SYBR Green Ⅰ荧光定量PCR检测DNA甲基化方法的建立

近期，表观遗传学与肿瘤发生关系的研究日益增多。DNA甲基化是表观遗传学的重要组成部分，并已成为肿瘤早期诊断的研究热点。甲基化特异性PCR（MSP）是检测DNA甲基化的常用方法之一，该方法灵敏度和特异度高，但操作繁琐，难以自动化。TaqMan荧光定量PCR法，即Methylight在MSP的基础上设计1条TaqMan探针，该方法的准确性和检测的灵敏度都很高。然而，因需要设计合成特异的探针而使其的应用受限，而且TaqMan探针昂贵。本研究建立SYBRGreenⅠ荧光定量PCR（FQ—PCR）检测DNA甲基化的方法，通过临床标本检测和对比试验，以证明其与Methylight的检测效能，以便为DNA甲基化检测的临床应用提供工具。     

人类Gfi1基因SYBR Green I实时荧光定量PCR检测方法的建立

目的 建立测定人类Gfi1mRNA表达量的SYBR Green I实时荧光定量PCR方法,为进一步研究新基因的功能奠定基础.方法 以Gfi1基因为靶基因设计引物.构建携带GficDNA的质粒plox-Gfi1,经过纯化,质粒浓度测定,拷贝数的计算及10倍的梯度稀释制备标准品.应用ABI stepone PCR仪对Cfi1mRNA进行实时荧光定量PCR检测,建立标准曲线和熔解曲线.结果 建立了Cfi1mRNA表达的实时荧光定量PCR方法,本法线性范围为6.36×102～6.36×108copies/μl,线性相关系数y2为0.996,熔解曲线为单峰,Tm值为(89.98±0.22)℃,标准品的循环阈值批内变异系数和批间变异系数分别为1.35%～3.61%和1.49%～3.42%.结论 本研究建立的Gfi1mRNA表达实时荧光定量PCR检测方法速度快,灵敏度高,特异性强,重复性及稳定性好,可用于Gfi1基因的定量检测.     

人类Gfi1基因SYBR Green I实时荧光定量PCR检测方法的建立

目的 建立测定人类Gfi1mRNA表达量的SYBR Green I实时荧光定量PCR方法,为进一步研究新基因的功能奠定基础.方法 以Gfi1基因为靶基因设计引物.构建携带GficDNA的质粒plox-Gfi1,经过纯化,质粒浓度测定,拷贝数的计算及10倍的梯度稀释制备标准品.应用ABI stepone PCR仪对Cfi...     

气单胞菌腹泻的检测方法探讨

气单胞菌广泛分布于水系环境,过去认为是淡水鱼、青蛙和蛇等冷血动物的病原菌,近年来的研究表明,该菌对人类可引起腹泻、创伤感染、脑膜炎等多种疾病,但大多数菌株来自肠道感染,该菌可致轻度或重症腹泻,是引起胃肠炎和食物中毒的重要病原苗,为此,我们对540例急性腹泻患者粪便使用多种方法进行气单胞菌分离培养．1材料与方法1．1检测对象随机选择我市1997年5～10月后40例急性腹泻患者作为研究对象,由各医院肠道门诊医生采集患者新鲜粪便餐Carry－Blair运送培养基24h内送检。1．2细菌分离方法1．2．1直接分离法：将粪便制成无菌生理…     

乙型肝炎病毒SYBR Green I 实时荧光定量PCR方法的建立及临床应用

目的 建立SYBR Green I实时荧光定量PCR检测乙型肝炎病毒DNA的快速方法,并探讨其临床应用价值。方法 根据GenBank公布的Hepatitis B virus gp1基因序列设计引物,建立SYBR Green I实时荧光定量PCR,并对反应体系和扩增程序进行优化。定量标准品通过基因克隆方法获得,同时以浙江省夸克公司HBV DNA定量检测试剂盒作对照,应用于随机选取的100份乙型肝炎患者血清检测。结果 SYBR Green I实时荧光定量PCR检出限范围为5×10²copies/ml～5×10⁸copies/ml,HBV DNA浓度与CT值有良好线性关系,无交叉反应,整个过程仅需2.5 h。在随机抽取的100份临床标本应用中,与浙江省夸克公司的HBV荧光定量PCR检测试剂相比,建立的SYBR Green I实时荧光定量PCR体系灵敏度100%,特异度92.5%。结论SYBR Green实时荧光定量PCR快速、简便、灵敏度高、特异度强,可用于乙型肝炎患者病情监测,有效指导临床用药,准确评价HBV感染者的病情。     

荧光定量PCR检测弓形虫基因方法的建立

目的　建立荧光定量PCR检测弓形虫基因的方法,并进行实验室方法学评价。方法　PCR扩增弓形虫 529bp重复序列,经TA克隆后转化入大肠杆菌DH5α中;提取重组质粒鉴定后,作为模板建立荧光定量PCR标准曲线,并做重复性试验和临床标本检测。结果　用重组质粒制作的标准曲线循环阈值与模板浓度有良好的线性关系,相关系数 0. 995,平均试验间变异系数 3. 28%,无非特异性扩增。临床标本检测阳性率为 43. 3%。结论　建立了检测弓形虫基因的荧光定量PCR方法,快速、灵敏、特异的特点适合临床实验室的应用。     

类志贺邻单胞菌实时荧光TaqMan PCR快速检测体系的建立

目的建立针对类志贺邻单胞菌的高灵敏、高特异的实时荧光TaqMan聚合酶链式反应(PCR)快速检测体系。方法根据类志贺邻单胞菌23S rRNA基因的一段特异性序列设计引物及TaqMan探针,利用实时荧光PCR检测平台探讨该检测体系的灵敏度;用30种其他肠道致病菌及院内感染中常见的致病菌评价该检测体系的特异性。结果实时荧光TaqMan PCR快速检测体系对类志贺邻单胞菌重组质粒的检测灵敏度为1×102拷贝/反应体系;对类志贺邻单胞菌基因组的检测灵敏度为3×10-2pg/反应体系;该检测体系在检测30种其他肠道致病菌及院内感染中常见的致病菌时未出现特异性扩增,整个反应在2 h内完成。结论本研究建立的实时荧光TaqMan PCR检测体系可作为类志贺邻单胞菌灵敏、特异、快速的检测方法。     

气单胞菌属分类与鉴定方法

气单胞菌属曾归入弧菌科 ,弧菌科内还有弧菌属、原细菌属 (Protobacterium )和邻单胞菌属。后发现气单胞菌与弧菌的基因并不紧密相关 ,而与Proteobacteria的r 3亚群相关。因此将气单胞菌属自弧菌科移出 ,独立成属 ,属内含有效的基因型共 14个种 ,估计种数还会增加。气单胞菌属中致病性明确的细菌可引起人腹泻、胃肠炎、免疫力低下者的原发性或继发性败血症、严重的伤口感染。少见的感染有腹膜炎、脑膜炎、眼部感染、骨关节感染等。气单胞菌鉴定到种比较困难 ,传统的鉴定方法依生化反应在弧菌科内分为 6组 ,但生化反应多有重叠 ,难以明确划分 ,鉴定的试验方法也不一致。商品化的鉴定装置能鉴定的菌种有限 ,其结果与传统的方法不尽一致 ,但传统的鉴定方法未能包括新的菌种。最近Abbott等收集了 14个菌种共 193株气单胞菌 ,全面地观察其生化反应 (包括药敏试验在内的 5 3项试验 ) ,分别记录其典型的和非典型的表型特征 ,在此基础上提出新的鉴别方案[1] 。此鉴定方案应用Moeller′s赖氨酸脱羧酶 (lysinedecarboxylase,LDC )、鸟氨酸脱羧酶 (ornithinedeca...     

SYBR GreenⅠ荧光PCR熔解曲线鉴定鸟分枝杆菌方法的建立及初步应用

目的基于SYBR GreenⅠ荧光染料建立鉴定鸟分枝杆菌(Mycobacterium avium,MA)的荧光PCR熔解曲线法,为临床鉴定MA提供简单、准确性高的分子生物学检测方法。方法以MA的特异性插入序列IS1311为检测靶标设计引物,在60℃的退火温度下,建立鉴定MA的SYBR GreenⅠ荧光PCR熔解曲线方法,并对MA等21种分枝杆菌标准株和金黄色葡萄球菌等5种常见致病菌进行检测,评价方法的特异性、检测限;以hsp65、16S rDNA普通PCR扩增产物测序分析为“金标准”,鉴定200株分枝杆菌临床分离株,评估建立方法鉴定MA的准确性。结果SYBR GreenⅠ荧光PCR熔解曲线方法在30个循环内能准确鉴定出21种分枝杆菌标准株和5种致病菌中的MA,检测限为5.6×10-2 ng/μL。200株分枝杆菌临床分离株中,以PCR测序鉴定出16株MA和184株其他分枝杆菌,以SYBR GreenⅠ荧光PCR熔解曲线方法鉴定出15株MA和185株非MA;本研究建立的方法和测序方法对MA的鉴定率差异无统计学意义(P>0.05);两法符合率为99.5%(199/200),一致性较高(Kappa值>0.75,P<0.01);建立方法的敏感性为93.8%(15/16),特异性为100.0%(184/184),阳性预测值为100.0%(15/15),阴性预测值为99.5%(184/185)。结论以MA特异性重复序列IS1311为基础建立的SYBR GreenⅠ荧光PCR熔解曲线方法,具有较高的灵敏度和特异性,为MA的临床检测提供新的途径。     

建立检测产气肠杆菌的TaqMan荧光定量PCR和普通PCR方法

目的 建立敏感、特异的普通聚合酶链反应(PCR)方法和TaqMan 荧光定量PCR方法对产气肠杆菌进行快速检测。方法 以产气肠杆菌组氨酸脱氢酶基因(hdc)为靶基因设计引物以及TaqMan FAM探针,建立对产气肠杆菌进行检测的普通PCR方法和TaqMan 荧光定量PCR方法,并评价该方法的特异性、灵敏性和稳定性。结果 普通PCR和TaqMan 荧光定量PCR方法均能对产气肠杆菌进行特异检测;普通PCR方法对质粒标准品和粪便模拟标本的检测下限分别为 100 copies/l和1.0105 cfu/g,TaqMan 荧光定量PCR方法对质粒标准品和粪便模拟标本的检测下限分别为33 copies/l和1.0104 cfu/g;TaqMan 荧光定量PCR方法对质粒标准品和粪便模拟标本检测的扩增曲线良好;在稳定性评价试验中,普通PCR方法的重复性良好,TaqMan 荧光定量PCR方法对质粒标准品检测Ct值的组内差异为0.15%~0.98%,组间差异为0.55%~1.63%。结论 本研究建立的检测产气肠杆菌的普通PCR方法和TaqMan 荧光PCR方法特异性好、灵敏度高,能够用于产气肠杆菌的快速检测。     

检测艰难梭菌耐莫西沙星gyrA基因点突变的双重荧光PCR方法的建立和评价

目的 建立一种检测艰难梭菌耐莫西沙星gyrA基因点突变的双重荧光PCR方法.方法 设计针对艰难梭菌gyrA基因的特异性引物,并针对莫西沙星耐药株和敏感株的gyrA基因突变位点设计不同的TaqMan-MGB探针,优化可同时检测ATT、ACT突变点的双重荧光定量PCR方法,验证该方法的灵敏性、特异性和重复性,并进行应用评价...     

SYBR Green Ⅰ实时定量PCR检测生存素基因的方法建立及条件优化

目的建立SYBRGreenⅠ染料实时定量PCR检测生存素（Survivin）基因定量的方法。方法根据PCR产物荧光强度、循环阈值（Ct值）、标准曲线斜率、相关系数和熔解曲线优化反应体系中各组分的量及反应条件，对引物二聚体消除策略和Ct值获取方式进行评价。并用该方法检测43份胃癌组织Survivin基因扩增情况。结果SYBRGreenⅠ实时荧光定量PCR体系扩增Survivin的最佳组成和条件是：Taq酶2．5U／100μl、MsCl2 2mmol／L、引物浓度0．2μmol／L和退火温度58℃；在PCR循环延伸结束后设置1个低于特异产物退火温度值2℃的荧光读取温度，能有效消除引物二聚体对定量检测的影响；以二次倒数最大值方式确定Ct值，能避免主观因素所致误差。研究建立的SYBRGreenⅠ染料实时定量PCR检测Survivin基因含量方法的灵敏度为10拷贝／μl，线性范围10^1～10^4拷贝μl（r=0．9997），批内变异系数（CV）1．13％-1．91％，批间CV3．31％-4．50％；胃癌组织中Sttrvivin基因扩增率为13．9％（6／43）。结论优化后的SYBRGreenI实时定量PCR方法具有方便、经济、灵敏度高和重复好等特性，可用于Survivin基因含量分析。     

SYBR Green Ⅰ实时荧光PCR检测survivin甲基化状态

目的建立SYBR Green Ⅰ实时荧光聚合酶链反应（PCR）检测survivin甲基化的方法。方法25例胃癌组织标本及与其配对的正常胃组织经甲基化敏感性限制性内切酶HpaⅡ和MspⅠ处理后，再用SYBR GreenⅠ实时荧光PCR对survivin外显子1进行检测。实时荧光定量PCR检测survivin基因内含子2，用于监测经限制性酶消化的基因组DNA浓度变化，10倍系列稀释的基因组标准物用于检验实时PCR的敏感度，PCR产物通过凝胶电泳分析证实。结果经Hpa Ⅱ酶切后，甲基化的目的基因PCR产物在熔解曲线上有Tm值为（91．5&#177;0．5）℃的峰，电泳证实为338bp的条带。所有经酶消化的样本都能扩增出以Tm值（79．5&#177;0．5）℃为特征的对照基因（survivin基因内含子2），表明基因组DNA未产生严重的非特异性降解。SYBR GreenⅠ实时荧光PCR检测甲基化目的基因的灵敏度为10^0拷贝／μL。用以上新建的体系检测25例胃癌标本，发现其survivin基因外显子1的去甲基化频率为96％。结论SYBR GreenⅠ荧光PCR法具有快速、准确、敏感、实时、简单和敏感的特点，是检测survivin外显子1甲基化状态的一种可靠的新方法。     

鼠疫多重荧光定量PCR内标检测方法的建立与应用评价

  目的  建立一种鼠疫多重荧光定量PCR内标检测方法,并进行应用效果评价。  方法  选择鼠疫菌染色体YPO0393基因与pMT1质粒caf1基因为靶基因,设计合成YPO0393-内标模板、特异性引物和TaqMan荧光探针,构建鼠疫多重荧光定量PCR内标检测体系;对非鼠疫菌DNA、不同稀释浓度鼠疫菌DNA、野外监测样本进行检测,评价该方法的特异性、灵敏性、重复性和应用效果。  结果  采用多重荧光定量PCR内标方法,8株鼠疫菌DNA均出现明显的扩增曲线,12株非鼠疫菌DNA未显示扩增曲线,提示该方法特异性良好。 不同浓度的鼠疫EV76疫苗株DNA,检测最低限为22.5×10?4 ng/μL,变异系数为0.99～3.42,提示灵敏性、重复性较好。 105份野外监测样本中,荧光定量PCR内标方法检测阳性的6份,与普通PCR方法检测结果一致,4份样本分离培养出鼠疫菌且采用PCR方法检测阳性。  结论  通过设置双靶基因与内标对照,本研究建立的鼠疫多重荧光定量PCR内标方法可降低检测假阳性率,特异性、灵敏性和重复性理想,可用于鼠疫快速检测。     

Near-drowning-associated Aeromonas pneumonia

Aeromonas is increasingly recognized as a human pathogen that causes a variety of different infections. Aeromonas has rarely been reported as a cause of respiratory infection, and it has been described in near-drowning-associated pneumonia. This article reviews a case of Aeromonas sobria pneumonia associated with a near drowning and considers the clinical and epidemiological characteristics of 10 previously reported cases. Nearly all of the cases involved young healthy men, a rapid development of pneumonia and sepsis after a brief stable period postimmersion, and bilateral infiltrates on chest radiography. A very high rate of positive blood cultures and mortality was also noted. The epidemiological and clinical data in this review may be helpful to the clinician caring for near-drowning victims. Although prophylactic antibiotics are not recommended for neardrowning victims, broad-spectrum antibiotics should be rapidly instituted with any evidence of infection.     

SYBR Green实时荧光定量聚合酶链反应宽范围检测人GAPDH基因体系的建立

目的建立一种快速、灵敏的人3-磷酸甘油醛脱氢酶(GAPDH)基因实时荧光定量-聚合酶链反应(RT-PCR)方法。方法根据GeneBank数据库中提供的人GAPDH基因(NC_000012)mRNA序列,在其保守区域设计一对用于RT-PCR引物,通过优化反应体系和反应条件,成功建立了检测人GAPDH基因的SYBR Green RT-PCR方法。结果实验结果表明,该检测方法检测人GAPDH基因的最低检测拷贝数可达到15copies/μL,在一个较宽的浓度范围内(1.5×101~1.5×107)具有良好的线性关系(r=0.992)。溶解曲线呈现了清晰的单一峰型,Tm值为(84.5±0.2)℃。结论该研究为人GAPDH基因作为内参基因进行人功能基因与病原基因表达的定量分析提供了一种更为快速、灵敏的方法。     

Multiplex real-time SYBR Green I PCR assay for detection of tetracycline efflux genes of Gram-negative bacteria

In an effort to find a rapid, efficient, and reliable method for screening and classifying large numbers of tetracycline-resistant bacterial isolates, we developed a multiplex, real-time PCR assay using SYBR Green I and the Roche LightCycler. The assay can rapidly identify eight genes encoding tetracycline resistance efflux pumps including tet(A), tet(B), tet(C), tet(D), tet(E), tet(G), tet(H) and tet(J). Primers were selected for PCR amplification of these eight tetracycline resistance determinant (tet) genes commonly found in Gram-negative organisms. We combined primer pairs together to make a single-tube multiplex PCR reaction followed by melting curve analysis. Amplification of the expected tet gene products was confirmed by both agarose gel electrophoresis and DNA sequence analysis. Based on melting temperature differences, we could identify the different classes of tet genes. To test the multiplex PCR, the assay was used on 107 tetracycline-resistant clinical isolates of various Gram-negative organisms isolated in several locations around the world. About 49.5% of those strains carried a tet(A) gene, 35.5% carried a tet(B), 7.5% carried a tet(J), 5.6% carried a tet(C) and 1.9% carried a tet(D) gene. DNA sequence analysis of the amplicons confirmed that the specificity of the test was 100%. The sensitivity of the multiplex test varied from 10 to 1000 CFU per PCR reaction. Our real time PCR assay utilizing SYBR Green I and melting point analysis on the Lightcycler system showed not only a high confidence level in differentiation of the classes of tet genes but also precise reproducibility. Our multiplex PCR tet gene class identification assay offers a significant savings of time and labor in the analysis of large numbers of clinical strains compared with assays using individual gene PCR or traditional phenotype methods.     

SYBR Green I-based real-time PCR targeting the rpoX gene for sensitive and rapid detection of Vibrio alginolyticus

rpoX, a Vibrio alginolyticus specific stress regulating gene, was used to detect this fish pathogen by SYBR Green I-based real-time PCR. The specificity of the detection was confirmed in different samples. The minimum level of detection was 10(3) cells from pure culture and 10(2) cells from seawater.