蛋白质拓扑结构Alignment与相似性打分的算法

蛋白质结构分类是当今“后基因组”研究的热点,是探索蛋白质折叠／功能关系的有效方法。创立一种新型的分类体系就意味着对复杂的蛋白质的有了进一步的理解。本文基于蛋白质域的拓扑结构,将拓扑量化,以Ａｌｉｇｎｍｅｎｔ矩阵方法对结构域进行比较,并按拓扑结构相似性对任意２个蛋白质进行打分。上述算法已经实现了程序化。依此算法可将一组蛋白质进行新的分类,并可望将结构分类与生物功能的关系进行分析。     

由蛋白质二级结构序列预测拓扑结构

提出由蛋白质二级结构序列预测拓扑结构的方案，对全ａ全β和α／β型蛋白质制定了预测规则，预测成功率为８５％～９０％。     

蛋白质拓扑结构预测的进一步讨论

利用信息论方法，找到了与蛋白质拓扑结构相关性较好的一些二级结构参数，确定了预测蛋白质拓扑结构的最佳参数、对α类，β类，α／β类蛋白制定了简洁的预测规则；对结果进行了讨论。     

蛋白质的结构型和拓扑结构的识别

对ＰＤＢ库（１９９５年５月以后到１９９８年７月以前）进行了同源性分析处理，得到由１４１个蛋白质构成的检验集，难了构建模式的正确性；总结了蛋白质五种结构型（α型、β型、α＋β型、α／β型）的识别方法，同时，结合蛋白质的构建模式制定了不同结构型的的拓扑结构预测结果相近。     

相似序列Alignment快速算法及其应用

本文综述近期得到的由相似核苷酸序列给出Ａｌｉｇｎｍ ｅｎｔ的快速算法，以及此算法在若干应用问题中得到的新结果．     

氧化钛表面拓扑结构对蛋白质吸附的分子动力学模拟

分别选取了具有代表性的球状和纤维状蛋白质分子1PPT和α-FNA,利用分子动力学模拟技术构建了金红石(110)晶面上不同尺寸球状凸起缺陷和凹槽缺陷表面模型,采用COMPASS力场,正则系综(NVT),对蛋白质/TiO2相互作用体系进行结合能、二面角及径向分布函数的分析。研究发现,不同形状的蛋白质分子与不同曲率半径的表面缺陷吸附能存在较大差异,并且水的溶剂化效应阻碍了蛋白质在金红石表面的吸附。     

酵母蛋白质的序列相似性分析

介绍了蛋白质序列相似性分析的进展，并以对酵母蛋白质所做的工作为例，详细说明了蛋白质序列相似性分析的过程和有关算法，阐明了将蛋白质的结构分析和功能预测结合起来对序列相似性分析的意义，还针对蛋白质结构分析和功能预测的方法，提出了一些目前存在的问题，作为以后研究工作的出发点。     

黄河中游典型河网的结构自相似性

对黄河中游不同子流域河网的宏观几何形态进行了分析,利用TOPAZ软件和DEM数据,设置适当的提取参数得到它们的河网形态结构参数。对河网的几何结构和拓扑结构进行统计分析,结果表明:在一定尺度范围内满足Horton-Strahler法则和Tokunaga法则,呈现出结构自相似性。刻画河网形态结构的主要参数具有较稳定的取值,不同河网之间的参数取值波动不大,与河网呈现的宏观几何形态以及河网所处的地域没有显著相关性。     

折板结构的拓扑优化设计

从工程实际出发，引用一种折板结构代替板肋结构〔１〕，并应用折板结构的力学特性，建立了约束隐函数同几何设计变量的近似关系式．结合可行方向法的思想，提出一个不必对约束隐函数求偏导数，不必求解线性规划的优化算法，有效地解决了该类结构的拓扑可调优化问题．应用实例表明，算法的优化效果良好     

基于Cp-曲线的蛋白质序列相似性分析

蛋白质是生物体内行使重要功能的生物大分子.蛋白质的功能是由其空间结构决定的,而蛋白质的空间结构取决于其一级序列.因此,研究蛋白质的氨基酸序列就成为蛋白质结构预测的前提和基础,并已经成为生物学家关注的主要研究内容之一.主要介绍基于20种氨基酸的一种5-L模型,将蛋白质序列粗粒化为5-L序列,进而给出蛋白质序列的一种3-D图形表示,称之为Cp曲线.将Cp曲线转化为容易比较的序列不变量,并在此基础上对11个物种β-球蛋白质序列进行相似性分析.     

基于混合遗传算法的建筑结构优化设计

提出一种离散变量结构优化设计的单向搜索算法并与标准遗传算法结合成混合遗传算法,即发挥了单向搜索算法省时、高效、局部搜索能力强的特点,又发挥了遗传算法全局性好的特点·算例结果表明,该方法能直接计算具有应力约束和截面尺寸约束的离散变量结构优化设计问题,也能处理同时具有稳定约束和位移约束的多工况、多约束、多变量的离散变量结构优化设计问题·这种混合遗传算法优于标准遗传算法和单向搜索算法,是兼二者之长,弃二者之短的高效的理想优化设计方法·     

基于位点特异性打分矩阵的卷积神经网络预测SARS-CoV-2核衣壳蛋白的蛋白质二级结构

新型冠状病毒(SARS-CoV-2)有4种关键的结构蛋白,而核衣壳蛋白就是其中的1种.本实验从公开数据库NCBI上选取的SARS-CoV-2核衣壳蛋白质序列数据,分析SARS-CoV-2核衣壳蛋白与SARS-CoV核衣壳蛋白的序列相似性,对SARS-CoV-2核衣壳蛋白的理化性质和疏水性进行分析;在此基础上提出基于位点...     

以相似特征为主的图像压缩算法研究

对一类特殊的情形即以相似特征为主的图像压缩算法进行了研究，提出了一种新的相似不变量及其获取的简单方法，利用图像的相似性所存在的冗余关系达到获得高压缩比的目的，实验证明，压缩效果令人满意。     

面向多源知识融合的扩展主题图相似性算法

针对基于元数据或传统主题图的知识组织模式没有实现知识的多层次多粒度表示,以及知识融合过程中相似性算法准确性不高而影响融合质量的问题,结合全信息理论与扩展主题图结构特点及语义信息,提出了面向多源知识融合的扩展主题图相似性算法(ETMSC)和阈值选取的相关性、层次对应和实验确定三原则.该算法综合了语法、语义和语用的相似性,扩展了主题图元素间组成结构上的相似性,同时充分考虑了涵义及所处语境的相似性.主题图相似性的判别准则与阈值有关,阈值的确定与数据集相关.实验结果表明,ETMSC算法与单纯基于语法或语义的相似性算法相比,准确性提高了9.2%~11.1%.     

国产并条机优质高产的措施及几点看法

介绍了国内近两年来开发的新一代并条机的特点，并对各生产企业的不同型号的并条机从机械结构、传动、工艺、自动控制与自动监测等方面进行了对比和分析。     

基于分类精度和相关性的随机森林算法改进研究

为了提升传统随机森林算法的分类精度,本文首先对传统随机森林模型中的决策树根据分类性能评价指标AUC值进行降序排列,从中选取出AUC值高的决策树,计算这些决策树之间的相似度并生成相似度矩阵,然后根据相似度矩阵对这些决策树进行聚类,从每一类中选出一棵AUC最大的决策树组成新的随机森林模型,从而达到提升传统随机森林算法分类精度的目的。通过UCI数据集的实验表明,改进后的随机森林算法分类精度上最大提高了2.91%。     

基于结构相似性粗定位与背景差分细分割的运动目标检测方法

针对抖动相机和静止相机下的运动目标检测问题,本文提出基于结构相似性粗定位与背景差分细分割的运动目标检测方法。首先使用动态模式分解法根据视频序列提取彩色背景图像为粗定位提供基础,提出在小范围内利用相关法对SIFT算子检测到的当前帧图像和彩色背景图像的特征点进行匹配,通过匹配点对的偏移量估计当前帧图像的偏移程度,以达到消除图像抖动的目的;然后利用结构相似性对目标区域粗定位,减少复杂背景的干扰;再对各通道下粗定位彩色背景图像及校正后的当前帧图像背景差分并对其结果进行与操作;最后通过形态学处理得到完整的运动目标。实验结果表明：本文方法不仅有效改善了相机的抖动问题,而且在抖动相机和静止相机两种情况下的检测率有所提高,与GMM等三种算法相比查全率和准确率分别提高1.6%、3.5%和3%以上。     

基于SEART网和模糊相似测量的手写汉字预分类法

提出了一种手写汉字预分类的新方法.该方法分2步进行,首先采用有监督的扩展ART神经网络(SEART)产生一定数量的预分类组,然后通过模糊逻辑处理将各组字符分别转换成基于非线性加权函数的模糊样板,并通过基于模糊相似测量的匹配算法、相似性测量样板的分级分类进行预分类.测试结果表明,该方法效果良好,预分类正确率达到98.19%.     

一种快速有效处理数据集分类问题的新算法

经典的分类算法对小型数据集分类是非常有效的,但当面对超大型数据集时往往失去了分类能力。在平均值和方差以及新定义的权这三个度量的基础上提出了一种快速有效处理超大型数据集分类问题的新算法一核心向量算法,简称CV算法。试验结果表明,该方法对超大型数据集分类是比较有效的。     

朴素贝叶斯算法和SVM算法在Web文本分类中的效率分析

为分析对比朴素贝叶斯算法和SVM算法在Web文本分类中的效率及其适用的范围,构建了一个Web分类系统,此分类系统将已分类的Web网页作为训练集,利用分类算法构建Web分类器,通过Web测试集评价两类算法在Web文本分类中的性能体现,为Web文本分类算法选择提供一定的参考依据.