采用生物信息学方法筛选与肺腺癌患者预后相关的LncRNAs

目的采用生物信息学的方法探讨差异表达长链非编码RNA(lncRNAs)与肺腺癌患者预后的关系。方法从国际肿瘤数据库(TCGA)下载肺腺癌组织及癌旁组织的RNA测序数据和患者的临床信息,采用R语言程序包筛选差异表达的lncRNAs。应用Kaplan-Meier生存曲线(Log-Rank检验)及Cox回归模型进行预后分析。结果筛选出差异表达lncRNAs共计168个,其中上调的lncRNAs有128个,下调的lncRNAs有40个。单因素和多因素回归分析结果显示:RP11-490M8.1(P=0.047)、RP11-132A1.4(P=0.049)、DRAIC(P=0.023)、LINC00942(P=0.033)、TMPO-AS1(P=0.006)、Z83851.4(P=0.032)和LINC01133(P=0.035)是肺腺癌患者的独立预后因素。结论该研究筛选出7个lncRNAs,可作为肺腺癌患者预后的独立标志物,为临床医生对肺腺癌患者的预后判断提供帮助。     

肺腺癌EMT相关基因筛选及其ceRNA网络构建

目的 筛选肺腺癌上皮间质转化(EMT)相关基因,并对其进行功能富集分析及蛋白互作网络(PPI)构建,根据竞争性内源RNA(ceRNA)假说及基因表达对患者预后的影响构建ceRNA网络。方法 利用基因表达图谱及肿瘤基因组图谱数据库筛选肺腺癌组织与正常组织的差异表达基因,将其导入GenClip3,得到EMT相关基因;应用Metascape对其进行基因本体论及京都基因和基因组百科全书富集分析,并且通过STRING数据库构建PPI并获得EMT关键基因;利用Kaplan-Meier分析关键基因与患者预后的关系;使用miRTarbase、miRNet database、ENCORI等分析工具构建ceRNA网络。结果 本研究获得了156个肺腺癌EMT相关基因及其关键基因钙黏蛋白1、白细胞介素-6、基质金属蛋白酶9、血小板内皮细胞黏附分子、细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂2A、α1-Ⅰ型胶原基因、分泌型磷酸蛋白1、TIMP基质金属蛋白酶抑制因子1、小窝蛋白1、zeste基因增强子同源物2(EZH2),并预测了关键基因的PPI及共同靶向这些关键基因的治疗性中药丹参、人参芦、人参、人参叶、人参花;构建了EZH...     

基于生物信息数据探索CCNB1、CCNB2和CDK1在肺腺癌中的作用

目的 利用生物信息数据探索细胞周期蛋白B1(cyclin B1, CCNB1)、细胞周期蛋白B2(cyclin B2,CCNB2)和细胞周期蛋白依赖性激酶1(cyclin dependent kinase 1, CDK1)在肺腺癌中的作用。方法 首先从基因表达综合数据库（Gene Expression Omnibus, GEO）下载2个数据集的RNA高通量测序表达量数据,采用DESeq2软件鉴定差异表达基因,基于差异表达基因的结果进行后续分析：构建蛋白互作网络,选出其中最有意义的模块,这些模块中包括的基因即为核心基因;用来自其他数据库的RNA高通量测序数据验证核心基因的表达情况,验证其是否为差异表达基因;对经验证确定为差异表达基因的核心基因行生存曲线分析,筛选对肺腺癌生存期有显著影响的核心基因;分析这些核心基因在肺腺癌不同时期的表达情况。然后用KOBAS数据库对筛选出的核心基因行京都基因和基因组数据库通路富集分析,用muTarget工具将筛选出的核心基因表达量与肺腺癌基因突变状态进行关联,基于GDSC数据库的药物信息,探索这些核心基因在肺腺癌治疗中的潜在价值。最后通过人类蛋白质图谱数据...     

肝细胞癌患者生存预后相关长链非编码RNA(LncRNA)的生物信息学分析

目的通过癌症基因图谱(the cancer genome atlas,TCGA)数据库,利用生物信息学方法构建与肝细胞癌患者生存预后相关的长链非编码RNA (LncRNA)筛选模型,建立肝细胞癌诊断和预后相关的LncRNA,为研究肝细胞癌的发生发展及预后提供新的研究思路,有望成为新的治疗靶点。方法从癌症基因图谱(TCGA)数据库中下载424例肝细胞癌患者的RNA表达谱数据和相应的临床资料,其中包括374例肿瘤组织和50例正常对照。通过R语言的edgeR包,获取在正常组织和肝细胞癌组织中差异表达的LncRNA,并使用单因素Cox回归分析筛选出与预后相关的LncRNA。用lasso回归和多因素回归分析建立与肝细胞癌预后相关LncRNA模型,绘制受试者工作特征曲线,验证其模型的可靠性。结果在TCGA数据库中用单因素生存分析筛选出899个与生存预后相关的LncRNA,进一步用多因素Cox回归,筛选出5个与生存预后最显著相关的LncRNA,并构建肝细胞癌预后模型,其受试者工作特征曲线的曲线下面积表明该模型对肝细胞癌的三年和五年生存率的评估有很好地准确性,可能是肝细胞癌发生发展中的关键基因,为后期临床及动物实验提供研究方向和依据。结论研究确定了肝细胞癌中与生存预后显著相关的5个LncRNA,包括B3GALT5-AS,KC877982.1,MIR7-3JG,PGM5P3-AS1和TBX5-AS1(P0.01)。其表达特征与患者的存活风险具有较高的关联性,联合检测这5个LncRNA能较准确地预测肝细胞癌患者的三年和五年生存率。     

基于mRNA生物信息学分析的肺腺癌免疫基因预后风险模型建立与评估

目的采用生物信息学方法构建并验证肺腺癌免疫基因预后风险模型,探究该模型对早期肺腺癌患者预后的预测潜力。方法将癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)来源的肺腺癌及正常组织数据作为训练集,将基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)来源的肺腺癌及正常组织数据作为测试集。根据免疫学数据库和分析平台(Immunology Database and Analysis Portal,ImmPort)中提供的免疫相关基因,利用生物信息学手段根据训练集数据建立预后风险模型并在测试集中进行外部验证。采用该模型对38例临床早期肺腺癌患者的转录组数据进行分析,评估高、低危组患者的临床病理参数差异。结果构建了包含12个差异表达免疫基因(CYBB、ARG2、UTS2、LIFR、SHC3、CTLA4、FGF2、SEMA7A、INHA、GPI、ANGPTL4、TNFRSF11A)的肺腺癌预后风险模型;在训练集中,该模型ROC曲线下面积(AUC~(ROC))为0.759;在测试集中,AUC~(ROC)为0.707。对于训练集及测试集中的早期肺腺癌患者,该模型也有良好的预后预测能力。在早期肺腺癌临床样本中,高风险患者与更大的肿瘤直径及更差的病理分型有关。结论该模型在训练集及测试集中都表现出良好的预后预测能力,并对临床早期肺腺癌患者预后有一定的提示作用。这些免疫基因能够为早期肺腺癌诊断、患者预后评估及新的治疗靶点研究提供方向。     

肺腺癌患者痰液中相关微小RNA表达及临床意义

目的探讨肺腺癌患者痰液中微小RNA(microRNA,miRNA)的表达及临床意义。方法应用高通量miRNA生物芯片筛选10例肺腺癌患者癌组织及癌旁正常组织中差异表达miRNA;应用实时反转录PCR方法在20例肺腺癌和10例健康正常人群痰液中验证生物芯片筛选出的差异表达miRNA。结果 miRNA生物芯片筛选出14个差异表达的miRNA;实时反转录PCR在肺腺癌患者痰液中检测9个miRNA表达,与芯片检测结果一致,且其表达水平与健康人群比较差异有统计学意义(P0.05);肺腺癌患者痰液中miR-9、miR-23、miR-720表达与淋巴结转移和临床分期有关(P0.05)。结论 miRNA在痰液中差异表达,其有望成为肺腺癌新的肿瘤标志物。     

肺腺癌关键基因的生物信息学研究

目的肺癌是世界上发病率和致死率最高的恶性肿瘤,肺腺癌(LUAD)目前已成为肺癌中最主要的病理类型,占所有肺癌患者的80%-85%。本研究应用生物信息学技术,探究肺腺癌潜在的关键基因,最终服务于肺腺癌的诊断、治疗及预后判断。方法从基因表达综合数据库获取到三个包含肺腺癌及正常组织样本的数据集(GSE33532、GSE40791、GSE19188),应用R软件的Limma包筛选出DEGs。使用DAVID数据库对DEGs进行GO及KEGG富集分析,应用STRING及Cytoscape等工具对DEGs构建蛋白相互作用网络,并筛选出hub genes,应用生存曲线及GEPIA对hub genes进行校验及分析。结果共筛选出1354个DEGs,构建出的PPI模型共包含817个节点和5557条连线,并选出三个核心模块,及八个hub genes,包括CDK1、CDC20、CCNA2、CCNB1、BUB1、CCNB2、TOP2A及AURKB,它们都与较差的肺癌预后相关。结论本研究通过生物信息学分析确定了CDK1、CDC20、CCNA2、CCNB1、BUB1、CCNB2、TOP2A及AURKB可能对肺腺癌的发展和预后存在一定影响,可以作为肺腺癌的潜在生物标记物。     

肺腺癌miR-195的表达及靶基因筛选

目的研究miR-195在肺腺癌中的表达差异,筛选miR-195靶基因,分析靶基因作用网络及其对患者生存预后的影响。方法利用TCGA数据库,比较miR-195在肺腺癌癌组织与癌旁正常组织间的表达差异;采用实时荧光定量PCR检测miR-195在临床标本中的相对表达水平。设计miR-195的Hybrid PCR引物,扩增出靶基因的mRNA 3′-非翻译区(3′UTR),菌落PCR筛选靶基因的3′UTR片段进行测序。美国国家生物信息中心网站比对测序结果,得到靶基因的基因注释和全长序列,构建靶基因作用网络并进行生存分析。结果miR-195在肺腺癌癌组织中的相对表达水平低于癌旁正常组织,差异有统计学意义(P<0.01)。Hybrid PCR筛选miR-195候选靶基因显示多个条带。miR-195与靶基因的结合位点在基因3′UTR上有19个。靶基因GCLC、NOB1的低表达与肺腺癌患者的良好预后相关。结论肺腺癌癌组织中miR-195呈低表达。miR-195可能通过直接抑制靶基因GCLC、NOB1的功能,进而影响肺腺癌的发生、发展。     

CPNE1蛋白在肺腺癌组织中的表达及临床意义

目的探讨CPNE1在人肺腺癌组织中的表达,探讨该基因在肺腺癌中的临床意义。方法收集128例肺腺癌组织和30例肺癌旁肺组织,采用免疫组化法检测CPNE1蛋白表达,并分析其与肺腺癌临床病理特征间的关系。结果CPNE1蛋白表达在肺腺癌组织中显著高于癌旁组织(P<0.05)。Ⅲ、Ⅳ期肺腺癌中CPNE1阳性表达率显著高于Ⅰ、Ⅱ期肺癌(P<0.05);CPNE1表达在有淋巴结转移者明显高于无淋巴结转移者(P<0.05)。结论CPNE1在肺腺癌组织中表达增高,并与肺癌的分期、淋巴结转移相关;CPNE1可作为评估肺癌患者病变范围和预后的标志物。     

HES5蛋白与肺腺癌患者病情及预后的相关性研究

目的探究HES5蛋白表达水平与肺腺癌患者病情及预后相关性。方法回顾性收集江苏省中医院心胸外科离体后30 min内立即冻存于液氮中的4组肺腺癌组织和癌旁组织,采用Western Blot法分析HES5表达特征;收集2017年4月至2019年4月本院切除并经病理证实的48例肺腺癌标本(其中距肿瘤边缘>5 cm组织为癌旁正常组织),采用免疫组化染色法检测癌组织和癌旁组织HES5蛋白蛋白表达量,分析HES5蛋白表达量与性别、年龄、身体质量指数(BMI)、肿瘤直径、分化程度、肿瘤转移、肿瘤分期相关性;获取由手术时间起至患者死于癌症及癌症相关事件或纳入本研究36个月止的临床资料,根据患者生存情况分为生存组和死亡组,分析影响肺腺癌预后影响因素。结果HES5蛋白在分子量约为18 k Da处有显著表达,HES5蛋白在肺腺癌组织中表达升高,HES5蛋白在癌旁正常组织中表达降低,两者比较差异有统计学意义(P<0.05);肺腺癌组织中HES5阳性表达率高于癌旁组织中HES5阳性表达率(P<0.05)。TNM分期Ⅱ/Ⅲ期、有淋巴结转移、肿瘤直径>3 cm的肺腺癌患者HES5蛋白表达量高于分期I期、无淋巴结转移、肿瘤直径≤3 cm的肺腺癌患者HES5蛋白表达量(P<0.05)。3年随访期间存活患者28例(占比48.28%),死亡30例(占比51.72%);肿瘤直径>3 cm、分化程度为低/中分化、有淋巴结转移、TNM分期Ⅱ/Ⅲ期、HES5蛋白高表达的肺腺癌患者存活率低于肿瘤直径≤3 cm、分化程度为高分化、无淋巴结转移、TNM分期I期、HES5蛋白低表达的肺腺癌患者存活率(P<0.05)。COX多因素结果显示,HES5蛋白表达、TNM分期是影响肺腺癌患者预后独立影响因素(P<0.05)。结论HES5蛋白在肺腺癌肿瘤组织中呈高表达水平,可负向调控肺腺癌患者肿瘤分级、肿瘤分期、肿瘤转移及病情进展,检测HES5蛋白表达水平可为肺腺癌患者早期诊疗及预后评估提供参考依据。     

PRAME mRNA和SOX9 mRNA在肺腺癌中的表达及临床意义

目的探讨黑色素瘤特异性抗原(PRAME)mRNA和性别决定基因盒9(SOX9)mRNA在肺腺癌中的表达及临床意义。方法选取2015年2月至2018年4月于该院接受手术治疗的73例肺腺癌患者为研究对象,术中收集肺腺癌癌组织及癌旁正常组织,采用实时荧光定量PCR检测不同组织中PRAME mRNA、SOX9 mRNA的相对表达水平并进行比较;分析肺腺癌患者癌组织PRAME mRNA、SOX9 mRNA表达与临床病理特征的关系;采用Spearman相关分析PRAME mRNA表达与SOX9 mRNA表达的相关性;分析PRAME mRNA、SOX9 mRNA表达与肺腺癌患者预后的关系;采用COX回归模型分析影响肺腺癌患者预后的因素。结果与癌旁正常组织相比,肺腺癌癌组织PRAME mRNA的相对表达水平降低(P<0.05),SOX9 mRNA的相对表达水平升高(P<0.05)。PRAME mRNA、SOX9 mRNA表达与肺腺癌患者性别、年龄、肿瘤大小无关(P>0.05),与病理分级、临床分期、淋巴结转移有关(P<0.05)。Spearman相关分析显示,肺腺癌癌组织PRAME mRNA表达与SOX9 mRNA表达呈负相关(P<0.05)。与预后良好组相比,预后不良组肺腺癌患者PRAME mRNA的相对表达水平降低(P<0.05),SOX9 mRNA的相对表达水平升高(P<0.05)。COX回归模型分析结果显示,PRAME mRNA低表达、SOX9 mRNA高表达、低分化、临床分期Ⅲ期、有淋巴结转移均是影响肺腺癌患者预后的独立危险因素(P<0.05)。结论肺腺癌癌组织中PRAME mRNA、SOX9 mRNA表达异常,且两者呈负相关,可能为肺腺癌的病情及预后评估提供参考依据。     

Proteomics-based identification of tumor relevant proteins in lung adenocarcinoma

Background

Lung cancer has the highest mortality rate among malignant tumors. Proteomics is a powerful tool to identify protein biomarkers. The identification of protein biomarkers associated with lung adenocarcinoma would have significance for making prognoses and designing targeted therapies.

Methods

In our study, we applied a two-dimensional difference gel electrophoresis approach coupled to a matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometric analysis for the identification of proteins differentially expressed between lung adenocarcinoma and the paired normal bronchial epithelial tissues derived from seven patients (four of them developed distant metastasis after operation). In addition, we chose two candidate proteins and examine their expression levels in lung adenocarcinoma and adjacent normal tissues using immunohistochemistry methods, and their expression levels in serum of patients and healthy donors by ELISA.

Result

In this study, 173 proteins were found to be differentially expressed (ratio > 1.5 or < –1.5, P ≤ 0.05), and 22 of them were identified by matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry. Thirteen proteins were at lower levels in the lung adenocarcinoma group, while nine proteins were at higher abundance. Immunohistochemistry analysis confirmed the expression levels of the two candidate proteins. The differential expression of the candidate secreted protein in serum from lung adenocarcinoma samples and healthy controls was showed by ELISA.

Conclusion

Our results demonstrated a differential protein expression pattern for lung adenocarcinoma compared with the paired normal bronchial epithelial tissues. Further functional validation of candidate proteins is ongoing and might provide new insights in lung adenocarcinoma.     

PITX1基因在肺腺癌中的表达及临床预后意义

目的:探讨同源域转录因子1(paired like homeodomain 1,PITX1)基因在肺腺癌组织和正常组织中的表达水平及其与临床病理特征和预后之间的相关性。方法:综合利用肿瘤基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库和基因表达数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)中的GSE130779和GSE85841数据集,分析PITX1基因在肺腺癌患者癌组织及癌旁组织中的表达水平,并利用实时荧光定量PCR法在40例肺腺癌患者组织中验证PITX1基因的表达水平。同时利用COX回归分析PITX1基因与肺腺癌患者的总生存期(overall survival,OS)和无复发生存期(recurrence-free survival,RFS)之间的相关性,进而分析其表达水平与肺腺癌患者临床病理特征之间的相关性。结果:基于TCGA和GEO数据库分析结果显示PITX1基因在肺腺癌组织中显著高表达(P<0.01),实时荧光定量PCR结果显示PITX1基因在肺腺癌组织的表达量显著高于癌旁正常组织(P<0.001),其相对表达量分别为1.064±0.077和0.641±0.044。COX回归分析显示PITX1基因的表达水平与肺腺癌患者的TNM分期、淋巴结转移状态和肿瘤大小显著相关(均P<0.05)。同时,上调PITX1的表达水平与肺腺癌患者的OS和RFS呈负相关。结论:PITX1基因在肺腺癌组织中显著高表达,且与肺腺癌患者的预后显著相关。     

TDP1基因表达水平在肺腺癌患者预后中的价值研究

目的探究TDP1基因mRNA在肺腺癌组织中的表达及其与患者预后之间的关系。方法以TCGA数据库内登记的肺腺癌患者的临床信息及TDP1表达情况为研究数据,通过UALCAN数据库挖掘分析工具对TDP1基因mRNA的表达情况进行分析,并通过Kaplan-Meier生存分析法分析TDP1表达水平与患者总生存期(OS)之间的关系。结果肺腺癌组织中TDP1基因mRNA的表达水平高于正常肺组织(P=0.0000),TDP1基因mRNA的高表达与更差的OS相关(P=0.0057)。亚组分析中,TDP1基因mRNA的表达水平在男性患者和女性患者之间无显著差异(P=0.9412),在不同种族人群间的表达水平也无显著差异(P>0.05),但在女性患者及高加索患者中,TDP1基因mRNA的高表达均与更差的OS相关(女性患者:P=0.031;高加索患者:P=0.016)。结论 TDP1在肺腺癌组织中呈高表达,与更短的OS相关,提示TDP1可能在肺腺癌发生发展过程中有驱动作用,TDP1可作为肺腺癌治疗的下一个潜在靶点,但其内在机制需要更多的基础与临床研究予以揭示。     

基因表达谱芯片分析人肺腺癌干细胞与肺正常干细胞的差异基因表达

目的比较肺腺癌干细胞与正常肺干细胞基因表达水平的差异。方法应用cDNA微阵列技术对肺腺癌和正常肺来源的干细胞的基因表达情况进行检测和比较,采用流式细胞分离技术分离2种干细胞,抽提细胞总RNA、扩增、Cy3染色后,与Agilent 4×44K人全基因组芯片杂交,扫描荧光信号,以Agilent feature extraction数据分析软件分析荧光信号,挑选差异表达基因,进一步对差异表达基因进行GO分析和pathway分析;以qRT-PCR验证芯片结果。结果在肺干细胞全基因组约41 000个基因中,肺腺癌和正常肺来源干细胞的差异表达基因多达5798个(Cut off=2.0);Agilent feature extraction数据分析软件显示2种细胞有明显不同的表达谱;GO分析表明在生物过程中,生物调节相关的差异表达基因占41%,其它比例较高的有细胞组分形成和发生、包内信号级联放大、细胞分化、细胞周期等;在分子功能中,72%的差异表达基因与结合有关,其它比例较高的包括转移酶活性、激酶活性和酶调节活性;在细胞组分方面,分布比较平均,包膜占13%,其它为非膜结合细胞器、胞外区、细胞组分、大分子复合物组分等;pathway分析显示wnt通路有明显差异,共有14个基因表达差异明显。原癌基因中共有11个原癌基因的表达发生了差异性改变,有3个基因上调倍数超过了10,分别是RAB25、MERTK、EGFR,而AKT3下调达到10倍。qRT-PCR结果与芯片结果比较,差异无统计学意义(P>0.05)。结论肺腺癌干细胞与正常肺干细胞在基因表达水平有明显差异。     

甲状腺乳头状癌颈部淋巴结转移相关基因的生物信息学分析

目的:利用生物信息学方法分析甲状腺乳头状癌(papi l lar y thyroid carcinoma,PTC)颈部淋巴结转移的关键基因。方法:从美国国立生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information,NCBI)公共数据平台高通量基因表达(Gene Expression Omnibus,GEO)数据库检索得到PTC的基因芯片GSE60542,使用GEO2R在线分析工具分别筛选PTC和癌旁组织的差异表达基因(差异表达基因集A)以及PTC与颈部淋巴结转移癌组织之间的差异表达基因(差异表达基因集B)。进一步筛选出差异表达基因集A和差异表达基因集B交集的差异表达基因集C。通过生物信息学工具David,String,cBioPortal对差异表达基因集C进行生物学功能及其编码蛋白的互作分析,并对差异表达基因集C进行生存分析。结果:通过分析GSE60542芯片数据,一共获得1086个差异表达基因A、194个差异表达基因B、39个差异表达基因C。基因本体(Gene Ontology,GO)分析显示:差异表达基因集C主要的分子功能与氧化还原酶活性、蛋白质同源二聚化活性、生长因子结合有关;这些基因主要参与细胞增殖、甲状腺激素的产生、神经细胞凋亡过程的负调节、γ-氨基丁酸信号转导途径等生物学过程。通过cBioPortal在线分析网站,初步筛选出对患者生存时间影响较大的基因CCL21。结论:基因芯片结合生物信息学方法能够有效分析PTC组织、癌旁组织以及颈部淋巴结转移癌组织间差异表达基因,并筛选出PTC颈部淋巴结转移相关的关键基因,为进一步研究PTC颈部淋巴结转移的分子机制提供一定的指导。     

Identification of proteins expressed differently among surgically resected stage I lung adenocarcinomas

RationaleAmong patients with surgically resected stage I lung adenocarcinoma, some succumb to early recurrence, while others survive for more than 5 years. Few markers to predict prognoses in these patients have been accepted. Recent advances in proteomic methodologies offer a unique chance to identify new candidate biomarkers. The aim of this study is to find differences in protein expression in resected lung cancer tissue of stage I adenocarcinoma from patients with no recurrence for more than 5 years and from those with early recurrence.MethodsLung cancer tissues were obtained from 15 patients with pathologically confirmed stage I adenocarcinoma. The patients were divided into two groups, those with recurrence within 36 months (early recurrence group, n = 9) and those that were disease-free for over 5 years (disease free group, n = 6). Tissue proteins were separated by a two-dimensional electrophoresis long gel system (30 × 40 cm) with set ranges (3-10NL) and examined by nano-LC-ESI-MS/MS. Western blot assays were performed to validate these proteins.ResultsTwelve protein spots were up-regulated and 8 were down-regulated in the disease-free group as compared with the recurrence group. Of the 12 up-regulated proteins, haptoglubin, tau-tubulin kinase-2 (TTBK2), thymidine phosphorylase, annexin-1, PIN1, CAPG, and SEC23 were validated by Western blot. Among the 8 down-regulated proteins, serpinB6 and trangelin-2 were validated.ConclusionsA total of 9 differentially expressed proteins were successfully extracted, identified, and confirmed from stage I lung adenocarcinoma tissues. The increased or decreased expression of these proteins according to prognosis may be the basis for further studies of proteomics in developing prognostic biomarkers.