基于SSR标记的麻栎天然群体遗传多样性分析

【目的】基于SSR分子标记对麻栎天然群体遗传多样性与遗传结构进行分析,为麻栎种质资源的保护和利用提供理论基础。【方法】以分布于我国7个省8个麻栎天然群体的150个个体为研究对象,利用筛选出的18对SSR引物,使用GenAIEx 6.51、MEGA 7.0.26和Structure 2.3.4等软件,采用AMOVA分析、主成分分析、聚类分析和Structure分析等方法,对麻栎群体及相应个体的遗传多样性、分子方差、遗传距离及遗传结构进行研究。【结果】18个SSR位点的等位基因数(N_a)平均为5.625个,有效等位基因数(N_e)平均为4.104个,Shannon指数(I)平均为1.338,观测杂合度(H_o)平均为0.895,期望杂合度(H_e)平均为0.645,筛选出的18对麻栎SSR引物具有丰富的多态性。8个麻栎群体的遗传距离为0.222~1.587,遗传一致度为0.205~0.801,遗传分化系数(F_st)平均为0.252,基因流(N_m)平均为1.140,固定指数(F)均为负值且平均为-0.441。麻栎群体的遗传多样性水平较高,遗传分化小,且群体间存在杂合子剩余;其98%的变异来自群体内, 2%的变异来自群体间。UPGMA聚类分析、Structure分析均将8个群体分为2组,二者的个体组成成分存在一定差异;主成分分析结果与上述基本一致,存在一定的交叉引种及基因渐渗现象。【结论】麻栎群体遗传多样性水平较高,遗传分化水平较低,遗传差异主要存在于群体内部,并呈现出沿“西南—东北”方向地理变异规律。因此,对麻栎天然群体的保护应该采取原地保护和异地繁育保存相结合的措施。     

基于SSR标记的福建省闽楠代表性群体遗传多样性分析

【目的】闽楠(Phoebe bournei)是珍贵的用材树种,被列为国家Ⅱ级重点保护野生植物。以福建省内保存较好的3个代表性闽楠自然群体为对象,研究其群体间及群体内的遗传变异水平及遗传结构特征,探究其成因,为闽楠天然群体的保护和利用提供依据。【方法】利用自行开发的18个多态性SSR标记,对3个群体共计88个样本进行检测,利用Popgene 32软件,分析群体的有效等位基因数(N_e)、观测杂合度(H_o)、期望杂合度(H_e)、基因分化系数(F_st))等,利用Structure软件研究群体的遗传结构。【结果】3个闽楠群体的平均期望杂合度为0.629,表明遗传多样性较丰富;3个群体的平均观测杂合度明显低于期望杂合度,群体内近交程度较高[近交系数(F)=0.280)],尤其是罗卜岩群体H_o/H_e差异大(0.399/0.608)、近交程度高(F=0.378);分子变异分析显示,闽楠的变异主要来源于群体内,群体间存在中等程度的分化(F_st=0.197)。聚类分析结果表明,3个群体闽楠样本可明显区分为两类,两类间存在明显的遗传分化,福建罗卜岩和福建顺昌群体为第Ⅰ类,且两者地理位置较近;福建政和与其距离较远,为第Ⅱ类。【结论】福建闽楠3个代表性群体具有较高的遗传多样性,但具有小群体特征,群体内近交程度较高,而地理隔离和人为活动使闽楠具有一定程度的遗传分化;应采取措施使群体内充分异交,以维持闽楠群体较高的遗传多样性。     

杉木育种群体分子遗传变异及分子育种研究

利用ＲＡＰＤ分子标记研究了杉木第二代育种群体内 3 0个杂交亲本和第三代育种群体中 1 82个个体的遗传变异 ,并结合第二代育种群体内 3 0个杂交亲本部分双列杂交子代的生长表现 ,研究了亲本间遗传变异与子代生长的相关关系 ,探讨了利用分子标记进行杉木杂交亲本选配的可行性。结果如下 :(1 )杉木第二代育种群体内 3 0个杂交亲本间遗传变异较大 ,多态性位点比例达 66.9% ,杂交亲本间最大遗传距离为0 .662 1 (福建洋 3 9与江西上 2 6及福建洋 3 9与江西全 1 2 ) ,最小仅为 0 .0 82 2 (浙江浙 0 1与江西上 2 6) ,平均遗传距离为0 .4 90 9,通过…     

山樱花群体遗传多样性的SSR分析

【目的】分析山樱花不同居群遗传多样性,为其种质资源保护与利用提供理论依据。【方法】利用SSR分子标记对8个山樱花自然居群共224份样本进行遗传多样性分析。【结果】17对SSR引物共检测到113个等位基因,平均每个位点6.647个等位基因,多态位点百分率为92.65%; 物种水平上Nei's遗传多样性指数为0.634,居群水平上Nei's遗传多样性指数、Shannon信息指数分别为0.498、0.939。Structure分析显示8个山樱花居群来自3个基因库,与主坐标分析结果较为一致。【结论】SSR标记可以用于山樱花群体遗传多样性分析,山樱花群体间与群体内遗传多样性均较高。     

SSR分子标记在作物遗传多样性研究中的应用现状

微卫星(microsatellites)或简单序列重复(simple sequence repeats,SSRs)是以1-6个碱基为基本单元的串联重复序列,具有含量丰富、多态性高、共显性和检测方法简单等优点,是研究植物遗传多样性的主要的分子标记方法之一,已被用于多种农作物的遗传多样性研究。概述了微卫星DNA标记的原理及特点,探讨了其在农作物物遗传多样性研究中的应用和发展前景。     

SSR标记对籼稻品种的遗传多样性分析

利用500多对SSR标记对广陆矮4号、珍汕97B、佳辐占、明恢86和明恢63 5个籼稻亲本品种进行遗传多样性分析.结果表明,佳辐占与明恢63、明恢86、珍汕97B和广陆矮4号之间的相似系数分别为78.1%、76.1%、72.8%和71.7%.相对而言,其相似系数越小,遗传距离越大,因此利用佳辐占与这些品种组配较有希望选育出品质优良、综合优势明显的新品系.同时研究表明,标记间平均距离为10 cM或小于10 cM时,分析所得结果较为可靠.     

SRAP分子标记分析芫花遗传多样性

采用SRAP分子标记对芫花的遗传多样性进行了分析.结果每对引物组合产生8～20条比较清晰的扩增带.10对引物组合共产生473条扩增带.平均每对引物组合产生47.3条.10对引物组合共产生多态性带92条,每对引物组合产生7～14条,平均为9.2条.每对引物组合产生的多态性带的比例为10.9%～29.1%,平均为19.44%.结果表明,SRAP标记多态性还是较高的,可以用于分析芫花的遗传多样性.     

基于荧光SSR标记的紫薇遗传多样性分析

【目的】以收集的239份紫薇属(Lagerstroemia)种质和1份黄薇属(Heimia)种质为材料,开展种质种间特征分析和紫薇种内资源的遗传多样性分析,为进一步优化紫薇种质资源收集保存及合理利用提供科学依据。【方法】基于16对荧光引物鉴定样品基因型,利用GeneMarker软件进行基因型数据的读取;对239份紫薇属种质和1份黄薇属种质进行特征位点分析;并利用Popgene、Cervus、NTSYS和GenAlEx软件对227份紫薇种质进行遗传多样性参数估算、聚类分析和主成分分析。【结果】紫薇(L.indica)种内的特征位点信息最为丰富,其中15个引物所体现出的特征位点信息中,紫薇都有其独特的位点区别于其他6个种,而在福建紫薇(L.limii)、川黔紫薇(L.excelsa)和尾叶紫薇(L.caudata)中也有部分特异的特征位点是紫薇中没有的;16对紫薇SSR荧光引物共检测出143个等位基因,平均每个位点有8.938个等位基因,平均有效等位基因数(N_e)为3.600,Shannon’s信息指数(I)均值为1.459,观测杂合度(H_o)均...     

西藏石榴野生群体的SSR遗传多样性分析

【目的】调查西藏地区野生石榴种质资源,分析西藏野生石榴群体的遗传多样性和遗传结构,为野生石榴资源的保护和利用提供理论依据。【方法】使用13对SSR引物对3个自然群体共42份西藏地区野生石榴种质资源材料DNA进行PCR扩增,毛细管电泳检测扩增片段长度,使用GenAlEx和Arlequin等软件对SSR数据进行分析。【结果】13对引物共检测到44个等位基因,平均3.385个,引物的平均有效等位基因数(N_e)、香农信息指数(I)、期望杂合度(H_e)和多态信息量(PIC)分别为1.971、0.771、0.481和0.393。3个野生群体的平均有效等位基因数(N_e)、平均香农信息指数(I)和平均期望杂合度(H_e)分别为1.867、0.646和0.421,林芝b(LZb)群体的遗传多样性水平高于其他2个群体。AMOVA分析表明,群体内遗传变异高达88.43%,3个群体间的遗传分化系数(F_st)为0.116。种质聚类分析将供试种质划分为3个亚群,结果与种质地理来源具有一定关联性。遗传结构分析显示西藏野生石榴有4个可能的基因库来源。【结论】13对SSR引物可用于西藏野生石榴种质的遗传多样性等研究。西藏野生石榴种质的遗传变异主要存在于群体内;林芝b(LZb)群体遗传多样性最高,遗传结构复杂,且含有最多的野生种质采样点,可予以优先保护。     

RAPD分子标记与群体遗传多态性分析

综述了ＲＡＰＤ分子标记技术的基本原理和基本方法,并介绍了该技术在群体遗传多态性研究中的应用及分子数量分析方法。     

Genetic diversity of Chinese summer soybean germplasm revealed by SSR markers

There are abundant soybean germplasm in China. In order to assess genetic diversity of Chinese summer soybean germplasm, 158 Chinese summer soybean accessions from the primary core collection of G max were used to analyze genetic variation at 67 SSR loci. A total of 460 alleles were detected, in which 414 and 419 alleles occurred in the 80 Huanghuai and the 78 Southern summer accessions, respectively. The average number of alleles per locus was 6.9 for all the summer accessions, and 6.2 for both Huanghuai and Southern summer accessions. Marker diversity (D) per locus ranged from 0.414 to 0.905 with an average of 0.735 for all the summer accessions, from 0.387 to 0.886 with an average of 0.708 for the Huanghuai summer accessions, and from 0.189 to 0.884 with an average of 0.687 for the Southern summer accessions. The Huanghuai and Southern summer germplasm were different in the specific alleles, allelic-frequencies and pairwise genetic similarities. UPGMA cluster analysis based on the similarity data clearly separated the Huanghuai from Southern summer soybean accessions, suggesting that they were different gene pools. The results indicate that Chinese Huanghuai and Southern summer soybean germplasm can be used to enlarge genetic basis for developing elite summer soybean cultivars by exchanging their germplasm.     

基于SSR标记的白栎天然居群遗传多样性分析

[目的]利用SSR分子标记,对白栎天然居群进行遗传多样性分析,为其种质资源的合理开发与保护提供指导.[方法]采用筛选出的SSR引物对3个群体进行遗传多样性与遗传结构研究,并计算遗传参数;基于个体间的遗传距离进行主成分分析,运用GenAlEx 6.5进行遗传距离与地理距离的相关性Mantel检验,软件Arlequin用于...     

基于SNP标记的紫薇遗传多样性分析

利用SNP标记对85份紫薇种质资源进行聚类分析,探究其遗传多样性,为紫薇品种选育和品种鉴定提供理论支持。     

Genetic contribution of foreign germplasm to elite Chinese soybean （Glycine max） cultivars revealed by SSR markers

Among 651 soybean (Glycine max) cultivars re- leased from 1923 to 1995, most of the parents used in the breeding program of northeast China and Huang- huai-hai valley were cultivars well adapted to local ecologic areas. Narrow parentage and lack of geneti…     

Genetic diversity revealed by genomic SSR and EST-SSR markers among common wheat, spelt and compectum

In this study, two SSR molecular markers, named genomic-SSR and EST-SSR, are used to measure the genetic diversity among three hexaploid wheat populations, which include 28 common wheat ( Triticum aestivum L. ), 13 spelt ( Triticum spelta L. ),and 11 compactum ( Triticum compactum Host. ). The results show that common wheat has the highest genetic polymorphism, followed by spelt and then compactum. The mean genetic distance between the populations is higher than that within a population, and similar tendency is detected for individual genomes A, B and D. Therefore, spelt and compactum can be used as potential germplasms for wheat breeding, especially for enriching the genetic variation in genome D. As compared with spelt, the genetic diversity between common wheat and compactum is much smaller, indicating a closer consanguine relationship between these two species. Although the polymorphism revealed by EST-SSR is lower than that by genomic-SSR, it can effectively differentiate diverse genotypes as well. Together with our present results, it is concluded that EST-SSR marker is an ideal marker for assessing the genetic diversity in wheat. Meanwhile, the origin and evolution of hexaploid wheat is also analyzed and discussed.     

杉木地理种源的EST-SSR分子标记变异研究

研究采用EST-SSR分子标记对全国不同杉木种源区的42个代表性种源进行了地理种源分子标记的遗传多样性研究。实验结果表明,杉木种源水平上存在较高的遗传多态性。实验使用15个EST-SSR引物扩增出17个位点,共有52个多态性等位基因,每个位点平均具3.058 8个等位基因,平均每个座位的PIC为0.296。相对其他研究,该研究利用SSR标记在每位点检测到更多的遗传变异信息。以遗传距离10作为阀值时,42个杉木种源聚类分析可知,除了福建永春碧卿(编号2)和广西浦北(编号16)种源自成一类外,其他40个种源按从南到北、从东到西的地理分布被聚为四大类群,与以往的杉木种子区划研究结果有较高的吻合度。同时,研究也检测到SSR分子标记的等位基因频率在四大类群间存在着较大的变异,而且这些标记大多位于与植物抗逆性相关的功能基因的编码区域内。因此,笔者推测杉木的地理变异可能与这些基因的等位变异有关。     

水稻遗传多样性及其农艺性状与SSR标记的关联分析

分析水稻材料的遗传多样性,寻找与农艺性状相关联的分子标记,为水稻杂交组合的配置及分子标记辅助育种提供依据.利用60对分布于水稻12条染色体组的SSR标记对190份水稻材料进行遗传多样性分析与群体遗传结构分析,并采用Tassel3.0的GLM和MLM进行标记与农艺性状的关联分析.结果显示,190份水稻材料的遗传相似系数(GS)变异范围为0.62～0.97,平均值为0.86.按群体遗传结构可将供试材料分为3个亚群.以GLM分析,发现8个与穗长、一次枝梗数、一次枝梗穗粒数、二次枝梗数、二次枝梗穗粒数、总穗粒数和饱满穗粒数相关联的标记,各标记对表型变异的解释率为0.0648;以MLM分析显示,8个标记对表型变异的解释率在0.0378～0.0648.本研究获得的这8个农艺性状相关的分子标记可以作为辅助育种培育高产水稻品种的分子标记.