川芎及其近缘物种的ITS2序列分析与鉴别研究△

目的：对常用中药川芎及其近缘物种进行分子鉴定,以确保该药材的质量及临床安全用药。方法：采用PCR技术,获得ITS2基因片段,进行双向测序,运用CodonCode Aligner拼接后,用MEGA5.0软件进行相关数据分析,构建NJ树。应用Schultz等建立的ITS2数据库及其网站预测ITS2二级结构。结果：川芎与其近缘物种ITS2序列间存在明显差异,基于ITS2序列的NJ树及其ITS2二级结构均可以将川芎及其近缘物种区分开。结论：ITS2可有效地鉴别中药川芎及其近缘物种,在中药鉴定中应用前景广阔。     

蛇床及其近缘物种的ITS2分子鉴定

目的：对传统中药蛇床子基原植物及其近缘物种的ITS2条形码序列进行分析,探讨药用植物蛇床子的分子鉴定方法。方法：采用PCR技术扩增蛇床ITS2基因片段,进行双向测序,运用CodonCodeAligner拼接后,用MEGA5．0软件进行相关数据分析,构建NJ树。应用Schuhz等建立的ITS2数据库及其网站预测ITS2二级结构。结果：蛇床与其近缘物种ITS2序列间存在明显差异,基于ITS2序列的NJ树及其ITS2二级结构均可以将蛇床及其近缘物种区分开。结论：ITS2可有效地鉴别蛇床及其近缘物种。     

基于ITS2序列鉴定桃仁及其近缘种

目的：对药材桃仁及其近缘种进行ITS2 分子鉴定,以保证药材质量及用药安全。方法：利用DNA 条形码技术,对桃仁及其近缘种的ITS2 核基因片段进行扩增并双向测序,经CodonCode Aligner V4.1 拼接后,将所有的ITS2 序列用MEGA5. 0 软件进行相关数据分析,并构建NJ 树。结果：桃仁两基原物种ITS2 序列长度为212~213 bp,序列变异较小;两基原物种ITS2 序列与近缘种的种间平均K2P 遗传距离大于其种内平均K2P 遗传距离;由NJ 树可知,桃仁的两基原物种聚为一枝,并与其他近缘种明显分开。结论：ITS2 序列作为DNA 条形码可以有效地鉴定药材桃仁及其近缘种,为其他中药及其近缘种的鉴定提供一定的参考依据。     

基于DNA条形码对凉山虫草及近缘物种和其混伪品的分子鉴定

目的：结合ITS基因和COI基因对《四川省中药材标准》收录的凉山虫草和近缘物种及当地市场上出现的混伪品进行分子鉴定,考察其方法的可行性。方法：对收集的28份样品通过DNA提取、PCR扩增,分别获得其ITS 序列和COI 序列。用Codon Code Aligner V3.7.1,Mega 5.0等软件进行比对分析,构建基于ITS 序列和COI 序列的样品的NJ 树,进行聚类分析。结果：凉山虫草和近缘物种及混伪品寄生真菌的ITS 序列种间最小K-2P距离大于各物种种内最大K-2P距离：种内变异小,种间差异较大,从而基于ITS序列的NJ 树能将凉山虫草与其他近缘物种及其混伪品很好地归属;凉山虫草和近缘物种及其混伪品寄主昆虫的COI序列种间最小K-2P距离大于各物种种内最大K-2P距离：种内变异小,种间差异较大,通过遗传距离及NJ树的分析能将凉山虫草与其他近缘物种其及其混伪品及其他近缘物种很好地区分。结论：结合ITS序列和COI序列的DNA条形码技术可以很好地鉴定凉山虫草与其近缘物种及其混伪品,并对虫草属的系统学和分类研究提供了技术支持。     

基于ITS2序列的积雪草及其混伪品的分子鉴定

目的：快速准确的鉴别中药积雪草及其混伪品。方法：采用ITS2序列片段,对其进行PCR扩增、测序,运用Codon CodeAligner、MEGA4．1等软件进行序列拼接和分析,构建积雪草及其混伪品的NJ树。应用Koetschan等建立的ITS2数据库及其网站预测ITS2二级结构。结果：积雪草及其混伪品ITS2序列之间存在明显差异,不同积雪草样品在NJ树上独立聚为一支。结论：运用ITS2序列可以准确鉴定积雪草及其伪品。     

蒙药并头黄芩的DNA条形码鉴定研究

目的:利用ITS2序列鉴定方法鉴别并头黄芩Scutellaria scordifolia Fisch.及近缘种植物。方法:提取并头黄芩及黄芩的DNA,对ITS2序列进行扩增和测序,并在Gen Bank获取近缘种植物的ITS2序列,计算物种种间种内遗传距离(Kimura 2-parameter,K2P),采用构建Neighbor-joining(NJ)系统发育树及ITS2序列二级结构进行鉴定分析。结果:并头黄芩及近缘种的ITS2序列的遗传距离为0.014~0.141,大于并头黄芩种内遗传距离。通过ITS2序列的NJ系统发育树和二级结构,可以准确地区分并头黄芩与其近缘种。结论:ITS2序列可有效准确的鉴别蒙药并头黄芩及其近缘种。     

基于ITS2的竹节参及其近缘物种和混伪品鉴定评估

目的对竹节参及其近缘物种和混伪品进行分子鉴定,为竹节参现代化鉴定提供科学依据和保证临床疗效与用药准确性。方法对竹节参样品进行ITS2基因片段扩增和正向测序,并从Gen Bank数据库下载竹节参、近缘物种和混伪品的ITS2序列,通过ITS2 database剪切最终共获得24个物种102条序列,使用DAMBE软件进行序列替代饱和度检测,利用MEGA 6.06软件进行比对、分析变异位点、计算GC含量、种内和种间遗传距离、构建NJ系统发育树,并预测ITS2二级结构。结果竹节参ITS2序列长度均为230 bp,平均GC含量63.7%,ITS2序列平均遗传距离分析、NJ树、二级结构特征均显示竹节参与非同属混伪品和部分近缘物种(屏边三七、假人参、三叶参、野三七和越南人参)存在极大差异,能有效区分,而鉴定近缘物种西洋参、人参、三七、珠子参、羽叶三七、Panax assamicus、Panax variabilis和狭叶竹节参序列分辨率较低,具有一定局限性。结论 ITS2序列可作为鉴定竹节参与其非同属混伪品DNA条形码之一,对非同属混伪品鉴定分辨率极高,而对于鉴定其近缘物种的通用性仍有待考证,这为后续竹节参及其近缘物种种间遗传关系和亲缘关系鉴定、非同属混伪品鉴别区分和临床安全用药提供重要参考。     

基于ITS2 序列鉴定中药材金沸草、旋覆花及其近缘混伪品

目的：应用ITS2 序列鉴定中药材金沸草、旋覆花及其近缘种混伪品,以确保药材质量,保障临床安全用药。方法：通过对金沸草、旋覆花等药材的3 个基原物种条叶旋覆花、旋覆花和欧亚旋覆花及其同属近缘物种进行DNA 提取、PCR 扩增ITS2 序列并双向测序,用CodonCode Aligner 对测序峰图进行拼接后,用MEGA5.0 软件进行相关数据分析,并构建NJ 系统聚类树以直观反映鉴定结果。结果：各基原物种ITS2 序列变异位点稳定,其种内平均K2P 距离均远小于各自药材以及同属近缘混伪品的种间平均K2P 距离;基于ITS2 序列的NJ 树可以将金沸草和旋覆花药材与同属其它近缘混伪品明显区分开。结论：ITS2 序列可准确鉴别中药材金沸草和旋覆花及其同属近缘混伪品。     

基于ITS2条形码鉴别市售柴胡药材及其混伪品

目的采用DNA条形码分子鉴定技术鉴别市售柴胡药材及其混伪品,以确保柴胡药材质量及临床用药安全。方法共收集85份柴胡药材,对其ITS2序列进行PCR扩增并双向测序,所得序列经CodonCode Aligner校对拼接后,利用MEGA 6.0对序列进行分析比对,计算种内、种间遗传距离,利用邻接法(NJ)构建系统聚类树,并应用ITS2数据库网站预测其ITS2二级结构。结果柴胡种内遗传距离明显小于柴胡与其近缘物种种间遗传距离,基于ITS2建立的NJ树和网站预测的ITS2二级结构,均能将柴胡药材及其混伪品区分开。85份样品中,55份符合《中国药典》2015年版规定的柴胡正品来源,正品率为64.7%。结论基于ITS2序列可以准确可靠地鉴别柴胡药材及其混伪品,为确保临床用药安全提供新的技术手段。     

基于ITS2序列的竹叶花椒及其近缘种药材鉴别

目的:通过分析竹叶花椒及其近缘种药材的核糖体DNA内转录间隔区2(ITS2)条形码序列,探讨DNA条形码技术鉴别竹叶花椒及其近缘种药材的可行性。方法:对样品进行DNA提取、扩增、测序,并从GenBank数据库下载ITS2序列,共获得竹叶花椒及其近缘种药材ITS2序列43条,基于Basic Local Alignment Search Tool(BLAST)法、临接法(NJ)、Kimura 2-parameter(K2P)遗传距离和ITS2序列二级结构进行鉴定分析。结果:BLAST结果与性状鉴定结果一致;竹叶花椒种内平均K2P遗传距离小于其与花椒、青花椒、野花椒的种间平均K2P遗传距离;NJ系统聚类树和ITS2二级结构可直观地区分竹叶花椒及其近缘种。结论:应用ITS2条形码可以有效地鉴别竹叶花椒及其近缘种药材。     

麦冬及其混伪品的ITS2序列分析及鉴别研究

目的：对麦冬及其易混伪品进行分子鉴别,以确保该药材的质量和临床安全用药。方法：从GenBank数据库中下载麦冬及其混伪品的ITS2片段序列,利用MEGA等软件进行相关数据分析,构建NJ树,并预测麦冬及其混伪品的ITS2二级结构。结果：麦冬与其3个混伪品的ITS2序列间存在明显差异,基于ITS2序列的NJ树及其二级结构亦能对麦冬及其混伪品进行鉴别。结论：ITS2条形码序列可有效地鉴别麦冬及其混伪品。     

基于ITS2序列的中药材藤梨根DNA分子鉴定

目的：通过DNA条形码鉴定技术区分中药材藤梨根及其常见混伪品。方法：对采集的中药材藤梨根样品及其常见混伪品进行DNA 提取,PCR扩增和测序,运用CodonCode Aligner 3.5.7对所获ITS2序列进行拼接。应用MEGA 5.0软件计算藤梨根及其常见混伪品的Kimura 2-parameter（K2P）遗传距离,并构建NJ（邻接）系统聚类树,最后分析种间ITS2序列的二级结构差异。结果：中药材藤梨根两种基原植物的平均种内K2P遗传距离分别为0.001和0.002,远小于藤梨根与其常见混伪品之间的平均K2P遗传距离0.120;藤梨根与其常见混伪品的ITS2二级结构也存在明显差异;NJ树显示藤梨根的基原植物聚在一起,与混伪品可明显区分,但无法区别所有猕猴桃属植物。结论：ITS2序列可高效区分藤梨根及其常见混伪品,弥补了传统鉴定方法的不足,提高了鉴定效率及准确性。     

基于ITS2和psbA-trnH序列鉴别金线兰及其近缘种

目的 应用ITS2和psbA-trnH条形码鉴定金线兰Anoectochilus roxburghii及其近缘种。方法 提取金线兰及其近缘种的DNA,对ITS2和psbA-trnH序列进行扩增和测序,计算物种种内、种间遗传距离,构建邻接法（neighbor-joining,NJ）系统聚类树直观反映鉴定结果。结果 经PCR扩增后测序,金线兰及其近缘种ITS2序列长度为250～254 bp,GC含量为48.2%～51.6%;psbA-trnH序列长度为636～704 bp,GC含量为31.8%～32.0%。根据K2P遗传距离计算,金线兰的种内遗传距离明显小于种间遗传距离。基于ITS2序列构建的NJ树结果显示,除长片金线兰A.longilobus外,金线兰与其余混伪品可以明显区分。基于psb A-trnH序列构建的NJ树结果显示,除长片金线兰和丽蕾金线兰A.lylei外,金线兰与其余金线兰属近缘种可以明显区分。结论 ITS2和psb A-trnH序列可以鉴别金线兰与其遗传距离较远的近缘种。     

基于ITS2序列的车前子原植物及其混伪品的分子鉴定

目的：通过分析车前子原植物及其混伪品的ITS2条形码序列,探索鉴定车前子及其混伪品的新方法。方法：对研究材料进行DNA提取、PCR扩增和双向测序,所得序列经过CodonCode Aligner拼接后,用软件MEGA5进行相关数据分析,计算其种间、种内遗传距离,并利用已建立的ITS2数据库及其网站预测ITS2二级结构和构建系统发育树。结果：车前种内最大K2P距离为0．0099,与混伪品种间最小K2P距离为0．4976;平车前种内最大K2P距离为0．0052,与混伪品种间最小K2P距离为0．5191。车前子基原植物与其混伪品的二级结构的分子形态均有明显差异。由所构建的系统聚类树可以看出,车前与平车前的不同来源样品聚在一支,并能很好与混伪品区分开。结论：ITS2条形码序列能够成功鉴定车前子基原植物与其混伪品,为车前子的基原鉴定提供了新的方法。     

基于条形码ITS2序列的何首乌及其近缘种和混淆品的分子鉴别

目的:通过内转录间隔区2(internal transcribed spacer 2,ITS2)序列分析,探究鉴别何首乌与其近缘种和混淆品的新方法。方法:何首乌与其近缘种和混淆品的ITS2序列进行扩增、纯化、测序,运用Seqman软件进行序列拼接,通过MEGA6.0软件进行序列的分析并构建kimura 2-parameter(K2P)模型的neighbor-joinin(NJ)系统聚类树。结果:何首乌与其近缘种和混淆品ITS2序列间存在明显差异,种内遗传距离小于种间遗传距离。齿叶蓼与何首乌种间遗传距离较大,却与翼蓼非常接近,二者的遗传距离仅0.029。NJ系统聚类树显示不同产地的何首乌聚为一支,与其近缘种和混淆品可很好地区分。结论:ITS2序列可有效地鉴别何首乌与其近缘种和混淆品,为何首乌的用药安全性提供技术保障。     

基于ITS2 序列的车前子原植物及其混伪品的分子鉴定

目的：通过分析车前子原植物及其混伪品的ITS2 条形码序列,探索鉴定车前子及其混伪品的新方法。方法：对研究材料进行DNA 提取、PCR 扩增和双向测序,所得序列经过CodonCode Aligner 拼接后,用软件MEGA5 进行相关数据分析,计算其种间、种内遗传距离,并利用已建立的ITS2 数据库及其网站预测ITS2 二级结构和构建系统发育树。结果：车前种内最大K2P 距离为0.009 9,与混伪品种间最小K2P 距离为0.497 6;平车前种内最大K2P 距离为0.005 2,与混伪品种间最小K2P 距离为0.519 1。车前子基原植物与其混伪品的二级结构的分子形态均有明显差异。由所构建的系统聚类树可以看出,车前与平车前的不同来源样品聚在一支,并能很好与混伪品区分开。结论：ITS2 条形码序列能够成功鉴定车前子基原植物与其混伪品,为车前子的基原鉴定提供了新的方法。     

基于ITS2序列的茅苍术及其近缘种DNA分子鉴定

目的 应用ITS2条形码鉴定茅苍术Atractylodes lancea及其近缘种药材.方法 提取不同产地29份茅苍术、北苍术A. chinesis及白术A. macrocephala基因组DNA,通过PCR扩增ITS2序列并进行双向测序,测序结果提交至GenBank;从GenBank下载茅苍术及其菊科近缘种10种45条ITS2序列;对提交与下载的73条序列,应用MEGA 5.1软件进行序列比对,计算种内和种间距离,采用相似性搜索法、最近距离法进行鉴定分析,并构建Neighber-jioning(NJ)系统进化树直观反映鉴定结果.结果 茅苍术药材ITS2序列长度均为229 bp,是1个单倍型;与菊科近缘种苍术属药材距离较近,与菊科其他属近缘种之间遗传距离较远,NJ树结果显示茅苍术及其近缘种药材均可明显区分,表现出良好的单系性,依据ITS2二级结构,也可以直观地将茅苍术与菊科近缘种药材区分.结论 ITS2序列作为DNA条形码能稳定、准确鉴别茅苍术药材,为保障临床安全用药提供了新的技术手段.     

中药金钱草及其混淆品的ITS2序列分析与鉴别

目的 通过对常用中药金钱草及其混淆品进行分子鉴定,以确保该药材的质量及其安全用药.方法 采用多聚酶链式反应(PCR)技术,获得内转录第二间隔区(ITS2)基因片段,进行双向测序,运用CodonCode Aligner、MEGA等软件进行序列拼接和分析,构建系统进化树(NJ树).此外,应用Koetschan 等建立的IT...