SARS病毒S蛋白的B细胞表位预测

目的预测SARS病毒S蛋白的B细胞表位.方法基于SARS 蛋白基因组序列,采用Kyte-Doolittle的亲水性方案,Emini方案和Jameson-Wolf抗原指数方案,辅以对S蛋白的二级结构中的柔性区域的分析,预测SARS病毒S蛋白的B细胞表位.结果推测最有可能的B细胞表位位于S蛋白N端第91～98区段、第1 121～1 153区段和第185～193区段内或它们的附近.其它,如S蛋白N端第1 050～1 059、752～765、41～50、666～674、264～287、340～348、408～416区段和第424～439区段内或附近也可能存在B细胞表位.结论用多参数预测SARS病毒S蛋白的B细胞表位,为分子免疫学的深入研究提供线索.     

应用因特网对SARS病毒M蛋白B细胞抗原表位的预测

目的：预测SARS冠状病毒M蛋白的B细胞表位。方法：采用EMBOSS软件结合Hopp＆woods亲水性参数、Janin可及性参数、极性参数、柔韧性参数及二级结构方案对SARS冠状病毒M蛋白的B细胞表位进行了预测，并用吴玉章等已建立的B细胞表位预测方法进行评述。结果：SARS冠状病毒M蛋白B细胞识别的表位可能位于第3～13和153～166位氮基酸等区域内或附近，这2个被预测的表位均含有β—转角和无规卷曲结构。结论：该研究对应用合成肽抗原进行SARS早期诊断研究及相关抗体的制备具有重要指导意义。     

新型冠状病毒S蛋白B细胞表位的预测与分析

目的：分析新型冠状病毒（SARS-CoV-2）S刺突蛋白的二级结构并预测其可能的B细胞表位。方法：基于SARS-CoV-2 S蛋白氨基酸序列,分别采用SOPMA、GOR方法预测S蛋白的二级结构,并结合其跨膜区、亲水性、表面可及性和抗原性参数等综合分析,预测SARS-CoV-2 S蛋白可能的B细胞表位。结果：对SARS-CoV-2 S蛋白二级结构的预测表明,其二级结构中柔性区域以无规卷曲为主,少见转角。多种参数综合分析推测,其可能的优势B细胞表位位于354～360、437～445、454～471、527～537、567～582、678～685、772～779和806～818位氨基酸。结论：采用多参数预测SARS-CoV-2 S蛋白的B细胞表位,为深入研究S蛋白的功能奠定基础。     

应用合成的SARS病毒S蛋白重叠肽筛选B细胞表位

目的筛选SARS病毒S蛋白的B细胞表位。方法使用SARS-CoV S DNA疫苗免疫BALB/c小鼠,获得SARS病毒S蛋白的免疫血清。人工合成包含169条部分氨基酸序列重叠的SARS-CoV S蛋白的多肽库。将多肽片段包被ELISA板,利用免疫小鼠血清,通过抗体结合试验来筛选SARS病毒S蛋白的线性B细胞表位。并将筛选结果与使用B细胞表位分析软件预测的结果进行比较。结果使用重叠肽合成法筛选到SARS-CoV蛋白两条多肽片段S335-352和S442-458,能与免疫动物血清特异性结合,与使用Bcipep数据库预测B细胞表位的结果相一致。结论鉴定了两个新的SARS病毒S蛋白B细胞表位。     

急性传染性非典型肺炎病毒M蛋白片段抗原性鉴定及其B细胞表位分析

目的:鉴定原核表达的重组急性传染性非典型肺炎(SARS)病毒M蛋白N端1～43氨基酸(aa)的抗原性,并筛选其B细胞表位。方法:GlutathioneSepharose4B亲合层析柱纯化M融合蛋白,用SARS患者恢复期血清分别通过间接ELISA方法和Westernblot鉴定M蛋白片段的抗原性。为了定位B细胞表位,进一步将M蛋白片段截短为部分重叠的2段表达,分别表达含M蛋白N端1～28aa、16～43aa的融合蛋白,通过Westernblot检测B细胞表位所在位置。结果:获得了纯化的M融合蛋白;间接ELISA和Westernblot结果均证实,M蛋白片段有很强的抗原性;并进一步明确B细胞表位位于M蛋白N端1～15aa片段中。结论:原核表达的SARS病毒M蛋白片段N端1～15aa含有一个很强的B细胞表位,这将有助于SARS诊断试剂的研制,也可为多肽疫苗的研制提供帮助。     

人巨细胞病毒UL23基因编码蛋白的B细胞表位预测

目的 预测人巨细胞病毒UL23基因编码蛋白的B细胞表位.方法 应用互联网软件分析Hopp&Woods亲水性(Hydrophilicity)、可及性(Accessibility)、极性(Polarity)及柔韧性(Flexibility)、Welling抗原性(Antigencity)和二级结构(Secondary structures)等参数,用吴玉章等建立的B细胞表位预测法综合评价.结果 多种预测法重复了人巨细胞病毒UL23开放阅读框编码蛋白的N端第27～43、104～119、125～160位氨基酸区域内或附近,该区域含有B转角和无规卷曲结构,板可能是B细胞识别表位.结论 为应用合成肽或原核表达大片断蛋白制备抗人巨细胞病毒UL23基因编码蛋白的抗体提供了依据.     

猪流行性腹泻病毒M蛋白B细胞表位预测分析

目的分析TGEV M蛋白的B细胞表位,为试验确定TGEV M蛋白的B细胞表位和开发TGEV重组亚单位疫苗研究奠定基础 方法以TGEV M蛋白氨基酸序列为基础,分别采用Garnier-Robson、Chou-Fasman和Karplus-Schulz方法预测M蛋白的二级结构,以及利用在线TMHMM Server v2.0软件分析M蛋白的跨膜区 之后,分别按Kyte-Doolittle,Emini和Jameson-Wolf方案预测TGEV M蛋白的B细胞表位 结果预测结果表明,在TGEV M蛋白N端共同α-螺旋区段为4个 共同的β-折叠区段分别为13个 共同的转角区域分别为7个 柔性区域为12个 M蛋跨膜区3个 结论TGEV M蛋白N端第19～43、103～109、138～155、198～205、220～228和237～257区段内或附近很可能是B细胞表位优势区城。     

禽冠状病毒M蛋白B细胞抗原表位的预测

目的预测禽冠状病毒(IBV)M蛋白B细胞抗原表位。方法采用SOPMA软件预测IBV M蛋白的二级结构,采用SOSUI软件预测M蛋白的跨膜区,应用Hopp&Woods方案、Janin方案、Zimmerman方案预测IBV M蛋白B细胞表位抗原。结果IBV M蛋白二级结构主要包括α-螺旋和无规卷曲,含量分别为32.89%、31.11%;M蛋白具有3个跨膜区,位于18~40、48~70、77~99位氨基酸;B细胞识别的表位可能位于第186-196位氨基酸区域内或附近,预测的表位均含有β-转角和无规卷曲结构。结论IBVM蛋白的二级结构和抗原表位比较稳定,可利用地方毒株的M蛋白制备基因工程疫苗和单克隆抗体,应用于该病的诊断和防治。     

乙型肝炎病毒e抗原的B细胞表位预测

[目的]预测乙型肝炎病毒e抗原(HBeAg)的B细胞表位.[方法]用Lasergene软件包中的Protean软件和吴玉章的氨基酸抗原指数预测法对HBeAg的氨基酸序列进行分析,预测其B细胞表位.[结果]推测最有可能的B细胞表位位于HBeAg N-端第50～63、85～94区段和第137～146区段内或它们的附近,其他区段如HBeAg N-端第12～18、24～32、37～43、118～124区段和第150～157区段内或它们的附近也可能存在B细胞表位.[结论]用多种方法预测HBeAg的B细胞表位.为制备更好的HBV感染者血清学检测相关诊断用品的研究提供线索.     

利用噬菌体肽库技术筛选SARS病毒N蛋白表位模拟肽

目的 获得具有生物学活性的SARS病毒N蛋白表位模拟肽。方法 以抗SARS病毒N蛋白的单克隆抗体作为固相筛选分子，免疫筛选噬菌体随机十二肽库，并采用夹心ELISA、竞争抑制试验鉴定阳性克隆，最后用合成肽技术进行表位鉴定。结果 经噬菌体富集后，从随机筛选的各46个克隆中得到N蛋白的2个不同表位， mAb C008 对应表位氨基酸序列为GXLXTPXXXXGT；mAb C039 对应表位氨基酸序列为TTLPXXXXAXXX。结论 用噬菌体随机12肽库成功筛选得到SARS N蛋白2个不同表位，为下一步开展用SARS表位研究病毒的制病机制、诊断、疫苗及治疗等奠定了基础。     

SARS冠状病毒S蛋白S1片段基因克隆和变异分析

目的:获得SARS冠状病毒S蛋白S1片段基因的克隆.方法:将SARS病毒RNA基因组逆转录合成cDNA,PCR得到阳性条带,将其亚克隆到pUCm-T载体中进行酶切及测序分析,并与Genbank中核苷酸序列进行同源性分析.结果:阳性克隆经酶切鉴定,目的基因片段长度为1905 bp,与Genbank中另外45株的SARS病毒株的S蛋白S1片段基因比较,共有13个位点发生突变,其中有8处为同义突变,5处为错义突变.结论:成功克隆SARS冠状病毒S蛋白S1片段基因,为该基因的表达及功能研究奠定了基础.     

SARS冠状病毒M蛋白B细胞抗原表位的原核表达与抗原活性检测

目的从SARS冠状病毒M蛋白的线性重叠肽链文库中筛选出5个B细胞抗原表位,通过构建原核表达载体,表达抗原表位融合蛋白,并检测其抗原活性.方法应用大肠杆菌高频密码子设计引物,通过PCR方法合成编码SARS冠状病毒M蛋白5个抗原表位(MKY1、MKY2、MKY3、MKY4和MKY5)的DNA片段,经克隆和测序分析,亚克隆至表达载体pET-CKS,转化大肠杆菌BL21;阳性菌株经IPTG诱导,SDS-PAGE分析;大量诱导表达抗原表位融合蛋白,亲和层析予以纯化;Western检测SARS病人阳性血清对融合蛋白的识别.结果成功构建SARS冠状病毒M蛋白抗原表位的表达载体,在大肠杆菌BL21中表达,融合蛋白表达量达到细菌总蛋白30%,经亲和层析纯化,融合蛋白可被SARS病人抗血清识别.结论原核表达的抗原表位融合蛋白具有良好的抗原活性,为下一步进行SARS冠状病毒诊断试剂盒的开发研究奠定基础.     

SARS冠状病毒PUMC_2株N蛋白cDNA的克隆、表达和纯化

目的原核表达并纯化SARS冠状病毒N蛋白。方法用RT-PCR技术克隆SARS冠状病毒PUMC2株N蛋白全长cDNA,cDNA经序列分析鉴定后,克隆到pET32a表达载体,转化E.coliBL21进行原核表达并纯化出SARS冠状病毒N蛋白。结果实现了SARS冠状病毒N蛋白的表达及纯化。结论用基因重组方法表达的SARS冠状病毒N蛋白可为其进一步功能研究提供条件。     

生物信息学预测小鼠转铁蛋白受体B细胞表位

目的：预测小鼠转铁蛋白受体（transferrin receptor, TfR）的B细胞表位,为构建以TfR抗体为脑转运载体的疫苗提供基础。方法：以小鼠转铁蛋白受体基因序列为基础,按Chou-Fasman和Gamier-Robson方法预测其编码蛋白的二级结构,按Kyte-Doolittle方法预测其亲水性,Emini方法预测其表面可能性以及按Jameson-Wolf方法预测其抗原指数。结果：Chou-Fasman和Gamier-Robson方法发现90 - 110, 120 - 145, 160 - 180, 240 - 250, 265 - 275, 290 - 304, 336 - 350, 375 - 383, 426 - 435, 504 - 517, 590 - 602, 613 - 630, 710 - 718这些区域可能为α螺旋的中心区域。用Kyte-Doolittle、 Emini、 Jameson-Wolf方法分别对小鼠TfR的B细胞表位进行预测,结果显示其共有区域为30 - 50, 100 - 115, 145 - 157, 310 - 320, 355 - 360, 440 - 445, 510 - 535, 655 - 660, 690 - 695, 705 - 710。根据抗原表位设计原则筛选出5段符合要求的抗原表位氨基酸序列：DGDNSH, AETEETDKS,NTYTP,MDKNKF,KHPVDGKSLYRDSNWISKV,它们可能为小鼠转铁蛋白受体的B细胞优势表位区域。结论：该结果有助于确定小鼠转铁蛋白受体的B细胞表位以及构建药物-载体复合物,发挥其脑药物转运载体的功能。     

清远市无SARS病例地区人群SARS冠状病毒抗体血清流行病学调查

目的探讨清远市无SAILS病例地区人群SAILS冠状病毒（SARS-CoV）抗体水平。方法采集本地区各县区不同年龄、不同职业的人群血液，用酶联免疫法检测血清中SARS-CoV抗体IgG。结果共检测血清样本1484份，SAILS—CoV抗体IgG总阳性率为0．61％（9／1484），其中0—6岁和13—18岁年龄组SAILS．CoY抗体IgG均为阴性，7—12岁年龄组的阳性率为1．82％（8／439），19岁以上年龄组的阳性率为0．10％（1／1009）。在9份SAILS—CoV抗体IgG阳性的血清样本中，1份为饮食服务业从业人员，阳性率为0．39％（1／257）；其余8份为学生，阳性率为1．70％（8／471）。结论本地区人群SAILS-CoV抗体水平比较低，低龄组0—12岁人群SAILS-CoV抗体IgG阳性率高于高龄组13岁以上组人群的阳性率。提示SAILS-CoV可能存在隐性感染、隐性传播和隐性感染聚集性。     

基于刺突蛋白靶点的抗新型冠状病毒药物研究进展

重症急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)引起的新型冠状病毒肺炎(COVID-19)目前仍在不断蔓延,但针对该病毒的特效治疗药物尚在研发当中。本文基于冠状病毒生物学特点和病毒复制过程中的关键蛋白——刺突蛋白,介绍了相关药物作用位点及研究进展,为抗SARS-CoV-2药物的临床应用提供信息依据,为治疗COVID-19药物研发提供思路。