布鲁菌脉冲场凝胶电泳图谱分型方法建立

目的 建立我国95株布鲁菌的染色体DNA脉冲场凝胶电泳图谱,进行布鲁菌的分子遗传学分类鉴定。方法 选择我国不同地区、不同时限分离的布鲁菌100株(包括19株标准布鲁菌株),应用SeaKem Gold琼脂糖胶块纯化布鲁菌完整的染色体DNA,限制性内切酶XbaI消化后,进行脉冲场凝胶电泳分离(PFGE)。结果 XbaI酶切布鲁菌基因组DNA后,可产生20~500kbp范围的15~25条酶切片段,并可以在PFGE凝胶上被很好的区分开。PFGE可在种的水平上区分布菌各种标准株,76株中国分离株可被分为39种PFGE类型,并聚为4大类。PFGE与传统分型方法比较,2者的一致性达63%。结论 脉冲场凝胶电泳图谱可对布鲁菌进行遗传学分类鉴定,在布鲁菌的分子流行病学研究中具有重要意义。     

脉冲场凝胶电泳分型追溯江西省霍乱暴发传染源

目的分析2006年5月江西省聚餐暴发霍乱疫情的分离菌株与常规监测在外环境及水产品中分离的霍乱弧菌之间分子分型特征和遗传相关性。方法利用聚合酶链反应检测霍乱毒素基因，用脉冲场凝胶电泳（PFGE）对菌株进行分子分型，所得结果以BioNumerics V4．0软件UPGMA方法进行聚类分析。结果30株与暴发相关分离菌株中，无论来自病例、带菌者、疫区污水、水产品的菌株均为产毒株。30株O139群霍乱弧菌以NotⅠ酶切后PFGE可分为4个型别。从甲鱼、牛蛙分离的O139群霍乱弧菌的型别与此次暴发的优势PFGE型别一致，并且也为产毒株。两起暴发包括多起聚餐，从中分离的菌株优势型别相同，传播媒介为甲鱼、牛蛙，均购于同一水产批发部，说明为同一传染源。结论携带O139群霍乱毒素基因的甲鱼、牛蛙是引起本次多起聚餐暴发霍乱的主要传染源。     

脉冲场凝胶电泳用于霍乱弧菌分子流行病学研究

目的：从分子生物学基础上了解同一次流行、不同来源的霍乱弧菌之间的遗传相关性，为有效控制传染源提供依据。方法：采用PCR技术对2005年分离的70株霍乱弧菌检测CT基因后，进行PFGE分型研究。结果：分离自患者01、0139群霍乱弧菌均有CT基因，而分离自外环境1株01群稻叶菌株及1株0139菌株CT基因为阴性。所试菌株PFGE分型共呈3大亚类8种带型。结论：霍乱流行期间分离于患者的霍乱弧菌PFGE图谱基本一致，与外环境分离的非流行株在分化关系上较远。     

用于脉冲场凝胶电泳指纹图谱分析的分区条带计数法的建立

[目的] 建立操作简便、软件依赖性低、结果易于交流的脉冲场凝胶电泳(PFGE)指纹图谱分析新方法。[方法] 按PulseNet标准操作规程,对44株副溶血性弧菌进行PFGE分型试验,分别利用分区条带计数法和BioNumerics软件对图谱进行分析,并以型别数、成簇数和Simpson's多样性指数(DI)对2种分析方法进行比较。[结果] 分区条带计数法可将44株菌分为32个型(DI=97.6%),能发现5簇。BioNumerics聚类分析可分为29个BN型(DI=95.5%),能发现4簇。在发现菌株成簇的能力上,2种分析方法的差异无统计学意义。[结论] 条带计数法能大大减少肉眼观察的图谱数量,具有操作简便、成本低、对软件依赖性小、结果显示简单直接的特点,能直观反映菌株条带的分布特征,因此应能满足分型信息共享与交流的要求。     

深圳市1993-2002年霍乱弧菌的脉冲场凝胶电泳分析

目的 分析深圳市1993—2002年霍乱弧菌菌株的相关性。方法 60株霍乱弧菌基因组DNA经Not Ⅰ酶切，通过脉冲场凝胶电泳获得电泳图谱，利用BioNumerics软件对图谱进行聚类分析。结果 60株霍乱弧菌被分为39种脉冲场凝胶电泳图谱，聚类分析将大部分菌株分为A、B两群。结论 深圳地区霍乱弧菌存在紧密相关的流行克隆群。霍乱弧菌的脉冲场凝胶电泳分析，有助于霍乱的主动监测和传染来源追踪。     

江苏省1999—2005年霍乱弧菌的脉冲场凝胶电泳分析

目的了解江苏省1999-2005年间分离的霍乱弧菌核酸特征,及O139群与O1群霍乱弧菌在基因组水平上的关联。方法 NotⅠ酶切霍乱弧菌基因组,脉冲场凝胶电泳(PFGE)得到指纹图谱,并进行比较分析。结果 PFGE指纹图谱将全部136株霍乱弧菌分为6类,PFGE-A型由1株临床来源El Tor、120株临床来源和9株环境来源的O139组成,PFGE-B型由1株临床来源的El Tor组成,PFGE-C型由1株临床来源的El Tor和1株临床来源的O139组成,PFGE-D型由1株环境来源的El Tor组成,PFGE-E型由1株环境来源的O139组成,PFGE-F型由1株临床来源的O139组成。结论PFGE指纹图谱提示O139起源于不同克隆的El Tor霍乱弧菌,为了解O139的进化路线和流行规律提供了有效证据。作为高分辨率的基因分型工具,PFGE可用于追踪霍乱弧菌的暴发流行传染源,并在其分子流行病学研究中发挥重要作用。     

脉冲场凝胶电泳检测一起汤卜逊沙门菌食物中毒

目的:用脉冲场凝胶电泳对一起食物中毒所分离的汤卜逊沙门菌进行同源性分析。方法:对分离的沙门菌进行生化鉴定、血清学分型、药敏试验后,进行PFGE检测并用Bio Numerics软件对PFGE分型图谱进行分析并绘出聚类分析图。结果:此次食物中毒分离到8株沙门菌,其中5株是从病人大便或肛拭分离,1株是从厨房抹布分离,2株是从剩余食物分离。经PFGE分析,病人的5株和剩余羊肉的1株完全相同,牛肉和抹布中的2株有1～2条电泳条带的差异。结论:此次食物中毒是由羊肉携带的汤卜逊沙门菌引起。     

脉冲场凝胶电泳分型方法追溯霍乱传染源

目的　了解四川省 2 0 0 4年霍乱疫情分离菌株与常规监测的外环境和水产品中霍乱弧菌分离株之间的遗传相关性 ,追溯传染源 ,为预测疫情和制定防治措施提供依据。方法　O139群霍乱弧菌编码脂多糖 (LPS)特异性基因引物聚合酶链反应 (PCR)复核菌株 ,霍乱毒素 (CT)基因引物PCR检测霍乱毒力基因 ,脉冲场凝胶电泳 (PFGE)进行菌株的分子分型。结果　 2 5株受试菌株LPS基因 2对引物PCR结果均为阳性。所有 6株河水中分离的菌株均为CT基因阴性 ,其余均具有CT基因。 2 4株菌PFGE可分为 13个型。结论　LPS基因PCR检测结果从分子水平证实受试菌株均为O139群霍乱弧菌。河水中分离的 6株菌是非产毒株 ,其余菌株均具有致病性。环境水分离的O139群非产毒株之间以及产毒株与非产毒株之间遗传相关性较远。产毒株之间具有较高的同源性。四川省从甲鱼分离的O139群霍乱弧菌与同期流行的O139群霍乱弧菌分型的带型一致 ,在国内首次以分子流行病学分析提示甲鱼可能是四川省近年霍乱疫情主要传染来源之一。     

脉冲场凝胶电泳技术在巴尔通体研究中的应用及展望

脉冲场凝胶电泳技术是最近二三十年发展起来的一种分子生物学技术,在细菌研究中已广泛应用,常用于细菌的分子生物学分型,且已收到满意的效果。最近几年,脉冲场凝胶电泳技术运用于巴尔通体的研究越来越多,报告文献逐年增加,但对脉冲场凝胶电泳在巴尔通体中的应用缺乏一系统的梳理。该文通过总结脉冲场凝胶电泳在巴尔通体中的应用及对照在其他细菌中应用,使我们对脉冲场凝胶电泳技术在巴尔通体中的应用有一全面的认识。同时该文也通过脉冲场凝胶电泳在巴尔通体研究中面对的困难及挑战以指导我们将其正确地应用于实际工作中。     

副溶血性弧菌脉冲场凝胶电泳分子分型研究

目的用脉冲场凝胶电泳方法绘制副溶血性弧菌食物中毒分离株的DNA指纹图谱,分析各菌株间的同源性关系。方法 55株食物中毒来源的副溶血性弧菌基因组DNA经限制性内切酶NotI酶切,用脉冲场凝胶电泳方法获得电泳图谱,利用BioNumerics软件对图谱进行聚类分析。结果实验得到55株副溶血性弧菌的DNA指纹图谱,可大致分为30种PFGE图谱。聚类分析显示,在大约90%的相似性水平上,有38株菌的PFGE图谱属于同一个克隆群,为2007-2008年引起闵行区食物中毒的优势流行菌型。结论闵行地区存在遗传谱系密切相关的副溶血性弧菌流行克隆。脉冲场凝胶电泳方法是分析副溶血性弧菌同源性的有效方法 ,有助于追溯传染源。     

脉冲场凝胶电泳技术对一起变形杆菌引起的食物中毒的分型研究

目的：运用脉冲场凝胶电泳（PFGE）技术对变形杆菌进行分析。方法：对本地区一起由奇异变形杆菌引起的食物中毒进行常规鉴定后,对分离到的菌株进行PFGE分析,观察引起食物中毒的菌型是否为同一菌株引起。结果：此次食物中毒共分离到6株奇异变形杆菌,其中4株肛拭子中分离,2株剩余食品中分离,除一株从肛拭子分离的外,其余5株的PFGE型别相同。结论：此次食物中毒的爆发为同一株奇异变形杆菌引起,PFGE可以作为食物中毒中对细菌进行鉴定的分析技术。     

Polymorphism in DNA restriction patterns of Coxiella burnetii isolates investigated by pulsed field gel electrophoresis and image analysis

Pulsed field gel electrophoresis was used for differentiation of Coxiella burnetii isolates derived from animals in Europe and one from Namibia. Previously published data on isolates from North America demonstrated four groups with distinct banding patterns. Fingerprints of prototype isolates as references confirmed four different cleavage patterns upon NotI restriction of total DNA as described. With isolates available at our institute five additional DNA banding patterns were obtained from European and one Namibian isolate after endonuclease restriction with Notl. To compare patterns from different electrophoretic runs more precisely an image analysis system was used.     

中国嗜肺军团菌分离株脉冲场凝胶电泳分型分析以及数据库的建立

目的 对分离的262株嗜肺军团菌进行脉冲场凝胶电泳(PFGE)分析,初步建立中国嗜肺军团菌的PFGE分型数据库.方法 采用PFGE技术,对2004-2009年中国11个省(市)分离的嗜肺军团菌用AscⅠ酶切,BioNumerics软件分析PFGE图谱,并建立分子分型数据库.结果 262株嗜肺军团菌的PFGE图谱共分为108种不同的PFGE带型,相似性系数在16%～100%之间,通过聚类分析,可以分为差异明显的不同簇.不同省份、年份和血清型的菌株之间有交叉带型.结论 中国环境分离的嗜肺军团菌菌株基因组变异较大,同时也具有克隆化特征,且可能有多个克隆系存在.

Abstract：

Objective To analyze the molecular types of Legionella (L.) pneumophila strains isolated in China,and to develop the PulseNet-China Database of L.pneumophila.Methods Pulsed field gel electrophoresis (PFGE) was used to analyze 262 L.pneumophila strains collected from 11 provinces between 2004 and 2009 in China.Different kinds of genomic DNA in different L.pneumophila strains were isolated and separated after digesting with Asc Ⅰ.BioNumerics software was used to analysis the PFGE fingerprints.Results L.pneumophila strains isolated in China were quite different regarding their PFGE patterns.There were 108 PFGE types among the 262 strains tested in this study.The similarity value of these strains was in the range of 16%-100% and the same types were discovered in different provinces and years.Conclusion L.pneumophila strains isolated in China were with high genetic variations.There might be different clones existed in China.The development of PulseNet China Database was thus of great significance in monitoring the L.pneumophila strains in the future.     

脉冲场凝胶电泳技术对成都市两起细菌性痢疾暴发的分型研究

目的 运用脉冲场凝胶电泳技术(PFGE)和聚合酶链反应(PCR)技术对成都市两起细菌性痢疾暴发分离株进行分析.方法 利用PCR检测志贺菌分离株ipaH基因和ial基因.用PFGE对菌株进行分型,所得结果用BioNumeries V 4.0软件UPGMA方法进行聚类分析.结果 所试54株分离菌ipaH基因均为阳性,48株为ial阳性.以Xba Ⅰ酶切后PFGE分型,崇州可分为4个带型,有26株型别一致,占实验菌株(36株)的72%,为优势菌株.自凉拌白肉中分离的菌株带型与优势菌株相同.大邑县可分为8个带型,有10株型别一致,占实验菌株(18株)的56%.崇州和大邑县的优势菌株带型差异较大.结论 利用PFGE能够有效地鉴别细菌性痢疾的暴发和传播来源.     

江苏省食品中沙门菌的监测及其脉冲场凝胶电泳分型研究

目的:建立脉冲场凝胶电泳(PFGE)细菌分型方法,研究我省不同地区、不同种类食品中分离的沙门菌菌株间的同源关系。方法:对2008年从不同地区不同种类食品中分离出的21株沙门菌进行PFGE分子分型,所得结果用BioNumerics软件进行分析。结果:分离的沙门菌存在多种PFGE型别,扬州的生猪肉中分离的沙门菌存在一定的同源关系,2号、3号与4号菌株有88%同源。但无论是同一地区还是同种食品,都没有发现完全相同的PFGE分子型。结论:与其他分型方法相比,PFGE是一种具有高分辨率,高稳定性和高重复性的全新的细菌分子分型方法。在食品安全事件的处理中,它将成为通过细菌分子分型追踪传染源的快速有效方法。     

应用脉冲凝胶电泳分析粪肠球菌基因的方法研究

[目的 ]　对 12株粪肠球菌的DNA分子进行基因分析。　 [方法 ]　用SmaI作为内切酶 ,将粪肠球菌的DNA分子切割成若干片段 ,用Amersham pharmaciabiotech公司生产的GENENAVIGATOR —脉冲凝胶电泳系统将这些片段以垂直泳道的形式分离开来。　 [结果 ]　经分析比较 ,这 12株粪肠球菌经SmaI切割后的DNA片段排列均不相同。　[结论 ]　这 12株粪肠球菌在流行病学上来源不同。     

中国六省致病小肠结肠炎耶尔森菌的脉冲场凝胶电泳分析

目的 对中国致病小肠结肠炎耶尔森菌分离株进行脉冲场凝胶电泳分析。方法 参照美国疾病预防控制中心PulseNet实验方法对中国6省165株致病小肠结肠炎耶尔森菌进行脉冲场凝胶电泳分析，使用BioNumerics软件进行聚类分析，并按照PulseNet命名原则对带型进行命名。结果 将114株O：3血清型小肠结肠炎耶尔森菌分成25个带型；K6GNllC30012（50株）、K6GNllC30015（19株）及K6GNllC30016（10株）是其主要带型，三个主要带型之间聚类相似性很高。将51株O：9血清型小肠结肠炎耶尔森菌分为14个带型；其中K6GNllC90004（22株）与K6GNllC90010（13株）是其主要带型，K6GNllC90004与K6GNllC90010带型之间有一定的差异。O：3与O：9血清型的主要带型之间有明显的差异。结论 O：3血清型的小肠结肠炎耶尔森菌可能起源于一个克隆系，且在不同地区和年代变异很小；O：9血清型的小肠结肠炎耶尔森菌可能起源于两个不同的克隆系，且各自有一定的变异。O：3与O：9血清型的小肠结肠炎耶尔森菌亲缘关系较远。     

沙门菌血清分型和脉冲场凝胶电泳分子分型在流行病学调查中的应用

沙门菌造成的食物中毒和食源性疾病暴发是全球性的公共卫生问题.对人感染的沙门菌进行血清分型,进一步对同一血清型菌株进行脉冲场凝胶电泳分子分型,可以增强识别食源性疾病暴发的能力,发现暴发病例,掌握流行趋势,追溯感染源头.此文对沙门菌血清分型和脉冲场凝胶电泳分子分型的研究进展及应用作了综述.     

脉冲场凝胶电泳与多基因聚类分析在铜绿假单胞菌株亲缘性研究中的应用

目的:了解分离自临床铜绿假单胞菌分子流行病学特性及菌株亲缘性。方法:对分离自临床的32株铜绿假单胞菌采用Kirby-Bauer法测定抗菌药物的敏感性;利用脉冲场电泳和多耐药基因聚类分析菌株的亲缘性。结果:32株铜绿假单胞菌中有17株对8种以上抗生素耐药,占53.1%,8株(25%)铜绿假单胞菌对检测抗生素全部耐药,为同一耐药表型。脉冲场电泳聚类分析显示,铜绿假单胞菌主要为3个克隆株;而多耐药基因聚类分析显示,铜绿假单胞菌主要为2个簇群,二个簇群内已发生衍化,存在3个克隆传播。结论:分离自临床的铜绿假单胞菌耐药严重,亲缘性分析中多基因聚类分析法分辨率高于脉冲场电泳。     

中国C群脑膜炎奈瑟菌脉冲场凝胶电泳分析

目的对中国C群脑膜炎奈瑟菌分离株进行脉冲场凝胶电泳（PFGE）分析，了解安徽省C群流行性脑脊髓膜炎（流脑）暴发菌株及国内C群脑膜炎奈瑟菌菌株的分子流行病学特征。方法212株C群脑膜炎奈瑟菌菌株分离自流脑患者、密切接触者和健康人群鼻咽部，包括安徽省C群流脑菌株48株，其中38株与C群流脑暴发相关。脉冲场凝胶电泳选用NheI限制性内切酶，聚类分析选用BioNumerics软件。结果212株C群脑膜炎奈瑟菌菌株共分为43个PFGE带型，命名为AH1～AH43，AH1是中国C群脑膜炎奈瑟菌主要的带型，占69．3％（”=147），分布于11个省市。安徽省48株C群菌株共分为3个PFGE型别（AH1、AH2、AH3），45株（93．8％）为AH1型。安徽省38株与C群流脑暴发相关的菌株中，37株（97．4％）为AH1型。全国53株流脑患者分离菌株中，AH1型菌株占67．9％（36／53）；121株流脑病例密切接触者分离菌株中，AH1型占71．9％（87／121），38株健康人群鼻咽部分离菌株中，AH1型占63．2％（24／38）。结论AH1型C群脑膜炎奈瑟菌是中国目前C群流脑流行的主要克隆群，安徽省C群流脑暴发是由AH1型C群脑膜炎奈瑟菌引起的，已在全国呈扩散流行的趋势。