传染性支气管炎病毒的分离及其S1基因高变区Ⅰ的遗传变异性分析

鸡传染性支气管炎（Infectious bronchitis，IB）是国际兽疫局（OIE）及我国规定的家禽B类／二类传染病之一。病原IBV血清型众多，各血清型IBV之间仅有部分或完全没有交叉保护作用，变异株又不断出现，因此免疫鸡群也会暴发疾病。     

鸡传染性支气管炎病毒分离鉴定及S1基因遗传演化分析

为调查辽宁地区鸡传染性支气管炎病毒(IBV)的流行及遗传演化情况,从辽宁某鸡场疑似鸡传染性支气管炎病料中分离得到1株病毒,经分子生物学检测、鸡胚矮小化试验、新城疫病毒血凝特性干扰试验和动物回归试验,确定该毒株为IBV,并命名为CH/LN/2019.扩增该毒株S1基因并进行序列分析发现,分离株S1基因全长1 620 nt...     

鸡传染性支气管炎病毒SC株S1基因的序列分析

用RT-PCR扩增了鸡传染性支气管炎病毒(IBV)SC株S1基因，连接到pMD 18-T载体上，克隆后进行了核酸序列分析，证实SC株S1基因与基因库中收录的国外毒株H120和M41的同源性较低，分别为81．1％和80．0％，而与国内JX9901株的同源性达到91．3％，初步证实国内存在IBV新毒株。     

鸡传染性支气管炎病毒中国地方分离株S1基因5''端的变异

对自海南海省、广西省发生鸡传染性支气管炎（IB）鸡群分离的4株IBV分离株（HaN-1/95、HaN-2/95、GX-1/98、GX－2／98）的主要免疫原纤突蛋白S1基因经RT－PCR扩增其5'端的1．2kb的目的片段，将其插入载体pMD 18-Tk ,在大肠杆菌中实现目的的基因的克隆。对克隆的目的基因经限制性酶切分析及PCR鉴定后，以双脱氧链终止法测定其核苷酸序列，并与GenBank中的参考毒株（H120、SD－1／97和Holte）相应序列作比较，分析其同源性。结果表明，HaN-1/95、HaN-2/95、GX-1/98及SD－1／97与疫苗株H120的核苷酸序列同源性分别为99．5％、99．2％、97．9％和99．5％，其推导氨基酸序列同源性分别为99．1％、98．9％、96．9％和99．2％。GX－2／98与Holte株的核苷酸序列同源率为99．0％，其推导的氨基酸序列同源性为98．6％，而与其他中国分离株的核苷酸序列的同源性仅为70％左右，氨基酸序列的同源性仅为68％左右。     

鸡传染性支气管炎病毒我国地方分离株S1基因的分子特征

应用反转录 -聚合酶链式反应 ,以 IBVS1基因的特异性引物从新疆 IBV流行株基因组中扩增出预期的 1 .7kb左右的片段 ,将此PCR产物修饰后插入到克隆质粒 p UC1 9的Sma I位点 ,在大肠杆菌中实现了目的基因的分子克隆。经测序及序列比较 ,与国外参考毒株相比表明新疆 IBV分离株已有分子水平的变异 ,与国内分离株 QX同源性高达 96% ,证明这两个分离株有很高的同源性     

传染性支气管炎病毒S1基因遗传变异研究

本文利用计算机互联网分析了传染性支气管炎病毒（IBV）Buead株（呼吸型）和Z株（肾病型）S1基因的遗传变异规律。经与Genbank中50余个传染性支气管炎病毒的S1基因序列比较研究表明：Beaud株和Z株均存在着高度变异和相对保守区，两株病毒S1基因含有5－6个插入变异区。本文同时分析了两株病毒S1蛋白氨基酸序列的变异规律，研究表明：各株传染性支气管病毒之间S1蛋白的氨基酸序列有局部变异，其中105－106个氨基酸保持恒定不变。功能位点分析表明：Z株与Buead株抗原位点的位置和组成已发生变异，糖基化位点除Z株出现两个新位点外，其位置没有发生变化，但其组成已发生较多变异。     

2株鸡传染性支气管炎病毒的分离鉴定及S1基因遗传分析

试验对安徽某蛋鸡场采集的病料进行病毒分离,获得2株鸡传染性支气管炎病毒(IBV),命名为AH01/2020和AH02/2020.对分离的病毒进行鸡胚接种、S1基因测序以及遗传进化分析.结果 显示,AH01/2020为LSC/99 Ⅰ型,AH02/2020为QX型,2株病毒均可导致鸡胚出现不同程度IBV典型病变,表现为发...     

传染性支气管炎DN-1分离株S1基因的克隆与序列分析

根据已发表的鸡传染性支气管炎病毒(IBV)S1基因序列设计了1对引物,通过RT-PCR特异性扩增出DN-1株的S1基因,产物为1.7 kb,与设计相符.同源性比较结果显示,DN-1株与H52、H120株的S1基因核苷酸序列的同源性分别为99.7%、99.2%,表明IBV DN-1分离株与疫苗株的S1基因具有高度的同源性.     

鸡传染性支气管炎病毒HH06分离株的鉴定及其S1基因的分子特征

从黑龙江省哈尔滨市某鸡场疑似鸡传染性支气管炎的发病蛋鸡肾组织病料中分离到1株病毒，命名为HH06。该分离毒株经SPF鸡胚传代、血凝试验、负染电镜检查以及动物回归试验，证实为IBV。用RT-PCR扩增得到了HH06株S1基因片段，经测序，并与国内外IBV参考毒株的相应基因进行序列比较分析。结果表明，HH06株S1基因由1620个核苷酸组成，推导的多肽由540个氨基酸残基组成，推导的氨基酸裂解位点序列为5个连续碱性氨基酸HRRRR。HH06株S1基因序列与除LX4外的其他参考株相应基因的核苷酸及氨基酸序列同源性均较低，亲缘关系均较远。初步证实HH06株为不同于IBV疫苗株的一个新毒株。     

新疆1株鸡传染性支气管炎病毒的分离鉴定及S1基因序列分析

为了解乌鲁木齐市鸡传染性支气管炎(IB)的流行特征,本研究利用鸡胚培养、RT-PCR、新城疫病毒(NDV)干扰及鸡胚半数感染量(EID₅₀)测定等多种方法分离到一株鸡传染性支气管炎病毒(IBV),将其命名为IBV/CK/CH(XJ)/01/2020。对其S1基因进行序列测定及比对分析发现,该分离株在鸡胚上连传5代出现侏儒胚现象,并且可以抑制NDV在鸡胚中的增殖,经计算其EID₅₀为10^-4.58/0.1 mL,为中等毒力毒株,攻毒组与正常组比较,雏鸡气管内有大量黏液且肺脏肿大,表现为呼吸型毒株特征,且其S蛋白裂解位点序列为HRRKR,与TC07-2、GX-NN0903等毒株形成一个独立的发育进化群,均属于TC07-2/GVI-1型IBV;与国内常用的H120、H52、M41等疫苗株的同源性仅为59%～65%。本研究为新疆地区IB的流行病学提供参考,也为当地IB的防控提供了理论依据。     

鸡传染性支气管炎病毒中国分离株S1基因的序列分析

采用RT—PCR方法扩增了12株鸡传染性支气管炎病毒中国分离株的全长S1基因，并进行了序列分析。通过与GenBank中登录的其他IBV参考毒株S1基因序列比较，进行了系统进化分析。结果表明，12株分离毒株属于同一个进化群的2个不同进化亚群。其中11株分离株与国内一些分离株亲缘关系最近，属于同一进化亚群，而广西分离株GX04—1则与欧洲毒株4／91亲缘关系较近，属于另一亚群。这些结果说明，中国各地的流行毒株变异较大，实际免疫中要根据流行毒株的特性选择合适的疫苗株来进行。     

鸡传染性支气管炎分离株S1基因的序列分析

传染性支气管炎病毒(IBV)为冠状病毒科冠状病毒属成员,基因组为单股正链RNA,长27.6 kb,带有poly ( A)尾.病毒粒子基因组编码6种蛋白,其中位于病毒囊膜表面的纤突蛋白(spike protein , S )是病毒主要的免疫原蛋白基因,IBV纤突蛋白是由2～3个拷贝的S1, S2亚单位组成.由于IBV的特殊的转录合成机制使得S1基因易发生点突变、插入、缺失和基因重组,使得IBV极易产生变异株.S1蛋白具有许多重要的生物学功能,是IBV主要的免疫原蛋白,它能刺激机体产生中和及血凝抑制抗体.因此,根据不同地区的分离毒株S1基因的差异,来确定流行IBV的血清型,研究其分子生物学特性,深入分析IBV的变异原因,进一步揭示IBV分离株的变异机制,对从根本上控制IB,具有重要意义.     

鸡传染性支气管炎病毒KIBVXJ株S1基因的克隆及序列分析

根据已发表的鸡传染性支气管炎病毒S1基因,设计并合成了一对引物,经RT-PCR扩增后获得全长约为1700bp的核苷酸序列。序列分析表明,S1基因的最大开放阅读框位于12位～1685位碱基之间,编码557个氨基酸;KIBVXJ株S1基因序列在19位～292位点的氨基酸区域内有较多的氨基酸置换、插入和与缺失现象;S1的裂解位点的序列为HRRRR,具有我国地方流行株的特征。KIBVXJ株的S1基因与国内外疫苗株的同源性分析表明,核苷酸同源率为73.8%～74.2%,氨基酸同源率为74.9%～76.0%。遗传进化分析表明,KIBVXJ株与国内外的主要疫苗株亲缘关系最远,与国内近年来分离的A2株、LX4株和QXIBV株的亲缘关系最近。     

鸡肾型传染性支气管炎病毒分离株S1基因的序列分析

对鸡传染性支气管炎病毒(infectious bronchitis virus,IBV)肾型毒株BJQ、BJS、BJY、SDW和HBN的S1全基因进行了扩增、克隆和序列测定,并将所分离毒株的S1基因序列与5个参考毒株进行了比较.结果表明,IBV分离株S1基因间核苷酸同源性在76.7%～92.1%之间,氨基酸同源性在73.9%～89.5%之间.氨基酸序列特征分析表明,S1基因多处存在突变、缺失和插入现象,其中在氨基酸69～81和142～150位点区出现较高的变异.系统进化树分析表明,除SDW株与Gray属于相同的进化分支外,其他国内肾型分离株属于同一个进化分支,而韩国、日本等亚洲分离株和美洲分离株分别属于其他不同的进化分支,说明IBV病毒的发生和流行与地域及所致病型有一定的相关性.     

鸡肾型传染性支气管炎病毒分离株S1基因的序列分析

采取RT-PCR方法对5株传染性支气管炎病毒分离株的S1基因进行序列扩增、测定及分析,应用DNAStar软件将这些分离毒株与中国常用疫苗毒株、国际上其它血清型的代表参考毒株分别进行核苷酸和氨基酸系统发生进化关系分析.核苷酸与氨基酸序列分析结果表明,这5株分离毒株与A2毒株的亲缘关系较近,与疫苗株H120和Ma5的亲缘关系较远.     

鸡传染性支气管炎病毒的分离鉴定及S1基因的分子特征

本研究于2011年8月从山东省某鸡场鸡群中分离一株病毒,通过对分离株进行病毒致鸡胚矮小化试验、RT-PCR、动物回归试验等方法证实分离到鸡传染性支气管炎病毒(AIBV),命名为SDLVS株。根据GenBank上发表的AIBV的S1基因序列,用Oligo6.0设计引物,对分离株SDLVS株S1基因进行序列扩增,测序及序列分析。将分离的AIBV毒株与中国常用疫苗毒株、其他血清型参考毒株分别进行核苷酸和氨基酸系统发生进化关系分析。SDLVS S1基因由1611个核苷酸组成,编码含537个氨基酸残基的多肽。SDLVS株与55株参考毒株的同源性比较,核苷酸同源性在72.4%～99.6%之间,推导氨基酸序列同源性在71.2%～99.3%之间。从进化树分析中SDLVS株与Mass型参考毒株核苷酸同源性最高,特别是与H120核苷酸同源性最高为99.6%,进化亲缘关系最近,提示这2株毒株的存在可能与长期使用Mass血清型AIBV疫苗,从而产生疫苗的免疫压力有关。     

广西1985年～2008年IBV分离株S1基因高变区Ⅰ和N基因的序列和系统进化分析

为了解广西传染性支气管炎病毒(IBV)的纤突蛋白S1基因高变区Ⅰ(HVR Ⅰ)和核(N)蛋白基因变异情况及S1和N基因变异的相关性,本研究应用RT-PCR方法扩增了广西1985年～2008年的21株IBV的S1基因HVR Ⅰ和N基因,并进行了克隆、序列测定及分析.结果发现:广西存在着多种基因型IBV流行;广西IBV分离株S1基因存在广泛的点突变和插入现象;N基因序列存在氨基酸替代现象.21株IBV中12株在S1基因HVR Ⅰ和N基因遗传进化树中均归属相同群,其余毒株却归属不同的群.2005年分离的GX-NN5存在基因重组现象.以上结果表明了广西IBV毒株存在基因突变和基因重组现象,S1和N基因的变异不完全平行,有些毒株间的S1和N基因差异很大.     

鸡传染性支气管炎病毒沈阳分离株S1基因序列测定及同源性分析

通过反转录-聚合酶链反应（RT-PCR）扩增出鸡传染性支气管炎病毒沈阳分离株（SY株）的免疫原S1基因cDNA，将该片段连接到克隆质粒载体pUC19的EcoRⅠ/BamHⅠ酶切位点中，测定插入片段核苷酸序列，并推导出其氨基酸序列。序列分析表明，SY毒株S1基因核苷酸序列及所推导的氨基酸序列与参考毒株Beau、M41、H120、N1-62、Gray、6/82、Ark99等毒株的同源百分率都低于80%。     

两株鸡传染性支气管炎病毒的分离鉴定及S1基因序列分析

为调查广东地区鸡传染性支气管炎病毒(IBV)的流行及其遗传变异情况,本研究通过病料SPF鸡胚接种和鸡胚尿囊液的RT-PCR鉴定,于2013年从广东湛江地区不同发病鸡场分离到两株IBV,分别命名为CK/CH/GD/ZJ10/2013和CK/CH/GD/ZJ11/2013,并对这两株IBV的S1基因进行序列分析。结果显示,CK/CH/GD/ZJ10/2013株S1基因全长1 626 bp,编码542个氨基酸,其裂解位点为NRFRR,属于基因型Ⅲ,并推测其为基因型Ⅲ毒株(CK/CH/GX/NN11-3)与基因型Ⅰ毒株(GX-NN-6)在S1基因处发生重组而产生的新毒株;CK/CH/GD/ZJ11/2013株S1基因全长1620 bp,编码540个氨基酸,其裂解位点为HRRRR,属于基因型Ⅰ(类QX型);两株IBV的S1基因间核苷酸序列及其推导的氨基酸序列同源性较低,与位于同一基因型的参考毒株间同源性较高,而与中国使用的Mass型常规疫苗H120和H52之间的同源性最低,仅为75.7%~76.3%和77.1%~77.9%。本研究可为广东省IBV的流行病学调查和分子生物学研究提供参考。     

传染性支气管炎病毒中国和东南亚分离株的分子流行病学

对24个鸡传染性支气管炎病毒中国和东南亚分离株的S1基因5′端(含HVRⅠ和HVRⅡ)和N基因3′端进行了扩增和序列分析，通过与公开的其他毒株序列问的比较和分析，对分离毒株的分子流行病学进行了研究。结果表明，24个分离毒株分属于美洲、亚洲和欧洲3个基因群。其中一些毒株形成一相对独立的亚洲基因群，提示IBV在亚洲已存在相当长时间；另一些毒株则可能来源于欧洲和美洲或来源于不同毒株(包括疫苗株)基因间的重组。