活植物信息数据库中的植物编码系统

本文概述了南京中山植物园活植物信息数据库中的植物编码系统,重点介绍了植物编码的生成方法。该系统通过将关系数据库ORACLE与Microsoft C所提供的完备的计算模型与关系查询语言的强功能管理手段结合起来,弥补了现行商用数据库的不足,获得了较高的时空效率。     

质谱数据库查询软件的应用与评价

最近的蛋白质组学研究进展表明以质谱为核心的蛋白质组学在分子生物学,细胞生物学乃至将来的系统生物学中都扮演着一个举足轻重的角色。毫无疑问,在质谱鉴定过程中,质谱仪本身的精度对实验结果有着至关重要的作用;除此之外,质谱结果数据库查询软件的准确性直接影响了查询结果的准确性。本文就目前常用的质谱数据库查询软件的工作原理,统计结果评价等方面做一简要综述。     

串联质谱数据从头解析与蛋白质的数据库搜索鉴定

蛋白质的鉴定是蛋白质组学研究中必不可少的一步。用串联质谱（ｔａｎｄｅｍ ｍａｓｓ ｓｐｅｃｔｒｏｍｅｔｒｙ,ＭＳ／ＭＳ）可以进行多肽的从头测序（ｄｅ ｎｏｖｏ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ）,并搜索数据库以鉴定蛋白质。用图论以及真实谱－理论谱联配（ａｌｉｎｇｍｅｎｔ）的方法对串联质谱得到的多肽图谱进行从头解析,得到了可靠的多肽序列,并应用到数据库搜索中鉴定了相应的蛋白质。同时,还用统计的方法对ＳｗｉｓｓＰ     

诱发电反应仪与微机通讯系统

ERA—2250诱发电反应仪是临床和科研中常用的电生理测试仪,它具有高精度高速(100kc)的模数转换功能,在听力学检查,耳神经学的诊断以及各种诱发电反应检查中,能获得清晰稳定的反应波。但是美中不足的是测得的波形和参数的数据不能储存起来,故而无法对波形进行频谱,功率谱以及其它分析研究。在颅脑肿瘤手术中以及手术后,用脑干诱发电位技术进行监测,有大量的波形和参数需要储存和分析处理,ERA—2250在这时就显得力不从心。为弥补此不足,摸索将微机与之连接通讯,使其更臻完美,满足临床需要。     

串联质谱数据的从头解析与蛋白质的数据库搜索鉴定

蛋白质的鉴定是蛋白质组学研究中必不可少的一步。用串联质谱 (tandemmassspectrometry ,MS/MS)可以进行多肽的从头测序 (denovosequencing) ,并搜索数据库以鉴定蛋白质。用图论以及真实谱 理论谱联配 (alignment)的方法对串联质谱得到的多肽图谱进行从头解析 ,得到了可靠的多肽序列 ,并应用到数据库搜索中鉴定了相应的蛋白质。同时 ,还用统计的方法对SwissProt以及TrEMBL蛋白质数据库进行了详细的分析。结果表明 ,3个四肽或者 2个五肽或者 1个八肽一般可以唯一地确定一个蛋白质     

乌拉尔图小麦（Triticumurartu）lAy高分子量麦谷蛋白亚基基因编码区的克隆与鉴定

应用简并性引物和基因组PCR反应从乌拉尔图小麦(Triticumurartu)不同种质材料中获得并测定了表达型和沉默型lAy高分子量麦谷蛋白亚基基因全长编码区的基因组DNA序列。表达型lAy基因编码区的序列与前人已发表的y型高分子量麦谷蛋白亚基基因编码区的序列高度同源,由其推导的lAy亚基的一级结构与已知的高分子量麦谷蛋白亚基相似。在细菌细胞中,表达型lAy基因编码区的克隆序列可经诱导而产生lAy蛋白,该蛋白与种子中lAy亚基在电泳迁移率和抗原性上类似,表明所克隆的序列真实地代表了表达型lAy基因的全长编码区。但是,本研究所克隆的沉默型lAy基因的编码区序列因含有3个提前终止子而不能翻译成完整的lAy蛋白。讨论了表达型lAy基因在小麦籽粒加工品质改良中的潜在利用价值以及lAy基因沉默的机制。     

家蚕醛氧化酶基因（BmAOXs）的鉴定与表达分析

醛氧化酶（aldehyde oxidases, AO, EC 1.2.3.1）是属于钼-黄素酶（molybdo-flavoenzymes, MFEs）家族的一类蛋白酶。为了探讨该酶在家蚕Bombyx mori中的功能, 本研究对家蚕醛氧化酶基因（BmAOXs）家族进行了鉴定和分析。以其他物种AO基因序列检索家蚕全基因组数据库, 获得了8个BmAOX候选基因, 均具有醛氧化酶保守的功能域。进化分析表明, BmAOX与其他昆虫AO聚为一簇。RT-PCR分析结果显示: BmAOX1, BmAOX2, BmAOX3, BmAOX5具有很强的组织特异性; 而BmAOX4, BmAOX6, BmAOX7, BmAOX8则在蛹和成虫的多个组织中均有表达, 提示它们在家蚕生理代谢活动中起重要作用。利用Native PAGE和活性染色方法, 对BmAOX编码的蛋白进行检测, 结果表明: 家蚕蛹中有5种有活性的醛氧化酶, 而成虫中有6种, 各组织中均有有活性的BmAOX, 只是种类和活性水平有所不同。本研究结果为深入探讨BmAOX家族的功能奠定了基础。     

环状β—（1，2）—葡聚糖的提纯与鉴定

三叶草根瘤菌H954在GMS培养基上28℃培养8d后,发酵液用无水乙醇分步沉淀法抽提,经过Sephadex G-50、Sephadex G-10、DEAE－纤维素柱层析纯化,并用气相色谱（GC）、^13C－核磁共振（NMR）和质谱分析,证明该菌产生环状β-（1,2）－葡聚糖,该糖是一种以葡萄糖为单体,通过β-（1,2）－葡聚糖苷健连接而成的环状分子,且绝大部分为中性糖,聚合度从17到22,其中以19为主,分子量为3078D。     

我国建立的乙型肝炎病毒生物数据库供使用（http：//www.scbit.org/hbv）

根据研究乙型肝炎病毒（HBV）研究需要,建立了HBV二级数据库,希望方便针对病毒的生物信息学研究,并促进对HBV生物学特性的研究。为此,教育部医学分子病毒学开放实验室与上海生物信息技术中心联合构建了Bio-HBV生物数据库。     

兔抗人NESTIN抗血清的制备与鉴定（简报）

Nestin belongs to the class VI intermediate filament family and it is a marker for neural progenitor cells. In this work, the 3'-terminal coding sequence(396 bp) of human nestin gene was cloned into pGEX-3X plasmid and introduced into BL21 E. coli cells. The GST-nestin protein was purified with an affinity column. Anti-human nestin antiserum was raised by immunizing a rabbit with the fusion protein. The high specificity of the antibody against human nestin was confirmed by western-blot and immunocytochemistry analysis.     

表达基因鉴定的一种新策略：筛选poly（dA／dT）—cDNAs

低丰度表达基因及组织细胞等特异基因的鉴定是人类表达基因鉴定的瓶颈,Wang等认为cDNA中的长序列poly(dA/dT)是限制低丰度表达基因等鉴定效率的主要原因,为此提出了一种新策略,即用3′端锚定oligo(dT)11代替常规oligo(dT)引物逆转录合成cDNA,并将3′端携带11个（dA/dT)s序列的cDNA称之为poly(dA/dT)^-cDNA,筛选poly(dA/dT)^-cDNAs差减文库可以提高这些基因的鉴定效率。     

貂、狐、貉源犬瘟热病毒的分离鉴定与序列分析（英文）

采用能稳定表达犬信号淋巴细胞活性分子（SLAM）的Vero-DST细胞从发病貉、狐狸和水貂病料,分离获得5株病毒,经电镜形态观察、RT-PCR检测、理化特性测定和人工感染发病试验鉴定,均为犬瘟热病毒（CDV）,分别命名为HT-P（貉源）、THD1（貉源）、HD（貂源）、LN（貂源）和HB（狐源）。5个分离毒株TCID50为10-5.2～-7.3/ml;除鸡、鹅红细胞呈微弱阳性外,其余均未见血凝作用;对乳鼠的LD50分别为2×10-3.8～-4.8/ml,对实验兔无致病性,对貉有明显致病性作用。5株CDV H和N基因序列分析结果为5个分离株之间H基因nt序列同源性均达到97.5%以上,HT-P（貉源,山东青岛）与THD1（貉源,山东潍坊）的aa同源性为100%,二者与其他分离株间aa序列同源性为87.9%～99.1%;与chn等疫苗株基因nt序列和推导aa序列同源性普遍较低,分别为90.5～91.8和89.%～91.8%。5个分离株之间N基因nt序列同源性均≥94.5%,HT-P与THD1同源性最高（99.8%）,分离株之间aa序列除HT-P、THD1与HD（貂源,山东青岛）同源性较高（99.0%以上）外,其他．分离株之间同源性低。与chn等疫苗株nt序列同源性较低（90．9～93．5％）。此外,HD和LN（貂源,辽宁大连）发病区域相距较远,但具有较高的同源性,但与HB（狐源,河北沦州）具有相对较低的nt同源性,提示野毒株在易感动物上可能存在种属差异。分离毒株与疫苗株之间H和N蛋白基因差异,可能与CD免疫失败有关。     

兔出血症病毒（RHDV）WHNRH株的分离鉴定及基因组全序列的测定与分析

从发病长毛兔中分离鉴定了兔病毒性出血症病毒WHNRH株。参考GenBank中已登录的RHDV毒株序列对RHDV WHNRH分离株进行了全基因组序列测定与分析。设计5对扩增区段相互重叠的RHDV特异性引物,扩增除5′和3′末端以外的序列,采用设计锚引物的5′RACE方法以及针对RHDV 3′末端的polyA结构设计引物获得了RHDV WHNRH株的5′和3′末端序列。胶回收各PCR产物,连接pMD 18-T克隆载体,测得RHDV WHNRH分离株的基因组全长为7437nt(不包括polyA),与GenBank公布的全部共6株RHDV全基因序列进行同源性比较分析,同源性在89.0%~97.1%之间,ORF1同源性为89.0%~97.1%,编码氨基酸序列的同源性为95.2%~98.7%;ORF2的核酸苷序列同源性为92.1%~97.7%,编码氨基酸序列的同源性为94.1%~96.6%。