盐分对新平酸腌菜主发酵期细菌多样性的影响

基于Illumina NovaSeq测序平台,选取无盐和有盐（盐度10%）腌制的新平酸腌菜,对主发酵期（前30 d）理化指标（pH、总酸、亚硝酸盐含量）变化明显的三个时间点的样品进行16S rRNA基因的V3-V4区测序,解析其细菌群落结构差异。结果表明,无盐和有盐腌制的6个酸菜样品共鉴定出22门、339属、902个操作分类单元（OTU）;在门分类水平上两个盐浓度腌制的酸菜样品菌群结构组成相似,变形菌门（Proteobacteria）所占比例均＞40%,处优势地位;在属分类水平上各酸菜样品中共有相对丰度较高的细菌为未分类的蓝细菌属（unidentified-Cyanobacteria）（30.02%）、水生杆菌属（Aquabacterium）（17.65%）、明串珠菌属（Leuconostoc）（19.56%）;有盐腌制组的特异菌属种类较无盐腌制组多;理化指标对菌群影响大小依次为总酸＞亚硝酸盐含量＞pH值。总体而言,无盐与有盐腌制的酸菜细菌结构存在差异,盐分的存在主要影响优势细菌属和特异菌属的差异,进而影响酸菜的风味口感与贮存时间。     

腊肠发酵过程中细菌多样性评价及其对风味的影响

采用电子鼻对不同发酵时间腊肠风味品质进行评价,并采用MiSeq高通量测序技术对细菌多样性进行解析,同时对细菌的代谢功能进行预测,最终对细菌多样性与风味品质和代谢通路进行关联分析.结果 发现在发酵到10d左右,腊肠的风味品质发生了明显的变化,发酵初期是腊肠风味品质形成的关键时期.在门水平上,厚壁菌门(Firmicutes...     

遂宁榨菜发酵过程中细菌群落多样性和基因功能预测分析

利用Illumina Miseq高通量测序技术解析遂宁榨菜发酵过程中细菌的多样性,并结合功能预测软件PICRUSt分析微生物群落功能。结果表明,不同发酵时间（10个）样品测序共获得495 681条有效序列,318个可操作分类单元（OTU）。门水平上,优势菌门为变形菌门（Proteobacteria）和厚壁菌门（Firmicutes）,其两者相对丰度之和＞93%;属水平上,乳杆菌属（Lactobacillus）成为发酵后期的绝对优势菌属,其相对丰度从0.77%增加至78.63%。PICRUSt软件预测结果显示,遂宁榨菜发酵过程中细菌群落的基因功能主要与新陈代谢类功能有关,包括氨基酸代谢、碳水化合物代谢、能量代谢等。该研究提高了对遂宁榨菜发酵过程中微生物演替模式的了解,为筛选潜在价值的乳酸菌提供数据参考。     

腌菜中细菌多样性研究及乳酸菌分离鉴定

以恩施地区采集的腌菜为研究对象,采用高通量测序技术（HTS）与变性梯度凝胶电泳（DGGE）技术相结合的方法对其中所 含细菌和乳酸菌多样性进行研究,并采用平板稀释涂布法对乳酸菌进行分离鉴定。结果表明,腌菜样品中含量最高的优势细菌门 为硬壁菌门（Firmicutes）,其平均相对含量高达97.09%。优势细菌属为Lactobacillus、Weissella、Leuconostoc、Vibrio、Pseudomonas、 Psychrobacter和Flavobacterium,其中Lactobacillus的平均相对含量高达82.37%;通过变性梯度凝胶电泳技术从样品中检测出的乳酸 菌 有 Lactobacillus sakei、Lactobacillus insicii、Lactobacillus plantarum subsp. argentoratensis、Lactobacillus plantarum subsp. plantarum 和 Lactobacillus acetotolerans;分离鉴定及保藏的乳酸菌中有L. plantarum 7株,L. alimentarius 2株,L. curvatus和L. brevis各1株以及L. sakei 4株。 由此可见,虽然Lactobacillus为腌菜样品中的优势菌,但乳酸杆菌的构成在样品间存在一定的差异。     

山西地方自然发酵蔬菜发酵过程中细菌多样性分析

为探究山西地方自然发酵蔬菜发酵过程中细菌菌群结构,采用Illumina HiSeq对不同发酵时期的发酵蔬菜样品中细菌进行测序,且对地方自然发酵蔬菜制作过程中细菌总数及乳酸菌数、基本理化指标进行检测与分析。结果表明,地方自然发酵蔬菜的发酵前期细菌多样性丰富,随着发酵时间的延长细菌种群结构趋于稳定,发酵中后期样品主要菌属为乳杆菌属（Lactobacillus）;pH值随发酵时间延长呈下降趋势,总酸反之,成品发酵蔬菜中细菌总数和乳酸菌数分别为1.2×107 CFU/g和2.5×106 CFU/g,亚硝酸盐含量为0.15 mg/kg,pH值为3.22,总酸含量为1.98 g/kg,乳酸菌数与亚硝酸盐呈彼消此长趋势。本研究揭示了山西地方发酵蔬菜中细菌群落结构及差异,为地方自然发酵蔬菜的商业化生产提供理论依据。     

高通量测序技术分析刺梨自然发酵过程中细菌多样性

分析刺梨自然发酵过程中细菌菌群特征,为筛选刺梨酿造优良菌种提供参考。基于Illumina MiSeq高通量测序技术,分析刺梨果实自然发酵1 d、3 d、5 d和15 d 4个阶段样本中细菌种群组成和多样性。结果表明,高通量测序分析结果共获得150 385条有效序列,118个操作分类单元（OTUs）,分属于变形菌门（Proteobacteria）、厚壁菌门（Firmicutes）、放线菌门（Actinobacteria）、拟杆菌门（Bacteroidetes）、绿弯菌门（Chloroflexi）、蓝细菌门（Cyanobacteria）等8个门类;物种多样性分析结果表明,刺梨果实发酵过程中,葡糖杆菌属（Gluconobacter）细菌表现出先增加后降低的趋势;弗拉托氏菌属（Frateuria）、肠杆菌属（Enterobacter）、塔特姆菌属（Tatumella）细菌在刺梨发酵过程中含量逐渐降低;而醋酸杆菌属（Acetobacter）和葡糖醋杆菌属（Gluconacetobacter）、酒酒球菌属（Oenococcus）细菌含量在发酵过程中含量不断增加。     

黄豆发酵与牛乳发酵酸奶的细菌多样性分析

为探究植物蛋白与动物蛋白发酵乳品中细菌多样性之间的关系,运用16S rRNA高通量测序技术,对纯黄豆、纯牛乳发酵酸奶中细菌多样性进行分析,并探究植物代糖对其细菌多样性差异形成的影响,预测酸奶中微生物群落功能的组成。α多样性分析结果表明,黄豆样本细菌多样性高于牛乳样本;Adonis及主坐标分析显示,黄豆样本与牛乳样本组间群落组成差异极其显著;多级物种层级分析及组间差异分析表明,黄豆、牛乳样本菌群中优势门均为厚壁菌门(Firmicutes),优势属均为链球菌属(Streptococcus),黄豆样本显著富集芽孢杆菌目(Bacillales),牛乳样本大量富集乳杆菌目(Lactobacillales);样本层级聚类分析显示,添加代糖对黄豆发酵酸奶样本群落组成具有一定的影响。功能预测发现,细胞运动、癌症(特定类型)、排泄系统、物质依赖功能在黄豆发酵酸奶样本中丰度值远大于牛乳样本。黄豆发酵酸奶细菌多样性显著高于牛乳发酵酸奶,这为开发利用植物蛋白中的微生物资源提供了理论支持。     

米粉发酵过程中乳酸菌多样性及功能分析

为了解米粉发酵不同时期的乳酸菌多样性,以5组0～4 d发酵液样品为研究对象,利用高通量测序技术进行乳酸菌多样性和功能预测分析。结果表明,15个样品共得到278个OTU,包括5个门,27个属;整个发酵过程中乳杆菌属(Lactobacillus)占绝对优势,相对丰度均在99%以上。随着发酵时间延长,乳酸菌多样性降低,种水平上0 d有32个种,发酵4 d后仅有12个种。除乳杆菌属外,样品中还有乳球菌属(Lactococcus)和明串珠菌属(Leuconostoc)。PICRUSt功能预测分析表明,不同发酵时期样品均获得氨基酸转运和代谢、碳水化合物转运和代谢、脂质转运和代谢、辅酶转运和代谢、能源产生和转换等与代谢相关的基因。本实验结果为进一步研究乳酸菌对米粉食用品质影响的作用机制,开发米粉专用发酵剂提供理论依据。     

高通量测序分析沙棘酵素自然发酵过程中细菌多样性

为探寻沙棘酵素在自然发酵过程中细菌群落结构及多样性的变化,采用Illumina MiSeq高通量测序技术,对不同发酵时期的沙棘酵素液进行细菌多样性研究。结果表明：经可操作分类单元（operational taxonomic unit,OTU）分析共得到25 个门,57 个纲,149 个目,239 个科,422 个属,601 个种;在门水平上进行群落组成分析,共得到5 种优势菌门,分别为蓝藻细菌门（Cyanobacteria）、变形菌门（Proteobacteria）、未知细菌菌门（unclassified_k__norank_d__Bacteria）、酸杆菌门（Acidobacteriota）、厚壁菌门（Firmicutes）,其中,Cyanobacteria为绝对优势菌门,在前期（F22_Q）、中期（F22_Z）和后期（F22_H）3 个发酵阶段的相对丰度分别为93.28%、66.59%和35.40%;在属水平上共有5 种优势菌,分别为norank_f__norank_o__Chloroplast、雷尔氏菌（Ralstonia）、unclassified_k__norank_d__Bacteria、norank_f__Mitochondria、Burkholderia-Caballeronia-Paraburkholderia,其中,norank_f__norank_o__Chloroplast为绝对优势菌属,相对丰度范围为35.39%～93.28%;通过样本层级聚类分析和主成分分析,3 个发酵阶段可聚为两类,前期（F22_Q）和中期（F22_Z）聚为一类,后期（F22_H）为一类。本研究揭示了沙棘酵素自然发酵过程中细菌群落演替,为沙棘酵素发酵奠定了一定的理论基础。     

雪茄茄芯烟叶工业二次发酵过程中细菌与真菌群落多样性变化分析

【目的】为分析茄芯烟叶在二次发酵过程中细菌和真菌群落多样性及菌群动态变化规律。【方法】以德雪三号初次发酵烟叶为试验材料,采用细菌16S rDNA和真菌ITS1的Illumina MiSeq高通量测序技术,分析烟叶二次发酵0、5、10、15和20 d时细菌和真菌群落结构及丰度信息。【结果】发酵0 d时细菌群落Chao1、ACE和Shannon指数最高,分别为423.38、424.40和4.67;发酵10d时真菌群落Chao1和ACE指数最高,分别为85.82、89.49。基于门水平,随着发酵时间的增加,细菌从以变形菌门（Proteobacteria）为优势转变为以厚壁菌门（Firmicutes）为主,真菌主要优势菌门为子囊菌门（Ascomycota）,相对丰度在71.61%～98.16%之间。基于属水平,葡萄球菌属（Staphylococcus）为整个发酵过程中的主要优势细菌属,在发酵15 d时相对丰度最大（91.25%）;次要优势细菌属由假单胞菌属（Pseudomonas）、马赛菌属（Massilia）等转变为芽孢杆菌属（Bacillus）、土地芽孢杆菌属（Terribacillus）...     

豆酱不同发酵阶段细菌群落多样性及动态变化分析

以东北传统自然发酵豆酱为研究对象,采用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(polymerase chain reactiondenaturing gradient gel electrophoresis,PCR-DGGE)技术结合高通量测序方法分析豆酱发酵过程中细菌的多样性及动态变化。结果显示,细菌的可操作分类单元数值在发酵过程中上下波动,并在后发酵第21天时达到最大值,此时细菌数目最多;整理分析PCR-DGGE图谱鉴定结果以及细菌在属水平上的分布得出,明串珠菌属、肠球菌属、四联球菌属和乳杆菌属为豆酱样品不同发酵阶段的优势细菌菌属,其中四联球菌属波动性较大,易受内外环境的影响;屎肠球菌、明串珠菌属、绿色魏斯菌随着发酵时间的延长在减少,说明这些细菌主要参与豆酱发酵初期产酶分解物质过程,并在整个发酵过程中起到调整发酵内环境等作用。     

梅干菜和腌制雪菜细菌菌群多样性分析

为探讨传统腌制发酵蔬菜制品的菌群多样性,采用Illumina Miseq高通量测序技术,对宁波地区梅干菜半成品、成品和腌制雪菜成品进行分析。结果表明,梅干菜半成品、成品和腌制雪菜成品中相对丰度大于1.0%的菌属分别有8、13、5属,其中乳杆菌属（Lactobacillus）在3种产品中相对丰度均较高,分别为31.70%、9.51%、78.08%;假交替单胞菌（Pseudoalteromonas）仅在梅干菜半成品和腌制雪菜成品中检出,相对丰度为4.60%和1.81%;梅干菜半成品的主要优势菌属还有嗜盐单胞菌属（Halomonas）和梭状芽孢杆菌属（Clostridium IV）;梅干菜成品的主要优势菌属还有慢生芽孢杆菌属（Lentibacillus）、交替芽胞杆菌属（Alteribacillus）、嗜盐球菌属（Halococcus）、海单胞菌属（Oceanimonas）、枝芽孢菌属（Virgibacillus）、丛毛单胞菌属（Comamonas）、钠白菌属（Natrialba）和代尔夫特菌属（Delftia）等,相对丰度分别为11.85%、11.41%、9.64%、9.46%、8.86%、6.25%、5.21%和5.13%;其余优势菌属相对丰度在1.23%~2.60%之间。乳杆菌属是发酵蔬菜的主要优势菌,腌制方式、腌制阶段的蔬菜产品菌群多样性差异较大,干法腌制比泡制蔬菜产品的菌群结构和多样性更为复杂。本研究结果为传统腌制蔬菜微生物资源的挖掘及其工业化利用提供了理论参考。     

变温发酵模式下豆瓣酱自然发酵过程中细菌多样性研究

通过DNA提取,聚合酶链式反应扩增以及高通量测序技术对不同温度发酵模式下的豆瓣酱中的细菌进行多样性分析。结果表明:先低温后高温发酵模式下样品得到了2 081个操作分类单元(operational taxonomic unit,OTU),而在先高温后低温模式中为1 870个OTU。在门类水平上,2种发酵模式中的相对丰度值最高的均为厚壁菌门,分别为72.24%(先低温后高温)和43.84%(先高温后低温);属类水平上为葡萄球菌属,其相对丰度值分别为44.13%和32.52%。先低温后高温发酵模式下细菌物种的丰富度和多样性普遍高于先高温后低温的发酵模式。     

PCR-DGGE分析资中冬尖发酵过程中细菌多样性

目的:采用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(polymerase chain reaction-denatured gradient gel electrophoresis,PCR-DGGE)技术分析资中冬尖发酵过程中微生物群落结构及其动态变化。方法:从资中采集4份不同发酵年份冬尖样品,提取样品总DNA,采用巢式PCR法扩增细菌16S r DNA V3区,扩增产物采用DGGE分离,对细菌主要优势条带进行克隆、测序、构建系统发育树。结果:冬尖在发酵过程中细菌多样性较丰富,且群落结构发生了较大变化。不同发酵时间样品间,细菌群落结构相似性为9%~67%,其中第2年与第3年样品相似性最高,达67%。资中冬尖发酵过程中,所涉及的细菌主要分为3类,分别为厚壁菌门(Firmicutes)、变形杆菌门(Proteobacteria)和非培养菌,其中厚壁菌门为优势菌群,占53%;变形杆菌门占37%;非培养菌仅占10%。结论:采用PCR-DGGE技术能更全面、更真实地反映资中冬尖在发酵过程中微生物群落的多样性及其动态变化,为冬尖的生产工艺和风味物质的形成提供理论支撑。     

基于高通量测序分析刺梨果渣自然发酵过程中细菌群落结构及多样性

为分析刺梨果渣自然发酵过程中各阶段的细菌群落结构及多样性,利用MiSeq高通量测序技术检测自然发酵刺梨果渣中细菌的16S rDNA基因V3~V4高变区序列,比较发酵6~60 d (每隔6 d取一次样)时细菌群落的差异。结果显示:10个不同发酵时期样本中共检测而出26个门类、40个纲类群、74个目类群、162个科类群、373个属类群。在整个发酵过程中,主要以葡糖杆菌属和醋酸杆菌属为主。发酵结束后,在门相对水平丰度值依次是变形菌门(Proteobacteria,99.85%)、厚壁菌门(Firmicutes,0.03%)、放线菌门(Actinobacteria,0.02%)和拟杆菌门(Bacteroidetes,0.02%),在整个发酵过程中变形菌门占主要地位;在属相对水平丰度值排前面的葡糖杆菌属(Gluconobacter,65.37%)和醋酸杆菌属(Acetobacter,33.66%)为刺梨果渣发酵过程中绝对的优势菌;发酵后期细菌群落趋于稳定,表明刺梨果渣自然发酵过程中微生物群落结构变化是相对稳定的。     

不同发酵方式对木瓜泡菜品质的影响

以木瓜为原料,采用自然发酵法、乳酸菌发酵法(1%乳酸菌发酵、2%乳酸菌发酵)制作泡菜,分析不同发酵方式对木瓜泡菜pH值、可滴定酸、维生素C、质构动态变化和感官的影响。结果表明:2%乳酸菌接种发酵使得木瓜泡菜的pH值降幅更快,维持较高的可滴定酸含量,维生素C损失较少,硬度、胶黏性、咀嚼性最好。与自然发酵相比,添加乳酸菌发酵明显能缩短发酵周期,对营养和质构的保持较好,而且木瓜的香气浓郁,口感酸爽,质地脆嫩,整体感官最佳。