锦绣龙虾全长转录组测序分析

为了获得锦绣龙虾(Panulirus ornatus)丰富的转录组信息和功能基因,采用PacBio平台的Single Molecule Real-Time测序技术,对锦绣龙虾鳃、肝胰脏、肌肉、胃、肠、脑和心脏混合组织进行全长转录组测序,首次获得锦绣龙虾的全长转录本文库.通过测序拼接和去冗余后共获得13297条Unige...     

基于转录组数据的银鲴微卫星位点筛选

采用Illumina高通量测序技术对银鲴(Xenocypris argentea)肝脏组织进行转录组测序分析,筛选微卫星标记并进行多态性检验。共获得7 272个微卫星位点。随机选取48个4碱基以上重复类型的SSR位点进行引物设计和PCR验证,有47对可以扩增出清晰稳定的条带。在上述47个位点中随机选择26对在洞庭湖银鲴群体中进行多态性分析,结果表明,具有多态性的微卫星引物为21对。不同多态位点得到的等位基因数范围为3~15,平均基因数为7.29±3.94,观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、多态信息含量(PIC)以及香浓-威尔指数(H)平均值分别为0.532 7±0.211 4、0.613 6±0.196 4、0.564 6±0.198 0和1.302 0±0.577 9。21个微卫星位点中,有6个显著偏离哈代-温伯格平衡(Hardy-Weinberg equilibrium,HWE)。     

黄尾鲴溃疡综合征的病原菌分离鉴定及病理学观察

近年来,湖南株洲某苗种场的黄尾鲴亲鱼在繁殖期间暴发溃疡综合征,其典型症状为病鱼体表不同部位出现大面积溃疡.为探究该病的发病原因及防控方法,采用传统细菌分离和鉴定方法确定致病菌,使用KB纸片法筛选敏感药物,并通过组织切片法观察病理变化.试验结果显示,从患有典型溃疡综合征的濒死黄尾鲴亲鱼肝脏中分离到优势菌株HZ0416,人...     

转录组测序筛选克氏原螯虾卵巢发育、免疫和生长相关基因

为发掘克氏原螯虾卵巢发育、免疫和肌肉生长的重要功能基因,采用Illumina HiSeqTM 2 500高通量测序平台对克氏原螯虾的卵巢、肝胰腺和肌肉组织进行了转录组测序.所得序列经质控、组装后比对到NR、Swiss-Prot、pfam、COG、GO和KEGG数据库中注释,并进行差异基因聚类分析.结果 显示,测序共获得...     

基于微卫星标记的钱塘江上游黄尾鲴增殖放流效果及其潜在遗传风险评估

为评估钱塘江上游黄尾鲴的增殖放流效果和潜在遗传风险,本实验利用已开发的11对微卫星引物,基于亲子鉴定技术对钱塘江上游增殖放流黄尾鲴的资源贡献率进行估算,同时开展黄尾鲴养殖群体和野外群体的遗传多样性比较,评估其增殖放流的遗传风险。结果显示,33尾繁殖亲本群体和105尾回捕群体的平均等位基因数(N_a)为8.64,平均观测杂合度(H_o)为0.708,平均期望杂合度(H_e)为0.739,平均多态信息含量(PIC)为0.703,11对微卫星引物多样性较高。亲缘关系分析表明,11个座位累计非亲排除率(CEP)达到99.999 980%,在回捕的105尾黄尾鲴个体中,5尾回捕个体被确认为放流的子代,对野外群体的资源贡献率为4.76%。黄尾鲴养殖群体和野外群体均具有较高的遗传多样性,且群体内各个遗传参数相差较小,遗传多样性水平相近;分子方差分析(AMOVA)表明,遗传变异主要来自于群体内(95.92%),遗传分化系数F_ST为0.053 59,群体间的基因流(N_m)为4.42,属于低等程度的分化...     

基于RNA-seq技术鱼类转录组学研究的文献分析

近年来转录组测序技术即RNA-seq技术在鱼类研究中备受关注,为探究当前鱼类转录组领域研究热点,本文检索、处理分析了2010—2018年Web of Science核心合集数据库收录相关文献。结果发现:从2010—2018年共检索到有关鱼类转录组学研究论文687篇,论文发表数量快速上升;论文发表数量排名前三位的国家是中国、美国和德国,但中国发表的论文中心性偏低;鱼类转录组研究的主要内容是转录组注释、新转录本鉴定、转录后修饰(RNA剪接)、单核苷酸多态性鉴定和转录水平量化。这些文献分析结果可为今后鱼类转录组研究提供有益的参考。     

基于转录组测序的圆口铜鱼SSR标记初步筛选及特征分析

分析圆口铜鱼(Coreius guichenoti)的遗传多样性,可为其人工繁殖家系鉴别、分子标记辅助育种及长江上游珍稀特有鱼类的种质资源保护提供理论依据和技术支撑。以室内循环水养殖的圆口铜鱼为研究对象,提取其肝脏RNA,通过Illumina HiSeq? 2000 高通量测序平台进行转录组测序,利用MISA软件对测序获得的unigene进行微卫星（SSR）位点挖掘和特征分析,设计SSR位点引物并进行验证。结果显示,圆口铜鱼转录组测序共获得80 688条 unigene,通过查找获得34 155个SSR位点,分布在25 947条序列上,发生率为32.2%。圆口铜鱼SSR中主要重复单元类型为单碱基和二碱基,其中A/T和AC/GT为优势单碱基和二碱基重复单元,占总SSR数量的57.2%和19.7%。SSR重复数在5~60次,其中有40.3%的SSR序列集中在11~15次;SSR序列长度变化显著,单碱基至六碱基重复类型的总体长度在11~101 bp,其中12~35 bp序列长度占78.8%。随机选取50个SSR位点合成引物对9尾圆口铜鱼样本进行PCR 扩增验证,可稳定扩增出目的条带的有40对引物,其中16对具有多态性,证明了通过转录组测序开发圆口铜鱼SSR标记的可行性。     

基于转录组测序技术挖掘长吻鮠生长关键基因

为挖掘我国名优鱼类长吻鮠 (Leiocassis longirostris)生长相关基因,本研究运用Illumina高通量测序技术比较分析了快速生长组[平均体质量为(534.02±53.68) g]和缓慢生长组[平均体质量为(108.41±4.96) g]各9尾长吻鮠的脑组织基因表达谱。测序共获得267 404 674个高质量测序片段(clean reads),通过2种不同生长速率长吻鮠脑组织转录组比较筛选出518个差异表达基因,其中,412 个基因表达量上调,106个基因表达量下调。对12个差异表达基因进行实时荧光定量PCR验证的结果与转录组测序结果一致。GO功能分类显示,大量差异表达基因富集到生长(growth)、生长因子活性(growth factor activity)和激素介导的信号通路(hormone-mediated signaling pathway) GO条目中。KEGG富集分析显示,一些差异表达基因在MAPK信号通路(MAPK signaling pathway)、转化生长因子β信号通路(TGF-beta signaling pathway)、钙离子信号通路(calcium signaling pathway)和神经活性配体–受体相互作用(neuroactive ligand-receptor interaction)等途径中富集。根据GO功能注释和KEGG富集分析,筛选出gnrh、thr、egr1、fgf18、sst、gipr、cart和crf等基因是调控长吻鮠生长发育的关键候选基因。本研究结果为后续深入研究长吻鮠生长调控机制提供了重要的参考资料。     

基于转录组测序探究乌鳢皮肤白化的分子机制

为探究乌鳢白化的分子调控机理,采用Illumina HiSeq技术对白乌鳢和乌鳢皮肤组织进行高通量转录组测序。结果显示,白乌鳢皮肤组织与乌鳢皮肤组织中差异表达基因数为694个。GO信号通路分析发现,上述差异表达基因主要富集在细胞进程、代谢过程、细胞联接和转运活性等通路上。KEGG信号通路分析显示,差异基因显著富集在与皮肤白化相关的酪氨酸代谢通路上。转录组单核苷酸多态性(SNP)和插入缺失标记(INDEL)分析发现,相对于乌鳢,白乌鳢纯合型单核苷酸多态性和插入缺失标记位点数目多,而杂合型单核苷酸多态性和插入缺失标记位点数目少。基于转录组单核苷酸多态性和插入缺失标记的结果,筛选出酪氨酸代谢通路上的差异表达基因,黑尿酸酶基因和乙醇脱氢酶5基因存在单核苷酸多态性错义突变,而酪氨酸酶相关蛋白1基因未找到突变位点。试验结果表明,乌鳢皮肤白化除与酪氨酸代谢通路有关,还可能与黑色素沉积相关基因表达量下降导致皮肤中色素沉积减少有关。试验结果将丰富白乌鳢和乌鳢的基因资源,为进一步探究乌鳢白化的分子调控机制奠定基础。     

千岛湖细鳞鲴和黄尾鲴COI种群遗传结构比较的初步研究

利用线粒体COI基因序列,比较了千岛湖水库共栖的细鳞鲴(Xenocypris microlepis)和黄尾鲴(X.davidi)的遗传资源状况。结果显示,在532 bp的一致序列中,黄尾鲴碱基T、C、A、G平均含量分别为27.3%、18.0%、28.7%、26.0%;细鳞鲴分别为25.2%、19.6%、29.3%、25.9%。黄尾鲴种群的变异位点为5个,细鳞鲴种群变异位点为3个。多样性分析显示,黄尾鲴的遗传多样性高于细鳞鲴。在两个物种中各发现4个单倍型,黄尾鲴4个单倍型中,有3个是共享单倍型,而细鳞鲴中仅1个共享单倍型,黄尾鲴富文和临岐群体之间存在显著的分化(Fst=0.048 09),细鳞鲴汾口群体和富文(Fst=0.238 10)、临岐群体(Fst=0.260 72)之间存在显著的遗传分化。单倍型的NJ树将四个单倍型分为两个支,推测可能是由于二次迁入或者多样性丧失导致。     

转录组测序研究三角帆蚌珍珠颜色相关基因

为筛选影响三角帆蚌珍珠颜色的候选基因,采用转录组测序平台Illumina Hi Seq TM2500对蚌壳珍珠层颜色为紫色和白色的三角帆蚌中央膜组织进行高通量测序。所得序列经质控、组装后比对到NR、Swiss-Prot、COG、KOG、KEGG、GO和Pfam数据库中注释,并进行差异基因聚类分析。结果显示,获得干净数据共72 800 581 bp,拼接获得了89 529个Unigene,差异表达基因2644个,其中上调表达基因1323个,下调表达基因1321个。根据GO功能分类可分为分子功能、细胞组分、生物过程等3大类50分支;根据KEGG代谢通路分析可以分为187类。对差异表达基因分析发现,部分基因与色素合成(眼黄素、黑色素、喋啶色素)及金属离子转运相关,还有6个细胞色素P450,3个细胞色素b561和1个细胞色素b560。研究表明,这些基因可能在珍珠颜色形成中发挥作用。     

透明草金鱼的皮肤转录组分析

采用Illumina HiSeq技术对体长(45.00±5.42)mm的透明草金鱼和不透明草金鱼皮肤组织透明性状相关基因进行转录组测序.6个组织共产生309364078条过滤序列,组装后获得72083个unigene,平均长度为1321 bp.DESeq分析共筛选出181个差异表达基因(DEGs),其中上调基因66个、...     

花(鱼骨)形态学特性的初步研究

对花(鱼骨)的形态学特征进行了初步研究,并与唇(鱼骨)进行了比较。结果显示,在外观上花(鱼骨)与唇(鱼骨)的吻长、下唇、两侧叶、颐部中央的三角形及体色有所差别,其他无明显不同;在可数及可量形状等指标上,鳃耙数、体长/尾柄长、体长/尾柄高等有较大不同,其他指标大多数比较接近。     

低盐胁迫下金乌贼转录组学分析

为探讨低盐胁迫对金乌贼影响的分子机制,通过转录组测序技术,测定了正常盐度(30)培养和低盐胁迫(15)6 h的孵出30 d、体质量(1.3±0.3)g金乌贼幼体的转录组数据。测序共获得87326026条序列,经过质量剪切和从头拼接得到575171条转录本和513053条Unigenes。分别在NR、Swiss-Prot、KEGG、String和Pfam数据库对Unigenes进行功能注释,共获得62485条注释结果。Unigenes包含数目较多的KEGG通路有嘌呤、嘧啶和碳代谢,PI3K-AKT、cAMP和Rap1信号通路,内吞作用,RNA转运,局灶性黏附,赖氨酸降解和泛素介导的蛋白水解等。低盐胁迫产生1923条差异表达基因,GO功能富集分析显示,一些可能与低盐胁迫相关的生物学过程如α-氨基酸、羧酸、氧乙酸、有机酸和RNA等代谢过程得到了显著富集。GO可视化分析发现,低盐胁迫对金属离子、阴离子及核苷酸结合,α-氨基酸代谢和水解酶活性等过程影响显著。KEGG通路富集分析显示,低盐胁迫6 h后差异表达基因主要富集到雌激素和心肌细胞肾上腺素信号通路,类固醇生物合成,抗原加工与表达,脂肪和蛋白质消化与吸收,甘油脂质、花生四烯酸和酪氨酸代谢等信号通路上。本研究中获得的通路及基因信息可为今后开展金乌贼低盐胁迫生理机制的探讨、分子标记的挖掘和关键基因的克隆等提供技术支撑。     

斑点叉尾鮰养殖池塘底泥微生物群落结构特征及其影响因素

微生物群落在水产养殖环境中起着重要作用,深入了解微生物群落组成及其构建机制对了解池塘生态功能具有重要意义。本研究通过高通量测序技术研究斑点叉尾鮰（）养殖池塘底泥中细菌群落机构特征,并分析了细菌群落的主要影响因素。结果显示,斑点叉尾鮰养殖池塘底泥细菌群落结构呈现出季节性变化,冬春季样品相似性较高。斑点叉尾鮰养殖池塘底泥优势菌群主要为变形菌门（Proteobacteria）、绿弯菌门（Chloroflexi）、拟杆菌门（Bacteroidetes）、厚壁菌门（Firmicutes）和酸杆菌门（Acidobacteria）,与池塘水体细菌群落间有明显的差别。线性判别分析显示,冬、春和秋季的特异性优势菌群较为丰富,冬季和春季分布较为集中,分别集中于浮霉菌、拟杆菌门、绿弯菌门和厚壁菌门、拟杆菌门,秋季特异性优势菌群分布特别分散,而夏季优势细菌类群最少,只有绿弯菌门厌氧绳菌属1个属具有显著优势。环境因子中,透明度和总溶解性悬浮物与斑点叉尾鮰养殖池塘底泥细菌群落结构有显著相关（<0.05）,对细菌群落结构的影响也最大。本研究旨为斑点叉尾鮰池塘微生物群落的变化和调控提供借鉴。     

长牡蛎食物组成的高通量测序分析

为了更加细致地甄别滤食性贝类的食物组成,于2019年8月,以北方规模化典型养殖海湾——桑沟湾养殖的长牡蛎(Crassostrea gigas)为研究对象,运用Illumina高通量测序技术对长牡蛎的胃含物及所处养殖水体中的真核生物进行分析研究.结果显示,扩增18S rDNA V4区平均得到111,359个有效序列短片段...     

基于全长转录组测序的金乌贼微卫星位点筛选与特征分析

以金乌贼(Sepia esculenta)转录组测序获得的177,951条Unigene为对象,采用Micro Satellite (MISA)软件检测及分析其中的简单重复序列(Simple sequence repeat, SSR)的位点信息。结果显示,在金乌贼转录组中共检测出161,327个SSR位点,分布在64,933条Unigene中,SSR位点发生频率为36.49%,出现频率为90.66%。其中,最主要的重复类型为单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸,分别占SSR总数的46.00%、39.93%和9.48%。SSR包含的重复基元中,A/T是单核苷酸的优势重复基元,AT/AT和AC/GT是二核苷酸的优势重复基元类型。66,004个重复基元长度≥20 bp,占SSR总数的40.91%,且其中含有低级重复基元(二、三核苷酸重复)的SSR位点数量占优。以上结果表明,金乌贼转录组中SSR位点出现频率较高且类型丰富、多态性潜能较高,研究结果可为更好地开发金乌贼SSR分子标记、种质资源保护利用、遗传多样性评价和分子标记辅助育种等提供参考。