六味地黄丸治疗糖尿病视网膜病变网络药理学与分子对接分析

目的 基于网络药理学研究六味地黄丸治疗糖尿病视网膜病变(diabetic retinopathy,DR)的潜在机制并利用分子对接进行验证。方法 通过TCMSP数据库平台筛选六味地黄丸的有效成分以及相关靶点,通过疾病数据库(GeneCards、OMIM、Drugbank、TTD数据库)获取DR相关靶标并预测六味地黄丸治疗DR的潜在靶点。通过STRING网站和Cytoscape3.7.2软件绘制“复方活性成分-交集靶点”网络结构,同时建立PPI网络模型并找到关键靶点。对六味地黄丸治疗DR的靶标进行基因本体(GO)富集分析与京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,最后采用AutoDock软件实现分子对接。结果 (1)获得六味地黄丸活性成分69个,有效成分靶点蛋白203个,DR相关基因3326个,交集靶点121个,核心靶标13个。(2)与DR治疗相关的生物学进程(biological process,BP)包括对脂多糖、氧化应激、化学应激的反应等,KEGG富集分析提示关键的通路涵盖AGE-RAGE、PI3K-Akt、HIF-1信号通路等。(3)分子对接显示槲皮素、薯蓣皂苷、山柰酚、β...     

基于网络药理学的大柴胡汤治疗2型糖尿病机制探讨

目的运用网络药理学研究大柴胡汤治疗2型糖尿病的作用机制。方法通过中药系统药理数据库及分析平台(TCMSP)筛选大柴胡汤主要化学成分和靶点,通过Gene Cards获得2型糖尿病相关靶点基因,将药物靶点基因和疾病靶点映射而得到大柴胡汤治疗2型糖尿病的预测靶点。利用Cytoscape 3.6.0软件构建中药化合物-靶点网络与蛋白互作网络(PPI)。利用DAVID 6.8数据库进行交集基因的基因本体论(GO)分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果大柴胡汤治疗2型糖尿病有效成分98个,相关靶点260个,关键靶点35个。GO分析包括生物学进程625个,细胞组分71个和分子功能129个。KEGG通路富集分析包括134条信号通路,主要与TNF信号通路、PI3K-Akt信号通路、p53信号通路、细胞凋亡信号通路等密切相关。结论大柴胡汤主要通过作用于炎症反应、胰岛素抵抗、胰岛β细胞凋亡、血管增生等多方面治疗2型糖尿病。     

基于网络药理学探讨痛经宁方治疗子宫内膜异位症的分子机制

目的基于网络药理学探讨痛经宁方治疗子宫内膜异位症的分子机制。方法将通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)得到痛经宁方的有效活性成分,与根据OMIM数据库和Gene Cards数据库搜索得到的子宫内膜异位症疾病靶点交集,取得交集靶点。使用Cytoscape 3.7软件构建"中药-活性成分-靶点"网络。基于STRING数据库,构建蛋白互作(PPI)网络。利用DAVID数据库,进行痛经宁方潜在作用靶标的GO功能富集分析和KEGG通路富集分析。结果从痛经宁方中筛选出活性成分166个,其中61个有效活性成分可通过60个靶点作用于子宫内膜异位症。通过富集得到1177个GO生物功能和118条KEGG通路。结论基于网络药理学初步探究痛经宁方中槲皮素、山柰酚、花生四烯酸、异鼠李素、豆甾醇、β-谷甾醇、鞣花酸等有效成分作用于IL-6、VEGFA、EGFR、MAPK8、CASP3、ESR1等关键靶点,通过调控机体内类固醇激素水平、炎症反应、氧化应激、核受体活性、转录因子活性、细胞凋亡等过程治疗子宫内膜异位症,为进一步研究其具体作用机制提供了理论依据。     

独活-牛膝药对治疗膝骨关节炎的网络药理学机制及实验验证

【目的】应用网络药理学及分子对接技术探讨独活-牛膝药对治疗膝骨关节炎（KOA）的作用机制，并通过体外实验进行验证。【方法】检索TCMSP、中国药典、BATMAN-TCM数据库获取独活、牛膝的活性成分，筛选去重后应用TCMSP数据库确定作用靶点，运用GeneCards和OMIM数据库筛选KOA相关的靶点。采用Cytoscape构建药物活性成分-KOA-靶点网络模型并进行分析；运用STRING数据库构建蛋白质相互作用（PPI）网络，通过R 4.0.2软件对交集靶点进行基因本体论（GO）分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集；运用AutoDockTools对前5位的核心靶点进行分子对接。进而通过体外细胞实验验证有效成分槲皮素对核心靶点的调控作用。【结果】通过筛选得到14个有效活性成分、171个活性成分靶点、2 040个KOA靶点和99个交集靶点。GO分析结果显示独活-牛膝药对治疗KOA关键靶点的生物功能主要涉及炎症反应、细胞代谢、调节蛋白激酶及磷酸酶活性等。KEGG通路主要富集到肿瘤坏死因子（TNF）信号通路、白细胞介素17(IL-17)信号通路、癌症通路等。分子对接结果显示独活...     

基于网络药理学和分子对接探讨二至丸治疗更年期高血压的作用机制

目的采用网络药理学和分子对接的方法研究二至丸治疗更年期高血压的作用机制。方法利用中药系统药理学数据库和分析平台筛选二至丸的有效成分及靶点,通过Uniprot数据库将靶点名称校正为标准的基因名。通过Gene Cards和Online Mendelian Inheritance in Man(OMIM)数据库检索更年期高血压的疾病靶点,通过韦恩图得到交集靶点。运用Cytoscape软件构建"药物-有效成分-交集靶点"网络,采用STRING数据库构建蛋白质相互作用网络,并进行聚类分析。运用DAVID数据库进行GO和KEGG富集分析,通过Cytoscape3.7.1软件构建"药物-成分-靶点-通路"图。通过Autodock vina软件对筛选的靶点和有效成分进行分子对接验证。结果经筛选得到二至丸中有效成分共23个,其靶点共192个,疾病靶点1189个,取交集后获得126个靶点。根据GO和KEGG富集分析,涉及的主要生物过程有细胞增殖和凋亡、对一氧化氮生成的正调控等,主要通路包括Toll样受体信号通路、TNF信号通路、NOD样受体信号通路和MAPK信号通路等。分子对接显示MAPK1、RELA、AKT1与槲皮素、木犀草素、山柰酚有较高的结合活性。结论二至丸中可能主要通过抗炎、抗氧化、抗平滑肌增殖等作用来改善血压水平。     

基于网络药理学探讨独活寄生汤治疗类风湿关节炎作用机制

目的运用网络药理学方法探讨独活寄生汤治疗类风湿关节炎的作用机制,使中药在防治类风湿关节炎中发挥更大的临床作用。方法通过检索中药系统药理学数据库(TCMSP)获得独活寄生汤方药中各味药物的有效活性成分及相关靶点,类风湿关节炎的疾病数据通过OMIM和Genecards数据库获取,运用R×643.6.1软件绘制药物-疾病韦恩图并获取交集靶点,运用Cytoscape3.7.1软件构建药物-成分-靶点-疾病相互作用网络,String数据库生成独活寄生汤治疗类风湿关节炎的蛋白与蛋白相互作用(PPI)网络,R×643.6.1软件分别对PPI网络中关键蛋白进行可视化、交集靶点基因本体(GO)分类富集分析,京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析。结果在TCMSP数据库得到独活寄生汤有效成分1973个及靶点18562个,药物与疾病交集靶点有51个,PPI网络中关键蛋白有29个,GO富集分析得到20个条目,KEGG通路富集分析得到17条,并推断其作用机制可能与IL-6、CXCL8、VEGFA、IL1B、PTGS2、CCL2、MMP9、IL10、STAT3、JUN基因有关,并且IL-17信号通路、糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、TNF信号通路、Toll样受体信号通路、NOD样受体信号通路可能起着关键性的作用。结论基于网络药理学的方法验证了独活寄生汤治疗类风湿关节炎多成分-多靶点-多通路的作用特点,为进一步开展独活寄生汤治疗类风湿关节炎作用机制研究提供了新的思路和方法。     

基于网络药理学和分子对接研究白芍-防风治疗溃疡性结肠炎的作用机制

目的 采用网络药理学方法和分子对接探索白芍-防风治疗溃疡性结肠炎的作用机制。方法 借助中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索白芍-防风活性成分及作用靶点;利用GeneCards、OMIM、TTD数据库检索疾病相关基因,以Uniprot数据库对相关基因标准化;运用Cytoscape软件构建药物-活性成分-靶点-疾病网络图;用STRING数据分析蛋白相互作用(PPI);应用DAVID数据库对关键靶基因进行GO与KEGG富集分析;用AutoDock和Pymol将核心有效成分β-谷甾醇、山柰酚、汉黄芩素与关键靶标进行分子对接。结果 白芍-防风药对共筛选出33种活性成分,潜在的药物靶标108个,与UC的交集靶点54个。其中山柰酚与UC交集基因数目27个、汉黄芩素27个、β-谷甾醇11个。白芍-防风药对与UC交集的核心靶点26个,主要作用于AKT1、IL6、TP53、MAPK8等基因,涉及NF-κB信号通路、PI3K-Ak信号通路和MAPK信号通路。结论 白芍-防风可能通过山柰酚、β-谷甾醇和汉黄芩素等活性成分作用于多个炎症和免疫相关的分子靶点和信号通路治疗UC。     

基于网络药理学探讨左归丸治疗早发性卵巢功能不全机制

目的基于网络药理学分析左归丸治疗早发性卵巢功能不全的有效活性成分,预测其作用靶点,并探讨其潜在作用机制。方法采用中药系统药理学技术平台筛选左归丸的活性成分及预测作用靶点,并在Uniprot数据库搜索靶点基因,在GeneCards数据库、CTD数据库、OMIM数据库筛选出早发性卵巢功能不全的靶点基因,通过STRING数据库和Cytoscape软件构建蛋白互作网络和"药物-活性成分-靶点"网络,通过DAVID数据库对核心靶点进行GO富集分析及KEGG通路富集分析并利用R语言和Cytoscape软件绘图。结果以OB值和DL值两个参数筛选得到83个有效化合物,包括槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇、异鼠李素、豆甾醇等。与疾病相关的候选作用靶点共181个,关键靶点涉及细胞肿瘤抗原53(TP53)、RAC-α丝氨酸/苏氨酸-蛋白激酶(AKT1)、转录因子AP-1家族成员(JUN)、肿瘤坏死因子(TNF)。GO富集分析涉及对药物、毒物的应答,基因转录,抑制凋亡等。KEGG通路富集分析显示含靶点数较多的是癌症信号通路、肿瘤坏死因子信号通路、叉头框蛋白O亚家族信号通路、磷脂酰肌醇-3-激酶/蛋白激酶B通路和丝裂原活化蛋白激酶信号通路。结论研究通过网络药理学系统探讨了左归丸有效成分对应的靶点,以及治疗早发性卵巢功能不全的作用机制,可为今后基础或临床研究提供科学依据。     

甘枣宁治疗非酒精性脂肪性肝病的网络药理学机制

【目的】应用网络药理学探讨甘枣宁治疗非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)的作用机制。【方法】搜索中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)、中药系统药理学成分分析平台(BATMAN-TCM)中甘枣宁的主要活性成分及对应靶点。通过GeneCards数据库、在线人类孟德尔遗传(OMIM)数据库等获得NAFLD的相关靶点,将药物预测靶点映射至疾病靶点上,获得交集靶点。利用Metascape数据库对交集靶点进行基因本体论(GO)分析、蛋白互相作用(PPI)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。利用Cytoscape 3.7.1软件构建可视化网络图。【结果】甘枣宁有效活性成分84个,对应353个靶点,映射至921个NAFLD疾病靶点,获得交集靶点73个。PPI分析发现JUN、RELA、HSP90AA1、APP等可能是甘枣宁治疗NAFLD的核心靶点。GO分析显示,甘枣宁治疗NAFLD涉及应对营养物质水平、应对脂多糖,细胞应对有机氮化合物、活性氧代谢等生物学过程;KEGG分析显示甘枣宁治疗NAFLD的影响通路主要有糖尿病并发症相关的晚期糖基化终末化产物(AGE)及晚期糖基化终末产物受体(RAGE)信号通路、白细胞介素-4(IL-4)—白细胞介素-13(IL-13)信号通路、癌症通路、NAFLD信号通路、白细胞介素-17(IL-17)信号通路等。【结论】甘枣宁治疗NAFLD具有多成分、多靶点、多通路的特性,通过挖掘甘枣宁潜在的靶点和相关通路,推测甘枣宁治疗NAFLD可能的作用机制,可为中医复方的现代化发展奠定基础。     

基于网络药理学的山奈酚参与血府逐瘀汤治疗2型糖尿病作用机制研究

目的 运用网络药理学方法研究血府逐瘀汤重要活性成分——山奈酚对2型糖尿病(Type 2 diabetes mellitus,T2DM)的治疗机制。方法 从公共数据库TCMSP获取山奈酚的作用靶标,应用GeneCards数据库检索T2DM的相关基因,取二者交集为山奈酚抗T2DM靶标;随后利用STRING平台构建“山奈酚抗T2DM靶标”蛋白质互作(Protein-protein interaction, PPI)网络,并用Cytoscape 3.7.1软件进行网络拓扑分析;再利用Omishare平台对山奈酚抗T2DM靶标蛋白进行GO与KEGG富集分析。结果 获得山奈酚抗T2DM的可能作用靶标54个,其中有6个山奈酚抗T2DM核心靶标,分别是AKT1、JUN、PTGS2、TNF、CASP3和MAPK8;GO富集分析,得到GO条目2831个,其中生物过程2355个条目;细胞组成181个条目;分子功能295个条目。KEGG富集分析得到140条通路(P0.05),包括AGE-RAGE、TNF、IL-17、C型凝集素受体等信号通路。结论 山奈酚可能通过AKT1、TNF等核心靶标,调控AGE-RAGE、TNF和IL-17等信号通路,参与血府逐瘀汤活血化瘀,治疗T2DM的过程。     

基于网络药理学的健脾解毒方抗结直肠癌的作用机制研究

目的 基于网络药理学和分子对接研究健脾解毒方的抗结直肠癌作用机制.方法 运用TCMSP、TCMID、ETCM数据库预测健脾解毒方有效成分及其作用靶点,利用GeneCards数据库检索肿瘤相关靶点,并进行药物-疾病靶点匹配.将共同靶点导入Cytoscape 3.7.2构建PPI网络并进行网络拓扑分析筛选关键靶点.通过R ...     

基于分子对接及网络药理学方法研究附子理中汤治疗晚期胃癌的作用机制

目的:基于分子对接与网络药理学的方法,探讨附子理中汤治疗晚期胃癌的作用机制。方法:第一,通过TCMSP数据库、Drug Bank数据库和Pharm Mapper平台对附子理中汤所含化学活性成分进行筛选并获取其作用靶点,再利用GAD数据库、OMIM数据库、CTD数据库获得胃癌的相关靶点;第二,利用Draw Ven Diagram平台制作韦恩图,获得两者的交集靶点蛋白,通过Cytoscape3.5.1软件构建出蛋白互作图;第三,通过DAVID分析工具和KOBAS3.0软件对搜集到的靶点蛋白从生物过程(biological process,BP)、分子功能(molecular function,MF)和细胞组分(cellular component,CC)三方面进行基因本体功能富集分析和KEGG通路分析;第四,利用PDB数据库、Systems Dock Web Site数据库集进行受体-配体的分子对接,并分析docking scores,验证附子理中汤治疗晚期胃癌的临床疗效。结果:从TCMSP数据库筛选出附子理中汤的147种化学成分,预测到4 791个靶点,通过CTD、OMIM筛选出28 006个与胃癌相关的靶点,韦恩图显示346个潜在靶标。结论:附子理中汤可能通过细胞基质黏附、端粒酶活性的阳性调节、脂肪酸生物合成等生物过程而发挥作用,其主要作用机制可能涉及2-Oxocarboxylicacid metabolism(2-氧羧酸代谢)信号通路和Propanoate metabolism(丙酸盐代谢)信号通路等分子通路等,分子对接结果表明STAT3对接分数最高,说明与附子理中汤有较好的结合性。     

基于网络药理学的左归丸治疗骨质疏松作用机制探讨

目的:采用网络药理学方法探究左归丸对治疗骨质疏松的有效活性成分、作用靶点和潜在分子机制.方法:利用TC-MSP数据库预测左归丸活性成分,筛选潜在的活性成分及作用靶点,在GeneCards数据库检索出骨质疏松相关的疾病靶点基因,通过Drugbank和Uniprot数据库筛选后,得到左归丸—骨质疏松疾病交集基因.采用Cytoscape3.8.2软件构建药物成分—疾病网络图,利用交集基因构建蛋白质互作网络,并获得左归丸治疗骨质疏松的核心网络和核心靶点基因,利用MCODE和Metascape数据库分析核心靶点基因,通过Metascape数据库对相关靶点进行GO生物富集分析和KEGG通路分析.最后,利用体外细胞实验进一步验证.结果:预测得到左归丸245个有效靶点和骨质疏松相关的疾病靶点4576个,两者共同靶点有171个.有效成分中度值较高的是槲皮素、山奈酚、异鼠李素、β-谷甾醇、24-亚甲基苯酚,PPI网络中核心基因是APP、NTRK1、EGFR、CUL3、HSP90AA1.GO富集分析涉及DNA结合转录因子结合、RNA聚合酶Ⅱ特异性DNA结合转录因子结合、核受体活性;KEGG通路富集分析结果显示,共同靶点可通过AGE-RAGE信号通路、TNF信号通路、IL-17信号通路、HIF-1信号通路等多条信号通路发挥作用.体外细胞实验表明左归丸可能抑制破骨细胞的形成.结论:左归丸可能通过抑制破骨细胞生成相关作用机制发挥预防和治疗骨质疏松症,为后续基础实验研究提供新的思考路线及方法.     

芍药甘草汤治疗多囊卵巢综合征高雄激素血症的网络药理学研究

运用网络药理学探索芍药甘草汤对多囊卵巢综合征高雄激素血症的作用机理。方法 通过TCMSP数据库结合口服生物利用度（OB）、类药性（DL）、半衰期（HL）筛选芍药甘草汤的有效活性成分及作用靶点，运用Genecards、Drugbank、OMIM数据库获取多囊卵巢综合征高雄激素血症的治疗靶点。借助Cytoscape3.7.2 软件构建“中药-活性成分-靶点”可视化网络，利用VENNY图筛选出药物与疾病的共同靶点，运用STRING在线分析工具构建蛋白互作网络图（PPI），通过David数据库对关键靶点进行GO功能富集分析及KEGG通路富集分析。结果 从芍药甘草汤中筛选出槲皮素、山奈酚、7-甲氧基-2-甲基异黄酮、 刺芒柄花素等83个有效成分，作用于MAPK3、MMP-9、STAT3、TNF、IL-6、VEGFA等41个关键靶点。KEGG通路富集分析发现这些靶点参与了TNF、HIF-1、FoxO、Toll样受体等信号通路。结论 芍药甘草汤中的槲皮素、山奈酚等可能通过TNF、IL-6、STAT3、VEGFA等靶点作用于TNF、HIF-1、FoxO、Toll样受体等信号通路来调节糖脂代谢、保护血管内皮、参与炎症反应，以减少雄激素的合成，发挥治疗多囊卵巢综合征高雄激素血症的作用。     

基于网络药理学的参桂胶囊治疗2型糖尿病作用机制研究

目的：通过网络药理学研究参桂胶囊（SGC）治疗2型糖尿病（T2DM）的作用机制。方法：使用中药系统药理学分析平台（TCMSP）检索SGC中的主要活性成分及靶点,治疗靶标数据库（TTD）、比较毒性基因组学数据库（CTD）、在线孟德尔遗传（OMIM）、GeneCards数据库获取T2DM靶点,进而筛选出中药和疾病的共同靶点。采用Cytoscape3.8.2软件构建“成分-靶点”网络图,并通过Metascape对共同靶点进行GO和KEGG富集分析预测SGC主要作用通路。结果：分析显示SGC中的人参皂苷、咖啡酸、油酸、肉桂醛和β-谷甾醇为主要活性成分,核心靶点有胰岛素（INS）、白细胞介素-6(IL-6)、肿瘤坏死因子（TNF）、过氧化物酶体增殖物激活受体-γ(PPAR-γ)等。主要涉及低氧诱导因子-1(HIF-1)、晚期糖基化终末产物（AGE）-糖基化终末产物受体（RAGE）信号通路、c AMP信号通路等。结论：揭示了SGC可通过“多成分、多靶点、多途径”作用机制对抗T2DM,为今后研究SGC治疗T2DM提供了文献依据。     

基于网络药理学的扶土生金康复方调节新型冠状病毒肺炎恢复期免疫功能机制研究

目的 探讨扶土生金康复方治疗新型冠状病毒肺炎恢复期免疫抑制的作用机制.方法 采用中医药网络药理学智能信息平台,检索扶土生金康复方的化学成分以及对应的靶点,通过GeneCards数据库获得免疫抑制相关靶点,将药物成分靶点与免疫抑制相关靶点对应,筛选交集靶点及相关功效成分.利用Cytoscape软件,构建"中药-成分-作用...     

基于网络药理学和分子对接分析豆根管食通口服液治疗食管癌的分子机制

目的:通过网络药理学和分子对接技术分析豆根管食通口服液治疗食管癌的分子机制.方法:检索多个数据库并筛选豆根管食通口服液有效活性成分和其作用于食管癌(esophageal carcinoma,EC)的相关靶点,并采用Cytoscape软件分别构建"药物-活性成分-靶点""靶点-通路"网络图;采用CytoHubba插件中多...     

基于数据挖掘的马齿苋治疗非酒精性脂肪肝机制研究

  目的  探讨马齿苋治疗非酒精性脂肪肝(non-alcoholic fatty liver disease, NAFLD)的分子基础与作用机制。  方法  通过TCMSP、Drug Bank、Uniprot等数据库,筛选出马齿苋的有效活性成分及其作用靶点。利用Drugbank、OMMI、GeneCards等数据库找出与NAFLD相关的基因靶点,最后取两者交集。最后利用DAVID数据库进行KEGG和GO富集分析。  结果  通过筛选得出马齿苋有10种有效成分,其中槲皮素、山奈酚、木犀草素、β-谷固醇、β-胡萝卜素是主要活性成分。共得到85个关键交集靶点,其中肿瘤坏死因子(TNF)、半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶(CASP)、Ser/Thr蛋白激酶(AKT1)、炎症趋化因子(CCL2)为重要靶点。DAVID富集分析显示,GO功能分析主要参与调控炎症反应(P < 0.001)、细胞缺氧(P < 0.001)、凋亡(P < 0.001)、相似蛋白质结合(P < 0.001)、蛋白质二聚化活性(P < 0.001)、细胞因子活性(P < 0.001)等方面。KEGG富集分析主要与TNF(P < 0.001)、细胞凋亡(P < 0.001)、TLR(P < 0.001)、NF-κB(P < 0.001)等信号通路有关。  结论  本研究通过初步探讨马齿苋治疗NAFLD的潜在靶点和相关信号通路,为进一步深入揭示其作用机制及开发马齿苋功能性食品提供了理论依据。