低水平状态,然而,潜在耐药突变率较高,随着扩大抗病毒治疗的进一步推动,有必要加强HIV耐药监测.     

湖州市不同感染人群HIV-1流行毒株亚型分析

目的了解湖州市HIV-1型流行毒株的基因型分布情况,为艾滋病防治工作提供科学依据。方法采集204份HIV-1型抗体阳性的全血标本,从样本中提取病毒RNA,采用巢式PCR方法扩增病毒gag基因,对PCR产物进行核苷酸序列测定。应用Clustal W软件对测序结果和HIV分型参考株序列进行多序列比对和分析;使用MEGA 4.0软件进行系统进化分析。结果 204份标本有138份样品扩增出HIV-1的gag基因片段,共存在4种HIV-1亚型和重组型。其中CRF07_BC重组亚型74株(53.62%)、CRF01_AE重组亚型40株(28.99%)、B亚型12株(8.69%)、CRF08_BC重组亚型12株(8.69%)。异性、同性性传播以CRF07_BC和CRF01_AE为主;注射吸毒传播以CRF07_BC为主。结论湖州市不同感染人群中主要存在4种基因亚型,CRF07_BC已成为湖州市不同感染人群中HIV主要流行亚型,重组型毒株占优势,应加强对HIV-1流行毒株亚型变异的监测,及时调整防控策略。     

浙江省2015年HIV分子亚型特征及其传播关系研究

目的 了解浙江省现阶段HIV毒株亚型流行分布特征和分子网络传播关系。方法 采用分层随机抽样方法抽取浙江省2015年4-6月新发现HIV感染者302例进行横断面调查,运用RT-PCR和巢式PCR扩增pol基因成功获得276份序列,结合流行病学调查数据开展测序及系统进化树分析。结果 276例HIV感染者毒株亚型构成：CRF07_BC 122例（44.2%）,CRF01_AE 103例（37.3%）,CRF08_BC 17例（6.1%）,B亚型9例（3.2%）,CRF55_01B 6例（2.2%）,C亚型5例（1.8%）,CRF59_01B 1例（0.4%）,CRF67_01B 1例（0.4%）,A1亚型1例（0.4%）,URFs 11例（4.0%）。CRF07_BC、CRF01_AE毒株亚型在进化树上已形成明显的分簇现象,传播簇主要集中分布在MSM人群（76.5%）。MSM人群的成簇比例高于其他人群,且不同传播途径感染人群存在传播联系。结论 2015年浙江省HIV主要流行毒株以CRF07_BC、CRF01_AE为主,亚型构成有复杂化趋势,应加强对HIV毒株亚型和流行簇的监控和预警,开展分类管理,针对高风险人群和传播链开展有效防控。     

云南省人类免疫缺陷病毒-1亚型分析

目的 研究云南省人类免疫缺陷病毒-1(HIV-1)亚型的地理及人群分布.方法 采集云南省2001-2006年1319名HIV-1感染者血液标本,分离血清后提取病毒RNA,用巢式PCR方法对gag基因片段进行扩增.扩增产物经基因序列测定,测序结果用进化树分析方法进行亚型分析.结果 成功获得了644名HIV感染者的基因序列,发现云南存在7种HIV-1亚型的流行,包括CRF08_BC、CRF07_BC、CRF07/08_BC,CRF01_AE、C、B'及URFB/C.C/CRF07_BC/CRF08_BC在各地均存在,而CRF01_AE主要存在于与缅甸接壤的德宏、保山、西双版纳和普洱.此外,还发现在感染C/CRF07_BC/CRF08_BC的人群中,61.6%(270/438)为注射吸毒感染,而感染CRF01_AE的人群中,注射吸毒传播仅占8.5%(15/177).结论 云南省存在7种HIV-1亚型流行,亚型分布与传播途径相关,并存在地域分布上的差异.     

深圳市2010年感染HIV的男男性接触者原发耐药基因突变监测

目的了解深圳市2010年男男性接触者(MSM)HIV-1耐药传播情况,监测2010年该地区MSM人群HIV毒株的流行情况。方法收集深圳市2010年专题调查的14例HIV-1抗体阳性的MSM血浆,提取病毒RNA,采用RT-PCR方法扩增pol区的基因片断,并对扩增片断进行序列测定和分析。结果 CRF01_AE亚型占45.39%(64/141),CRF07_BC亚型占39.71%(56/141),B亚型占14.89%(21/141)。3份出现NRTI耐药突变,突变的类型分别为:L210W,T215S,T215I;1份出现NNRTI耐药突变,突变的类型为:K103N,Y181C,P225H;无样本出现PI耐药突变,总体耐药突变率为2.8%。结论深圳地区MSM人群中耐药传播目前仍处于低度水平。感染株主要为CRF01_AE、CRF07_BC和B3种亚型,CRF01_AE仍是深圳市MSM人群中HIV主要流行亚型,CRF07_BC重组亚型在深圳市MSM人群中增长迅速。     

东莞市HIV-1流行株pol基因序列特征和亚型分析

目的 了解东莞市人类免疫缺陷病毒Ⅰ型（human immunodeficiency virus type 1,HIV-1）感染者的流行病学特征及亚型的分布情况。方法 选取50例样本,收集流行病学资料,采用RT-PCR法扩增pol基因序列并测序,应用BioEdit、Genotyping和MEGA等生物学软件对pol基因进行序列分析。结果 收集的50例样本最终成功扩增得到32份样本的pol基因序列,其中CRF01_AE亚型12例;CRF_07BC亚型11例;B亚型7例;CRF55_01B亚型2例。各亚型基因离散率分别为CRF01_AE是（0.075±0.039）、CRF07_BC是（0.030±0.009）、B亚型是（0.073±0.022）,各亚型之间的基因离散率差异有统计学意义（F=41.055,P<0.001）,CRF01_AE亚型和B亚型内毒株间的基因离散率均大于与CRF07_BC亚型（P值均小于0.001）。结论 CRF01_AE和CRF_07BC亚型在东莞市HIV-1流行株中占优势,CRF07_BC亚型在各亚型之间的基因离散率最小。     

绍兴市HIV-1未治疗人群潜在耐药性研究

目的了解浙江省绍兴市新确诊HIV-1感染者传播性耐药情况。方法分析2013年-2014年绍兴地区新确认未经抗病毒治疗的130例HIV-1感染者样本,采用逆转录PCR和巢氏PCR方法扩增HIV-1的pol基因区全长,构建系统进化树分析基因亚型,参照美国斯坦福大学HIV耐药数据库,确定HIV耐药突变位点及其对各种抗逆转录病毒药物的敏感性。结果共90例样品获得合格的pol区序列结果,发现CRF01_AE、CRF07_BC、CRF08_BC、B和重组亚型CRF01_AE/CRF07_BC 5种亚型。34例样品出现耐药突变,占37.78%;7例样品同时存在2个耐药突变,均为次要耐药位点,其中CRF01_AE亚型4例,CRF07_BC、CRF08_BC和B亚型各1例;27例样品出现1个耐药突变,其中主要耐药位点突变11例(12.22%),次要耐药位点突变23例(25.56%)。NNRTIs的耐药突变位点包括V179D/E、K103N;蛋白酶区的次要耐药突变位点有A71V、L10I、L31I、I47M;整合酶区的次要耐药突变位点包括L74I/M、L68V、E157Q、A128T。结论绍兴市HIV原发耐药突变率相对较高,HIV病毒有较高的潜在耐药性,应加强监测。     

2013年江西省HIV-1耐药警戒线调查

目的了解2013年江西省HIV-1耐药株的传播水平。方法采用WHO的二项顺序抽样法,随机抽取2013年江西省16岁~25岁符合耐药警戒线调查标准的HIV-1感染者血浆样本,提取病毒RNA,采用RT-PCR和巢式PCR扩增HIV pol区基因片段进行原发耐药基因变异分析。结果 47个研究对象的HIV亚型有CRF07_BC、CRF01_AE和B'亚型,分别占51.06%(24/47)、42.55%(20/47)和6.38%(3/47),其中CRF07_BC和CRF01_AE为主要亚型;不同传播途径的感染者中,HIV亚型分布差异无统计学意义。47份样本中仅有1份来自异性性接触感染者的样本存在RT区耐药突变位点(M184V)。结论 2013年江西省HIV-1耐药株的传播水平为低度(5%),个体在抗病毒治疗前尚不需要进行耐药检测。但是随着抗病毒治疗规模的逐步扩大,有必要继续加强HIV耐药株传播的监测工作。     

龙岩市HIV-1流行株基因亚型流行状况

目的了解龙岩市HIV-1流行株的亚型分布和传播特点,为HIV疫情防控和AIDS临床诊疗提供依据。方法收集龙岩市2016年1月至2017年6月新发感染HIV患者122例个案信息及血样样本,用描述流行病学方法分析个案信息,并对其血样用巢式PCR法分别对pol区和env区基因片段进行扩增,利用HIV BLAST亚型分析工具对序列进行初步分型。结果122例的亚型样本115例HIV/AIDS中,男88例、女27例,性别比3.3∶1;年龄40~59岁占41.7%(48/115);感染途径主要是性传播;122份样本分别获得合格pol基因序列99份,6种亚型;env基因序列99份,4种亚型,以CRF07_BC和CRF01_AE亚型为主,且以CRF07_BC亚型(55.7%)为优势。结论龙岩市HIV感染者中存在多种重组亚型,AIDS防治工作面临新的挑战,应加大HIV-1基因亚型和重组体的检测和分析力度,及早发现HIV-1流行的基因背景情况,有针对性地采取相应干预措施,以降低HIV的传播率。     

2000-2012年中国HIV基因亚型时空分布的系统综述

目的了解2000年以来我国艾滋病病毒(human immunodeficiency virus,HIV)基因亚型的时间和空间分布特征。方法计算机检索中国知网期刊全文数据库和PubMed数据库,按纳入和排除标准选取文献,提取资料,描述分析HIV亚型在不同时间、不同地区和不同传播途径感染人群中的分布。结果纳入78篇文献,涵盖我国20个省、直辖市和特区。研究结果显示:我国目前存在A、B、B’、C、D、E、G、K、CRF01_AE、CRF07_BC、CRF08_BC、CRF02_AG、CRF03_AB、CRF12_BF、CRF14_BG、CRF02_AG/CRF01_AE、CRF08_BC/B、CRF07_BC/CRF01_AE、G/CRF12_BF、A/CRF10_CD、CRF01_AE/B’、U/CRF01_AE、B/C、U/G等多种亚型,其中CRF01_AE、CRF07_BC、CRF08_BC、B’、B为主要流行亚型;HIV的基因亚型与传播途径相关,近年来,我国流行的重组毒株增多且出现多种独特重组型。结论过去10年,随着HIV流行形势的变化,我国HIV基因亚型分布特征发生变化并日趋多样化...     

2013年江西省部分小于25岁HIV感染者亚型及原发耐药状况分析

目的了解2013年江西省部分年龄25岁的HIV感染者的亚型和原发耐药情况。方法随机抽取34份年龄25岁HIV感染者的血浆样本,提取病毒RNA,采用RT-PCR和巢式PCR扩增HIV pol区和gag区基因片段,利用pol区基因序列测定结果分析HIV感染者原发耐药情况,同时利用gag区基因序列测定结果分析HIV感染者的亚型分布状况。结果 34位25岁的HIV感染者的HIV亚型以CRF07_BC和CRF01_AE为主,分别占52.94%(18/34)和47.06%(16/34),且34份样本中未发现主要的监测性耐药突变。结论与2002年吸毒人群的HIV亚型流行状况相比,2013年江西省部分25岁HIV感染者的亚型分布发生了显著变化,为进一步掌握江西省HIV-1亚型流行状况,应对近年来发现的HIV感染者进行分子流行病学调查。耐药株在25岁的HIV感染者中的传播水平较低。     

2016—2019年深圳市龙岗区16～25岁HIV感染者病毒亚型及耐药特征分析

目的 了解深圳市龙岗区抗病毒治疗前HIV - 1感染者基因亚型和耐药株流行现况。方法 HIV/AIDS流行病学数据来源于全国艾滋病综合防治数据信息管理系统。采用描述性研究方法,对HIV感染者的流行特征进行统计分析,率和构成比的比较采用χ2检验或Fisher精确检验。收集2016—2019年新报告的16～25岁的HIV感染者血清样品,扩增HIV pol区全部蛋白酶基因和部分逆转录酶基因区域,测序后进行HIV - 1基因分型和耐药突变位点分析。结果 173份血清样品成功获得pol序列片段,男性占93.64%(162/173),单身占95.95%(166/173),外省户籍者占65.32%(112/173),同性性传播占67.63%(117/173)。HIV - 1亚型以CRF07_BC(43.35%)和CRF01_AE(32.95%)为主,其次为CRF55_01B(13.87%)、B(5.78%)和其他亚型(4.05%)。不同年份HIV - 1亚型分布差异有统计学意义(H = 9.456,P = 0.042)。总传播耐药率为5.78%（10/173）,非核苷类反转录酶抑制剂（NNRTIs）耐药率为4.62%(8/173),核苷类反转录酶抑制剂(NRTIs)为2.31%(4/173)。同性性传播的耐药率为7.69%(9/117),异性性传播为1.79%(1/56)。突变发生率为21.97%(38/173),未检测出PIs突变,主要耐药突变位点中5个针对NNRTIs和4个针对NRTIs。次要突变V179D/E高达17.34%(30/173),主要发生在CRF55_01B亚型,不同HIV - 1亚型检测出V179D/E突变差异有统计学意义(χ2 = 91.733,P＜0.001)。5例病例对一线治疗药物NNRTIs耐药,1例对NNRTIs和NRTIs双重耐药。结论 2016—2019年深圳市龙岗区HIV - 1亚型分布表现为以CRF07_BC和CRF01_AE为主,多个亚型共存的特点。HIV - 1感染者原发耐药率已达到中度水平,MSM人群中NNRTIs类药物的耐药需引起重视。应加强年轻的MSM人群的耐药监测。     

2018年珠海市HIV-1基因型及耐药分析

目的 了解2018年广东省珠海市新确诊且未接受抗病毒治疗的HIV-1抗体阳性病例不同感染途径病毒亚型分布和耐药情况。 方法 收集研究对象血浆标本207份,提取病毒RNA,采用巢氏RT-PCR扩增HIV -1多聚酶pol区,测序定型和耐药分析。 结果 在男男性行为者中流行基因型为CRF07_BC(43.3%)、CRF01_AE(36.1%)和CRF55_01B(13.4%);在异性性感染人群优势基因型为CRF01_AE(52.5%)、CRF07_BC(31.1%)和CRF08_BC(6.6%);在3例注射吸毒感染人群检出CRF01_AE;有1例血源性感染病例检测基因型为H亚型;在MSM和异性性感染人群产生低度耐药,低度耐药率分别为4.1%和4.9%;在注射吸毒和血源性传播感染人群未检出耐药病例。 结论 在经性传播途径感染HIV-1多种基因型共同流行,以CRF01_AE和CRF07_BC基因型为主;在四类人群未检出低度以上耐药病例,总体传播性耐药呈低度流行。     

广西壮族自治区2020年新报告≥50岁男性HIV感染者的HIV-1基因亚型分布及其与首次CD4+T淋巴细胞的关联

  目的  分析2020年广西壮族自治区(简称广西)新报告50岁及以上男性(简称中老年男性)HIV感染者的HIV-1基因亚型构成特点及不同基因亚型与首次CD4+T淋巴细胞(简称CD4)计数的关联。  方法  以市为抽样单位,采用分层随机抽样法选取广西2020年新报告中老年男性HIV感染者为研究对象,对其血浆进行病毒RNA提取、逆转录扩增、测序、HIV-1基因亚型和亚簇判定,使用多因素模型评价CD4计数可能存在统计学关联的影响因素。  结果  共纳入分析606例HIV感染者,主要流行毒株有CRF01_AE、CRF07_BC及CRF08_BC三种,其构成比分别为57.6%(349/606)、17.2%(104/606)及22.1%(134/606),其首次CD4中位数分别为145(51, 271) 个/μL、212(110, 330) 个/μL及178(100, 307)个/μL。CRF01_AE感染者首次CD4值低于CRF07_BC感染者(Z=-3.363, P=0.002),也低于CRF08_BC感染者(Z=-2.983, P=0.009)。二元logistic回归分析模型分析显示,CRF01_AE为广西中老年人群CD4≤200个/μL的独立危险因素(aOR=1.453, 95% CI: 1.047~2.017)。  结论  CRF01_AE、CRF07_BC和CRF08_BC为广西2020年新报告中老年男性HIV感染者主要毒株,其构成以CRF01_AE为主,CRF01_AE为CD4≤200个/μL的独立危险因素,提示感染CRF01_AE毒株中老年男性的疾病进展较快,对广西艾滋病流行危害较大。     

大连地区HIV-1 CRF01_AE亚型株基因特征分析

目的了解大连地区HIV-1 CRF 01_AE亚型株的基因特征及其可能传播链。方法对2008—2012年新确认144份全血标本进行血浆分离和HIV RNA提取,巢式PCR扩增Env基因并进行序列测定,并对CRF 01_AE亚型毒株序列进行生物信息学分析。结果得到的HIV感染者有效基因序列中,CRF 01_AE亚型占62.14%(64/103),所有病例均为性接触途径传播。系统进化树分析大连CRF 01_AE存在2个簇,分别以男男同性传播和异性传播毒株为主,其中男男同性性接触人群(MSM)簇组内平均基因离散率小于异性性接触者(Hetero)簇;与其他地区的CRF 01_AE亚型株构建的系统进化树显示2簇内均无其他国家序列,MSM簇与辽宁(除大连地区,下同)、北京和吉林MSM人群的CRF 01_AE亚型株位于同一分支,Hetero簇毒株则与辽宁、北京的MSM流行株及东南沿海地区异性传播CRF 01_AE亚型株遗传距离相近。结论大连市HIV-1 CRF 01_AE株主要通过性接触传播,男男同性传播毒株占主导优势,毒株传入大连时间晚于异性性接触者簇流行株;MSM存在2个以上传播链,与北方部分地区MSM人群中CRF 01_AE亚型株存在多次传播。     

浙江省男男性接触HIV-1感染者病毒基因特征分析

目的分析浙江省2004—2011年117名男男性接触者（MSM）HIV-1感染病毒的序列特征,了解HIV-1毒株类型和特征。方法从实验室留样的MSM HIV感染者血液中提取DNA或RNA,用巢式PCR或RT-PCR方法扩增gag、pol基因区片段,测定序列并分析。结果 117名MSM HIV感染者中,序列结果按户籍来源覆盖21个省（市、自治区）,感染毒株包括CRF01_AE 99名（84.62%）、B亚型7名（5.98%）、CRF07_BC 6名（5.13%）、CRF08_BC和CRF59_01B各1名（0.85%）。3名（2.56%）疑似01_B重组毒株与安徽感染者在系统进化树上聚集成可靠的次级进化簇（99%）,且具有类似重组断点模式。84个CRF01_AE毒株的pol区基因序列聚集成簇,形成多个可靠的次级进化簇（30个节点的bootstrap值高于70%）。结论浙江省MSM HIV感染者主要流行CRF01_AE毒株,该人群HIV感染率高,应加强监测。CRF59_01B和新的01B重组毒株在浙江首次检出。     

江苏淮安市异性性传播人群HIV-1感染的分子流行病学研究

目的探究江苏省淮安市166例经异性传播感染的HIV/AIDS患者基因亚型种类分布。方法采用PCR方法扩增血样的eva基因与gag基因片段,在1.5%琼脂糖中进行凝胶电泳,扩增产物,测定基因序列。使用基因序列进化树进行进一步比对。采用χ~2检验探讨组间构成差异。结果 166份样本经检测,最终确定基因亚型103份,包括CRF07_BC、CRF01_AE、B'(泰国B)、CRF08_BC、CRF55_01B、B(欧美B)6种亚型和重组型,其中CRF01_AE是本地流行的优势毒株。不同性传播方式人群间HIV亚型分布差异无统计学意义(χ~2=12.41,P=0.191)。重组亚型CRF55_01B为在经非婚非商业临时性伴性传播的人群中首次发现。在20~29岁年龄组中,CRF01_AE所占比例最高(73.33%)。在男性样本中发现了2例CRF55_01B亚型,江苏省此前未见报道过该亚型的感染。结论 HIV基因亚型在不同地区、不同传播方式、年龄以及性别方面分布有差异。应根据HIV-1感染者流行趋势的变化,适时调整相应的防控策略。