基于网络药理学及分子对接探究定喘汤治疗儿童咳嗽变异性哮喘的作用机制

[摘要]目的：通过网络药理学和分子对接探究定喘汤治疗儿童咳嗽变异性哮喘（cough variant asthma,CVA）的作用机制。方法：基于文献研究和中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）数据库挖掘定喘汤中各个药物的活性成分,并利用TCMSP数据库预测活性成分作用靶点,借用Uniprot数据库校正靶点蛋白对应基因;通过GeneCards、OMIM数据库获得咳嗽变异性哮喘的疾病靶点。取药物靶点和疾病靶点的交集靶点并制作韦恩图,运用Cytoscape 3.7.2软件制作“中药-活性成分-靶点”网络并进行网络拓扑分析,利用String数据库构建蛋白互作网络并筛选出核心靶点。基于DAVID对交集靶点进行GO生物过程分析和KEGG通路富集分析;通过AutoDock Vina和Pymol将得到的核心成分和核心靶点进行分子对接。结果：收集定喘汤复方中活性成分218个,得到相关潜在靶点452个,CVA相关靶点689个,得到交集靶点131个。核心靶点主要为丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1（AKT1）、白细胞介素-6（IL-6）、肿瘤坏死因子（TNF）,共有靶点主要富集于PI3K-Akt信号通路、TNF信号通路、Toll样受体信号通路。分子对接结果显示核心成分与靶点具有较好的结合活性。结论：定喘汤治疗CVA具有多成分、多靶点、多通路的特点,为进一步研究定喘汤治疗CVA的作用机制奠定了基础。     

基于网络药理学探讨紫苏子—杏仁药对治疗咳嗽变异性哮喘的作用机制

目的 基于网络药理学探讨紫苏子—杏仁药对治疗咳嗽变异性哮喘(CVA)的潜在分子作用靶点及机制。方法 采用中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)数据库对紫苏子—杏仁药对的有效活性成分进行筛选,并采用SwissTargetPrediction网站进行靶点预测。采用GeneCards数据库检索CVA相关靶点,借助Venny 2.1.0获取交集靶点,对交集靶点分别运用Cytoscape 3.9.1软件和STRING数据库构建主要活性成分—潜在治疗靶基因网络图和PPI蛋白互作网络,并筛选出关键有效活性成分和核心靶蛋白,通过DAVID数据库对交集靶点进行GO功能及KEGG通路的富集分析。结果 筛选出紫苏子—杏仁药对有效成分19个,与CVA相关靶点224个,核心靶点为AKT1、IL-6、TP53、SRC、MAPK3、EGFR、JUN、PTGS2、HSP90AA1、ESR1。GO功能富集分析显示分子功能165个、细胞组分79个、生物过程630个。KEGG通路富集分析显示得到信号通路155条,主要涉及cAMP信号通路、PI3K-Akt信号通路、癌症通路、化学致癌—受体激活通路、神经活性配体—受体相...     

基于生物信息学和分子对接技术研究当归六黄汤治疗溃疡性结肠炎潜在活性成分及分子机制

目的 采用生物信息学和分子对接技术,探讨当归六黄汤（DGLHD）治疗溃疡性结肠炎（UC）的作用机制。方法 采用公共数据库(TCMSP、DrugBank和UniProt)寻找当归六黄汤的有效活性成分和相应的靶基因,构建DGLHD活性成分-靶蛋白相互作用网络。基于DisGeNET数据库、Genecards数据库和DrugBank数据库检索溃疡性结肠炎相关基因,获取当归六黄汤与溃疡性结肠炎的交集靶点基因。利用STRING在线数据库进行蛋白质-蛋白质相互作用关系（PPI）分析,获取核心靶点基因。采用Metascape在线数据库进行基因本体（GO）功能注释及KEGG通路富集。通过DiscoveryStudio 2016进行分子对接,确定药物活性成分与核心靶标相互作用的分子基础。结果 共筛选出82种活性化合物和132个交集靶基因。核心靶点基因涉及信号传导与转录激活因子3（STAT3）、TP53、AKT1、MAPK1、JUN和血管内皮生长因子A（VEGFA）;通路富集主要为“肿瘤信号通路”、“糖尿病并发症中晚期糖基化终产物及其受体（AGE-RAGE）信号通路”“内分泌抵抗”、“NF-κB信号通路”、“Th17细胞分化”。分子对接结果表明,当归六黄汤核心活性成分可以通过氢键等相互作用与核心靶基因形成稳定的对接模式。结论 基于生物信息学和分子对接技术,筛选出当归六黄汤治疗溃疡性结肠炎的活性成分、核心靶点及主要信号通路,为当归六黄汤治疗溃疡性结肠炎提供了新的理论基础。     

基于网络药理学和分子对接探讨天花粉治疗肺癌的作用机制

目的基于网络药理学和分子对接的方法探讨天花粉治疗肺癌的作用靶点及机制。方法检索时限为建库至2022年7月。采用中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)、中医药综合数据库(TCMID)结合PubChem数据库相关文献筛选出天花粉的活性成分, 通过TCMSP、TCMID、SwissTargetPrediction数据库获取活性成分的潜在靶点;检索GeneCards、人类孟德尔遗传综合数据库(OMIM)、TTD、DrugBank数据库收集肺癌疾病靶点;利用线上网站Venny 2.1将药物与疾病靶点取交集并绘制韦恩图;应用String数据库绘制交集靶点的蛋白互作网络;使用Cytoscape 3.8.2软件构建"药物-活性成分-疾病-靶点"网络图;运用Metascape数据库对共同靶点进行基因本体(GO)富集化分析和京都基因和基因组数据库(KEGG)通路富集分析;采用Autodock软件进行分子对接验证。结果天花粉通过筛选得到活性成分28种, 201个作用靶点;检索4大疾病数据库共获取肺癌靶点1 645个;药物与疾病共有37个交集靶点;根据连接度(degree)值大小, 确定雌激素受体1(E...     

基于网络药理学结合分子对接技术分析血平片治疗月经不调的作用机制

目的 运用网络药理学和分子对接技术探讨血平片治疗月经不调的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索血平片有效成分的活性靶点,GeneCard和Disgenet数据库检索与“irregular menstruation”相关的疾病靶点,筛选出交集靶点并输入String数据库构建蛋白互作网络,利用Cypscape数据库分析并筛选出核心靶点,构建疾病–通路–靶点–化学成分网络。使用David数据库对交集靶点进行基因本体(GO)和京东基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果 通过网络拓扑关系图筛选出了柚皮素、大黄酚、山柰酚、甲基异茜草素、大黄素和大黄素甲醚6个主要成分与丝苏氨酸特异性蛋白激酶(Akt1)、肿瘤坏死因子(TNF)、原癌基因酪氨酸蛋白激酶(SRC)、雌激素受体1(ESR1)、表皮生长因子受体(EGFR)和过氧化物酶体增殖物激活受体γ(PPARG)6个核心靶点进行分子对接验证。结果显示,血平片活性成分大黄素、甲基异茜草素、山柰酚等与Akt1、TNF、SRC、ESR1、EGFR、PPARG均有较好的结合活性。结论 血平片可通过多成分作用多靶点治疗月...     

基于网络药理学及分子对接探讨“柴胡-当归”药对治疗乳腺增生的作用机制

目的 通过网络药理学和分子对接技术探索“柴胡-当归”药对治疗乳腺增生的潜在作用机制。方法 基于网络药理学,通过TCMSP、UniProt等数据库检索获得“柴胡-当归”药对的活性成分及其对应靶点蛋白。在Genecards数据库检索乳腺增生相关靶点,利用Draw Venn Diagram在线作图网站获得其与“柴胡-当归”作用靶点的交集基因。通过Cytoscape 3.6.0软件及STRING数据库构建药对-活性成分-作用靶点-疾病网络和靶点间蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络,根据度值大小筛选出排名前5的靶蛋白,并利用RCSB PDB数据库、Autodock Vina 1.1.2等软件预测其与“柴胡-当归”药对活性成分的结合活性。采用RStudio软件对交集基因进行GO富集分析和KEGG通路富集分析,最终构建活性成分-关键靶点-关键通路网络。结果 数据库中筛选获得药对活性成分共18种;其中活性成分的靶点与乳腺增生疾病的交集基因共150个,根据度值排名大小获得5个核心靶标,包括蛋白激酶、白细胞介素-6、肿瘤蛋白p53、血管内皮生长因子A及肿瘤坏死因子等。经分子对接分析发现,“柴胡-当归”药对的活性成分与核心靶标结合能力较强。结论 “柴胡-当归”药对的主要活性成分可能通过调节蛋白激酶、白细胞介素-6、肿瘤蛋白p53、血管内皮生长因子A及肿瘤坏死因子等核心靶点,参与调控白介素-7(IL-7)信号通路、内分泌耐药、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路、缺氧诱导因子1(HIF-1)信号通路等途径,发挥对乳腺增生的治疗作用。     

基于网络药理学和分子对接八味沉香丸治疗先天性心脏病的潜在分子机制

目的 通过网络药理学及分子对接技术探究八味沉香丸治疗先天性心脏病(Congenital heart disease,CHD)的潜在分子机制。方法 应用TCMSP数据库及文献收集八味沉香丸活性成分及潜在作用靶点。利用Uniprot数据库功能将靶蛋白名转换为基因名。通过Genecards和OMIM数据库检索先天性心脏病相关的疾病基因。对八味沉香丸药物靶点和CHD相关基因取交集,使用Cytoscape构建“化合物-靶点-通路”网络。将交集靶点导入DAVID数据库,进行GO功能、KEGG通路富集分析。最终,对筛选出的蛋白与八味三香散活性成分进行分子对接。结果 分析表明与八味沉香丸治疗先天性心脏病相关的59个潜在活性成分作用于与CHD有关的204个靶点和135条通路。与CHD直接相关的信号通路涉及乙型肝炎、PI3K-Akt、HTLV-I感染、癌症中的蛋白聚糖、甲型流感、HIF-1信号通路等。分子对接结果 显示,筛选的靶点受体蛋白与活性成分具有较好的结合活性。结论 运用网络药理学和分子对接的方法 ,初步验证了八味沉香丸治疗先天性心脏病的药理作用机制,为后续深入探讨奠定了良好的基础     

基于网络药理学探讨白头翁抗结直肠癌的作用机制

目的通过网络药理学筛选白头翁中有效成分,探讨白头翁抗结直肠癌的物质基础及作用靶点和信号通路。方法利用中药分子机制生物信息学分析工具数据库BATMAN-TCM筛选白头翁活性化合物及其靶点;通过PharmDB-K和Dis Ge NET数据库获取直肠癌基因后与白头翁中有效化合物基因靶点交集,获得疾病-药物靶基因;使用蛋白质相互作用网络数据库String将疾病-药物-蛋白靶基因进行蛋白互作分析,运用R语言筛选出核心基因;运用R包及Cytoscape3.2.1的Clue GO插件进行GO分析和KEGG通路富集分析。最后分别采用SYBYL-X2.0与Discovery Studio4.5软件进行分子对接,将药物活性成分与靶基因进行结合活性的双重验证。结果在白头翁成分中,共有11个活性化合物,对应508个靶标基因,与结直肠癌靶标基因进行交集后共有67个基因;在此基础上筛选出21个核心基因,其主要通过在p53信号转导通路,结直肠癌通路,癌症中的中心碳代谢通路等11条核心通路发挥抗癌作用。分子对接验证结果表明,白头翁活性成分中,皂苷类、生物碱成分与结直肠癌靶标基因均有较好结合作用,其中包括:葳岩仙皂苷A与HSP90、KIT、SIRT1能结合,蝙蝠葛碱与NR3C1、ESR1、KIT结合。结论白头翁通过多成分、多靶点、多通路治疗结直肠癌,为白头翁抗肿瘤治疗的作用机制及后续实验验证提供了依据及基础。     

基于网络药理学、分子对接及分子动力学模拟探讨黄连治疗溃疡性结肠炎的作用机制

目的 通过网络药理学、分子对接和分子动力学模拟（MD）探讨黄连治疗溃疡性结肠炎的作用机制。方法 利用TCMSP和UniProt数据库获取黄连活性成分及其对应靶点，经GeneCards、OMIM、Drugbank、TTD、DisGeNET数据库筛选溃疡性结肠炎相关靶点，利用Venny 2.1.0获取黄连和溃疡性结肠炎的交集靶点，并上传String 11.0数据库绘制蛋白相互作用（PPI）网络图。通过Cytoscape3.9.0的Cyto Hubb插件和“药物活性成分–靶点–通路网络图”筛选核心靶点。借助Metascape数据库对交集靶点进行基因本体功能注释（GO）及京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。通过Autodock Tools 1.5.6软件将活性成分与核心靶点进行分子对接。用分子动力学模拟法验证最佳结合模型的稳定性。结果 共筛选出黄连7个活性成分及其137个靶点，溃疡性结肠炎1 258个相关靶点和81个交集靶点。核心靶点包括蛋白激酶B1（Akt1）、B淋巴细胞2（BCL2）、有丝分裂原活化蛋白激酶1（MAPK1）等。生物过程包括无机物的反应、细胞因子受体结合等。KEGG通路富集主要包括MAPK信号通路等。分子对接结果显示，黄连的核心活性成分能够很好地与关键靶点结合。MD进一步验证了能量结合最好的小檗碱与白细胞介素（IL）-1β的结合能为−36.19 kJ/mol。结论 黄连可能通过多成分、多靶点及多通路参与溃疡性结肠炎的治疗。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨肾炎康复片治疗IgA肾病的作用机制

目的 应用网络药理学和分子对接技术,探讨肾炎康复片治疗IgA肾病的作用机制。方法 通过数据库筛选肾炎康复片的主要活性成分,进行靶点预测。收集IgA肾病相关靶点,并与肾炎康复片活性成分靶点基因交集,选取共同靶点。构建蛋白质-蛋白质互作网络图和药物-活性成分-共同靶点网络图筛选出药物主要活性成分。通过MetaScape数据库进行基因本体（GO）分析和京都基因与基因百科全书（KEGG）通路富集分析并构建主要活性成分-靶点-信号通路网络图。选取关键成分和核心靶点,使用Pymol、MGLTools、AutoDock等软件做分子对接。结果 肾炎康复片的活性化合物共有182个,涵盖310个作用靶点,IgA肾病相关疾病靶点有1190个。筛选出共同靶点119个,主要涉及肿瘤坏死因子（TNF）、磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶（PI3K/Akt）、白细胞介素17(IL-17)、细胞衰老、丝裂原活化蛋白激酶（MAPK）等信号通路。网络分析和分子对接结果提示肾炎康复片中关键成分豆甾醇、β-谷甾醇可能通过作用于核心靶点B细胞淋巴瘤-2基因（BCL2）、丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1)、胱天蛋白酶3(CASP3)发...     

白花前胡提取成分对心血管作用的研究进展

目的介绍国内外中药白花前胡提取成分对心血管作用的研究进展 ,为研究和开发中草药提供参考。方法以国内外大量有代表性的文献为基础 ,进行分析、整理和归纳。结果白花前胡提取成分保护心血管作用可能通过以下机制 :a .阻滞钙内流 ;b .抑制血小板聚集作用 ;c .促钾通道开放 ;d .调节心肌细胞动作电位 ;e .抗氧自由基和脂质过氧化作用实现。结论白花前胡及其有效成分在研究和开发防治心血管疾病新药方面具有广阔前景     

由于毛细现象液面上升高度计算的思考

毛细现象在日常生活和科技生产中都有着重要的作用。大部分同学在计算毛细管中液面上升高度时,往往因为不能抓住模型的本质而产生错误。本文针对两种不同的模型通过对比计算方法,指出了错误产生的原因从而加以规避。     

质疑处方“划价”易位的合理性

目的:合理推进医院服务改革,促进《处方管理办法》的深入落实。方法:比较财务"划价"与调剂"划价"对患者的优势与劣势。结果与结论:财务人员"划价"注重的是经济收入;调剂人员"划价"注重的是处方的合理性,后者对于防范医疗风险、保障患者用药安全起着无可替代的作用。建议将药品价格内容与财务收费联网,让财务划价人员与药剂人员联合办公。     

治疗痤疮药物使用情况分析

目的了解目前医院治疗痤疮的药物使用情况。方法选取本院门诊300张临床诊断为痤疮的处方进行分析。结果本院治疗痤疮药物的使用频率前六位依次是螺内酯、维生素B6、氯唑乳膏、克林霉素、羚羊角滴丸、异维A酸;抗生素的使用存在一些不合理情况。结论痤疮治疗中抗菌药物的使用应规范合理,以减少耐药的产生和药物不良反应的发生率。     

龟板的质量鉴别

目的促进临床准确合理用药。方法从药材基源和性状特征对正品和伪品进行鉴别。结果正品和伪品的出膏率存在很大差距。结论伪品功效甚微,应限制使用。     

Clinical use of the polymyxins: the tale of the fox and the cat

Background

There is a need to identify practice patterns of polymyxin use, quantify gaps in knowledge, and recognize areas of persistent confusion.

新生儿使用多巴胺时静脉血管保护方法的探讨

目的 探讨新生儿在使用多巴胺药物治疗时的静脉血管保护方法.方法 提取2008年2月至2010年5月期间儿科病例资料60例,对静脉输液的治疗方法及护理方法进行分析,并与同期未进行相应血管保护方法60例进行对比.结果 60例新生儿在应用多巴胺静脉输注过程中,4例出现轻微不良反应.2例出现严重不良反应;对照组患者出现轻微不良反应8例,出现严重不良反应6例,两组不良反应经过治疗全部痊愈.结论 血管选择优化,均匀给药,控制给药时间及良好的固定措施,配合临床密切观察来预防不良反应,是预防和保护血管发生损害的工作重点.     

铸造桩核修复老年人后牙残根残冠的探讨

目的铸造桩核在修复老年人后牙残根残冠的效果。方法选择60～80岁老年患者42例,患牙48颗、上(牙合)牙25颗。下(牙合)牙23颗。首先将残根残冠经过完善的根管治疗后,进行常规备牙,选择相对粗、直、长的根管为桩核固定的主根管。经取模灌注后制作铸造金属桩核,固定于残根残冠。再进行固定或活动义齿修复。结果在46件义齿修复中,2例2颗在1年后因根折而拔除,相对患者和患牙的成功率分别为95.2%和95.8%,效果理想。结论选择性的保留老年人的残根残冠,并作完善的根管治疗,再行铸造桩核修复可以取得较好的效果。     

人体脚长、脚掌宽与身高相关关系的研究

对489名男女青年进行了脚长、脚掌宽与身高的测量,并记录相关数据,将测量数据输入计算机中进行回归分析,得出脚长、脚掌宽推测身高的直线回归方程,利用脚长推测身高:男性:y=93.55+3.26x,女性:y=130.53+1.41x;利用脚掌宽推测身高:男性:y=130.79+4.18x,女性:y=137.99+2.72x。结果表明,人体脚长、脚掌宽与身高存在一定的线性关系。     

癌症患者经疗用药分析

目的：了解黄山市人民医院住院癌症患者化疗药物的选用情况,评估使用的合理性。方法：查阅住院化疗303例患者的处方及病历,包括病情、体表面积、化疗药物的名称、剂量、用法、使用途径、使用时间、总用药量及合理性。结果：注射剂18种,口服制剂5种;注射给药合计1718d,口服867d,灌注49d;剂量过大者2种。结论：该院患者化疗药物使用大部分合理。