DNA芯片在乙型肝炎病毒基因突变分析中的应用

目的:探讨DNA芯片在乙型肝炎病毒基因突变分析中的应用及临床意义。方法:应用聚合酶链反应扩增乙型肝炎患者血清中HBVDNA,采用膜显色DNA芯片法检测HBVDNA前C区1896位,基本核心启动子区(BCP区)1762、1764位,P区528、552位突变。结果:未接受抗病毒药物拉米夫定治疗的6例HBsAg 、HBeAg 、HBeAb-的患者血清中未检测到病毒变异,13例HBsAg 、HBeAg-、HBeAb 的患者中检测到前C区1896位变异9例,BCP区1762、1764位变异11例,13例HBsAg 、HBeAg 、HBeAb 的患者中检测到前C区1896位变异4例,BCP区1762、1764位变异13例,未检测到P区基因变异;15例接受拉米夫定治疗48周后的HBVDNA阳性患者中,检测到前C区1896位变异5例,BCP区1762、1764位变异6例,P区528位变异2例,P区552位YVDD变异4例,YIDD变异7例。结论:前C区1896位、BCP区1762、1764位突变较多的出现在HBeAb 的患者中并与HBeAg的阴性表型相关,BCP区1762、1764位突变与HBeAg/HBeAb血清转换密切相关,而P区528、552位突变更多的出现在接受拉米夫定治疗后的患者中,与拉米夫定耐药相关;膜显色DNA芯片法用于乙型肝炎病毒基因突变分析,简便、快速、特异性好,适合临床推广应用。     

DNA芯片检测乙型肝炎病毒基因多态性

目的　建立DNA芯片检测乙型肝炎病毒 (hepatitisBvirus,HBV)基因多态性的研究方法并对实验条件进行优化。方法　设计多条寡核苷酸探针 ,在硅烷化芯片的特定位置上 ,用点样仪将探针固定 ,并与PCR扩增的HBV基因相应区段杂交 ,杂交结果影印至硝酸纤维素膜 ,经BCIP NBT避光显色 ,用放大镜观察杂交信号呈暗紫色圆点 ,根据特定位置上杂交信号的有无和与之相应的探针序列来判定基因突变的类型。结果　通过 1次杂交反应可检测HBV前C C区 (nt 1896 1814 )、BCP区 (nt1762 1764)和P区 (nt 52 8 552 )等多个位点的变异 ,与测序分析结果完全一致 ,具有较好的检测灵敏度和重复性。结论　DNA芯片检测HBV基因常见突变位点多态性 ,操作简便易行 ,技术要求不高 ,具有临床推广应用价值 ,而且可以方便地通过向寡核苷酸探针阵列中添加相应探针 ,扩大基因芯片的检测应用范围 ,为临床检测提供了新的方法     

微流体芯片在乙型肝炎病毒基因型检测中的应用

目的：探讨微流体芯片检测乙型肝炎病毒基因型的价值。方法：应用微流体芯片及基因测序技术检测41例慢性乙型肝炎患者感染的乙型肝炎病毒基因型；比较两种方法检测结果的一致性。结果：41例HBV患者中B基因型21例（51．2％），C基因型20例（48．8％），未检测到B＋C混合基因型感染。微流体芯片检测结果与基因测序结果完全一致。结论：微流体芯片技术可以准确快速检测乙型肝炎病毒基因型，对乙型肝炎病毒的分子流行病学研究具有重要意义。     

乙型肝炎病毒核心启动子及前C区突变检测基因芯片的制备及临床应用

目的 建立检测乙型肝炎病毒核心启动子及前C区突变基因芯片并探讨其临床应用的价值.方法 设计并合成针对核心启动子1762/1764、1814及前C区1896位点突变的特异性探针,制备寡核苷酸芯片.采用不对称PCR对该区域进行扩增,扩增产物与芯片杂交后分析结果,并评价该方法的特异性、灵敏度.采用该方法检测138例HBV DNA阳性血清标本.结果 该方法能够特异地检测乙型肝炎病毒核心启动子1762/1764、1814及前C区1896位点,灵敏度达1×101拷贝/μl.138例HBV DNA阳性血清标本中,T1762/A1764突变40例（28.99%）,C1814突变11例（7.97%）,A1896突变16例（11.59%）.前C区A1896突变在高拷贝组中明显高于低拷贝组（P＜0.01）.结论 本研究建立的基因芯片能够准确同时检测HBVV核心启动子区突变和前C区突变,前C区A1896突变可能与HBV复制状态有关.     

乙型肝炎病毒复制期与病毒耐药基因突变相关性

目的:研究乙肝病毒不同复制期与乙型肝炎患者抗病毒用药后基因突变两者的相关性。方法:选取203例慢性乙型肝炎患者血清标本为对象。经巢式PCR扩增及磁珠分离,制备焦磷酸测序单链模板,将PCR扩增得到HBV病毒P区和BCP区产物经焦磷酸测序进行突变频率检测,并在PyroMark ID遗传分析系统上进行焦磷酸测序。结果:检测乙型肝炎病毒DNA含量,按照HBV定量结果阳性(拷贝数≥103copies/ml)和阴性(拷贝数<103copies/ml)的标本分组分析,HBV定量阳性标本具有极高的敏感性。批量突变检测,乙型肝炎病毒复制率越高,突变率越高,检测率越高。结论:选择乙肝病毒的复制阳性标本,结合焦磷酸测序进行高通量、快速、准确检测耐药基因区突变,能满足临床批量用药检测及治疗方案设计的需要。     

乙型肝炎病毒前C基因突变的研究进展

乙型肝炎病毒前Ｃ基因突变的研究进展北京医科大学微生物学系钱锋，卓宁综述朱万孚，庄辉审校乙型肝炎病毒（ＨＢＶ）的传播非常广泛，近年来人们从分子水平对其研究发展很快，尤以对前Ｃ基因的突变研究最多，本文从前Ｃ基因的突变形式，突变所引起的疾病以及对突变株的治...     

乙型肝炎病毒表面抗原定量检测临床意义的探讨

为探讨乙型肝炎病毒表面抗原（ＨＢｓＡｇ）定量检测作为反映乙型肝炎病毒（ＨＢＶ）复制情况的临床意义,本文对２００例ＨＢｓＡｇ阳性标本分别做ＨＢｓＡｇ定量检测和ＨＮＢ－ＤＮＡ检测,血清学标志物检测,并对１０例患者地行随访检测以上项目。根据测得的ＨＢｓＡｇ含量将２００例标本分为五组,计算出各组ＨＢＶ－ＤＮＡ阳性率,发现随ＨＢｓＡｇ含量增高,ＨＢＶ－ＤＮＡ阳性率也显著增高（Ｐ〈０．０１）。根据ＨＢＶｅ系统不同模式分组显示,随ＨＢＶ感染好转,ＨＢｓＡｇ含量也随之降低（Ｐ〈０．０５）。对６例ＨＢＶ－ＤＮＡ转阴患者ＨＢＶ－ＤＮＡ转阴前后的ＨＢｓＡｇ含量比较,发现随ＨＢＶ－ＤＮＡ转阴,ＨＢｓＡｇ量也显著降低（Ｐ〈０．０１）。综合以上结果,可以说明血清中ＨＢｓＡｇ含量,可以间接反映体内ＨＢＶ的情况,ＨＢｓＡｇ定量检测可作为间接反     

乙型肝炎病毒前C基因突变及其临床意义

分析了２１例慢性乙型肝炎患者血清乙型肝炎病毒ＤＮＡ前Ｃ区序列，发现１６例抗－ＨＢｅ阳性血清中９例发生前Ｃ区第１８９６位Ｇ－Ａ点突变，产生一个终止密码，而５例ＨＢｅＡｇ阳性血清均未发生变异。     

乙型肝炎病毒突变株持续感染的可能机制

机体细胞毒Ｔ淋巴细胞（ＣＴＬ）在抗乙型肝炎病毒（ＨＢＶ）感染中起着重要的作用。尽管体内存在针对多种ＨＢＶ抗原的ＣＴＬ反应，但是ＨＢＶ仍能持续感染，其原因在于ＨＢＶ基因易于突变，引起ＣＴＬ所针对的靶位抗原改变，进而逃避机体细胞免疫杀伤作用。本文就ＨＢＶ突变株逃避细胞免疫攻击的可能机制进行概述。     

检测乙型肝炎病毒表面抗原大蛋白的临床意义

目的检测乙肝患者血清中乙肝两对半（HBVM）、乙型肝炎病毒表面抗原大蛋白（HBV—LP）以及HBVDNA，比较在不同乙肝两对半模式的患者中HBV．LP与HBVDNA的检出率，探讨乙型肝炎病毒表面抗原大蛋白（HBV—LP）用于乙肝患者临床诊断的意义。方法采用酶联免疫吸附实验（ELISA）检测HBV．LP和乙肝两对半，采用荧光定量PCR方法对患者HBVDNA进行检测。结果（1）相同乙肝模式患者血清中HBV．LP与HBVDNA检出率差异无统计学意义；（2）143例小三阳乙肝患者血清中HBV．LP与HBVDNA阳性率差异无统计学意义，二者的检出一致率为82．52％[（65＋53）／143]；（3）HBV—LP吸光度（A值）与HBVDNA呈正相关关系（r=0．983）。结论乙型肝炎病毒表面抗原大蛋白与HBVDNA有良好的正相关关系，在HBeAg阴性的乙肝患者中乙肝病毒表面抗原大蛋白（HBV—LP）与HBVDNA有较高检出一致率，HBV—LP用于临床反映乙肝病毒复制水平，特别是HBeAg阴性乙肝患者体内病毒复制情况有重要的意义。     

A sensitive method to detect the hepatitis B virus mutations by using solid phase PCR on oligonucleotide array

A sensitive method based on solid phase PCR on oligonucleotide array was established to detect two point mutations 1896G-A and 1901G-A in hepatitis B virus (HBV) DNA, in which 6 probes including these two point mutations were immobilized on modified glass slides through 5' terminal linker, while the 3' terminal was made to be free. The mutated loci were designed to locate on the last nucleotides of 3' terminal respectively, and the positive control probes lacked the last nucleotide of 3' terminal in comparison with the probes used for detection. Probes fixed on oligonucleotide array were also the solid phase amplification primers. One pair of liquid primers was used to amplify the short template product from whole HBV DNA. Using target DNA as template, the solid primers were extended under the action of Taq DNA polymerase and incorporated with Cy-3dCTP as marker. During the thermal cycling reaction, probes served as solid phase amplification primers and amplification products bound to the oligonucleotide array, which could be visualized by incorporation with fluorescent dyes. After amplification, the oligonucleotide array was washed, performed with laser scanning, and then used for quantitative analysis to obtain the information for mutations. The hybridization results were compared with DNA sequencing. It was demonstrated that in case of sample A, the ratios of fluorescence intensities in wide type and in the mutated types of 1896G-A and 1901G-A mutations in HBV were 3.81:1 and 1:3.79 respectively, while, in case of sample B, those were 1:2.89 and 1:3.03 respectively, indicating the presence of point mutations in these two loci. These results correlated to those obtained from DNA sequencing analysis in which the fluorescence intensity ratios in wide type and in the mutated types of 1996G-A and 1901D-A mutations in HBV were 1.26:1 and 1.67:1 respectively. From the above observations, it is evident that the method using solid phase PCR based on oligonucleotide array appears to be a sensitive and promising way to detect mutations with low-density.     

HBV DNA及BCP、Pre-C突变株基因芯片检测方法的构建

目的　构建HBVDNA及BCP、Pre C突变株的基因芯片检测方法。方法　该基因芯片检测方法使用了PCR、寡核苷酸芯片二项技术 ,包含了对nt1896、nt 1899、nt186 2、nt176 4、nt176 2五个突变热点的检测 ,并用DNA测序法对该基因芯片进行验证。结果　该基因芯片检测HBVDNA方面结果与DNA测序法 10 0 %相符 ;检测突变株方面 14 6个位点两种方法结果相符 ,4个位点结果不相符 ,P >0 0 5。结论　该基因芯片具有便捷、高通量的特点 ,能同时检测多个BCP、Pre C突变位点。结果提示该基因芯片和DNA测序法检测结果阳性率相等 ,特异性与DNA测序法相当 ,检测混合株有更大优势 ,可用于临床检测。     

基因芯片技术对乙型肝炎病毒拉米夫定耐药基因变异检测的临床应用

目的通过对应用拉米夫定治疗患者HBV基因耐药性变异的长期监测，验证基因芯片技术的临床应用前景。方法针对HBV3个主要的拉米夫定耐药性相关突变设计探针，制成HBV耐药寡核苷酸芯片，选取51例应用拉米夫定进行治疗的乙型肝炎患者分别采用基因芯片和传统测序的方法对其进行24个月的监测，观察HBV基因变异情况。结果39％的患者在用药2年内发生了耐药性突变，使用基因芯片与传统的测序方法得到的结果一致，并且可以在早期方便检测出混合感染。结论应用基因芯片技术可以准确，高效的检测出耐药基因变异，具有临床应用价值。     

基因芯片检测拉米夫定治疗慢性乙型肝炎过程中HBV变异技术的建立和应用

目的建立乙型肝炎病毒变异基因诊断芯片对拉米夫定治疗慢性乙型肝炎过程中出现的肝炎病毒P基因区YMDD变异进行快速准确的检测诊断。方法设计特异性寡核苷酸探针阵列,特殊处理芯片载体。用点样法制备乙型肝炎病毒变异基因诊断芯片。在本院住院治疗患者中选择30例服用拉米夫定后,HBV DNA转阴(<500 copies/ml)168周后又反跳≥5 000 copies/ml的患者进行基因芯片杂交检测分析。同时用PCR直接测序法对上述30例患者血清标本进行双盲HBVDNA聚合酶活性区域测序对照。结果 30例服药后HBVDNA反跳患者中基因芯片测得HBV YMDD变异21例,其中YVDD变异11例。YIDD变异10例。HBVDNA PCR直接序列测定结果,有核苷酸A741变为G,使氨基酸由蛋氨酸552变为缬氨酸(氨基酸基序由YMDD变为YVDD)11例,并有6例核苷酸A669变为C,使氨基酸由亮氨酸528变为蛋氨酸。核苷酸G743变为T,使氨基酸由蛋氨酸552变为异亮氨酸(氨基酸基序由YMDD变为YIDD)10例。其中有3例伴有核苷酸T781变为C,使氨基酸由亮氨酸565变为脯氨酸。标本阳性变异序号与基因芯片检测结果完全一致。结论 乙型肝炎病毒变异基因诊断芯片可以同时检测YVDD,YIDD变异,同PCR直接测序法比较,准确率达100％,无假阳性。     

Overlapping gene mutations of hepatitis B virus in a chronic hepatitis B patient with hepatitis B surface antigen loss during lamivudine therapy

Disappearance of hepatitis B surface antigens (HBsAg) in chronic hepatitis B usually indicates clearance of hepatitis B virus (HBV) infection. However, false HBsAg negativity with mutations in pre-S2 and 'a' determinant has been reported. It is also known that YMDD mutations decrease the production of HBV and escape detection of serum HBsAg. Here, we report overlapping gene mutations in a patient with HBsAg loss during the lamivudine therapy. After 36 months of lamivudine therapy in a 44-yrold Korean chronic hepatitis B patient, serum HBsAg turned negative while HBV DNA remained positive by a DNA probe method. Nucleotide sequence of serum HBV DNA was compared with the HBV genotype C subtype adr registered in NCBI AF 286594. Deletion of nucleotides 23 to 55 (amino acids 12 to 22) was identified in the pre-S2 region. Sequencing of the 'a' determinant revealed amino acid substitutions as I126S, T131N, M133T, and S136Y. Methionine of rtM204 in the P gene was substituted for isoleucine indicating YIDD mutation (rtM204I). We identified a HBV mutant composed of pre-S2 deletions and 'a' determinant substitutions with YMDD mutation. Our result suggests that false HBsAg negativity can be induced by combination of overlapping gene mutations during the lamivudine therapy.     

Molecular biology of hepatitis B virus: effect of nucleotide substitutions on the clinical features of chronic hepatitis B

Hepatitis B virus (HBV) is a major cause of liver disease worldwide. It is covered with envelope (surface antigen) proteins with the nucleocapsid (core antigen) inside. In the nucleocapsid, there is an incomplete double-stranded DNA and a DNA polymerase. Four genes, S, C, X, and P, are encoded, and these partially overlap. Mutations have been reported in each gene and in their promoter regions, and these mutations can change the efficiency of HBV replication and the clinical course of patients. In this article, we review the relationship between the molecular biology of HBV and its clinical outcome.     

乙型肝炎病毒感染时的C基因热点变异

为了解乙型肝炎病毒感染在不同病变时的Ｃ基因热点变异，对９１名感染者以限制片段长度多态性技术检测前Ｃ终２８和Ｃ区Ｌ９７点突变。在急性乙型肝炎和慢性无症状携带者几无突变、在慢性持续性肝炎中罕见，而在慢性活动性肝炎和活动性肝硬变中分别达８０％和７８％，肝细胞癌中为６１％。ＨＢｅＡｇ（＋）的慢性活动性肝炎和活动性肝硬变１６例中，混合有终２８变异１１例，抗－ＨＢｅ（＋）病例中亦有野毒株混合。Ｃ区密码９７亮氨酸变异（Ｌ９７）亦见混合。野毒株和变异株在病程中有消长，Ｃ基因的热点变异与病变活动性密切相关。第一军医大学南方医院     

新疆地区居民乙肝病毒基因型的初步研究

目的 初步确定新疆地区乙肝患者乙肝病毒基因型的基本情况.方法 对在新疆地区采集的2000余份血清中检测得到200份HBsAg阳性的血清,利用巢氏PCR法扩增其S基因并测序,用MEGA3软件将测序结果与GenBank中的HBV标准序列进行分析,构建并绘制系统发生树,分析基因型.结果 在200份样本中.127例(63.5%)成功检出基因型,其中B基因型10例(7.8%),C基因型58例(45.7%),D基因型59例(46.5%).结论 新疆地区HBV基因型以C、D型为主,少量为B型.     

我国藏族居民乙型肝炎病毒基因型的初步研究

目的　初步确定流行于西藏和青海藏族居民中乙型肝炎病毒(HBV)基因型的基本情况,为制定肝炎防治策略提供依据。方法　利用PCR扩增西藏和青海藏族居民HBVS基因和C基因测序,并用MEGA3软件进行核苷酸序列的同源性比较及构建系统发生树,分析基因型。结果　绝大多数样本HBV的S基因序列聚集于系统发生树中的基因型D ,所有样本HBV的C基因序列聚集于系统发生树中的基因型C结论　西藏和青海HBV基因型绝大多数为C D重组基因型。     

山东省人群乙型肝炎病毒＂a＂抗原决定簇突变分析

目的 了解目前山东省社区人群乙型肝炎病毒（HBV）＂a＂抗原决定簇突变率和突变形式,探讨乙肝疫苗（HepB）接种对＂a＂抗原决定簇突变的影响.方法 在全省1～59岁社区人群中通过多阶段随机抽样确定调查对象,通过询问（15岁以上）或查阅接种记录（14岁以下）了解调查对象HepB免疫史;采集血标本,酶联免疫吸附方法 检测血清乙肝表面抗原（HBsAg）,阳性者提取血清DNA,采用巢式PCR方法 扩增HBV S基因,测序后与标准序列进行比较.结果 共对7601人进行调查和血标本采集,得到HBsAg阳性标本239份（3.14%）,可用于HBV DNA提取206份,扩增HBV S基因并成功测序102份.15份血清标本检测到13种HBV＂a＂抗原决定簇突变,突变率为14.70%（15/102）.新生儿普种HepB前、后出生调查对象间,以及有、无HepB免疫史调查对象间＂a＂抗原决定簇突变率差异均无统计学意义.结论 目前山东社区人群中＂a＂抗原决定簇突变率较低且突变位点比较分散;未发现HepB接种对人群＂a＂抗原决定簇突变产生影响.