胃癌耐药相关hsa-miR-194-5p的靶基因预测及生物信息学分析

目的：研究胃癌耐药相关hsa-miR-194-5p的靶基因,并分析其参与的生物学过程和信号转导通路,为胃癌耐药机制的表观遗传学研究提供前期基础.方法：通过NCBI数据库检索hsa-miR-194-5p的基本信息;使用预测数据库预测hsa-miR-194-5p的靶基因;使用DAVID数据库对靶基因集合进行功能富集分析(GO)和信号转导通路富集分析(KEGG).结果：成熟的miR-194-5p序列多个物种之间具有高度保守性.预测靶基因共325个,参与的生物学过程主要有Golgi组织和细胞对DNA损伤刺激的反应(P<0.01),分子功能包括泛素蛋白连接酶结合和泛素介导的蛋白水解(P<0.01),细胞组分富集在细胞核和细胞表面,调控包括TGF-β和WNT等多条信号转导通路(P<0.01).结论：miR-194-5p的靶基因SMURF1、 RAC1、MAPK1与胃癌细胞的增殖密切相关.     

日本对虾miR-34靶基因预测及其生物信息学分析

已有研究表明日本对虾(Marsupenaeus japonicus shrimp)miR-34(mja-miR-34)参与调控白斑综合症病毒(white spot syndrome virus, WSSV)的感染，但其调控的宿主基因还未具体阐述.本研究首先比对了miR-34在17个物种中的序列，并使用TargetScan 5.1和miRanda预测了miR-34调控的宿主基因.结果显示，miR-34在物种进化过程中具有高度保守性；mja-miR-34可靶向作用于242个宿主编码的基因，且在病毒感染不同时间段呈现差异表达；利用GO注释和KEGG信号通路富集分析结果表明，mja-miR-34的靶基因参与细胞代谢、细胞信号转导、免疫系统以及遗传信息的调控等过程；mja-miR-34在对虾体内可调控靶基因(translation initiation factor)的表达.结果说明mja-miR-34及其靶基因参与病毒感染等多个细胞进程，但还有待进一步验证.本研究可为mja-miR-34靶基因的鉴定及其生物学功能的研究提供数据支持和理论指导.     

miR-9-5p靶向调控ZAK对结直肠癌细胞增殖、迁移和侵袭的影响

目的:阐明miR-9-5p通过靶向调控ZAK表达从而影响结直肠癌细胞增殖、迁移和侵袭能力的分子机制。方法:通过qPCR、Western blot检测结直肠癌细胞系(HCT116、SW260、HT29及LoVo)及结直肠癌患者组织样本中miR-9-5p表达水平及ZAK的mRNA和蛋白表达水平。生物信息学方法分析miR-9-5p与ZAK结合的靶向序列。双荧光素酶基因报告实验检测miR-9-5p对ZAK的靶向调控关系。脂质体法将miR-9-5p mimic或/和ZAK质粒共转染结直肠癌细胞系HCT116及SW620,通过CCK-8及克隆形成实验观察miR-9-5p/ZAK信号轴对细胞增殖的影响,通过Transwell观察对细胞迁移和侵袭能力的影响。结果:与人正常上皮细胞系相比,在结直肠癌细胞系中ZAK的mRNA及蛋白水平显著上调(P<0.05);在结直肠癌临床组织样本中,ZAK蛋白水平亦显著上调(P<0.05);miR-9-5p的表达水平在癌细胞系及组织样本中下调(P<0.05)。双荧光素酶报道基因实验显示miR-9-5p能显著影响ZAK 3’UTR野生型表达载体的荧光素酶...     

miR-194-5p通过Wnt5a抑制肝星状细胞活化

为研究miR-194-5p对肝星状细胞(HSCs)活化的影响及作用机制,采用CCK-8、β-半乳糖苷酶染色、Transwell、划痕、集落形成实验和RT-qPCR、Western blot分别检测miR-194-5p对LX-2细胞生物学特性、细胞活化标志物和靶基因表达的影响,并用生物信息学和双荧光素酶报告实验确定miR-194-5p靶基因.结果显示：miR-194-5p抑制LX-2细胞增殖、细胞集落形成、迁移能力以及LX-2细胞中活化标志物的表达,促进LX-2细胞衰老;Wnt5a为miR-194-5p的直接靶基因.研究表明miR-194-5p通过靶定Wnt5a抑制LX-2细胞活化,miR-194-5p和Wnt5a可能是治疗肝纤维化新的靶点.     

miR-140-3p在侵袭性念珠菌感染患者中的诊断意义及预后价值

目的:探究miR-140-3p在侵袭性念珠菌感染(ICI)患者中的诊断价值和预后中的作用.方法:选择2021年1月至2021年6月在广东同江医院确诊治疗的60例侵袭性念珠菌感染患者作为本次研究实验组,另收集同期在该院进行体检的正常人50例作为本次对照组.收集两组人群血清,采用实时荧光定量聚合酶链反应(qRT-PCR)检...     

miR-424与肿瘤的发生发展及其机制研究进展

对miR-424在部分肿瘤发生发展中的作用及其机制的研究现状进行了综合评述。miR-424是近年来发现的一类长度为19~25nt内源性的非编码小分子单链RNA,其在多种肿瘤中通过作用于靶基因,参与靶基因调控的信号通路,影响肿瘤细胞生物学效应,最终影响肿瘤的发生发展,发挥类似于癌基因、抑癌基因的作用,或促进、抑制肿瘤的侵袭转移。未来可进一步在肿瘤发生发展的作用机制、临床早期诊断、愈后判断和药物筛选等方面进行研究。     

中国鲎保守miRNA靶基因预测及功能分析

以中国鲎、美洲鲎和果蝇EST为靶标,使用多个软件对中国鲎胚胎发育期高表达、高保守的19条miRNA进行靶基因预测。结果表明:8条miRNA在中国鲎EST中获得18条靶基因;17条miRNA在美洲鲎EST中获得616条靶基因;12条miRNA在果蝇EST中获得543条靶基因。这些保守miRNA潜在调控靶基因的功能,不但可能与血液凝集反应以及抗菌功能相关,而且还可能广泛参与生化调控、细胞组分组织架构、细胞组分空间定位、发育过程、多细胞器官构建、色素形成等生理过程。     

水稻microRNA及其靶基因的系统鉴定

miRNA在植物生长发育和环境胁迫中发挥着重要的作用.本研究基于49个水稻小RNA 测序数据,系统分析了已知miRNA的表达,并鉴定到了新的水稻miRNA.我们发现,miRBase上注释的水稻miRNA中,只有39％具有可检测的表达. 此外,对水稻降解组数据的分析鉴定到一些新的miRNA靶基因,包括两个新的miR444靶基因,它们分别编码WD40蛋白和热休克因子型DNA结合蛋白.     

p53 基因敲除小鼠的饲养繁殖及鉴定

摘要: 目的为了繁育和鉴定p53 基因敲除小鼠,将引进的杂合子小鼠进行饲养繁殖,杂合子用于继续保种。方法 对其幼鼠剪尾提取基因组DNA,采用PCR 方法进行基因型鉴定。结果对引进小鼠已成功饲养和繁殖,并得到 纯合基因缺失型小鼠。结论正确的饲养、繁殖及基因鉴定方法对于基因敲除小鼠的获得和保种具有重要的意 义。     

myocardin通过激活miR-93-5p促进人主动脉血管平滑肌细胞分化

myocardin是促进平滑肌细胞分化的重要转录因子.微小RNA(microRNAs,miRNA)在近年来已经证实参与多种生物学过程,包括平滑肌的表型转化.然而在平滑肌分化过程中myocardin与哪些microRNA具有相关性仍有待于阐明.通过将外源性myocardin转入人主动脉血管平滑肌细胞(human aortal vascular smooth muscle cells,HA-VSMCs)中,利用免疫印迹(Western blot)检测分化标志基因肌动蛋白α2(actin alpha2,ACTA2)和肌动蛋白相关蛋白(smooth muscle 22 alpha,SM22α)的表达;利用实时荧光定量PCR(Real-timePCR)检测过表达或敲低myocardin对miR-93-5p水平的影响;构建miR-93-5p启动子的荧光素酶报告质粒,利用荧光素酶报告分析证实myocardin对mi R-93-5p启动子的转录激活作用.上述结果证实myocardin可能通过激活miR-93-5p的转录,上调其表达,进而促进血管平滑肌细胞的分化.     

乳腺癌相关转移基因的研究进展

目的综述肿瘤转移基因在乳腺癌中的研究进展。方法采用文献回顾的方法,对目前国内外肿瘤转移基因在乳腺癌中的研究状况加以分析与综述。结果肿瘤转移基因与乳腺癌的发生、转移及预后相关。结论对肿瘤转移基因的深入研究有助于进一步深化对乳腺癌生物学行为的认识,为肿瘤转移的分子诊断和基因治疗提供新的思路。     

乳腺癌相关转移基因的研究进展

目的 综述肿瘤转移基因在乳腺癌中的研究进展.方法 采用文献回顾的方法,对目前国内外肿瘤转移基因在乳腺癌中的研究状况加以分析与综述.结果 肿瘤转移基因与乳腺癌的发生、转移及预后相关.结论 对肿瘤转移基因的深入研究有助于进一步深化对乳腺癌生物学行为的认识,为肿瘤转移的分子诊断和基因治疗提供新的思路.     

MiR-199b-3p、miR-373、miR-548c-3p及Lin28在肺癌中表达及其意义

探讨miR-199b-3p、miR-373、miR-548c-3p与Lin28在肺癌中的表达,以及它们与临床指标的相关关系.用溶液法提取46例肺癌患者的癌组织和癌旁组织中的总RNA,Q-PCR检测基因的相对表达量.经过两独立样本t检验,比较miR-373(t=3.28,P=0.000 7)、lin28(t=3.94,P=0.001 6)及miR-548c-3p(t=2.98,P=0.002)在肺癌组织和癌旁组织中的表达,基因表达均有显著性差异.使用Spearman肺癌组织中RNA与免疫组织化学指标发现MiR-b199b-3p与MRP(Rs=0.40,P=0.029),miR-548c-3p和Ki167呈正相关关系(Rs=0.52,P=0.0056),miR-373与K167呈正相关关系(Rs=0.43,P=0.029),Lin28与P53呈负相关关系(Rs=-0.43,P=0.022),还与PGP呈负相关关系(Rs=-0.38,P=0.034).miR-373在肺癌患者组织中基因表达显著下调,而miR-548c-3p与Lin28基因表达呈上调,3个基因的表达与肿瘤的发生发展关系密切.     

携带p53和p21基因腺病毒转移载体的构建

构建携带p53和p21基因的重组腺病毒转移载体以研究p53和p21联合基因治疗效果.将p53cDNA克隆到转移载体pCMV5GFP替代gfp,得到pCMVp53,使其受到CMV启动子的调控;同时将p21基因克隆到pCMVp53,得到重组腺病毒转移载体pCMVp53/p21.得到携带p53和p21基因的重组腺病毒转移载体.     

小细胞肺癌扩散与基因缺失相关

从一个癌细胞数以百计的基因突变中,找出导致癌细胞扩散的最主要基因是癌症生物学研究者面临的一个主要难题。据美国物理学家组织网2011年7月19日报道,日前麻省理工学院的科学家利用全基因组分析技术,发现了导致小细胞肺癌扩散的新基因。     

miR-20a-5p表达对胃粘膜相关组织淋巴瘤增殖的影响及其机制研究

目的 探讨miR-20a-5p的表达对胃粘膜相关组织(MALT)淋巴瘤的增殖影响及其相关分子机制.方法 收集18例人胃MALT淋巴瘤组织及邻近正常胃粘膜组织.采用实时荧光定量聚合酶链反应(qRT-PCR)检测组织中miR-20a-5p的相对表达;应用miR-20a-5p mimic和miR-20a-5p inhibit...     

阿尔茨海默症靶基因及其药物的预测研究

阿尔茨海默症(AD)是一种起病隐匿的进行性发展的神经系统退行性疾病.目前用于治疗AD的药物主要改善患者的认知功能,延缓疾病的进展.目前,这类药物的研制和开发方兴未艾,新药层出不穷.遗憾的是,几乎所有的药物都未能使患者广泛受益.本文一方面从现有用于治疗AD的药物出发,利用DrugBank数据库挖掘AD的靶基因,通过使用DAVID、GenePANDA等数据资源和生物工具,预测得到30个用于治疗AD的靶基因或与AD直接相关的基因,如目前未被充分研究的AD靶基因GPER1、SSTR4、GALR2等.另一方面,基于预测靶基因方法,通过DrugBank数据库预测的可潜在用于AD治疗的药物,如神经类治疗药物中的阿米替林、奥氮平、氯氮平、阿莫沙平、α-氨基异丁酸和组胺6种药物,在非神经类治疗药物中有地塞米松、吲哚美辛、舒林酸和酮洛芬4种药物.