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SBP转录因子家族作为植物特异性的转录因子具有重要的生物学功能,广泛参与花和果实发育等诸多生命过程。利用普通烟草(Nicotiana tabacum)TN90基因组数据,通过隐马尔科夫模型检索,SMART和Pfam分析,鉴定了普通烟草SBP转录因子家族成员;通过多序列比对鉴定并分析了普通烟草SBP结构域的结构特征;通过邻接法、极大似然法进行了系统发育分析;分别利用GSDS和MEME对SBP转录因子家族成员的基因结构和蛋白保守结构域进行了分析;利用普通烟草TN90转录组数据分析了SBP转录因子家族成员在不同组织和时期的表达情况,并对鉴定出的SBP转录因子家族成员进行了GO注释分析。结果表明,普通烟草基因组编码32个SBP转录因子家族成员,氨基酸序列长度差异较大;系统发育分析表明,所有的SBP转录因子家族成员可分为8个亚家族。转录组数据显示,SBP基因家族成员在不同组织和时期中表达迥异,但在花器官中均有较高的表达量。GO注释结果表明,该家族成员作为转录因子,在植物的生长发育、逆境响应等过程中发挥作用。本研究为烟草及其他植物中SBP转录因子家族基因的鉴定和功能研究提供了基础。 相似文献
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葡萄WUSCHEL-related homeobox(WOX)家族基因鉴定与分析 总被引:2,自引:0,他引:2
本研究鉴定了10个葡萄WOX家族基因。系统发育树的结果显示,这些葡萄WOX家族成员与拟南芥中WOX家族成员可被分为现代分支、中间分支及祖先/基本分支三个大组。全部葡萄WOX家族成员都含有2个保守基序(motif),而每个分支的成员含有其特异的保守基序。不同葡萄WOX家族基因表达模式差异较大,部分葡萄WOX家族基因具有组织特异性。只有Vv WOX13在根中表达,推测其与根发育相关。研究发现,葡萄WOX家族在进化历史中主要遭受正向选择,而大量正向选择位点也被发现。本研究为将来葡萄组织发育研究提供基础。 相似文献
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《中国烟草科学》2017,(1)
DREB转录因子含有一个保守的AP2/ERF结构域,在植物抗逆过程中起关键作用。利用生物信息学分析手段,以拟南芥DREB家族成员序列为参照,在普通烟草(Nicotiana tabacum)基因组公共数据库中鉴定出了68个DREB转录因子。对烟草DREB转录因子家族进行了理化性质、系统进化、保守结构域和表达分析。结果表明,普通烟草基因组编码68个DREB转录因子家族成员,氨基酸数目差异较大;系统发育分析表明,拟南芥和烟草的DREB转录因子共125个成员形成6个进化分支,其中烟草比拟南芥缺少A6分支;结构域分析表明,同一分支内的DREB转录因子的保守结构域以及motif具有高度的一致性;组织表达分析表明,大多数DREB家族基因在烟草中表达量较低,在衰老、干旱和病害胁迫下基因表达量较多。此研究将为烟草DREB转录因子的深入分析奠定了生物信息学基础。 相似文献
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Dof(DNA binding with one finger)蛋白是植物特有的一类转录因子,在植物的多种生命进程中发挥着重要作用。为解析烟草中Dof家族成员在生长发育过程中的潜在作用,本研究利用比较基因组学、进化分析、共线性分析等方法解析烟草中的Dof家族成员的潜在生物学功能。结果表明,在烟草基因组中共鉴定到69个Dof转录因子,其Dof功能域在进化上十分保守,根据系统进化分析结果将其划分为9个亚家族。共线性分析表明,烟草中的16个Dof基因与拟南芥17个Dof基因有27个共线性基因对,同时,25个NtDof基因被检测到存在17个全基因组复制对,表明复制事件在烟草Dof基因家族的扩张中起关键作用。此外,表达模式分析表明NtDof基因的表达存在明显的组织特异性,其中NtDof05和NtDof28基因可能与根系生长发育有关。本研究对烟草基因组中的Dof转录因子进行了系统的鉴定和分析,为烟草Dof转录因子家族成员的功能研究奠定了基础。 相似文献
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油菜的生长发育受病害、干旱、高盐和低温等逆境胁迫的影响较大。油菜植株中很多被上述胁迫诱导而表达的基因,如产物能直接增强油菜对逆境抗性的功能基因,和产物为转录因子而作为信号转导调控其它基因的表达而间接提高抗性的调控基因。很多转录因子涉及到油菜逆境抗性,AP2/ERF是其中重要的一个家族。目前通过不同方法从不同种类的油菜中共克隆了24个AP2/ERF家族转录因子,属于ERF和DREB/CBF亚族。这些基因分别能够被低温、干旱、高盐、乙烯、ABA和茉莉酮酸酯诱导,并启动油菜中一些相关下游基因的表达,从而增强油菜的抗逆性能。本文综述了油菜中AP2/ERF家族转录因子的克隆、进化关系分析、空间结构及生物学功能。 相似文献
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NAC家族是植物中最大的转录因子家族之一,在植物生长发育以及应对环境胁迫中起着至关重要的作用,克隆和验证烟草中NAC相关基因可为烟草抗性育种提供理论依据。本研究采用RT-PCR方法从普通烟草K326根部cDNA中克隆到NtNAC055基因,对NtNAC055及其编码蛋白进行了生物信息学分析、表达模式分析、亚细胞定位和转录激活等相关试验。结果发现,NtNAC055基因的CDS序列全长为1032 bp,NtNAC055蛋白具有典型的NAC结构域,编码一个具有343个氨基酸的NAC转录因子;通过进化分析发现,烟草NtNAC055与拟南芥ANAC055同源性较高,同属于RD26亚家族;通过亚细胞定位分析以及转录激活分析发现,NtNAC055蛋白在细胞核中且具有转录激活活性;运用qRT-PCR技术,对该基因不同组织和胁迫处理后的表达进行了分析,结果显示,NtNAC055基因在根、茎、叶、花和腋芽中均有表达,且在根部表达量最高;同时,该基因受干旱和热胁迫的诱导,表明烟草NtNAC055基因可能参与了烟草的非生物胁迫应答反应。 相似文献
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脂氧合酶(LOX)是脂肪酸代谢途径的关键酶,在植物的生长发育及多种逆境胁迫响应过程中发挥重要作用。本研究对烟草基因组中的LOX家族成员进行鉴定,并利用进化分析、共线性分析和表达分析等方法解析LOX家族成员的潜在生物学功能。结果表明,在普通烟草中共鉴定得到18个LOX基因,其中12个LOX基因被锚定在染色体上。系统进化分析表明,普通烟草中新鉴定的LOX家族成员被分为9-LOX和13-LOX两个亚家族,其中13-LOX又可被分为Type I和Type II两个亚类。共线性分析表明,烟草NtLOX07、NtLOX10基因分别与拟南芥AtLOX05、AtLOX01基因形成同源基因对,并且大部分同源基因之间具有相似的表达模式。表达模式分析发现,普通烟草LOX基因表达具有一定的组织特异性,并且NtLOX06等基因能够被机械损伤和茉莉酸甲脂(MeJA)处理显著诱导。因此,普通烟草LOX家族成员可能在植物胁迫响应过程中发挥着重要的作用。 相似文献
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【背景和目的】低亲和硝酸盐转运蛋白NRT1家族基因在植物吸收和转运硝态氮过程中发挥重要作用,为研究烟草NRT1家族基因在烟草氮素利用中的作用。【方法】从栽培烟草品种K326中克隆获得NtNRT1.5的全长cDNA序列,利用生物信息分析、qRT-PCR技术和转基因技术系统分析NtNRT1.5基因的序列特征、表达模式及在提高烟草氮素利用效率方面的功能。【结果】NtNRT1.5全长序列包含1800bp开放阅读框、编码599个氨基酸,编码的蛋白质具有NRT基因家族的共有结构特征,与拟南芥AtNRT1.5相似性达到59.28%。亚细胞定位结果表明NtNRT1.5蛋白定位在细胞膜上,其启动子中包含多个与硝酸盐(A(C/G)TCA)、胁迫(MYB)、根系特异表达(ROOT MOTIF BOX)相关的响应元件。表达模式分析结果表明NtNRT1.5主要在根部表达,其次是衰老叶片和茎,新叶基本不表达;低氮抑制其在根系中的表达,说明NtNRT1.5主要负责正常条件下的硝酸盐的吸收;低氮条件下,NtNRT1.5过表达显著提高了转基因烟株的氮素利用率。【结论】NtNRT1.5基因在烟草氮素的吸收和转运上行使重要... 相似文献
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【背景和目的】单一胞质在烟草杂交种的大量运用导致生产用种遗传基础脆弱,为拓宽不育胞质种类,对glu-CMS的不育机制进行了探究。【方法】首先对glu-CMS不育系表型进行考察,随后对glu-CMS不育系和其保持系0.75 mm和1.5 mm的花蕾进行转录组测序分析及GO和KEGG富集分析。【结果】(1)glu-CMS不育系表现出雄蕊缺失和雄蕊发育异常等现象。(2)共鉴定出2075个差异基因,主要富集在植物信号转导、碳水化合物代谢和ROS调控通路。【结论】本研究揭示了glu-CMS不育系的表现形式以及不育系和保持系的差异表达基因,为glu-CMS的后续研究提供一定理论基础。 相似文献