基于16SrRNA基因DNA条形码鉴定美洲鳗、欧洲鳗、日本鳗

为满足鳗鱼养殖、加工、贸易企业及执法部门的需求,建立我国主要养殖鳗鱼美洲鳗(Anguilla rostrata)、欧洲鳗(Anguilla anguilla)、日本鳗(Anguilla japonica)的物种DNA条形码鉴定方法。以扩增16S rRNA基因的通用引物扩增美洲鳗、欧洲鳗、日本鳗的16S rRNA基因片段,各获得1条16S rDNA片段,测序结果表明,前二者的长度均为638 bp、日本鳗的长度为640 bp,为了使物种鉴定方法更简便,结果更准确,从各自片段中截取具有物种特异序列的片段(243 bp),作为3种鳗鱼的标准DNA条形码,设计两端碱基数分别为22 bp与23 bp的正向与反向引物,建立聚合酶链式反应-DNA条形码检测方法。3年来的应用结果表明:建立的美洲鳗、欧洲鳗、日本鳗3种鳗鱼的DNA条形码鉴定方法,操作简便、准确、稳定,可应用于3种鳗鱼的物种鉴定。     

河豚鱼16S rRNA基因部分DNA序列分析及应用

应用16S rRNA基因聚合酶链式反应（polymerase chain reaction,PCR）扩增通用引物,对3 属13 种福建省搜集的河豚鱼样品与9 个未知物种的河豚鱼样品的16S rRNA基因序列中的部分片段进行PCR扩增与脱氧核糖核酸（deoxyribonucleic acid,DNA）碱基序列测定,各物种序列长度在611～614 bp之间。应用DNAMAN V6软件进行样品间DNA序列同源性比对分析,建立样品间系统关系同源树。供试13 个样品被划分为4 个类群组,群间的同源率为87%,群内同源率为94%～100%。根据序列同源性分析结果,9 个未知种名的样品被归类到3 个类群组中,推测9 个未知种名的样品为东方鲀属或腹刺鲀属。探讨了16S rRNA基因部分DNA序列测试及同源性分析技术在河豚鱼种属鉴别中应用的可能性。     

线粒体细胞色素b基因在鱼唇制品物种鉴定中适用性的研究

目的 探讨线粒体细胞色素b基因(Cytochrome b, Cyt b)在鱼唇物种鉴定的适用性,为鲨鱼类物种鉴定增加新的DNA条形码。方法 利用Cyt b作为DNA条形码对从全国31个城市购买252份鱼唇样品进行PCR扩增,测序、利用BLAST功能进行近源种同源基因比较分析,鉴定鱼唇制品鱼种,对鲨鱼物种进行濒危评价分析。结果 成功扩增出250个样品,找到的一致性鲨鱼物种基因序列相似性均在99%以上。涉及8个鲨鱼种,最多样品为大青鲨,占样品65.5%,其余还有镰形真鲨、路氏双髻鲨、锤头双髻鲨、灰鲭鲨、远洋白鳍鲨、沙拉真鲨和黑边鳍真鲨。结论 应用Cyt b作为DNA条形码对鲨鱼种鉴定结果与COI DNA条形码结果一致,在鲨鱼种鉴定时可以使用Cyt b 基因及COI基因联合鉴定条形码,为深加工海产品物种鉴定提供更多的技术支撑。     

13 种河豚鱼CO I基因部分DNA序列分析及在物种鉴定中的应用

应用CO I基因聚合酶链式反应（polymerase chain reaction,PCR）扩增通用引物,对福建省和海南省搜集的3?属13?种河豚鱼样品与9?个未知种名的河豚鱼样品的CO?I基因靶序列片段进行PCR扩增和测序,13?个已知物种样品的DNA序列提交基因库（GenBank）,取得相应的登录号。各物种CO I基因靶序列长度均为681 bp。应用DNAMAN V6软件对样品的DNA序列进行同源性比对分析,建立样品间系统关系同源树。基于CO I基因序列,供试13 个样品被划分为4?个类群组。群间的同源率为84%,群内同源率为90%～100%。根据序列同源性分析结果,9?个未知种名的样品被归类到2?个类群组中,判定这9?个样品为东方鲀属或腹刺鲀属,其中1?个样品（HNW2）为月腹刺鲀,4?个样品（HNW3、HNW4、FJW2、FJW5）为棕斑腹刺鲀,1?个样品（HNW1）为暗鳍腹刺鲀;3?个样品（FJW1、FJW3、FJW4）为横纹东方鲀。探讨基于DNA条形码技术的CO I基因靶序列片段在河豚鱼种属鉴别中应用的可能性。     

13种河豚鱼COⅠ基因部分DNA序列分析及在物种鉴定中的应用

应用COⅠ基因聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)扩增通用引物,对福建省和海南省搜集的3属13种河豚鱼样品与9个未知种名的河豚鱼样品的COⅠ基因靶序列片段进行PCR扩增和测序,13个已知物种样品的DNA序列提交基因库(GenBank),取得相应的登录号。各物种COⅠ基因靶序列长度均为681 bp。应用DNAMAN V6软件对样品的DNA序列进行同源性比对分析,建立样品间系统关系同源树。基于COⅠ基因序列,供试13个样品被划分为4个类群组。群间的同源率为84%,群内同源率为90%～100%。根据序列同源性分析结果,9个未知种名的样品被归类到2个类群组中,判定这9个样品为东方鲀属或腹刺鲀属,其中1个样品(HNW2)为月腹刺鲀,4个样品(HNW3、HNW4、FJW2、FJW5)为棕斑腹刺鲀,1个样品(HNW1)为暗鳍腹刺鲀;3个样品(FJW1、FJW3、FJW4)为横纹东方鲀。探讨基于DNA条形码技术的COⅠ基因靶序列片段在河豚鱼种属鉴别中应用的可能性。     

基于DNA条形码技术的海参物种鉴定

DNA条形码技术(DNA barcoding)是一种新型高效的物种鉴别方法。本研究基于DNA条形码技术,以线粒体细胞色素氧化酶I基因(COI)和16S核糖体RNA(16S rRNA)基因作为靶基因对海参物种进行鉴别,结果表明COI基因或16S rRNA基因均能实现大部分海参的物种鉴定,部分样品需结合两个靶基因鉴定出来。将所建立的DNA条形码方法用于市售海参样品的物种鉴定,24份市售海参样品中10份市售海参样品的物种鉴定结果与标签名称相符,6份样品与标签名称不符,存在将低价海参品种标为高价海参的现象;其余8份样品的标签只有商品名但没有明确的物种信息,利用DNA条形码技术对其鉴定可得到明确的海参种名。本研究结果证实DNA条形码技术可应用于市售海参的物种鉴定,为海参的监管提供技术支撑。     

韭菜18S rRNA基因序列分析和分类学意义

通过PCR方法扩增韭菜18S rRNA基因,测序获得1664bp的DNA序列,GenBank登录号是JF509958。将韭菜与GenBank中一些物种的18S rRNA基因序列进行序列对比,结果表明,韭菜18S rRNA基因序列与天门冬目的葱科、石蒜科、天门冬科的物种序列相似度高。通过测序绘制出韭菜18S rRNA二级结构。为韭菜资源在分子水平上的研究奠定了基础。     

河豚鱼Cyt b基因部分DNA序列分析与应用

建立河豚鱼物种DNA鉴别技术,根据GenBank公布的河豚鱼细胞色素b基因序列,应用软件Primer Premier5.00版设计上游引物HT1-F与下游HT1-R,对3属9种福建省搜集的常见的河豚鱼与2种未知物种名称且外观无法进行形态学判断的河豚鱼样品的细胞色素b基因序列中的部分片段进行PCR扩增,PCR产物通过琼脂糖凝胶电泳确证、纯化后,进行DNA碱基序列测定,序列长度均为423bp。应用DNA MANN软件进行样品间DNA序列同源性比对分析,建立样品间系统关系树状图,供试11个样品被划分为3个类群,第Ⅰ组与第Ⅱ组之间的同源率为89%,这2组与第Ⅲ组之间的同源率为85%。根据序列同源性分析结果,可推测2个未知种名的样品为腹刺鲀属或东方鲀属。     

大西洋三文鱼和虹鳟鱼双重PCR检测方法的建立及应用

为了实现大西洋三文鱼和虹鳟鱼的物种掺假快速检测,本研究建立了一种基于双重PCR（普通和荧光）的物种鉴定方法。通过序列分析,分别基于线粒体COⅠ和Cyt b基因设计大西洋三文鱼和虹鳟鱼特异性引物,验证引物的特异性并对双重PCR反应体系进行优化,建立大西洋三文鱼和虹鳟鱼的双重PCR快速鉴定方法。利用本研究设计的引物,仅大西洋三文鱼和虹鳟鱼可以分别扩增出108 bp和207 bp的特异性条带,而其他23种非目标物种均未有扩增条带。经验证,在双重PCR反应体系中,大西洋三文鱼和虹鳟鱼引物的最佳添加量分别为0.1和0.4 μmol/L,熔解温度分别约为81.5 ℃和85 ℃。利用该方法从29份市售“三文鱼”样品中检测到6份大西洋三文鱼和3份虹鳟鱼,且与DNA条形码比对结果一致。本研究建立的大西洋三文鱼和虹鳟鱼双重PCR（普通和荧光）鉴定方法具有良好的特异性和适用性,为大西洋三文鱼和虹鳟鱼物种鉴定提供了可靠的技术手段。     

高通量二代测序基因条形码技术在动物源性制品物种鉴定中的应用

该研究利用二代测序和DNA条形码技术对生物制品中动物源性成分鉴定方法进行探索性研究。首先对常见的哺乳动物、禽类、鱼类物种以及多种混合样本进行了核酸提取,并利用PCR技术对其线粒体基因16S rRNA区域354 bp的检测位点进行扩增。使用Illumina Miseq二代测序技术获取所有序列信息,并与Gen Bank数据库比对分析样本中的物种组成。结果显示,混合样品中所有动物源性成分均得到正确鉴定;鹅和鸭核酸的最低检测下限为0.5ng/μL;市售商业化动物源性制品经检测发现2起标签不符问题。该检测方法在一个高通量测序和结果比对分析实验周期内,实现了混合DNA片段序列信息的一次性获取。检测结果准确,适用范围广,有望为动物制品标识符合性检查、打击走私等方面提供技术保障。     

利用线粒体DNA Cyt b基因PCR-RFLP分析方法鉴别羊肉和鸭肉

建立了一种利用线粒体DNA(mtDNA) Cyt b基因PCR-RFLP分析来鉴别羊肉和鸭肉的方法。采用一对通用引物扩增绵羊、山羊和鸭的mtDNACytb基因,并对扩增产物用DNA限制性内切酶Bsu36I和SpeI进行酶切,电泳分析酶切产物的变化。结果表明通用引物可扩增羊和鸭472bp的PCR产物,经两种内切酶酶切后,绵羊、山羊和鸭的PCR产物分别被切为大小不同的片段,其中绵羊和山羊被SpeI切为213bp和259bp,而鸭则被Bsu36I切为95bp和377bp。利用PCR-RFLP分析mtDNA Cyt b基因的方法操作简单,是一种快速鉴别羊肉和鸭肉的可靠方法。     

Terminal restriction pattern analysis of 16S rRNA genes for the characterization of bacterial communities of activated sludge

A culture-independent molecular technique using terminal restriction fragment length polymorphism (T-RFLP) of 16S rRNA genes was applied to the characterization of bacterial communities of activated sludge taken from different municipal sewage treatment plants. 16S rDNA fragments from the bulk DNA of sludge were amplified by PCR with a Cy5-labeled forward primer corresponding to nucleotide positions 8 to 27 and a reverse primer complementary to positions 907 to 926 in the Escherichia coli numbering system. The 16S rDNAs thus obtained were digested with tetrameric restriction enzymes and analyzed using a Pharmacia automated DNA sequencer. A preliminary study on a model DNA mixture prepared from different bacterial species showed that the fluorescence intensity of terminal fragments (T-RFs) of 16S rDNAs amplified and detected was directly proportional to the 16S rRNA gene copy number rather than the amount of genomic DNA of each species present. 16S rDNA fragments amplified from the sludges and digested with HhaI usually generated at least 60 T-RFs, among which T-RFs of around 208 bp were the most abundant regardless of the time or area sampled. Southern blot hybridization with oligonucleotide probes specific to the 5' terminal regions of the 16S rDNA of different phylogenetic groups indicated that the T-RFs of around 208 bp were derived from members of the beta subclass of the class Proteobacteria. Hybridization with a probe specific to the class Actinobacteria failed to detect any appreciable signal. These results did not agree fully with those obtained by quinone profiling. The usefulness and limitations of the T-RFLP method for monitoring bacterial population dynamics in activated sludge were discussed.     

乌贼DNA条形码的筛选与验证

目的筛选适于鉴定乌贼的DNA条形码,建立鉴定舟山常见乌贼种类的DNA条形码技术体系。方法用聚合酶链反应(polymerase chain reaction, PCR)对现有5组DNA条形码引物组合进行了筛选,设计一对新的DNA条形码引物以供筛选备用。结果现有引物与部分乌贼的DNA模板存在错配而缺乏通用性,在部分乌贼DNA的扩增受阻。本实验设计的12S rRNA基因引物可以特异性扩增乌贼的DNA,提高了乌贼鉴定的准确度。结论本研究设计的12S rRNA基因引物可以作为现有乌贼DNA条形码鉴定的补充。     

DNA条形码技术对鱼子酱物种溯源及鉴定

为探讨DNA条形码技术在鱼子酱物种鉴定中的适用性，利用细胞色素b（Cytochrome b，Cyt b）和细胞色素氧化酶I亚单位I（Cytochrome Oxidase I，COI）作为DNA条形码对鱼子酱样品进行DNA提取、聚合酶链式反应（Polymerase Chain Reaction，PCR）、测序、利用NCBI网站和BOLD鉴定系统进行基因比较分析，构建系统发育树，鉴定鱼子酱物种，对我国鱼子酱产品物种标签符合性情况进行检查。购买的40份样品，一致性鲟鱼物种基因序列相似性均在99%以上，涉及5个鲟鱼种，其中杂交种占比75%、西伯利亚鲟、施氏鲟、欧鳇、俄罗斯鲟占25%。说明Cyt b、COI作为DNA条形码可以对鱼子酱进行物种鉴定，检测的鱼子酱产品均为鲟鱼子酱，无造假，但是45%产品标签物种替代或物种标识不清。加强对产品物种标识重视及鉴定技术的开发，有助于我国鱼子酱对外贸易发展，保障我国鲟鱼产业可持续性健康发展。     

A fast and accurate method for controlling the correct labeling of products containing buffalo meat using High Resolution Melting (HRM) analysis

The substitution of high priced meat with low cost ones and the fraudulent labeling of meat products make the identification and traceability of meat species and their processed products in the food chain important. A polymerase chain reaction followed by a High Resolution Melting (HRM) analysis was developed for species specific detection of buffalo; it was applied in six commercial meat products. A pair of specific 12S and universal 18S rRNA primers were employed and yielded DNA fragments of 220 bp and 77 bp, respectively. All tested products were found to contain buffalo meat and presented melting curves with at least two visible inflection points derived from the amplicons of the 12S specific and 18S universal primers. The presence of buffalo meat in meat products and the adulteration of buffalo products with unknown species were established down to a level of 0.1%. HRM was proven to be a fast and accurate technique for authentication testing of meat products.     

利用12S rRNA基因的限制性酶切末端片段长度多态性鉴定动物种类

目的：建立一种精确可靠的鉴定常见的1 0 种动物( 猪、狗、牛、山羊、绵羊、马、鸡、鼠、三文鱼和鹿)的方法。方法：利用12S rRNA 基因的限制性酶切末端片段长度多态性(terminal restriction fragment lengthpolymorphism,T-RFLP)鉴别动物种类。将线粒体12S rRNA 基因通过引物的5＇端用FAM 荧光标记,从基因组DNA 中扩增450bp 的目的片段。引物对1(下游引物FAM标记,上游引物不标记)扩增的PCR 产物用限制性内切酶Alu Ⅰ酶切。引物对2(上游引物FAM标记,下游引物不标记)扩增的PCR 产物用限制性内切酶Tru9 Ⅰ酶切。得到的酶切产物分别在遗传分析仪ABI 3100 上进行毛细管电泳,片段大小用Peak Scanner 1.0 软件分析。结果：根据Alu Ⅰ酶切图谱能够区分鸡、马、猪和三文鱼,而鹿和牛、山羊和绵羊、鼠和狗因酶切图谱相同无法分开。根据Tru9 Ⅰ酶切图谱,能够进一步将鹿和牛、山羊和绵羊、鼠和狗分开。同一种动物不同个体的酶切图谱完全相同,结果具有可重复性。没有出现物种内多态的现象。大多数情况下,实际得到的末端片段长度与理论值非常接近,只存在2 ～5bp 的差异。结论：该方法操作简单、结果精确,适用于鉴定动物种类。     

Development of a PCR assay for the detection of animal tissues in ruminant feeds

The European Community ban on use of meat and bone meal in ruminant feed, as a consequence of the spread of bovine spongiform encephalopathy in Europe, has prompted a number of investigations about the possibility of detecting animal tissues in feedstuff. In this paper, a study on vertebrate primers, designed in the 16S rRNA gene of mitochondrial DNA, is described. These primers were able to amplify fragments that contained between 234 and 265 bp. The fragments were specific for bovine, porcine, goat, sheep, horse, rabbit, chicken, trout, and European pilchard and were confirmed by sequence analysis amplicons. The primers were used in a PCR assay applied to five samples of meat and blood meals of different species and subjected to severe rendering treatments (134.4 to 141.9 degrees C and 3.03 to 4.03 bar for 24 min). The presence of vertebrate tissues was detected in all samples. The assay proved to be rapid and sensitive (detection limit 0.0625%). It can be used as a routine method to detect animal-derived ingredients in animal feedstuff.     

Real-time PCR for detection and quantification of red deer (Cervus elaphus), fallow deer (Dama dama), and roe deer (Capreolus capreolus) in meat mixtures

A rapid real-time polymerase chain reaction (PCR) technique using SYBR Green detection system, has been developed for the quantification of red deer, fallow deer, and roe deer DNAs in meat mixtures. The method combines the use of cervid-specific primers that amplify a 134, 169, and 120 bp of the 12S rRNA gene fragment of red deer, fallow deer and roe deer, respectively, and universal primers that amplify a 140 bp fragment on the nuclear 18S rRNA gene from eukaryotic DNA. The C_t (threshold cycle) values obtained with the 18S rRNA primers are used to normalize those obtained from each of the cervid-specific systems, serving as endogenous control for the total content of PCR-amplifiable DNA in the sample. Analysis of experimental raw and heat treated binary mixtures of red deer, fallow deer or roe deer meat in a swine meat matrix demonstrated the suitability of the assay for the detection and quantification of the target cervid DNAs in the range 0.1–0.8%, depending on the species and treatment of the meat samples analyzed.