基于CRISPR-Cas12a蛋白的副溶血弧菌及tdh基因检测分析

目的 将重组酶介导等温核酸扩增技术(RAA)与成簇的规律间隔短回文重复序列(CRISPR)系统相结合,建立一种快速检测并分型副溶血弧菌的检测方法.方法 通过纯化CRISPR相关蛋白Cas12a,设计和合成RAA引物、crRNA和单链DNA报告分子,建立副溶血弧菌的荧光和试纸条检测方法.采用煮沸法提取细菌核酸,经RAA扩...     

CRISPR/Cas系统在分子检测中的应用

近年来,成簇规律间隔短回文重复序列/成簇规律短回文重复序列相关蛋白(CRISPR/Cas)系统凭借其简单、高效的基因编辑能力,已被广泛应用于生物、医学等多个研究领域。随着CRISPR技术的快速发展,CRISPR/Cas系统已被开发为一种快速、便携、低成本、高灵敏度的分子检测工具,在病原体检测、耐药性分析、单核苷酸多态性(SNP)分型、肿瘤基因突变检测等方面取得重大突破。文章就不同Cas蛋白在分子检测中的最新研究进展进行综述,并对其应用前景进行展望,以期为从事相关领域的科研工作者提供参考与帮助。     

基于CRISPR/Cas技术的核酸即时检测研究进展

鉴于目前核酸分子检测技术逐步从临床实验室向现场检测转移的发展趋势,急需建立一种高灵敏、高特异、高效和便捷的新型核酸诊断工具来满足临床即时检测（POCT）的需要。基于规律间隔成簇短回文重复序列（CRISPR）/CRISPR相关蛋白（Cas）的检测方法是一种有前景的新型核酸检测方法。该方法中Cas效应蛋白能够识别高度特异的...     

核酸检测和基因编辑的新工具：CRISPR/Cas13系统

成簇的规律间隔的短回文重复序列(clustered regularly interspaced short palindromic repeats,CRISPR)/CRISPR相关蛋白(CRISPR-associated proteins, Cas)系统是目前基因编辑、基因表达研究的热点,其中,研究较成熟的为CRISPR/Cas9系统,其在单链RNA的引导下可特异地切割靶DNA的特定位点,实现DNA水平的操作。而靶向RNA的CRISPR/Cas13系统开启了在RNA水平研究、诊疗的新时代。活化的Cas13具有独特的核酸酶活性,可特异性地切割靶向RNA,同时非特异性地切割周围环境中的RNA,利用以上特性可实现体外核酸检测。通过活性位点突变可产生无核酸酶活性但可与RNA结合的dCas13(dead Cas13),将dCas13与其他功能性蛋白质进行融合可进一步扩大dCas13的应用范围。该文主要概括了CRISPR/Cas13系统在核酸检测以及在RNA水平作为基因编辑工具的新进展。     

CRISPR/Cas12系统在肿瘤检测中的应用

快速、灵敏、特异的检测方法对于提高肿瘤患者的生存率并改善预后至关重要。除了在基因编辑领域的贡献，近年来成簇规律间隔短回文重复序列(CRISPR)/CRISPR相关蛋白(Cas)系统以其特有的靶标核酸识别切割能力和反式切割活性为特点，已成为新一代核酸检测工具被广泛应用于病原体、肿瘤和转基因等检测领域。基于此，该文对CRISPR/Cas12系统原理及其在不同肿瘤标志物中的检测应用进展作一综述，并对其应用前景进行展望，以期为CRISPR/Cas系统更好地应用于肿瘤筛查和诊断提供参考及借鉴。     

副溶血弧菌的致病性及检测方法

副溶血弧菌是沿海地区的一种嗜盐性细菌,其生长快,繁殖速度高,常通过感染多种海产品而引发人的食物中毒发生,近年来,由副溶血弧菌引起的食源性疾病日益增多,到目前为止,O3：K6型副溶血弧菌菌株已引起了亚洲、欧洲、美洲、非洲等多个国家的大流行。随着由副溶血弧菌引起疾病的规模不断增加和频发,人们对其也更加关注,各种检测方法逐渐取代传统的生化鉴定实验,尤其是在食品微生物检测、流行病学调查以及医院感染监控等方面发挥越来越重要的作用。本文就副溶血弧菌的基础特性。致病性及目前的检测方法作一综述。     

基于基因组序列的副溶血弧菌两种分型方法比较研究

目的 比较基于全基因组测序(WGS)SNP的分型方案和多位点串联重复序列分析(MLVA)分型方案用于我国副溶血弧菌分子分型的能力,并分析两种方法的优缺点及适用情况.方法 选取我国分离的56株副溶血弧菌,使用6个数目可变串联重复序列(VNTR)位点的MLVA方案和基于全基因组序列SNP的方案对这些菌株进行分子分型分析,通...     

脲酶阳性副溶血弧菌的临床及实验研究

从１４２９例急性腹泻患者粪便中分离出４２株副溶血弧菌，其中脲酶阳性为１５株占３５．７％。４２株菌均产生耐热溶血素，不产生不耐热溶血素；生化特性除鸟氨酸外其它结果均相同；其中７株脲酶阳性与２株脲酶阴性株，经聚合酶链反应检测发现它们的扩增产物均具有相同分子量定位于４１６ｂｐ的荧光带，从而证实脲酶阳性株与脲酶阴性株一样都拥有ｔｄｈ基因。脲酶阳性株感染的１５例患者均有典型急性胃肠炎症状，因此在腹泻病原菌检测时不可忽视对这种新的副溶血弧菌致病株──脲酶阳性株的分离鉴定。     

一起副溶血弧菌引起的食物中毒调查及检测

2009年10月5日下午17时左右,我单位接到辖区内某医院急诊科报告,该科收治了一批因腹痛、腹泻、发热等症状前来就诊的病人,怀疑是食物中毒。经流行病学调查、临床诊断和病原学鉴定,判定为一起由副溶血弧菌引起的食物中毒事件,现报告如下。1材料与方法1.1患者临床症状22例患者均有不同程度的腹痛、腹泻、恶心、呕吐、头晕     

副溶血弧菌耐药现状及耐药机制

副溶血弧菌是一种重要的食源性疾病致病菌,其引起的感染已成为严重的全球性公共卫生问题。水产养殖业和临床上抗生素使用不规范,会直接导致或加剧副溶血弧菌耐药。一方面,耐药菌可通过食物链进入人体,给临床治疗副溶血弧菌感染带来巨大挑战;另一方面,耐药菌中的可移动遗传元件可以将耐药基因传递给其他细菌,从而产生更大的威胁。本文主要概述了副溶血弧菌的耐药现状、耐药机制及相应的耐药检测方法,为副溶血弧菌耐药产生、传播及控制提供参考。     

基于CRISPR/Cas系统诊断平台的研究进展

目前核酸检测技术已被广泛应用于临床实验室诊断,常规检测技术如实时荧光定量PCR技术耗时长且依赖特定的仪器设备。成簇规律间隔短回文重复序列(CRISPR)/CRISPR相关蛋白(Cas)系统是细菌和古细菌在与病毒斗争过程中获得的适应性免疫防御机制,已被发展成强大的基因组编辑技术。最近CRISPR领域的先驱团队基于Cas13a、Cas12a和新发现的Cas14蛋白开发出SHERLOCK、DETECTR等新型核酸检测工具,在传染性疾病的快速诊断、癌症中基因突变的检测和基因分型等方面意义重大,其灵敏度高、特异性强且快速经济,在临床分子诊断领域具有巨大潜力。本文综述了CRISPR/Cas系统的作用机制及新型诊断平台的原理和应用进展,总结了新型检测技术的优缺点并对其发展前景进行展望。     

多菌型副溶血性弧菌共感染引起集中事件调查分析

目的 分析一起副溶血性弧菌（VP）集中感染事件的菌株特征,明确该起感染事件的性质。方法 在2017年9月,广西某乡镇发生一起疑似食源性疾病暴发,现场采集13例患者肛拭子,分离到10株VP,利用O和K诊断血清对分离株进行玻片凝集实验分型,采用TaqMan水解探针荧光PCR检测分离株毒力相关tlh、tdh、trh和ORF8基因,并分别用Not Ⅰ和Sfi Ⅰ两种酶进行脉冲场凝胶电泳（PFGE）分型,导入Bionumerics 6.6软件进行聚类分析。结果 10株VP有5种血清型,6株为O3∶K6,其余4株血清型分别为O4∶K8、O1∶KUT、O2∶KUT和O10∶K19。所有菌株tlh基因均呈阳性,而trh基因呈阴性;6株O3∶K6血清型菌株和1株O4∶K8血清型菌株tdh基因均呈阳性;其余3株tdh基因呈阴性。经Bionumerics 6.6软件聚类分析,Not Ⅰ和Sfi Ⅰ酶切PFGE有8种型别,同为O3∶K6血清型的6株菌可分为4种型别。综合以上3个指标进行分析,该事件分离的10株菌中仅2株菌完全相同。结论 该起集中暴发事件由多种血清、不同PFGE型别的致病和非致病性VP多菌型共感染引起。     

中国副溶血弧菌多位点可变数目串联重复序列分型方法的建立

目的建立适合中国分离的副溶血弧菌的多位点可变数目串联重复序列分析（MLVA）方法。方法以我国不同来源的420株副溶血弧菌为研究对象,针对现有的12个可变数目串联重复序列（VNTR）位点使用PCR扩增,产物进行毛细管电泳,对不同位点及其组合的分型能力结果进行分析。结果副溶血弧菌的12个VNTR位点中,VPTR7的扩增率比较低（71.90%）,VP1-17不具备多态性（Nei值＝0.00）,VP2-07的稳定性差;6个位点的组合（VP1-10、VPTR1、VPTR3、VPTR5、VPTR6、VPTR8）分型方案可将420株副溶血弧菌分为311个MLVA型,并可区分相同的ST型菌株。结论6个位点的MLVA分型方案经济性和区分度最优,建立了适合中国分离副溶血弧菌的MLVA分型方案。     

全基因组数据应用于多克隆副溶血弧菌感染暴发的病原学分析

目的应用实时荧光PCR方法和基因组重测序分析等技术对一起副溶血弧菌（VP）导致的腹泻暴发事件进行病原学分析。方法收集暴发事件的病例信息,采集病例样本,使用实时荧光PCR方法筛选常见腹泻致病菌,分离鉴定VP并进行血清型鉴定,检测菌株毒力基因,采用微量肉汤稀释法检测菌株对抗菌药物的敏感性,使用全基因组测序技术进行菌株的遗传学分析。结果9份肛拭子共分离出13株VP菌株,其中O4∶KUT血清型7株（trh–/tdh+）,O1∶KUT血清型6株（5株trh+/tdh+,1株trh–/tdh–）。在检测的30种抗菌药物中,所有菌株仅对氨苄西林耐药,对其他29种抗菌药物均敏感。在基于全基因组序列的遗传学分析中,13株VP形成4个相互独立且遗传距离较远的分支,Lineage 1（O4∶KUT、trh–/tdh+,2株）、Lineage 2（O1∶KUT、trh–/tdh–,1株）、Lineage 3（O1∶KUT、trh+/tdh+,5株）和Lineage 4（O4∶KUT、trh–/tdh+,5株）,其中3例患者由来源于3个不同遗传分支的VP混合感染。结论本次事件由多血清型、多克隆的VP感染导致,基因组重测序技术在腹泻病暴发的病原分析中有较好的应用前景。     

广东省江门市一起副溶血弧菌食物中毒分离株的病原学特征分析

目的 分析广东省江门市2017年某公司发生的一起副溶血弧菌食物中毒分离株的血清型别、耐药表型和分子特征。方法 对该起食物中毒事件分离到的15株副溶血弧菌进行血清学分型,抗生素敏感性检测,耐热直接溶血毒素基因（tdh）、耐热相关溶血毒素基因（trh）、GS-PCR和orf8基因的PCR检测,脉冲场凝胶电泳（PFGE）分子分型分析。结果 15株副溶血弧菌分离株经生化鉴定、血清学鉴定为O3:K6型;抗生素敏感性分析显示,所有菌株均对氨苄西林和头孢唑啉耐药,对其他抗生素敏感;毒力基因PCR检测结果显示,所有菌株均为tdh+trh-型菌株,并且携带GS-PCR和orf8基因;14株病例分离株和1株食物分离株经限制性内切酶（NotⅠ、SfiⅠ）酶切后的PFGE指纹图谱高度相似,仅存在2条带的差异。结论 该起食物中毒的病原体为O3:K6型副溶血弧菌,携带tdh、GS-PCR和orf8基因,具有共同的耐药表型和遗传特征,此次食物中毒事件由2种克隆群的副溶血弧菌引起。     

我国东南沿海地区副溶血弧菌O3:K6血清型耐药分析

目的 对分离自我国东南沿海地区的77株O3:K6血清型副溶血弧菌携带毒力基因情况及其耐药状况进行分析。方法 对2002-2016年分离自上海市、深圳市、江苏省、浙江省的77株O3:K6型副溶血弧菌tdh和trh基因进行PCR扩增检测,并用K-B纸片法检测菌株对15种抗生素的药敏情况。结果 77株O3:K6型副溶血弧菌tdh和trh基因的携带率分别为94.81%和1.30%。受试菌株对氨苄西林、链霉素、卡那霉素、磺胺异恶唑、环丙沙星的敏感率较低,分别为7.79%、18.18%、31.17%、49.35%、54.55%,其中对氨苄西林、磺胺异恶唑和链霉素的耐药率最高,分别为84.42%、36.36%、32.47%;对头孢曲松、头孢西丁、头孢吡肟、庆大霉素、阿奇霉素的敏感率较高,分别为96.10%、87.01%、81.82%、97.40%、93.51%;所有菌株对亚胺培南、复方新诺明、萘啶酸、多西环素、氯霉素均敏感。本研究中共分离到11株多药耐药菌株,全部为致病株,多药耐药率高达14.29%。结论 我国东南沿海地区分离的77株O3:K6型副溶血弧菌tdh携带率较高,trh携带率较低;对氨苄西林、磺胺异恶唑、氨基糖苷类、环丙沙星的敏感性较差,对其他临床常用抗生素比较敏感,同时存在多药耐药现象。     

北京市顺义区三起关联性副溶血弧菌食源性疾病暴发事件的识别与分析

目的分析3起由副溶血弧菌（VP）导致的食源性疾病暴发事件，利用国家致病菌识别网（China PIN）对其进行关联性分析。方法收集2018年8月北京市顺义区3起食源性疾病暴发事件的流行病学资料，采集可疑食品、环境和病例样本48份，进行菌株分离和鉴定，对分离的VP菌株进行脉冲场凝胶电泳（PFGE）分子分型，获得的指纹图谱通过致病菌识别网进行比对分析。结果3起暴发事件中，共从12份病例样本和3份可疑食品样本中分离出15株O3:K6血清型VP，其种特异性基因和毒力基因检测结果为:toxR+/tdh+/trh-，根据PFGE指纹图谱可以将15株VP分成2个簇，每个簇中的指纹图谱相似度为100%。 2个指纹图谱簇之间的相似度为93.94%；且与2014 — 2017年本地区China PIN分子分型数据库中分离自腹泻病例的VP菌株带型不成簇。结论VP引起的3起食源性疾病暴发事件由共同的传染源导致，China PIN在食源性疾病暴发识别、溯源和关联性分析中有良好的应用前景。