小鼠TLR4基因的克隆和序列分析

目的:克隆小鼠TLR4基因的全长编码区cDNA并进行序列分析. 方法:利用RT-PCR方法,从Balb/c小鼠脾组织细胞mRNA中扩增TLR4基因全长cDNA,并将其连接到pcDNA3.1( )载体上,进行测序和核酸分析.结果:扩增得到的小鼠TLR4基因cDNA全长2 508 bp,编码536个氨基酸, Blast结果分析表明,该cDNA与基因库中发表的序列(NM021297)具有100%的同源性.结论:获得小鼠TLR4基因的克隆,为进一步研究转基因免疫干预奠定了基础.     

马兜铃酪氨酸脱羧酶基因克隆、测序及同源性分析

【目的】从中草药马兜铃中获得酪氨酸脱羧酶基因(tyrDC)互补DNA(cDNA)序列并进行同源性分析，以进一步达到敲除tyrDC，减轻该药肾毒性的目的。【方法】参照已知的植物酪氨酸脱羧酶的保守性氨基酸序列设计简并引物，并通过反转录聚合酶链反应(RT-PCR)从马兜铃中扩增出cDNA片段。将扩增的cDNA序列克隆并测序，用以设计特异引物，并通过cDNA末端快速扩增(Rapid Ampli6cation of cDNA Ends，RACE)从马兜铃中扩增出全长tyrDC cCNA。【结果】该克隆的tyrDC cDNA的总长度为1678bp，包括一个编码516个氨基酸的1551bp开读框(ORF)和一段127bp的下游非翻译区(3’UTR)。序列比较结果表明，由马兜铃tyrDC核苷酸序列推导的氨基酸序列分别与已发布的罂粟酪氨酸脱羧酶和唐松草酪氨酸／多巴脱羧酶享有76％和79％的同源性。【结论】从马兜铃中扩增得到tyrDC cDNA全序列，且对酪氨酸脱羧酶的同源检索显示，不同植物的酪氨酸脱羧酶之间都存在普遍的序列相似性。为去除马兜铃肾毒性奠定了基础。     

家蝇幼虫抗菌肽Defensins基因的克隆与序列分析

目的：克隆家蝇幼虫的抗菌肽defensins基因并对其进行序列分析。方法：提取家蝇幼虫总RNA，根据家蝇成虫defensins基因cDNA序列设计一对引物，RT-PCR扩增目的基因片段，T-A克隆后测序，应用相关生物信息学软件对该序列进行分析。结果：RT—PCR扩增出一条约310bp的目的片段，序列分析表明，其与家蝇成虫防御素基因同源性高达97％，核酸序列变异主要发生在信号肽区域。结论：成功克隆及分析了家蝇幼虫防御素基因全长编码区cDNA序列，为其下一步的重组表达和生物活性研究奠定了基础。     

Bal b/c小鼠甘露聚糖结合凝集素-C基因的克隆与鉴定

目的获得小鼠甘露聚糖结合凝集素-C(MBL-C)基因的全长编码区cDNA。方法利用RT-PCR方法,从Balb/c小鼠的肝细胞中分离出MBL-C基因cDNA片段,将其克隆入pUC-T载体并测序,对基因结构及其与人MBL基因的同源性进行比较分析。结果扩增得到的Balb/c小鼠MBL-C基因cDNA全长735 bp,编码245个氨基酸残基,包含了完整的编码区基因序列。经核苷酸序列比较分析发现,扩增得到的Balb/c小鼠MBL-C基因与Genbank中发表的序列具有100%的同源性,与人的MBL基因的同源性为71.4%。结论成功地克隆到完整的Balb/c小鼠MBL-C编码区基因,为进一步在整体水平研究MBL分子的天然免疫功能提供了必要的条件。     

弓形虫缓殖子期特异抗原SAG2C基因的克隆、鉴定与生物信息学分析

目的 克隆并鉴定弓形虫PRU株表面抗原SAG2C基因序列和cDNA序列,对比不同毒力弓形虫株(PRU、RH、ME49)中SAG2C基因序列,进行生物信息学分析.方法 根据SAG2C基因已知序列设计合成一对引物,应用PCR技术从Prugniaud(PRU)株弓形虫基因组DNA和总RNA中扩增SAG2C基因,克隆入pMD19-T载体并进行序列测定.应用DNAMAN软件、NCBI网站(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/)分析3种虫株之间SAG2C基因的同源性;利用生物信息学网站ExPASy(http://us.expasy.org/)对获得的基因及推导出的氨基酸序列进行生物信息学分析.结果 PCR扩增得到弓形虫PRU株SAG2C基因及其全长cDNA序列,酶切及PCR鉴定获得了正确的重组质粒,测序结果表明,获得SAG2C基因序列1 225 bp,全长cDNA序列1 095 bp.编码364个氨基酸.同源性分析显示,弓形虫Prugniaud株和RH株SAG2C基因同源性为97.14%:Prugniaud株与ME49株cDNA序列同源性为96.89%;编码氨基酸序列同源性为92%.N端为信号肽,C端疏水序列预测它为糖基磷脂酰肌醇固着蛋白,存在13个潜在抗原表位及多个保守功能区域.结论 成功克隆了弓形虫缓殖子期特异抗原SAG2C基因序列及其全长cDNA序列,序列分析显示其为糖基磷脂酰肌醇固着蛋白.     

人GITR基因的克隆和序列分析

目的:克隆人GITR基因全长编码区的cDNA,同时对其序列进行分析.方法:采用RT-PCR方法,从正常人外周血单个核细胞获得GITR基因的cDNA,克隆至pGEM-T载体,选择阳性克隆并进行序列测定.结果:扩增得到的人GITR基因编码区cDNA的全长726 bp,编码241个氨基酸残基,与GeneBank注册的序列完全一致.结论:获得人类GITR基因的克隆,为进一步研究其生物学功能奠定了基础.     

小鼠Th1细胞特异性转录因子T-bet基因的克隆和序列分析

目的：克隆小鼠Th1细胞特异性转录因子T-bet基因的全长编码区cDNA。方法：利用RT-PCR方法,从Balb／c小鼠脾细胞的mRNA中扩增T-bet基因全长cDNA,并将其连接到pGEM-T载体上,进行测序和核酸分析。结果：扩增得到的小鼠T-bet基因cDNA全长1592bp,编码530个氨基酸,包含一个189个氨基酸残基组成的能与T盒DNA结合的结构域;blast结果分析表明,该cDNA与Genbank中发表的序列具有99．8％的同源性。结论：获得小鼠T-bet基因的克隆,为进一步研究转基因免疫干预奠定了基础。     

一种广州管圆线虫新基因——胶原蛋白全长cDNA的克隆和鉴定

目的克隆和鉴定广州管圆线虫(Angiostrongyluscantonensis)新基因——胶原蛋白(collagen,COL)全长cDNA序列。方法根据表达序列标签(expressionsequencetag,EST)中部分序列和文库载体序列设计引物,采用PCR技术从广州管圆线虫幼虫的cDNA文库中分段扩增cDNA序列,用DNAMAN软件拼接分段扩增的序列以得到全长cDNA序列;利用多种生物信息学软件对cDNA全长序列进行同源性搜索与结构分析。根据cDNA全长序列,设计新的引物从文库中扩出包含胶原蛋白全长开放阅读框(openreadingframe,ORF)的cDNA片段,PCR产物纯化后克隆到pMD18-T载体上并测序。重组T载体经双酶切后切下的新基因AcCOL亚克隆到原核表达质粒pET32a( )中。结果克隆一个广州管圆线虫新基因全长cDNA序列;序列比对、蛋白结构域搜索及结构分析结果显示,该新基因所编码的是一种胶原蛋白。构建的新基因重组质粒经双酶切后证明含有与目的片段长度相符的插入片段。结论克隆并鉴定了广州管圆线虫新胶原蛋白编码基因全长,成功构建了该基因的原核表达重组质粒pET32a( )-AcCOL。     

PCR直接测序法在脓肿分枝杆菌鉴定中的应用

目的探讨聚合酶链式反应（Polymerase chain reaction,PCR）与DNA测序技术鉴定脓肿分枝杆菌的效果。方法利用细菌16S r RNA基因通用引物PCR扩增疑似分枝杆菌的16S r RNA基因的DNA片段并进行DNA测序分析。DNA测序获得序列经生物信息学比对分析获得相关分枝杆菌的信息;针对相关分枝杆菌分别设计非同源区域特异性引物对1 500 bp的克隆DNA片段扩增验证。结果细菌16S r RNA基因通用引物扩增获得约1 500 bp的DNA片段,但DNA测序仅获得其中部分DNA序列约296 bp;部分DNA序列经生物信息学比对分析后获得四种同源性高达98%的分枝杆菌信息,并且四种分枝杆菌的特异性引物对1 500 bp的克隆产物进行扩增后仅在脓肿分枝杆菌中获得特异性PCR产物。结论疑似结核患者体内的抗酸染色阳性菌为非结核分枝杆菌中的脓肿结核分枝杆菌,并且PCR直接测序法可快速鉴定细菌的种属。     

重叠延伸聚合酶链反应克隆大鼠Foxo3a基因及序列测定

目的获得大鼠Foxo3a基因全长编码区基因。方法运用重叠延伸PCR方法从大鼠脾脏总RNA中扩增Foxo3a编码区基因全长,将其插入pMD19-T载体中进行酶切及测序鉴定。结果Foxo3a编码区基因全长2019bp,与GenBank中大鼠Foxo3a基因同源性为99.9%。结论运用重叠延伸PCR技术可成功克隆高GC含量大鼠Foxo3a的cDNA,为进一步研究该基因奠定了基础。     

小鼠B淋巴瘤A20细胞株mCD99L2基因表达检测及真核表达载体构建

目的 检测及克隆小鼠B淋巴瘤A20细胞株mCD99L2基因,构建真核表达载体。方法 设计寡核苷酸探针。应用原位分子杂交方法检测A20细胞中mCD99L2基因的mRNA表达,RT-PCR法从A20细胞总RNA中获取mCD99L2基因含编码区全长cDNA,克隆入T载体,筛选阳性克隆、酶切鉴定并经序列测定;设计含酶切位点的PCR引物,PCR获取含mCD99L2基因编码区片段,用限制性内切酶EcoRI和Xho I双酶切取所需目的片段．利用分子克隆技术与pcDNA3．1／MycHisC（＋）质粒重组,对产生的重组子进行PCR、双酶切鉴定,并经过测序证实。结果 原位杂交方法检测A20细胞中mCD99L2基因mRNA呈阳性表达;RT-PCR法成功获得mCD99L2基因编码区全长cDNA序列,DNA序列测序结果与GenBank提供的已知序列（NM—138309）比较,结果完全一致;重组质粒pcDNA3．1．mCD99L2中的插入片段经DNA测序后与GenBank中mD99L2基因相应序列比较,100％同源。结论 小鼠B淋巴瘤A20细胞株存在mCD99L2基因,采用RT-PCR和T．A技术克隆了A20细胞的mCD99L2基因,成功构建了pcDNA3．1．mCD99L2真核表达载体,为下一步探索mCD99L2基因在小鼠B淋巴瘤A20细胞株中的功能奠定了实验基础。     

RT-PCR一步法克隆人肝再生增强因子基因

目的 采用RT－PCR一步法，克隆人肝再生增强因子（hALR）编码序列。方法 按文献报道人肝再生增强因子核苷酸序列合成引物，提取人胎肝组织总RNA，利用一步RT－PCR法扩增人肝再生增强因子编码区基因；将PCR扩增片断克隆到pBV221质粒，构建原核表达载体。结果 获得长约400bp的hALPcDNA编码区基因，序列分析表明与文献报道一致。结论 通过RT－PCR一步法成功克隆人肝再生增强因子基因，为制备人ALR基因工程产品及研究其多种生物学作用奠定了基础。     

人组织激肽释放酶基因的克隆及测序分析

目的 克隆中国人组织激肽释放酶基因,为开展基因治疗高血压研究奠定基础。方法 提取人胰腺组织总RNA,逆转录后进行PCR扩增。将PCR产物回收、插入质粒KS,酶切鉴定后双向测序分析。结果 本实验克隆的激肽释放酶基因与GenBank报告的激肽释放酶基因相比,有一个碱基不同,同源性为99.8%。结论 克隆的中国人组织激肽释放酶基因可用于基因治疗等深入研究工作。     

RACE技术扩增及克隆中华菊头蝙蝠ACE2基因

目的建立中华菊头蝠体内扩增血管紧张素转换酶2（ACE2）基因真核表达载体,研究SARS冠状病毒感染的跨种属传播机制。方法利用基因的种属保守性分别设计用于扩增5’未端和3’端cDNA的引物,从中华菊头蝠小肠组织中提取总RNA,在通过cDNA末端快速扩增（RACE）技术获得cDNA5’端和3’端序列基础上,进一步PCR扩增ACE2开放阅读框并克隆到pcDNA3．1。结果成功获得了中华菊头蝠的ACE2基因全长序列,并构建了其真核表达载体pcDNA3．1／R—ACE2。结论利用RACE技术扩增并构建了中华菊头蝙蝠的ACE2的真核表达载体,为研究SARS冠状病毒感染与免疫及跨种属传播机制奠定了基础。     

细粒棘球蚴中国大陆株谷胱苷肽S-转移酶基因的克隆和序列分析

目的 对细粒棘球蚴谷胱苷肽S-转移酶基因进行克隆和序列分析。方法 从包虫病患者体内获取细粒棘球蚴原头蚴提取总RNA，根据国外细粒棘球蚴谷胱苷肽S-转移酶基因的已知序列设计一对引物，采用RT-PCR技术扩增，将PCR产物纯化后，将其克隆到pGEM-T载体后进行序列测定以及生物信息学分析。结果 用RT-PCR成功扩增出细粒棘球蚴中国大陆株谷胱苷肽S-转移酶基因，测序表明该基因开放阅读框为660bp，与已发表基因核苷酸序列相比，同源性为99％。结论 成功克隆了细粒棘球蚴中国大陆株谷胱苷肽S-转移酶基因序列，为其进一步的研究奠定基础。     

日本血吸虫Sj-Ts4样蛋白基因的克隆、表达和初步鉴定

目的为了寻找血吸虫病新的免疫学诊断候选分子,在大肠杆菌中高效表达日本血吸虫Sj-Ts4样融合蛋白。方法提取日本血吸虫成虫RNA,设计引物,用RT-PCR法扩增出日本血吸虫Sj-Ts4样蛋白基因编码序列,T载体连接,将其亚克隆入PGEX-5X-1载体中,经酶切、测序证实正确后,转化入大肠杆菌DH5α并用IPTG对该重组菌诱导表达,SDS-PAGE和Western blot方法观察表达结果。结果RT-PCR法扩增出一条大小约为870bp的片段,表达质粒PGEX-5X-1-SjTs4经双酶切和以该重组质粒为模板进行PCR扩增,均可获得一条与PCR产物一致的DNA片段,诱导表达后,经SDS-PAGE可见一条约58ku大小的GST融合蛋白条带,并可与抗GST特异性抗体反应。结论本实验成功地克隆了日本血吸虫Sj-Ts4样抗原的编码基因,并在原核细胞中进行表达,为进一步验证其免疫诊断价值奠定了基础。     

大肠癌相关基因ST13转录启动区的增强子研究

目的:探讨大肠癌相关基因ST13上游5'近端调控区(-595～ 74)中增强子碱基序列.方法:设计系列缺失PCR引物,扩增ST13基因5'近端碱基序列片段,pGEMT-EASY克隆、测序,再亚克隆到pGL2系列瞬间报告载体上,等量转染SW620细胞,检测荧光酶活性.结果:系列扩增碱基序列片段669 bp、263 bp、163 bp对pGL2-Basic中的荧光素酶基因均具有较强的启动表达作用,片段101 bp、47 bp则几乎没有启动下游基因表达的作用.而101 bp片段与系列报告载体pGL2重组的分子,在其中含有启动子的报告基因表达载体中具有明显的增强作用(P＜0.01),但作用强度小于阳性对照pGL2-Control(P＜0.05).结论:位于ST13基因上游5'近端调控区的碱基序列101 bp片段(-595～-494),是一个基因转录调控增强子.     

胃癌高表达基因erk的PCR扩增,克隆和鉴定

对在胃癌高表达的EPH家族基因erk胞外的配体结合区基因扩增及克隆．方法：从胃癌患者手术切除标本中提取RNA，反转录为cDNA，以计算机辅助分析设计并合成引物进行RT－PCR，并将扩增片段克隆入pUC19质粒，用酶切及PCR方法筛选鉴定阳性克隆．结果：RT－PCR扩增片段与设计相符，且特异性好，无非特异产物出现，表明所设计引物符合要求．酶切及巢式PCR、PCR－RFLP方法证明克隆片段正确插入pUC19的HindIII和BamHI位点，并将重组克隆命名为pGE42．结论；克隆的完成为进一步研究该基因在胃癌的发生中的作用，寻找其胞外配体及进行表达产物的细胞定位等工作打下基础．