宏基因二代测序技术在肺部阴影发热病例诊断中的应用价值

目的 探讨支气管肺泡灌洗液(bronchoalveolar lavage fluid, BALF)病原宏基因二代测序(metagenomic next-generation sequencing, mNGS)技术在肺部阴影发热病例诊断中的价值。方法 回顾性分析我科收治的94例病例,均收集BALF同时行病原mNGS及传统检测(微生物培养+涂片镜检),比较两种方法诊断效能,并分析mNGS结果的影响因素。结果 以最终诊断为准,mNGS与传统检测比较：病原阳性率76.6%vs 19.1%、灵敏度83.5%vs 20.3%、阴性预测值40.9%vs 17.1%、诊断符合率79.8%vs 30.9%、混合感染检出率45.6%vs 7.6%,mNGS组明显优于传统组(P<0.05);且mNGS检出病原种类、数量及时间有明显优势。经二元Logistic分析基础疾病数量、发热可能是mNGS阳性结果的影响因素;检测公司及抗生素使用时间影响较小。结论 与传统检测相比,BALF的病原mNGS检测高效快速,有助于肺部阴影发热病例诊断和鉴别诊断。     

宏基因组二代测序在间质性肺病伴感染患者中的应用

目的:探讨宏基因组二代测序(mNGS)在间质性肺病(ILD)伴肺部感染患者中的初步应用。方法:本研究为病例对照研究。采用单纯随机抽样法,选取2018年1月至2019年8月南京大学医学院附属鼓楼医院呼吸与危重症医学科住院、诊断为ILD伴感染患者61例为研究对象。按照是否进行mNGS检测,分为mNGS组( n＝...     

宏基因组二代测序技术在2型糖尿病合并肺部感染患者中的临床应用

目的 比较宏基因组二代测序技术(metagenomic Next-Generation Sequencing, mNGS)与传统病原学诊断方法对2型糖尿病患者肺部感染病原学诊断的优劣,为临床诊治提供参考依据。方法 对阜阳市人民医院在2021年11月至2023年3月就诊的103例2型糖尿病合并肺部感染患者进行回顾性分析,均接受传统培养及mNGS检测,比较两种不同检测方法对病原体检测的阳性率、病原学分布及检测结果的一致性;比较两种不同检测方法的敏感度、诊断效能;比较不同分组患者mNGS阳性检出率。结果 mNGS检测对肺部感染病原检出阳性率、诊断敏感度显著高于传统检测方法(81.55%vs 42.72%,P<0.001);(92.68%vs 51.21%,P<0.001),但是两者一致性较差(Kappa=0.179<0.4)。在各个亚组mNGS检出阳性率的比较中,合并肺基础疾病组检出阳性率更高(93.02%vs 73.33%,P<0.05)。结论 mNGS检测可提高2型糖尿病合并肺部感染患者病原体的检出率,尤其是在真菌、病毒、特殊病原体方面。     

宏基因组二代测序技术在免疫功能低下肺部感染患者诊断中的应用研究进展

恶性血液病、实体器官移植、先天性免疫缺陷、艾滋病等免疫功能低下患者肺部感染常见,其中大部分患者会发展成重症感染而导致急性呼吸衰竭、脓毒血症等,预后较差。免疫功能低下患者的病原菌谱及病原体种类与免疫功能正常患者在很大程度上有所不同,多数为机会性病原体与混合性感染为主。因此,早期精准诊断病原体对于治疗和改善临床预后具有决定性作用。宏基因组二代测序（mNGS）是一种可同时独立无偏移检测数千至上亿基因片段的检测技术,以快速及准确的优势在病原体检测诊断中广泛应用。mNGS在免疫功能低下合并肺部感染患者的诊断中具有巨大的潜力,在未来可能成为补充常规诊断方法的宝贵工具。     

基于宏基因组的二代测序技术在重症肺炎患者病原体快速检测中的应用价值探讨

目的探讨基于宏基因组的二代测序技术(mNGS)在重症肺炎患者病原学检测中的应用价值。方法纳入2018-07~2019-05收治的重症肺炎患者26例,比较mNGS与传统检测方法对病原菌的诊断效能,同时评价抗生素暴露对检出率的影响。结果mNGS检出病原菌的阳性率为92.3%,高于传统培养方法的42.3%,差异有统计学意义(P<0.05)。在使用抗生素的前提下,mNGS的阳性率(91.3%)显著高于传统方法(43.5%),差异有统计学意义(P<0.05)。结论mNGS对病原菌鉴定具有较高的灵敏度,而且使用抗生素对mNGS检测结果影响小,对感染患者的诊治及疗效有着重要的临床应用价值。     

外周血宏基因组二代测序在肺炎中的应用价值

目的 评估外周血宏基因组二代测序(mNGS)技术在肺炎患者中微生物检测方面的应用价值。方法 使用回顾性分析的方法,收集常州市第二人民医院收治的28例使用外周血mNGS技术进行病原学检测的肺炎患者,并与常规微生物学检测(CMT)方法进行比较。结果 在这28例患者中,重症肺炎有19例,非重症肺炎有9例。mNGS对微生物的检出率(78.6%,22/28)与CMT(64.3%,18/28)相比差异无统计学意义(P=0.338)。mNGS对病毒的检出率高于CMT(P=0.004),但是在检出细菌(P=0.625)和真菌(P=0.118)方面无明显优势。进一步在重症肺炎患者的亚组分析中得到了同样的结果。经过综合评估,7例患者通过mNGS确诊病原体,分别为耶氏肺孢子菌(PJ)2例,PJ合并巨细胞病毒(CMV)2例,鹦鹉热衣原体2例和腺病毒1例。结论 尽管血mNGS对病原微生物的检出率并不优于CMT,但是当病毒、PJ或鹦鹉热衣原体感染时,可以考虑使用血mNGS进行病原学诊断。     

支气管肺泡灌洗液二代测序在检测肺部感染病原体中的应用

目的：探讨支气管肺泡灌洗液(BALF)二代测序(NGS)在肺部感染病原体检测中的应用。方法：回顾性收集412例肺部感染患者的临床病历资料，包括常规呼吸道病原学、NGS及实验室检测结果。结果：412例患者中，有肺部基础病患者222例，无肺部基础疾病患者190例。2组患者NGS检测BALF中前3位病原体均为流感嗜血杆菌、肺炎链球菌和EB病毒。有肺部基础疾病组铜绿假单胞菌检出率高于无肺部基础疾病组(11.3%vs 3.2%,P=0.002),而金黄色葡萄球菌低于无肺部基础疾病组(1.8%vs 6.8%,P=0.01)。NGS的检出率高于常规病原学检测(70.1%vs 38.3%,χ²=9.843,P=0.002)。且NGS还检出18例少见病原体。412例NGS中，68例行宏基因二代测序(mNGS),344例行靶基因二代测序(tNGS)。mNGS在金黄色葡萄球菌(8.8%vs 2.9%,P<0.05)、耶氏肺孢子菌(4.4%vs 0.3%,P=0.015)、群集裂褶菌(2.9%vs 0%,P=0.027)、人类疱疹病毒1型(17.6%vs 5.2%,P<0.0...     

宏基因组二代测序对肾脏重症监护病房免疫功能低下患者感染的诊断价值

目的：回顾性分析宏基因组二代测序(mNGS)对肾脏重症监护病房(ICU)免疫功能低下患者感染的诊断价值,评估临床应用前景。方法：选取2018年8月至2022年4月国家肾脏疾病临床医学研究中心ICU收治疑诊感染的慢性肾脏病(CKD)免疫功能低下患者,分为常规微生物学检测(CMT)确诊感染组、临床诊断感染组和排除感染组,对比mNGS与CMT的诊断效能。结果：本研究共纳入303例患者,累计使用2(1, 3)种免疫抑制剂,中位治疗时间7(2, 50)月,中位CD4⁺T细胞计数149.50(81.25, 262.25)个/μL,在院死亡率20.46%。CMT确诊感染组中38.79%的mNGS与CMT结果完全一致,27.88%部分一致,33.33%不一致。临床诊断感染组中57.69%通过mNGS发现感染病原体。mNGS报阳时间更早,检测病原体种类更多(P<0.05),混合感染检出率高(P<0.001),可鉴定出常规培养难以发现的病原体。mNGS对感染病原体检测灵敏度和准确度强于CMT(P=0.014),特异度、阳性及阴性预测值无明显差异。结论：mNGS能增加免疫功...     

支气管肺泡灌洗液宏基因组二代测序在非中性粒细胞减少肺曲霉感染中的诊治价值

目的 探讨支气管肺泡灌洗液(bronchoalveolar lavage fluid, BALF)宏基因组二代测序(metagenomic next-generation sequencing, mNGS)在非中性粒细胞减少肺曲霉感染中的鉴别优势及治疗指导价值。方法 回顾性研究2021年11月至2022年12月的32例非中性粒细胞减少患者的临床资料,其BALF的mNGS均提示真菌,17例为肺曲霉感染,15例为非肺曲霉感染。观察非中性粒细胞减少肺曲霉感染的临床特性,对比mNGS和常规方法的检测阳性率,评估mNGS对治疗的指导价值。结果 与非肺曲霉感染组相比,肺曲霉感染组更多表现为咯血或痰血(23.5%vs 0.0%,P<0.05),更多的患者接受全身皮质类固醇激素治疗(76.5%vs 40.0%,P<0.05)。两组BALF的mNGS检测阳性率均明显高于传统病原学方法(P<0.05)。肺曲霉感染组BALF的mNGS检测阳性率明显高于培养及GM试验(P均<0.001),可鉴定出94.1%共病原,其中共细菌、真菌和病毒的混合感染最多见(23.5%)。88.2%的肺曲霉...     

宏基因组二代测序及病原微生物芯片辅助诊断起搏器导丝处皮肤破溃感染一例

<正>起搏器囊袋感染是心脏植入装置术后感染类型之一,若不及时处理,会造成血行感染及感染性心内膜炎。尤其对于高龄患者,一旦怀疑起搏器植入感染,亟需引起重视。精准快速的病原学结果对于辅助诊断及调整抗感染方案具有重要意义。本文对1例应用宏基因组二代测序技术及病原微生物芯片辅助病原学诊断起搏器导丝处皮肤破溃感染病例进行报道,为临床特殊病原体感染的诊疗提供参考。1临床资料患者,男性,90岁。因“间断心悸20余年,皮肤破溃,起搏器导线外露2d”就诊。患者25年前间断感心悸伴头晕,诊断为“病态窦房结综合征”。20年前行人工永久起搏器植入术,后曾因起搏器电量耗竭两次行起搏器更换术(2005年及2017年)。1个月前患者因皮肤瘙痒抓挠导致起搏器处皮肤破溃,未予重视。2d前发现起搏器导丝外露,遂至北京大学第一医院就诊。自发病以来患者体温正常,偶伴心悸、咳嗽、咳痰。既往病史:冠状动脉粥样硬化、左肾动脉狭窄及口腔癌等。入院查体:体温36.3℃,脉搏62次/min,呼吸16次/min,血压125/75 mm Hg(1mm Hg=0.133k Pa),右侧胸壁可见一大小为2cm×1cm的皮肤破溃,无红...     

肺泡灌洗液宏基因组二代测序对疑似肺结核的诊断价值

目的 探讨肺泡灌洗液宏基因组二代测序(mNGS)对肺结核的诊断价值.方法 选择2020年5月22日至2021年2月20日长沙市中心医院收治的行痰液及肺泡灌洗液(BALF)结核分枝杆菌(MTB)抗酸染色涂片法、MTB培养法和BALF TB-DNA、Xpert MTB/RIF(简称Xpert)和mNGS检测的疑似肺结核患者...     

宏基因组二代测序在儿童布鲁氏菌脑炎诊治中的应用价值探索北大核心CSCD

目的探索脑脊液宏基因组二代测序(metagenomics next generation sequencing,mNGS)在中枢神经系统布鲁氏菌感染中的诊治价值。方法收集2020年11月至2021年2月山东大学附属儿童医院住院并临床疑诊为中枢神经系统布鲁氏菌感染的2例患者的临床资料分析儿童中枢神经系统布鲁氏菌感染的临床、实验室检查结果的特点,探索mNGS在布鲁氏菌脑炎临床诊治中的应用。结果2例患者均有羊接触史,均为急性起病伴发热,1例头晕,1例颈肩部疼痛伴有呕吐。影像学检查表现为半卵圆中心受累。脑脊液常规白细胞计数升高,以单核细胞为主,蛋白质水平增加,葡萄糖水平降低。脑脊液mNGS检测出布鲁氏菌的核酸序列数为(175~389)条,覆盖度为(0.05~0.11)%。结论脑脊液mNGS能够辅助中枢神经系统布鲁氏菌感染的临床诊断,有利于患者的及时诊疗。     

宏基因组二代测序在结核性胸膜炎中的诊断价值

<正>目前结核病疫情仍未得到有效控制,其中印度、印度尼西亚、中国是新发结核最多的3个国家^[1],约1/3的结核杆菌感染表现为结核性胸膜炎^[2]。我国结核性胸膜炎引起的胸腔积液约占胸腔积液所有类型的45%～55%^[3]。结核性胸膜炎确诊主要依赖胸膜或胸腔积液病原学检查结果和病理表现^[4-5],胸腔穿刺及胸腔镜下病理活检阳性率分别为54%～63%和66%^[6],但临床实践中胸膜活检操作难度大、对医师及设备要求高,限制了胸膜活检的应用。而由于胸腔积液的少菌性,病原学检查结果常为阴性,阳性率仅为15%～46%^[7],且耗时长。目前临床诊断主要综合临床表现和胸腔积液细胞学及生化检查结果,本文就结核性胸膜炎患者的临床资料进行前瞻性分析,探索宏基因组二代测序(m NGS)在结核性胸膜炎中的诊断价值。     

肺泡灌洗液宏基因组二代测序辅助诊断肺隐球菌病一例

<正>肺隐球菌病(pulmonary cryptococcosis,PC)的影像学表现多种多样,以单发或多发的周围型结节团块及局限的肺炎样病灶最为多见^[1-2],主要取决于宿主的免疫状态,易被误诊为肺结核、肺癌等疾病。目前针对肺隐球菌病的诊断没有相关的指南推荐意见。临床多采用检测外周血隐球菌荚膜多糖抗原的传统方法,具有快速简便的优势,在孤立性肺隐球菌病的诊断中存在敏感性不足;常规支气管镜下毛刷及肺泡灌洗液培养,因多数肺隐球菌病病灶靠近外周,存在培养阳性率低;组织病理学检查,是肺隐球菌病确诊的“金标准”,需经支气管镜肺活检、或在B超/CT引导下经皮肺穿刺活检以及经电视胸腔镜肺活检等方法获取肺组织标本,存在医院技术条件的限制。本文对我院收治的1例经肺泡灌洗液m NGS辅助诊断肺隐球菌病患者的全过程进行回顾性分析,结合文献对m NGS技术在诊断肺隐球菌病中的价值进行讨论,报告如下。     

宏基因组二代测序技术检测脑脊液在结核性脑膜炎诊断中的应用价值的Meta分析

目的 评价宏基因组二代测序技术检测脑脊液在结核性脑膜炎诊断中的应用价值。方法 通过计算机检索PubMed、Embase、Cochrane Library、中国知网、万方、维普等数据库。中文检索词:宏基因组二代测序、二代测序、结核、结核性脑膜炎;英文检索词:metagenomic next-generation sequencing、mNGS、next-generation sequencing、tuberculosis、tuberculous meningitis、tuberculosis meningitis。收集从建库至2021年4月30日发表的宏基因组二代测序技术应用于脑脊液检测诊断结核性脑膜炎的相关文献,由2名研究者独立进行文献检索、筛选、数据提取,质量评价。以MetaDisc 1.4 软件进行Meta分析。结果 检索出628篇文献,依据纳入和排除标准最终纳入7篇文献,包含477例患者,其中结核性脑膜炎患者231例。Meta分析结果显示,宏基因组二代测序技术检测脑脊液诊断结核性脑膜炎的汇总敏感度为62.0%(95%CI: 55.0%~68.0%)、汇总特异度为97.0%(95%CI: 94.0%~99.0%)、汇总阳性似然比为10.57(95%CI:4.84~23.11)、汇总阴性似然比为0.41(95%CI:0.27~0.60)、汇总诊断OR值为21.39(95%CI:10.18~44.95)、汇总受试者工作特征曲线下面积为0.956。结论 宏基因组应用于脑脊液检测对结核性脑膜炎具有较高的诊断价值,可作为快速诊断结核性脑膜炎的有效方法。     

宏基因组的二代测序技术在初治失败社区获得性肺炎患者病原菌检测中的应用价值

目的探讨基于宏基因组的二代测序技术(mNGS)在初治失败社区获得性肺炎(CAP)患者病原菌检测中的应用价值。方法回顾分析2019年5月1日至2020年12月31日安徽医科大学第四附属医院呼吸与危重症医学科收治初治失败CAP患者87例,统计其病原菌分布情况,并比较mNGS与传统检测方法对初治失败CAP病原菌诊断差异。结果 87例初治失败CAP患者中,非重症CAP患者75例,重症CAP患者12例。在75例非重症CAP患者分离到的31种微生物中,细菌感染最常见,其次为结核,再次为真菌、病毒;在12例重症CAP患者分离到的14种微生物中,真菌感染最常见,其次为非典型病原体。mNGS检测出病原菌的阳性率为(85.06%),高于传统检测方法(8.04%)。差异有统计学意义(P0.05)。结论 mNGS对病原菌鉴定具有较高的灵敏度,为初治失败CAP患者提供了快速准确的病原菌检测方法,有助于更早识别病原体和指导用药,提高临床诊治水平。     

宏基因组二代测序辅助诊断鹦鹉热衣原体肺炎一例

<正>鹦鹉热衣原体作为一种革兰氏阴性、胞内寄生的病原体,通常在鹦鹉及鸽子中被发现。由于鹦鹉热的低发病率及无特异性的临床表现,其发生易被忽视。而且目前所存在的传统检测方法检出鹦鹉热衣原体病原体较为困难,然而宏基因组二代测序(metagenomic next-generation sequencing, mNGS)作为一种新型宏基因组二代测序方法,具有快速、准确、全面检测的优势。     

应用宏基因组二代测序方法确诊的Q热心内膜炎一例

Q热心内膜炎的致病菌为贝纳特柯克斯体,其存在临床诊断困难且治疗疗程长的问题,目前血清学抗体滴度检测仍是Q热心内膜炎主要诊疗手段。本文报道1例应用宏基因组二代测序方法协助确诊病例,但在如何精确治疗时间,评价治疗效果方面仍存在困惑,期待更多证据为这类患者制定更为精确的治疗方案。     

BALF病原学宏基因组二代测序应用于异常肺部影像诊断

目的:探讨宏基因组二代测序(mNGS)技术检测支气管肺泡灌洗液(BALF)的病原微生物在异常肺部影像诊断中的临床应用价值。方法:回顾性研究。空军特色医学中心2018年9月至2020年11月收治的58例异常肺部影像患者的临床资料,BALF均行mNGS检测和常规病原微生物检测(普通细菌及真菌培养,涂片包括：抗酸染色、Gro...