肾透明细胞癌基因拷贝数变异与 mRNA差异表达的整合分析

目的 在整个基因组范围内整合分析染色体变异与基因差异表达来探讨肾透明细胞癌的发病机制。方法 从肿瘤基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库下载肾透明细胞癌DNA拷贝数和mRNA表达数据,使用GISTIC进行拷贝数变异分析;使用R软件包edgeR进行基因差异表达分析;并对差异表达基因进行KEGG 和GO通路富集分析。结果 GISTIC发现381个拷贝数扩增,1287个缺失;R语言包发现1171个基因mRNA表达上调,567个基因mRNA表达下调;相关性检测发现13个拷贝数增加的基因表达上调,17个拷贝数降低的基因表达下调。GO 和 KEGG分析发现这些差异基因主要富集在多个致癌基因,且参与肿瘤的发生、发展及免疫逃逸的信号转导。结论 整合分析相关拷贝数变异和基因表达差异,能为肾透明细胞癌的诊断和治疗提供分子标记和靶点。     

BCG感染牛肺泡巨噬细胞的转录组测序和分析

目的：通过卡介苗（BCG）感染牛肺泡巨噬细胞（BAM）的转录组测序及生物信息学分析,揭示差异表达的基因和长链非编码RNA （lncRNA）,为巨噬细胞抗结核分枝杆菌感染的免疫调控机制研究提供理论依据。方法：采用肺脏灌洗离心法收集并培养BAM,分为感染组和未感染组,感染组经BCG感染后12h,利用转录组测序技术（RNA-Seq）检测感染组和未感染组BAM mRNA表达谱及lncRNA表达谱,并进行生物信息学相关分析。结果：与未感染组比较,感染组BAM差异表达的lncRNAs共有119个（P<0.05）,差异表达的mRNA共有1 111个（P<0.05）。在差异表达基因的功能富集分析中,最显著富集项与免疫功能相关（GO：0006955,P<0.05）,共有125个基因,其中有63个基因表达上调,62个基因表达下调,且白细胞介素6（IL-6）、白细胞介素17（IL-17）和白细胞介素23A （IL-23A）等促炎因子表达上调。lncRNA靶基因预测,差异表达的lncRNA参与转化生长因子β（TGF-β）信号通路及ABC转运体信号通路的调控（P<0.05）。结论：BCG感染BAM后,激发宿主细胞产生强烈的免疫反应,引起lncRNA和mRNA表达谱的改变。     

基于TCGA和GEO数据挖掘分析PRC1在肺腺癌中的表达及预后意义

目的探讨肺腺癌（LUAD）组织中胞质分裂蛋白调节因子1（PRC1）的表达及其对LUAD患者预后的影响。方法通过肿瘤免疫评估资源（TIMER）数据库分析PRC1mRNA在33种肿瘤中的表达情况,并用人类蛋白质图谱（HPA）数据库的免疫组化结果验证PRC1蛋白在LUAD中的表达。通过肿瘤基因图谱（TCGA）和基因表达综合（GEO）数据库获得PRC1在LUAD中的表达数据及相关临床特征参数,分析PRC1mRNA表达水平与LUAD患者的临床特征、总生存期（OS）和无进展生存期（PFS）的关系。采用基因集富集分析（GSEA）预测PRC1相关的基因通路。结果TIMER数据库分析结果显示,17种肿瘤组织中PRC1mRNA表达水平均高于正常对照组织。TCGA数据库、GSE31210和GSE75037数据集结果提示,LUAD组织中PRC1mRNA表达水平均明显高于正常对照组织或癌旁正常组织,差异均有统计学意义（均P＜0.01）。HPA数据库的免疫组化结果提示,PRC1蛋白在LUAD组织中呈高表达。TCGA数据库分析结果提示,PRC1mRNA表达水平与LUAD患者的性别、吸烟、T分期、N分期和TNM分期均有关（均P＜0.01）。TCGA数据库、GSE31210和GSE68465数据集结果提示,除GSE68465数据集中的PFS外,其余PRC1高表达组患者PFS和OS均差于低表达组（均P＜0.05）。单因素和多因素Cox分析表明,PRC1mRNA表达水平是影响LUAD患者OS和PFS的独立危险因素（均P＜0.05）。GSEA结果提示,PRC1高表达样本富集在有丝分裂纺锤体、G2M检查点、E2F信号通路、DNA修复等基因集中。结论LUAD中PRC1mRNA表达水平上调,PRC1高表达提示LUAD患者的预后差,可作为LUAD患者治疗的潜在靶点。     

宫颈癌中HPV感染与Rap1GAP基因及蛋白水平改变关系的研究

目的研究宫颈癌中HPV感染与Rap1GAP基因及蛋白水平改变的关系。方法以我院收治的70例宫颈癌患者为观察组,另选正常宫颈组织70例为对照组。分别对两组对象的宫颈组织进行DNA提取、总RNA提取、cDNA合成、PCR反应扩增。并检测HPV感染、Rap1GAP基因外显子E11和E19缺失率、Rap1GAP mRNA表达及Rap1GAP蛋白表达情况。结果观察组患者HPV感染明显高于对照组（P〈0.05）。观察组HPV阳性和阴性组E11和E19的缺失率比较,差异无统计学意义（P〉0.05）。Rap1GAP mRNA、Rap1GAP蛋白在观察组HPV阳性组组织中的表达率、阳性表达率明显低于HPV阴性组（P〈0.05）。宫颈癌中HPV感染与Rap1GAP mRNA的表达呈正相关（r=0.578）,与Rap1GAP蛋白的阳性表达呈正相关（r=0.554）。结论宫颈癌中HPV感染与Rap1GAP mRNA的表达呈正相关,与Rap1GAP蛋白的阳性表达呈正相关。     

基于ESTIMATE算法探究TCGA数据库免疫相关基因在乳腺癌中的预后价值

目的 根据ESTIMATE算法探究TCGA数据库中免疫相关基因在乳腺癌中的预后价值。方法 从TCGA数据库获取606例乳腺癌患者的临床信息和肿瘤样本的转录组数据,采用edgeR方法对转录组数据进行差异表达分析,通过ESTIMATE算法筛选出基于免疫分数或间质分数高低分组的差异表达基因;使用R软件绘制差异表达基因的聚类分析热图;使用韦恩图对基于免疫分数和间质分数得到的差异表达基因进行交集分析;运用STRING数据库,搜索并预测表达显著差异基因编码蛋白质之间的相互作用;通过单因素Cox回归分析评估差异表达基因的预后作用;运用DAVID数据库对差异表达基因进行GO富集分析以及KEGG通路富集分析。结果 生存分析结果显示,高免疫分数组患者的总生存期中位值943天,而低分组患者总生存期中位值860天,显著高分组患者总生存期显著高于低分组患者(P<0.05);而间质分数与乳腺癌患者总生存期之间无差异(P>0.05)。进一步对免疫分数高分组和低分组患者表达上调的951个差异表达基因进行生存分析,发现160个基因与乳腺癌患者的总生存期显著相关;对上述160个基因进行蛋白质互作分析,富集出与...     

基于蛋白的宫颈癌相关基因生物信息学分析

目的/意义 运用生物信息学方法挖掘与宫颈癌相关的基因,探讨与HPV E6/E7密切相关差异表达基因的特征及临床意义。方法/过程 以UCSC的TCGA和GTEx中宫颈癌的宫颈组织及临床信息作为训练集。以GEO中与宫颈癌相关的表达谱芯片GSE63514作为验证集。首先,使用R软件limma包筛选肿瘤和正常样本的DEGs,制作与MigDB中E6/E7蛋白相关基因的韦恩图。利用survival包进行生存分析,通过ROC和蛋白表达水平进行验证。其次,通过拷贝数变异和甲基化相关性得到关键基因。最后,构建特异性共表达网络并进行富集分析和免疫浸润分析。结果/结论 与HPV E6/E7蛋白相关的差异表达基因有101个,经筛选有3个基因意义显著,分别是E2F1、MCM4和PCNA。同时,经通路分析后发现特异性共表达网络中的基因显著富集在DNA复制、染色体组织等通路。通过免疫相关性分析发现关键基因与CD4 T细胞、B细胞和中性粒细胞显著相关。DNA复制、染色体组织等为宫颈鳞癌发生发展以及HPV E6/E7编码蛋白显著相关的分子机制和关键基因。     

核转录因子κB家族蛋白及HPV E6/E7mRNA与早期宫颈癌复发的关系

目的 探讨核转录因子κB（NF-κB）家族蛋白表达及人乳头瘤病毒（HPV） E6/E7 mRNA水平与早期宫颈癌复发的关系。方法 收集2017年1月至2020年12月在开滦总医院妇产科接受宫颈癌根治术的163例早期宫颈癌患者的临床资料,设为宫颈癌组;另收集医院同期收治的101例非宫颈癌患者的临床资料,设为非宫颈癌组,根据病理结果分为3个亚组：对照组（子宫肌瘤患者,n=31）、低度鳞状上皮内瘤变（LSIL）组（n=26）、高度鳞状上皮内瘤变（HSIL）组（n=44）。比较宫颈癌组与非宫颈癌组及非宫颈癌3个亚组间宫颈组织中c-Rel、p65、p50核表达及HPV E6/E7 mRNA表达情况,分析c-Rel、p65、p50核表达及HPV E6/E7 mRNA在不同临床病理特征宫颈癌患者中的差异性表达,采用Kaplan-Meier法分析c-Rel、p65、p50及HPV E6/E7 mRNA表达与宫颈癌术后无复发生存的关系,Cox法分析宫颈癌术后复发的影响因素。结果 宫颈癌组c-Rel、p65、p50及HPV E6/E7 mRNA阳性率均高于对照组（P＜0.05）,HSIL组c-Rel、p50及HPV E6/E7 mRNA阳性率均高于对照组（P＜0.05）,LSIL组HPV E6/E7 mRNA阳性率高于对照组（P＜0.05）。c-Rel表达与脉管浸润程度有关,p65表达与FIGO分期、宫旁浸润及淋巴结转移有关,p50表达与间质浸润有关,HPV E6/E7mRNA表达与肿瘤直径、宫旁浸润及间质浸润有关（P＜0.05）。随访36（12~75）个月期间,163例宫颈癌患者复发率为19.63%（32/163）,Kaplan-Meier结果显示,c-Rel、p50阳性患者与阴性患者的无复发生存率差异无统计学意义（LogRankχ²=0.820、3.181,P=0.367、0.075）,p65、HPV E6/E7 mRNA阴性患者无复发生存率分别优于阳性患者（LogRankχ²=10.597、4.474,P=0.001、0.034）。多因素Cox回归分析显示,FIGO分期IIa期、淋巴结转移、p65阳性、HPV E6/E7 mRNA阳性可增加宫颈癌术后复发风险（HR=1.617、1.506、3.180、1.460,P＜0.05）。结论 转录因子NF-κB家族核表达、HPV E6/E7 mRNA表达在宫颈病变进展过程中存在差异,其表达水平与早期宫颈癌多种病理特征有关,且p65、HPV E6/E7 mRNA可影响宫颈癌术后复发,可作为评估早期宫颈癌术后复发的可靠参考指标。     

实验性自身免疫性肌炎中MMP—2，MMP—9，TIMP—1的表达及甲基强的松龙的影响

目的：探讨基质金属蛋白酶（MMP－2，MMP－9）及基质金属蛋白酶抑制剂（TIMP－1）在实验性自身免疫性肌炎（EAM）发病中的作用，以及甲基强的松龙对MMP－2，MMP－9，TIMP－1基因mRNA和蛋白表达的影响。方法：应用RT－PCR及免疫组织化学技术，研究MMP－2，MMP－9及TIMP－1在EAM组、甲基强的松龙治疗组（EAMM组）和对照组（NS组）大鼠外周血、脾脏、肌肉组织中的表达水平。结果：EAMM组大鼠发病程度低于EAM组，炎症细胞浸润和肌纤维坏死程度减轻。MMP－2，MMP－9 mRNA在EAM大鼠外周血、脾脏淋巴细胞中的表达上调；MMP－2，MMP－9蛋白在EAM组大鼠肌肉组织表达增加，与对照组相比差异有显著性。EAMM组MMP－2，MMP－9mRNA的表达及蛋白的表达均受到抑制，与EAM组比较差异有显著性。EAMM组TIMP－1基因mRNA及蛋白的表达上调，与EAM组相比差异有显著性。结论：MMP－2，MMP－9表达增加可能与EAM发病有关；TIMP－1可能参与了抑制免疫反应；甲基强的松龙能减轻EAM发病程度，其作用机制可能与MMP－2及MMP－9的表达下调、TIMP－1的表达上调有关。     

基于GEO和TCGA数据库对肺腺癌差异表达基因的生物信息学分析

目的：采用生物信息学方法筛选影响肺腺癌（LUAD）的关键基因,分析其生物学功能及其对LUAD预后的影响。方法：于高通量基因表达（GEO）数据库下载GSE118370和GSE136043芯片数据,癌症基因组图谱（TCGA）数据库筛选LUAD相关数据。采用R软件分析共同表达的差异表达基因（DEGs）。采用clusterProfile R包对DEGs进行基因本体（GO）功能富集分析,DAVID数据库进行京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,STRING数据库构建蛋白-蛋白相互作用（PPI）网络。采用Cytoscape筛选连接度排名前10位的关键基因,GEPIA数据库和人类蛋白质图谱（HPA）数据库分析正常肺组织和LUAD组织中关键基因mRNA和蛋白表达情况及不同分期LUAD组织中关键基因表达情况。关键基因免疫浸润分析和生存分析获取关键基因表达与患者生存期的相关关系。结果：共筛选DEGs 428个。GO分析,LUAD的DEGs在主要富集于上皮-间质转化（EMT）等生物过程（BP）方面、细胞基部等细胞组分（CC）方面和细胞外基质（ECM）结构形成等分子功能（MF）方面。KEGG分析,...     

基于癌症基因组图谱数据库探索结肠癌拷贝数变异基因及其功能通路

【摘要】 目的 利用癌症基因组图谱(TCGA)数据库筛选结肠癌拷贝数变异基因并分析其潜在功能。 方法 从TCGA数据库下载结肠癌拷贝数变异数据和表达谱数据在R350环境下利用卡方检验或fisher确切概率法筛选正常组织和癌组织之间显著差异的拷贝数变异基因,结合表达谱数据筛选显著差异拷贝数合并显著表达差异的基因。对显著差异拷贝数合并显著表达差异的基因进行GO功能和KEGG通路富集分析,探索其潜在的功能和通路。筛选结果经我院样本测序结果验证。结果 共发现8872个显著差异拷贝数合并显著表达差异的基因,包括GID8、YTHDF1、TAF4、NELFCD等;主要富集的功能和通路分别为RNA的催化活性、DNA的催化活性、泛素相关酶活性、Notch信号通路、AMPK信号通路、p53信号通路等。结论 挖掘结肠癌拷贝数变异突变基因并分析其潜在功能,有助于帮助深入理解结肠癌遗传机制和发病机制,这有可能作为结肠癌诊断和治疗靶标应用于临床。     

基于mRNA-Seq数据筛选Mn2+调控小鼠巨噬细胞的差异表达基因及功能的初步分析

对Mn2+调控的小鼠巨噬细胞mRNA进行测序和生物信息学分析,筛选出差异表达的基因并分析其生物学功能,探究Mn2+对小鼠巨噬细胞的调控作用。采用MnCl2 和NaCl分别处理小鼠腹腔巨噬细胞24 h,利用mRNA-Seq方法筛选出Mn2+调控巨噬细胞的差异表达基因,并对差异基因进行京都基因与基因组百科全书（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomesm, KEGG）和基因本体论（Gene Ontology, GO）通路富集分析及qRT-PCR的验证。通过整合数据库信息和分析获得1637个差异表达基因,其中表达明显上调的基因有912个,表达明显下调的基因有725个,其中与免疫相关差异最显著的10个基因qRT-PCR验证结果与mRNA测序分析趋势一致。GO富集分析表明10个差异基因具有免疫吞噬、细胞增殖和分化及转录因子调控等生物活性,KEGG通路主要富集在PI3-Akt、NF-κB信号通路。通过mRNA-Seq数据筛选Mn2+调控小鼠巨噬细胞的差异表达基因及其GO和KEGG富集分析,结果表明Mn2+对巨噬细胞具有明显的免疫调节作用。     

溶质载体家族7成员11基因SLC7A11与肝癌临床特征相关性

目的 明确溶质载体家族7成员11基因（SLC7A11）在肝癌及癌旁组织中的表达水平,了解SLC7A11基因与肝癌患者临床特征的关系。方法 收集102例肝癌患者肝癌组织及其癌旁组织,通过半定量PCR 、Real-time PCR测定SLC7A11基因在组织中的表达水平,分析该基因与肝癌患者年龄、性别、肿瘤大小、HBV感染、淋巴结转移、生存期及组织学分级的关系。结果 随机挑选20对肝癌和癌旁组织进行半定量PCR,SLC7A11基因在85.0%（17/20）的肝癌组织较癌旁组织中mRNA的表达水平明显上调。Real-time PCR检测102例肝癌和癌旁组织中SLC7A11 mRNA表达水平,72.5%（74/102）肝癌组织中SLC7A11基因表达水平明显上调（P<0.01）。在64例肝癌患者中SLC7A11 mRNA高表达组的平均生存期为16个月,低表达组的平均生存期为22个月,SLC7A11 mRNA高表达组生存期较短（P<0.01）。SLC7A11基因表达水平与肿瘤大小成正相关,肿瘤大于3 cm的肝癌患者SLC7A11基因的表达水平明显上调（P<0.05）。SLC7A11基因表达水平与患者的年龄、性别、HBV感染、淋巴结转移与否及组织学分级无关（P>0.05）。结论 SLC7A11基因在肝癌组织中表达上调,影响着肿瘤的增生及患者的生存期,提示SLC7A11基因在肝细胞癌发生发展中起着重要的作用。     

基于TCGA数据库的肺癌和结直肠癌放疗后差异基因筛选、功能及通路研究

目的筛选影响肺癌和结直肠癌放疗敏感性的相关基因及其通路,为患者实现精准放疗提供理论依据。方法从癌症基因组图谱（TCGA）数据库中筛选出肺癌和结直肠癌放疗患者,根据生存期是否超过3年分成两组,进而利用limma软件分析两组患者之间差异表达基因,筛选P＜0.05且差异倍数（fold-change, FC）＞1.5或FC＜0.67的基因并对其进行GO功能注释和KEGG富集、筛选差异表达基因,Kaplan-Meier plotter分析差异表达基因总体生存率。结果从TCGA数据库中筛选出269个上调基因和211个下调基因。其中差异表达基因主要涉及细胞因子-细胞因子受体相互作用、Wnt信号通路、细胞色素P450对外来生物代谢的影响等生物过程。主要富集在上皮细胞增殖、细胞-细胞黏附的调节、体液免疫反应、对外界刺激反应的积极调节等功能方面。与生存期小于3年的患者相比,SFTPB（P=0.000 11）、SFTPA2（P＜0.000 1）基因低表达的患者生存曲线明显较好,而OLFM4（P=0.000 11）、LGALS4（P＜0.000 1）高表达的患者有更好的生存率。结论SFTPB、SFTPA2、OLFM4和LGALS4可能是影响肺癌和结直肠癌放疗敏感的关键基因。     

细胞凋亡相关基因CD44在甲状腺癌组织中的表达及其与肿瘤侵袭和免疫细胞浸润关系的生物信息学分析

目的：通过生物信息学方法探讨细胞凋亡相关基因（ARGs）透明质酸受体蛋白CD44在甲状腺癌（THCA）组织中表达及其与患者临床病理特征和肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）的关系,为THCA的诊断和治疗提供新的研究方向。方法：从癌症基因组图谱（TCGA）数据库获得THCA凋亡相关的差异表达基因（DEGs）表达谱,选取表达上调的CD44基因,分析THCA组织和癌旁组织中CD44 mRNA表达水平;采用受试者工作特征（ROC）曲线对THCA组织与癌旁组织进行鉴别;采用基因本体功能注释（GO）、京都基因与基因组百科全书（KEGG）和基因集富集分析（GSEA）对DEGs进行功能及通路富集分析;采用STRING数据库建立蛋白-蛋白互作（PPI）网络,通过Cytoscape软件进行可视化;采用TIMER数据库分析THCA组织中CD44 mRNA表达和TILs浸润丰度之间的相关性;使用R语言分析CD44蛋白表达与免疫检查点的关系。选取110例THCA患者标本,采用免疫组织化学SABC法检测THCA组织及相对应的癌旁组织中CD44蛋白表达情况。结果：TCGA数据库分析,与癌旁组织比较,THCA组织中CD44 ...     

LRRC59在宫颈癌中的表达及预后价值

目的:评估富含亮氨酸重复序列蛋白59(LRRC59)在宫颈癌组织中的表达及对宫颈癌患者预后的影响,并探讨LRRC59调节宫颈癌发生的机制。方法:GEPIA网站分析LRRC59 mRNA在13例正常宫颈组织和306例宫颈癌组织中的表达水平。实时荧光定量聚合酶链反应检测LRRC59 mRNA在10例正常宫颈组织及12例宫颈癌组织中的表达差异。Kaplan-Meier Plotter数据库分析LRRC59对宫颈癌患者总生存期和无复发生存期的影响。基于TCGA数据库中的转录组数据和临床数据绘制ROC曲线并进行单因素和多因素Cox回归分析。基因集富集分析探究LRRC59调节宫颈癌发生的机制。结果:LRRC59 mRNA在宫颈癌组织中表达增加(P<0.05)。LRRC59高表达的宫颈癌患者总生存期(P=0.022)及无复发生存期(P<0.001)更短。LRRC59对宫颈癌患者预后有一定的诊断价值(3年AUC=0.610,5年AUC=0.633)。LRRC59高表达是宫颈癌患者预后不良的独立危险因素[HR=2.645,95%CI(1.378～5.078),P=0.003]。LRRC59通...     

生物信息学方法分析与宫颈癌有关联的基因

目的 通过TCGA和GEO数据库筛选与宫颈癌相关的关键基因,探讨其分子机制及临床意义。 方法 通过TCGA和GEO数据库获取宫颈癌的基因表达谱数据,采用加权基因共表达网络分析(WGCNA)获取宫颈癌与正常宫颈组织差异表达基因(DEGs),对DEGs进行富集分析、蛋白-蛋白互作网络(PPI)分析并识别关键基因,进一步对关键基因与预后及蛋白表达、以及与宫颈癌免疫浸润的关系进行分析。 结果 通过TCGA与GEO数据库中共得到88个宫颈癌DEGs,GO分析发现大部分基因与核染色体减速分裂、核染色体分裂、染色体集缩、核染色体等相关;KEGG信号通路分析发现宫颈癌DEGs参与了细胞周期、DNA复制、卵母细胞减数分裂、p53信号通路、同源重组等信号通路。鉴定出20个宫颈癌关键基因,仅有丝分裂阻滞缺陷2样蛋白1(MAD2L1)低表达患者的总生存期(OS)长于MAD2L1高表达患者(P=0.013),但MAD2L1高表达患者的无病生存期(DFS)与低表达患者差异无统计学意义(P>0.05),宫颈癌组织中MAD2L1蛋白高于正常组织。TIMER在线软件分析显示,MAD2L1与肿瘤的免疫浸润水平均相关(P<0.05)。 结论 发现了与宫颈癌相关的候选基因MAD2L1,其与宫颈癌患者的预后及免疫浸润均有关,可能成为宫颈癌预后预测及治疗的新靶点。     

集聚蛋白基因在不同宫颈癌细胞中的表达

目的探讨集聚蛋白(Agrin)基因在人乳头瘤病毒(HPV)阳性和阴性宫颈癌细胞中表达的差异。方法以人乳头瘤病毒16(HPV16)阳性的宫颈癌Caski细胞和Si Ha细胞、HPV18阳性的宫颈癌He La细胞、HPV阴性的宫颈癌C33-A细胞为研究对象。通过Western blot和实时荧光定量聚合酶链反应(PCR)等方法分别检测Agrin mRNA和蛋白在不同宫颈癌细胞中的表达。结果实时荧光定量PCR和Western blot结果均显示,与HPV阴性的宫颈癌C33-A细胞比较,HPV16阳性的宫颈癌Caski和Si Ha细胞、HPV18阳性的宫颈癌He La细胞中的Agrin mRNA和蛋白表达均显著增加(P<0.01或0.05),Agrin mRNA和蛋白在4种宫颈癌细胞中表达的顺序为:C33-A细胞相似文献   

ABCC4基因表达对前列腺癌免疫微环境的影响

目的：探究ATP结合盒亚家族C成员4(ABCC4)基因在前列腺癌（PCa）中的表达，分析ABCC4对PCa肿瘤免疫微环境（TME）的影响。方法：使用GEO数据库中的GEO2R计算PCa与癌旁组织的差异表达基因。通过GEPIA2数据库探究ABCC4基因在PCa中的表达。将从UCSC Xena数据库下载的TCGA中的PCa数据分为ABCC4基因高、低表达组。使用clusterprofafiler R包进行GO分析和基因集富集分析（GSEA）。利用TISIDB数据库、ESTIMATE和CIBERSORT分析ABCC4基因表达与免疫指标的相关性。结果：PCa组织中ABCC4基因表达高于癌旁组织（P<0.05）。ABCC4高表达组PCa患者生存能力较差。在GSEA中，ABCC4低表达组中Th1和Th2细胞分化通路被激活，ABCC4基因可能在PCa的TME中起作用。TISIDB分析证实ABCC4基因表达与NK和T细胞丰度呈负相关关系（P<0.05）。ABCC4基因高表达与免疫检查点基因低表达有关。ESTIMATE和CIBERSORT分析表明，ABCC4基因表达可抑制PCa的免疫细胞浸润...     

低级别胶质瘤差异基因筛选及功能预测

目的 基于美国癌症肿瘤基因图谱(TCGA)数据库联合GTEx数据库分析低级别胶质瘤组织及正常脑组织的差异表达基因,并探讨其相关分子机制。方法 从TCGA数据库及GTEx数据库下载所有低级别胶质瘤中mRNA转录组数据。共包含样本569例,其中低级别胶质瘤组织为529例,正常脑组织为40例。在R语言环境下,应用edge R工具包处理数据,得到差异表达基因。利用DAVID数据库对差异表达的前1000个基因进行GO分析及KEGG通路富集分析。对显著差异表达的前200个差异表达基因进行分析,基于Cysctoscape绘制蛋白互作网络图。比较关键基因在低级别胶质瘤组织及正常脑组织中的表达水平。以关键基因的中位表达水平为界值,将关键基因分为高表达组与低表达组,比较高表达组与低表达组的生存情况。结果 共筛选出9045个差异表达基因,其中,上调基因5566个,下调基因3479个。GO分析结果显示,其生物过程有DNA结合转录激活活性,RNA聚合酶Ⅱ特异性,肌动蛋白结合,有机酸结合,肽结合等功能富集。KEGG富集分析结果表明,差异表达基因的信号通路主要化学致癌物-活性氧自由基,粘附蛋白激酶,肺癌蛋白多糖,催...     

利用TCGA数据库分析MED19基因在肝癌中的表达及临床意义

目的:探讨MED19在肝癌患者中的表达及与预后的关系。方法:基于TCGA数据库收集相关数据，挖掘MED19在肝癌组织和正常组织、不同临床特征和免疫分型中的表达差异。比较MED19在免疫分型中的表达差异，并基于“ESTIMATE”算法分析其表达水平与肿瘤微环境的相关性。通过Kaplan-Meier法以及Cox回归分析MED19表达量对肝癌患者生存期的影响。通过基因集富集分析（GSEA）并且筛选差异基因进行基因本体（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析，探讨MED19的表达对其他基因集的影响。利用Cellminer数据库数据分析MED19表达量与药物敏感性的关系。结果:在肿瘤组织中MED19的表达增加（W=1 422，P＜0.001），且MED19表达量与临床分期（stage Ⅱ vs. stage I:W=5 828，P＜0.01，stage Ⅲ vs. stage I，W=5707，P＜0.01）、病理分级（G3 vs. G1:W=2 656，P＜0.05）和T分期（T2 vs. T1:W=6 485，P＜0.01，T3 vs. T1:W=5 758，P＜0.01，T4 vs. T1:W=770，P＜0.05）相关。不同免疫亚型中MED19的表达存在差异，且MED19高表达引起基质得分减少（W=14 363，P＜0.01）。MED19高表达使肝癌患者生存率下降（χ2=11.7，P＜0.01），且是患者生存的独立危险因素（HR=1.123，P＜0.01）。GSEA结果显示MDE19高表达组在癌症相关通路富集，此外MED19高表达组和低表达组差异基因的GO和KEGG分析表明，MED19高表达组中的上调表达基因也主要在细胞周期等相关通路富集。药物敏感性分析显示MED19在癌症中高表达与克拉屈滨（r=0.331，t=2.671，P=0.010）、白屈菜红碱（r=0.313，t=2.507，P=0.015）等药物的敏感性呈正相关。结论:MED19在肝癌中表达升高，且与肝癌的预后不良相关。