散发性大肠癌APEX基因两个单核苷酸多态性的检测及分析

目的　检测分析中国人散发性大肠癌APEX基因 12 4 7位点、2 197位点的单核苷酸多态性 (singlenucleotidepolymorphism ,SNP)状况 ,探讨其与散发性大肠癌发生的关系。 方法　变性梯度凝胶电泳 (denaturinggradientgelelectrophoresis,DGGE)、单链构像多态性 (singlestrandconformationpolymorphism ,SSCP)分别检测 15 0例大肠癌及其周围正常粘膜DNA的APEX基因 12 4 7位点、2 197位点SNP ,并直接测序验证结果。结果　 12 4 7位点经DGGE检测及测序证实有 17例存在A→G的SNP ,导致I 6 4V改变 ;经SSCP检测和测序证实 2 197位点有 38例T→G的SNP ,并导致D14 8E改变。结论　APEX基因SNP分布可能具有明显的种族差异 ,12 4 7A→GSNP可能与中国人大肠癌发生和恶性程度相关     

急性白血病患儿TYMS编码区单核苷酸多态性分析

目的探讨TYMS编码区单核苷酸多态性(SNP)在急性白血病(AL)患儿和对照儿童中的等位基因频率和基因型分布特征及其与中国汉族儿童AL发生风险的关系。方法用RT-PCR-变性梯度凝胶电泳(DGGE)结合DNA直接测序技术筛查108例AL儿童和121例对照儿童的TYMS基因编码区开放阅读框的全部SNP及基因突变,分析等位基因频率及各基因型在两组人群中的分布,并进行病例、对照优势比分析以研究各SNP位点与AL发生之间的关系。结果在中国汉族儿童TYMS开放阅读框中仅筛查到2个SNP,分别为A381G和T349C。TYMS A381G各基因型在AL组的频率分布为:AA型76.8%(83/108);AG型20.4%(22/108);GG型2.8%(3/108);在对照组中各基因型频率为:AA型79.4%(96/121);AG型16.5%(20/121);GG型4.1%(5/121)。A381G(Glu127Glu)在AL患儿及对照儿童中的等位基因频率分别为13.0%和12.4%。在中国汉族儿童发现T349C(Phe117Leu)的存在,其等位基因频率为1.2%。结论 TYMS A381G与AL发生风险可能无相关性;中国汉族儿童TYMS基因存在T349C多态位点。     

单核苷酸多态性及其检测方法

人类基因组测序计划的完成，标志着人类已步入后基因组时代，该时代以基因组中个体遗传差异的研究为重点。而个体遗传差异最常见形式为单核苷酸多态性(SNP)，正是这些SNP的变异造成人类在身材、体形、肤色、对疾病的易感性、疾病表型和对药物治疗反应等诸多方面或多或少的差异。在众多导致人类疾病的基因突变、病原亚型及耐药基因突变中，     

垂直变性梯度凝胶电泳在大肠癌APEX基因变异检测中的应用

目的探讨变性梯度凝胶电泳(denaturinggradientgelelectrophoresis,DGGE)在大肠癌APEX基因单核苷酸多态性(singlenucleotidepolymorphism,SNP)或基因突变筛选中的应用价值。方法对散发性大肠癌APEX基因5个外显子进行DGGE检测及DNA测序,分析DGGE带型和测序结果之间的关系。结果根据DGGE原理及实验观察结果,发现无论何种碱基改变,在DGGE胶上通常只可能呈现4种带型中的一种,本研究发现其中的3种。杂合子的特征是在变性胶的泳道上出现不同水平的4条带,纯合子呈单一条带;带有错配的DNA分子在凝胶上的位置总是落后于没有错配的分子;当碱基改变为A/T→G/C时,突变DNA分子泳动较快,其条带位于野生型分子之前,当碱基改变为G/C→A/T时,结果相反。结论对于一已知的SNP,利用DGGE带型可以判断SNP的基因型和等位基因频率而免去进一步测序工作;对突变检测而言,DGGE可预测碱基改变的类型,有利于对测序结果判读的准确性。     

变性高效液相色谱法检测基因单核苷酸多态性

我们采用变性高效液相色谱 (ｄＨＰＬＣ)技术检测单核苷酸多态性 (ＳＮＰ)。根据Ｃａｒｇｉｌｌ提供的思路是 :聚合酶链反应(ＰＣＲ)扩增出包含多态性位点的片段 ,变性后缓慢复性 ,当样品为杂合子时 ,将出现 4种组分 :2种同源双链和 2种异源杂合双链 ,所以在最佳分离条件下 ,可能出现 4个吸收峰。人儿茶酚胺甲基转移酶基因密码子 136和 15 8处分别存在ＣＴＣ→ＣＴＧ和ＧＴＧ→ＡＴＧ的多态性 ;5 羟色胺受体 2ａ基因 74位和 10 2位碱基处分别存在Ｃ→Ａ及Ｔ→Ｃ的多态性。我们用ｄＨＰＬＣ与酶切 2种方法分别对上述 2个基因的 4个多态性位…     

变性高效液相色谱法检测单核苷酸多态性的研究进展

单核苷酸多态(single nucleotide polymorphisms,SNPs)是指某一人群的正常个体基因组内特定核苷酸位置上存在不同碱基,且其最低的基因频率>1%,即在基因组核苷酸水平上单碱基突变引起的DNA序列多态性[1-2]。通常说的SNPs包括单个碱基的转换、颠换,以及单个碱基的缺失和插入。在人类DNA多态性中,SNPs大约占90%。人类基因组中每千个核苷酸就有一个以上的SNPs,因此整个人类基因组30亿对碱基中共有300万以上的SNPs。其中约有25~40万个为基因编码区的突变(coding region SNPs,cSNPs),cSNPs中又有20%~30%可引起蛋白质编码序列改变并导…     

基因突变筛选检测技术

有关基因突变的检测技术，除DNA测序外，检测未知点突变的方法总体上可分为两大类：一类基于野生型与突变型核酸在电泳中泳动速度上的差别；另一类则为切割杂合体的方法。本文将其可操作性和质量评估作一综述。     

单核苷酸多态性的碱基淬灭探针技术检测方法的建立

致性Kappa检验显示,4种碱基淬灭探针检测SNP方法与DNA测序技术的检测结果一致(Kappa=1;P=0.00).结论 碱基淬灭探针检测SNP技术简单、快速、准确,适用于大批量基因分型研究.     

中国汉族人群vWF基因G2805A多态性研究

为研究中国汉族人群vWF基因G2805A多态性特点,应用PCR-DGGE技术结合Nla Ⅳ酶切分析,研究了60名中国汉族人120条染色体vWF基因G2805A的等位基因发生频率及杂合情况,并对28例DGGE电泳行为异常中的4例进行了DNA序列分析。结果发现,在中国汉族人群中存在vWF基因G2805A多态性,其等位基因发生频率分别为0.73(G)和0.23(A),理论杂合率为0.39,实际杂合率为0.40。这表明vWF基因G2805A多态性在中国汉族人群中具有较高的理论杂合率,可用于血管性血友病的遗传咨询和产前诊断。     

ACTN3's R577X Single Nucleotide Polymorphism Allele Distribution Differs Significantly in Professional Football Players according to Their Field Position

IntroductionFootball is characterised by intermittent high-intensity efforts varying according to the field position of a player. We aimed to ascertain whether polymorphisms in the ACTN3 gene are associated with different playing positions in elite professional football players.Subjects and MethodsGenotyping of the ACTN3 gene was conducted in 43 elite professional football players of a single team. Playing position was recorded based on the player''s most frequent position.ResultsThe genotype distribution was not significant between positions (p = 0.057), while the allele distribution differed significantly (p = 0.035). Goalkeepers (p = 0.04, p = 0.03), central defenders (p = 0.03, p = 0.01), and central midfielders (p = 0.01, p = 0.00) had a significantly different allele distribution compared with wide midfielders and forward players.ConclusionsGenetic biomarkers may be important when analysing performance capability in elite professional football. Identifying the genetic characteristics of a player to adapt his playing position may lead to orientation of positions based on physical capabilities and tissue quality in young football players, and also to performance enhancement in those who are already playing in professional teams.     

SOCS基因单核苷酸多态性与典型骨髓增殖性肿瘤的研究

本研究探讨细胞因子信号转导抑制蛋白（suppressorofcytokinesignaling，SOCS）突变和单核苷酸多态性（SNP）对典型骨髓增殖性肿瘤（myeloproliferativeneoplasms，MPN）的作用及其机制。采用实时定量PCR和直接测序法等方法，在100例MPN患者中分别检测SOCSl、SOCS2、SOCS3基因突变和SNP发生情况。结果表明，SOCS315号外显子第63位核苷酸的A-c多态性（SNP库无报道）21例；SOCS315号外显子第1779位核苷酸的A-c多态性18例；SOCS315号外显子第2249位核苷酸的A-G多态性（SNP库无报道）49例；SOCs315号外显子第2366位核苷酸的T-C多态性（SNP库无报道）39例；SOCS215号外显子第2016位核苷酸的T-C多态性（SNP库无报道）9例。4组SOCs3SNP患者平均年龄高于野生型患者，白细胞计数及血小板水平均高于野生型患者，87．65％SNP均存于JAK2突变。结论：SOCS可能是抗癌治疗的一个重要靶点．SOCSSNP可能参与MPN的发病机制。     

巯嘌呤甲基转移酶基因多态性分析方法探讨

建立以PCR为基础的位点特异性PCR、限制性内切酶消化、变性高效液相色谱分析和SNaPshot定点的序列分析等方法。并结合DNA直接测序检测巯嘌呤甲基转移酶(TPMT)基因的5个单核苷酸多态性(SNP)位点的多态性频率。在实验过程中还探讨基因多态性检测的方法学，比较几种方法的可信度、可行性及其优劣。研究结果显示。限制性内切酶消化法能准确地检测TPMT基因外显子区的SNP，变性高效液相色谱分析技术能快速筛选出TPMT第5和第10外显子区的SNP，但不能检测出第7外显子的SNP；位点特异性PCR不能检测出TPMT基因外显子区的SNP，SNaPshot定点的序列分析检测TPMT基因外显子和启动子区的SNP准确率高。通过比较几种SNP检测方法后获得的结论是。TPMT基因SNP位点的检测应根据标本量和实验条件首选限制性酶切消化法、DNA测序或SNaPshot定点序列分析，有时一种技术不能完全满足检测的需要，必须几种方法的相互补充。     

门冬酰胺合成酶启动子区单核苷酸多态性与基因表达量的相关性研究

细胞内门冬酰胺合成酶（asparagines synthetase,AS）的表达水平与白血病细胞对左旋门冬酰胺酶（L-asp）耐药有关。本研究旨在通过筛查发现AS启动子区的单核苷酸多态性（SNP）位点,研究它们对AS基因表达量的影响及寻找对L-asp治疗反应具有影响的个体遗传因素。对82份白血病标本和45份非白血病标本直接测序,筛查AS启动子区的SNP;用实时定量PCR法测定相应标本中的ASmRNA水平。通过对被筛SNP位点不同基因型个体的AS表达水平的统计分析,判断被筛SNP是否对基因表达产生影响。结果发现：被测AS启动子片段内共发现3个SNP位点。分别是-239C/T,-92G/A和-62A/T。其中-92A等位基因在白血病患儿中的发生频率高于非白血病（P〈0.05）。AS表达在该SNP的各种基因型个体间存在差异,基因表达水平由高到底依次为GA杂合子型〉AA纯合子型〉GG纯合子型（P〈0.01）。结论：-92A等位基因变异可能与白血病的某些特征相关,并且这个等位基因变异的存在与AS基因的高表达相关。     

温州籍轻型β珠蛋白合成障碍性贫血患者的基因多态性

本研究旨在对14例临床诊断的温州籍轻型β珠蛋白合成障碍性贫血患者的血液学及分子生物学进行分析，测定其PCR产物序列，找出引起该病的致病突变位点并进行单核苷酸多态性分析。对临床诊断的患者抽取静脉血，EDTA-K2抗凝，及时提取模板，设计相关引物，进行PCR扩增后测序，最后经过序列比对和分析，找出引起β珠蛋白合成障碍性贫血的致病突变位点。结果表明：14例标本的DNA扩增产物测序分析中发现4例在IVS-2-654位点发生了C→T的杂合突变；1例为CD41／42位-TTCT缺失；2个位点存在单核苷酸多态性，分别是外显子1第59位的T／C多态性、IVS-2 nt665，T／C多态性。结论：温州籍轻型β珠蛋白合成障碍性贫血患者单核苷酸多态性具有一定的特殊性；发现了两种基因突变类型，分别为IVS-2-654 C→T的杂合突变和CD41／42位-TTCT缺失。     

Isolation of Salmonella enterica serovar Agona strains and their similarities to strains derived from a clone caused a serovar shift in broilers

Salmonella enterica serovar Agona strains isolated from human cases were compared to strains that were derived from a clone caused a serovar shift in broilers. Pulsed field gel electrophoresis (PFGE) analysis with XbaI or BlnI digestion showed that three of seven strains from human case strains and most of the 81 strains from broilers were clustered in single complex in a minimum spanning tree (MST) reconstructed from the PFGE data. All the strains from human cases and 22 randomly selected strains from broilers were also analyzed by whole genome sequencing (WGS). Analysis of single nucleotide polymorphism (SNP) in the S. Agona core genes showed that four strains from human cases and all the strains from broilers were clustered in a maximum likelihood phylogenetic tree (ML tree) and an MST. These results indicated that the strains derived from the clone caused the serovar shift had already spread to humans. PFGE analysis with XbaI showed that four strains from broilers did not cluster with the other strains in an MST, though all those strains clustered in an ML tree and an MST reconstructed from SNP data. Moreover, three strains from broilers did not cluster in an MST reconstructed from PFGE with BlnI digestion, though those strains clustered in an ML tree and an MST reconstructed from SNP data. Therefore, it was suggested that S. Agona strains derived from a particular clone could not be traced by PFGE analysis but can be investigated by WGS analysis.     

汉族儿童TPMT基因全蛋白编码区SNP检测与分析

摘要：目的：分析汉族儿童巯嘌呤甲基转移酶（TPMT）基因的蛋白质编码区（CDS）突变,探讨其在急性白血病（AL）患儿中的单核苷酸多态性（SNP）。 方法：变性梯度凝胶电泳结合DNA测序检测103例AL患儿及111例对照组儿童的TPMT基因CDS碱基位点突变情况。 结果：汉族儿童TPMT基因筛查出2个蛋白编码区单核苷酸多态性（cSNPs）,分别为TPMT*3C（A719G）和*1S（C474T）。TPMT*3C AA、AG、GG基因型频率在AL患儿组中分别为95.1%、3.9%和1.0%,在对照组中分别为97.3%、2.7%和0,其G等位基因频率分别为2.9%和1.4%;TPMT*1S CC、CT、TT基因型频率在AL患儿组分别为5.8%、24.3%和69.9%,在对照组中分别为8.1%、28.8%和63.1%,其C等位基因频率分别为18.0%和22.5%。2个cSNPs基因型及等位基因频率在两组中分布差异无统计学意义（P＞0.05）。对照组筛查出C210T和TPMT*26（T622C）基因突变。 结论：汉族儿童存在TPMT*26突变基因型,且TPMT*3C、TPMT*1S可能均与儿童AL易感性无关。