棘头梅童鱼线粒体控制区的序列变异与群体遗传结构

采用PCR扩增测序法获得了棘头梅童鱼Collichtys iucidus南通、启东、芦潮港、温州、瑞安、福州、番禺7个地理群体53尾鱼的mtDNA控制区全序列.棘头梅童鱼控制区序列长度为778～782 bp,序列长度变异主要是由位点的插入或缺失造成,识别了终止序列区TAS和保守序列区CSB1、CSB2、CSB3序列.共检测到多态位点66个,占全部序列的8.44%,检测到单倍型33种,平均单倍型多样性(Hd)为0.934 7±0.017 5,平均核苷酸多样性(π)为0.017 5±0.002 3.棘头梅童鱼群体内的遗传距离(K 2-P)为0.001 7～0.022 8,群体间的遗传距离为0.002 3～0.043 3,群体间的分化指数FsT为-0.058 4～0.845 8,基因流为0.05～19.62.AMOVA分析结果显示,群体间的变异为74.21%,群体内的变异为25.79%(P＜0.05),表明群体间发生了显著的遗传分化.以NJ法构建的亲缘关系树显示,棘头梅童鱼7个群体分为两个大支,一支以北方类群(南通、启东、芦潮港、温州群体)个体为主,另一支以南方类群(福州和番禹群体)个体为主,而位于南、北方类群中间位置的瑞安群体则与两大类群均有交叉.     

基于线粒体CO I基因序列的棘头梅童鱼7个野生群体遗传结构分析

利用线粒体CO I序列为遗传标记分析了棘头梅童鱼(Collichthys lucidus Richardson)7个地理群体(江苏连云港、江苏大丰、上海崇明、浙江舟山、浙江温州、福建宁德和福建厦门)的遗传结构特征。在7个群体209个样本的线粒体CO I序列中共检测到44种单倍型。7个群体单倍型多样性为(0.416±0.112)~(0.720±0.076),核苷酸多样性为(0.001 10±0.000 35)~(0.004 44±0.001 64)。两个组群的AMOVA分析显示,南北两个组群分析组群间的变异为40.10%(P0.01),组群间群体间的为–0.15%(P0.05),群体内为60.05%(P0.05),这与基于单倍型构建的NJ树、基于群体间遗传距离构建的UPGMA树的结果均表明棘头梅童鱼群体具有明显的谱系结构,以温州为分界点,温州以北为北方类群,以南则为南方类群。两群体之间的基因流数据表明南方与北方类群的基因交流受阻,结合各方面资料,推测更新世的演化历史因素为棘头梅童鱼南北分支形成的主要原因,而自身的生活习性则是南、北类群内部无明显分化的原因。其结果可以为合理开发和利用棘头梅童鱼野生资源,以及建立和保护棘头梅童鱼种质资源提供必要的参考。     

棘头梅童鱼七个野生群体遗传多样性的微卫星分析

为研究中国沿海地区棘头梅童鱼群体的遗传多样性,利用微卫星标记技术,采用9对微卫星引物对中国连云港(LYG)、大丰(DF)、崇明(CM)、舟山(ZS)、温州(WZ)、宁德(ND)、厦门(XM)棘头梅童鱼7个野生群体的遗传多样性和遗传结构进行了分析。结果显示,实验检测到63个等位基因,各位点等位基因数为3~13个,有效等位基因数为1.7510~8.0317;各位点的观测杂合度(Ho)为0.3596~0.7854,期望杂合度(He)为0.4300~0.8780;多态信息含量(PIC)为0.3604~0.8631,其中有2个位点表现为中度多态(0.25PIC0.5),7个位点表现为高度多态(PIC0.5),具有较丰富的遗传多样性水平。Hardy-Weinber平衡分析显示,7个群体的大部分位点未偏离平衡。基于群体间Nei氏标准遗传距离构建的7个野生群体UPGMA系统进化树结果显示,ND和WZ群体遗传关系最近,ZS和WZ群体遗传关系最远,WZ和ND聚为一支,但总体上没有显著的遗传分化。     

浙江近海棘头梅童鱼生长规律与群体组成的研究

本文根据浙江近海棘头梅童鱼的生物学测定资料,应用Von Bertalanffy鱼类生长方程分析棘头梅童鱼的生长规律,并与另外几种石首鱼科鱼类进行比较,显示出梅童鱼具有寿命短、生长迅速特性。同时,通过对棘头梅童鱼群体组成分析,认为浙江近海捕捞以采用梅童鱼拖网或定置刺网为好,渔期以冬春季比较适宜。     

基于线粒体Cyt b基因序列的棘头梅童鱼种群遗传结构

选取线粒体细胞色素b (cytochrome b,Cyt b)基因序列作为分子标记,分析了中国沿海棘头梅童鱼(Collichthys lucidus)的种群遗传结构.2019年9-11月在中国沿海9个采样点共采集棘头梅童鱼342尾,共检测到174个单倍型.通过构建单倍型网络连接图和单倍型进化树发现,棘头梅童鱼可分为北方...     

浙江近海棘头梅童鱼的分布生物学与资源变动

<正> 棘头梅童鱼 Collichthylueidus(Richard-son)属鲈形目、石首鱼科、梅童鱼属。沿海渔民把它与黑鳃梅童 Collichthy niveatus(Jordan & Starks)统称为梅童鱼,俗称大头梅童、圆头梅童。有人把它误称为梅子,其实梅童与梅子并非同物异名,后者应为大黄鱼、小黄鱼幼体的别称。棘头梅童鱼为近海常见的小型鱼类,肉质鲜美,浙江沿     

棘头梅童鱼染色体核型分析

以棘头梅童鱼(Collichthys lucidus)为实验材料,经胸腔注射植物血球凝集素(PHA)和秋水仙素,取其头肾组织,进行低渗、固定,采用空气干燥法制片,吉姆萨染液染色,观察棘头梅童鱼染色体核型和特征。结果显示,棘头梅童鱼染色体数目为2n=48,占所观察分裂相的83.3%;核型公式为2n=48t,染色体臂数NF为48,染色体相对长度范围为(5.694±0.514)~(3.039±0.161),属于鲈形目原始核型,且符合典型的高位类鱼类核型特征。研究中未发现与性别相关的异型染色体、次缢痕及随体等。本研究为棘头梅童鱼的细胞遗传学研究提供了基础资料,并为其种质鉴定提供参考数据。     

棘头梅童鱼精子超低温冷冻保存研究

为保护和利用棘头梅童鱼种质资源,以常用无机盐及葡萄糖配制的5种溶液(依次编号A、B、C、D、E)作为稀释液,不同体积分数的DMSO作为抗冻剂,采用2 mL冻存管和两步降温的方式,对棘头梅童鱼精子的超低温冷冻保存技术进行了研究,并利用人工养殖黄姑鱼的成熟卵子对冻存3年的棘头梅童鱼冷冻精子的授精能力进行检验。结果表明,以E溶液为稀释液、10%DMSO为抗冻剂、两步降温方式冷冻保存的棘头梅童鱼精子在37℃水浴解冻后复活率较高,为(76.67±10.41)%^82.33±4.62%;以上述方法冻存3年的棘头梅童鱼冷冻精子与人工养殖黄姑鱼的成熟卵子杂交,受精率达到(20.26±4.12)%。     

黄海、东海近海七个棘头梅童鱼地理群体的形态差异分析

对2013年采自连云港、大丰、崇明、舟山、宁德、厦门和温州的7个棘头梅童鱼(Collichthys lucidus)群体共238个个体进行形态学比较研究,运用单因素方差分析、主成分分析、聚类分析和判别分析等多元统计分析方法对13项可量性状以及20项框架参数进行形态差异分析。单因素方差分析结果显示,7个地理群体之间确实存在显著性差异;主成分分析得到的4个主成分对不同群体间总差异的贡献率分别为53.131%、9.328%、4.249%和3.406%,累积贡献率为70.113%,躯干部最能用以区分不同的地理种群;主成分分析和聚类分析结果基本一致,认为7个棘头梅童鱼地理群体在形态上不存在明显的南北分化现象;通过判别分析得到14个比例变量并构建判别函数,将7个群体的数据代入函数,得到群体的综合判别率为85.3%,判别准确率P1为62.5%~96.7%(群体判别正确的尾数/群体的实际尾数),P2为78.1%~90.6%(判别正确的尾数/判入该群体的尾数),舟山群体由于其特殊的地理因素,判别准确率较低(P1=62.5%,P2=78.1%)。本研究为棘头梅童鱼地理种群判别、种质资源保护以及良种选育等提供了基础的形态学数据。     

东海北部近海棘头梅童鱼食性及营养级的探讨

对东海北部近海棘头梅童鱼(Collichthys lucidus)的食性从饵料组成、摄食强度、食性类型和营养级等方面进行了探讨。结果表明:棘头梅童鱼的饵料生物种类数多,组成复杂,选择范围较广,水域差异较大。其空胃率为7.59%,最高饱满指数为188.55‰,平均为24.62‰,单因素方差分析表明摄食强度的季节差异和体长组差异都极显著。棘头梅童鱼食谱较宽,主要摄食糠虾类、磷虾类和桡足类等浮游动物,兼食鱼类和长尾类等游泳动物,属浮游生物食性鱼类。通过计算其生境宽度为2.250,营养级为3.282级,属次级消费层的低级肉食性鱼类。     

基于线粒体控制区的粤闽三线矶鲈地理群体的遗传变异分析

对中国东南沿海福建平潭和广东汕头、闸坡3个群体38 ind三线矶鲈(Parapristipoma trilineatus)线粒体控制区的914 bp序列进行分析,发现22个变异位点,共有33个单倍型。3个群体总体的单倍型多样性和核苷酸多样性均较高(H=0.991 0±0.009,π=0.005 8±0.000 4),其中平潭和汕头群体分别表现出最低和最高的核苷酸多样性(π=0.004 9±0.000 5和0.006 6±0.000 9)。3个群体间的Fst值为0.056 6~0.105 3,Nm值为4.248 3~8.333 4,表明3个群体间存在较低分化,可作为1个管理单位进行保护,建议优先保护汕头群体。在简约性网络图中单倍型呈星状分布,中性检验Fu’s Fs为显著负值和核苷酸不配对分析呈现单峰分布,表明三线矶鲈在历史上经历过种群扩张事件,推测扩张年代约为晚更新世的9.81~2.45万年前。     

基于线粒体控制区序列的南海北部近岸鯻的遗传多样性

80尾鯻(Therapon theraps)样本采自广东碣石、阳江,广西东兴,海南临高、陵水,测定其线粒体控制区951 bp序列,发现42个变异位点,60个单倍型。南海北部近岸鯻总体的单倍型多样性(0.986±0.007)和核苷酸多样性相对较低(0.009±0.000),其中陵水群体核苷酸多样性最高(0.010),碣石、阳江、东兴群体最低(0.008)。单倍型网络图与邻接树没有形成明显不同的谱系分支和地理聚群,表明不存在谱系结构和地理结构。大陆沿岸碣石、阳江和东兴群体间的遗传分化系数(Fst)为–0.017 5~0.008 9(P0.05),基因流(Nm)值为–14.54~27.84;海南岛临高和陵水群体间Fst为–0.046 0(P0.05),Nm为–5.68,表明大陆沿岸群体内部和海南岛群体内部都无明显分化;但海南岛与大陆群体间的Fst为0.061 6~0.135 3(P0.05),Nm为1.87~3.81。分子方差分析显示,大陆沿岸群体和海南岛群体间分化极显著(FCT=0.100 7,P=0.000 0),可能是受大陆与海南岛分离形成的琼州海峡,全年余流方向总趋势是由东向西,且强度较高的影响。南海北部近岸鯻可作为2个管理单位进行保护,建议优先保护陵水群体。单倍型简约性网络图呈非典型的星状分布,中性检验Fu’s Fs为显著负值且核苷酸不配对分析为单峰分布,表明历史上经历过种群扩张事件,推测扩张年代为晚更新世(3.62万年前),扩张后的有效群体大小约为扩张前的8.7×106倍,可能是受到海退缩减和海侵扩张的影响。     

福建近海竹荚鱼线粒体DNA控制区和细胞色素b遗传多态性

测定了捕自福建近海闽东渔场和闽南渔场竹荚鱼(Trachurus japonicus)的线粒体DNA(mtDNA)控制区和细胞色素b基因(cyt 6)序列.获得了长度为861～866 bp的控制区全序列.60个样本中共检测到66个变异位点和53个单倍型,平均单倍型多样性(h)为0.993,核苷酸多样性(π)为1.093.930 bp的cyt 6部分序列共有37个变异位点,从41个样本中得到25个单倍型,平均单倍型多样性(h)和核苷酸多样性(h)分别为0.937和0.3360 cyt b片段编码330个氨基酸,氨基酸序列无变异位点,仅有1个氨基酸单倍型.竹荚鱼闽南群体mtDNA序列的遗传多样性高于闽东群体.构建的单倍型系统树未出现明显的以地方群体为单位的家系式分支或者聚簇,群体间的遗传距离(0.01)也较小.分子方差分析(AMOVA)显示,2个群体的遗传变异绝大部分来自群体内部,群体间无显著遗传分化.中性检验和核苷酸不配对分析显示,福建近海竹荚鱼近期经历过种群扩张.种群扩张、扩散能力和东海环流可能促进闽东渔场和闽南渔场竹荚鱼群体间频繁的基因交流,并导致群体间较高的遗传同质性.     

梅童鱼内源蛋白酶自水解工艺的优化

为提高海捕低值鱼加工利用率,合理利用鱼糜及鱼糜制品加工中的副产物,充分利用鱼类自身内源酶,寻求低值鱼精深加工的低碳高效利用,以梅童鱼(Collichthys lucidus)为研究对象,利用鱼类自身的内源蛋白酶将鱼体内的蛋白质酶解,在自然p H条件下,观察了液料比、自溶温度、时间对梅童鱼蛋白水解的影响,以可溶性蛋白/总蛋白的值为响应值,采用响应面分析优化自溶条件。通过求解回归方程得到的最优自溶条件为:液料比3.4,温度53℃,时间267 min。经过验证,可溶性蛋白/总蛋白的值为18.35%,与回归方程的预测值18.55%相比,相对误差1.1%,说明模型能较好地预测自溶过程中可溶性蛋白/总蛋白的值。在此条件下,测得水解度为15.84%,过0.45μm微滤膜蛋白质量比为9.83%。研究表明,该水解工艺可为生产鱼露、活性肽、氨基酸等提供技术依据。     

东海北部近海棘头梅童鱼食物组成的季节变化及随发育的变化

根据2006年7月～2008年12月采集于东海北部近海的棘头梅童鱼(Collichthys lucidus)样品,共测定体长在23～157 mm范围内的棘头梅童鱼474 ind,应用卡方检验和聚类分析等方法,对棘头梅童鱼食物组成的季节变化及随个体发育的变化进行了分析。结果显示:东海北部近海棘头梅童鱼的食物种类夏季出现较多,春季出现较少;91～110 mm体长组出现较多,≤50 mm体长组和>130 mm体长组出现较少。食物多样性指数春季较高,秋季较低;≤50 mm体长组较低,>130 mm体长组较高,食物多样性指数随体长的增加而升高。卡方检验显示,棘头梅童鱼主要食物种类宽尾刺糠虾(Acanthomysis latiscauda)、中国毛虾(Aceteschinensis)、七星底灯鱼(Myctophum pterotum)和中华哲水蚤(Calanus sinicus)的出现频率有极显著的季节变化,中华假磷虾(Pseudeuphausia sinica)的出现频率有显著的季节变化;宽尾刺糠虾和七星底灯鱼的出现频率随体长的变化极显著,而中国毛虾、中华假磷虾和中华哲水蚤的出现频率随体长的变化不显著。聚类分析结果表明,棘头梅童鱼春冬季、夏季和秋季三个时期的食物组成差异显著;体长聚类分两组,即体长>70 mm和≤70mm之间食物组成有明显差异。通过分析发现:东海北部近海棘头梅童鱼食物的季节变化与该海域饵料生物的季节变化密切相关;食物组成随发育的变化符合"最佳摄食理论",其饵料生物种类和大小随棘头梅童鱼体长的增加发生了显著的变化。     

基于线粒体控制区的江苏湖鲚群体遗传多样性和遗传结构分析#br#

为掌握江苏省重要湖泊湖鲚(Coilia nasus taihuensis)群体的遗传多样性和遗传结构,利用线粒体控制区(D-loop)全序列分析了6个湖泊(太湖、滆湖、高邮湖、白马湖、洪泽湖和骆马湖)湖鲚野生群体的遗传多样性水平和群体分化情况。结果表明,6个群体共214尾样本的D-loop序列中,共发现103个变异位点,92种单倍型。6个群体的单倍型多样性为0.726~0.951,核苷酸多样性为0.00552~0.01036,6个群体整体的单倍型和核苷酸多样性分别为0.857和0.00729,表明湖鲚群体的遗传多样性较高,且符合高单倍型多样性和低核苷酸多样性特点。分子方差分析(AMOVA)结果表明,群体间变异百分比为6.20%,群体内变异百分比为93.80%,说明遗传变异主要来自群体内部。群体总的遗传分化系数(F_st)为0.06199(P<0.01),两两群体间的F_st显示,滆湖群体与其他群体间存在极显著的遗传分化(P<0.001),而其他群体间无显著分化(P>0.05)。单倍型分子系统进化树和网络进化图显示,6个群体的单倍型形成了2个谱系,但谱系组成与群体地理分布无相关性。中性检验分析结果显示,湖鲚群体进化过程中经历过种群扩张,扩张时间大约发生在0.089~0.160百万年前。研究结果表明,湖鲚群体具有较高的遗传多样性,滆湖群体与其他群体具有极显著的遗传分化,且拥有多个独享单倍型,应将滆湖群体单独作为一个管理单位,其他5个群体作为一个整体进行管理和利用。     

基于线粒体COI序列的中国沿海蓝点马鲛遗传多样性

为了解中国沿海蓝点马鲛(Scomberomorus niphonius)的遗传背景以更好地保护和开发利用种质资源,对分布于渤海、黄海、东海和南海海域的6个群体76 ind蓝点马鲛线粒体COI基因712 bp序列进行了测定,并结合Gen Bank中下载的9条南海蓝点马鲛序列,分析其遗传多样性、种群结构和历史动态。共检测到21个变异位点,17个单倍型,总体呈现高单倍型多样性(Hd=0.702±0.044)和低核苷酸多样性(π=0.002 8±0.000 2)的特点,其中渤海、黄海和东海海域的蓝点马鲛群体遗传多样性指数相对较高(Hd:0.695~0.816,π:0.002 7~0.003 3),而南海群体明显偏低(Hd=0.442±0.145,π=0.001 7±0.000 6),推测是由于黄海和东海是中心分布区,而南海是边缘分布区的缘故。AMOVA分析结果显示,群体间(-6.27%~-1.52%)不存在变异,群体内个体间(101.52%~106.56%)的变异是变异的主要来源;群体间遗传分化系数Fst值为-0.138~0.040(P0.05),遗传距离N_m值为-81.145~-4.134、11.876~146.559,均大于4或小于0,表明群体间不存在遗传分化,不同海域群体间基因交流频繁,这可能与蓝点马鲛分布范围广、具长距离迁移能力、产卵和越冬时均可发生洄游以及鱼卵具漂浮性且为多次性产卵类型等原因有关。聚类分析的邻接树与单倍型网络图上出现的2个分支均在更新世晚期发生过种群快速扩张事件,但蓝点马鲛总体在数据上未呈现出种群扩张现象,可能是2个分支的叠加造成整体核苷酸不配对分析图呈现多峰分布。