蛋白质数据库对蛋白质组鉴定的影响

在蛋白质组学研究中,通常使用数据库检索算法进行蛋白质的鉴定。使用完整性较高但注释不准确的数据库,可能能够鉴定到更多的蛋白质,但存在数据不准确的风险;使用注释准确但完整性较低的数据库,则有可能漏掉一些数据库中未收录的蛋白。如何兼顾蛋白质鉴定结果的完整性和准确性是一个重要的问题。本研究以人类蛋白质组为例,采用不同质谱仪及不同样品产生的蛋白质组数据,比较了常用的IPI数据库、UniProt数据库和Swiss-Prot数据库的检索结果。结果表明,3个数据库在不同的蛋白质组数据中表现各有优劣,但总体来讲差异很小;每个数据库可鉴定到的、特有的多肽数不超过总数的5%,蛋白数的差异为1%～5%。说明3个数据库都覆盖了常见的人类蛋白序列,完整性很高。因此,推荐采用通过人工注释、在不断更新中的Swiss-Prot数据库作为检索对象。当研究目的为鉴定或定量未收录在Swiss-Prot数据库中的蛋白序列（如一些特殊的蛋白异构体或突变体）时,可将目的序列加入该数据库进行检索,或考虑使用其他完整性更高的数据库。     

细菌膜蛋白质组成分提取方法的建立及优化

蛋白质组学研究技术体系的关键环节是建立以高效蛋白质提取为基础的双向电泳技术 (two dimensionalelec trophoresis,2 DE) ,因此 ,如何提高样品蛋白质的提取量和增多样品蛋白质的溶解度是获得高分辨率、高灵敏度和高重复性双向电泳凝胶蛋白质图谱的前提条件。常规主要运用一步法和三步法。目前细菌膜蛋白质的提取多采用一步法 ,此方法的缺陷严重影响了蛋白质的第一向等电聚集、第二向聚丙烯酰胺凝胶电泳及质谱分析的结果。本文研究比较了提取金黄色葡萄球菌膜蛋白一步法和三步法 ,并建立及优化细菌膜蛋白提取方作者单位 :中南大学湘雅医…     

介入再通配合活血化瘀中药治疗输卵管阻塞性不孕症的前瞻性研究

目的 研究介入再通配合活血化瘀中药对输卵管阻塞性不孕症的治疗效果.方法 前瞻性研究经子宫输卵管造影(HSG)检查证实为输卵管近段完全阻塞511例,随机分为试验组和对照组,两组均经输卵管介入再通术疏通阻塞输卵管,试验组术中术后加活血化瘀中药治疗,对照组为经典介入再通术,不予中药治疗.失访病例72例,实际纳入研究病例439例.经12个月和24个月随访,评价输卵管通畅度、宫内妊娠率和输卵管妊娠率.结果 介入后12个月和24个月,试验组的输卵管完全通畅率明显高于对照组,再闭塞率及通而不畅率显著低于对照组;输卵管妊娠率显著低于对照组.结论 介入再通配合活血化瘀中药治疗输卵管阻塞性不孕具有良好的临床疗效.     

介入再通配合活血化瘀中药治疗输卵管阻塞性不孕症的前瞻性研究

目的研究介入再通配合活血化瘀中药对输卵管阻塞性不孕症的治疗效果。方法前瞻性研究经子宫输卵管造影(HSG)检查证实为输卵管近段完全阻塞511例,随机分为试验组和对照组,两组均经输卵管介入再通术疏通阻塞输卵管,试验组术中术后加活血化瘀中药治疗,对照组为经典介入再通术,不予中药治疗。失访病例72例,实际纳入研究病例439例。经12个月和24个月随访,评价输卵管通畅度、宫内妊娠率和输卵管妊娠率。结果介入后12个月和24个月,试验组的输卵管完全通畅率明显高于对照组,再闭塞率及通而不畅率显著低于对照组;输卵管妊娠率显著低于对照组。结论介入再通配合活血化瘀中药治疗输卵管阻塞性不孕具有良好的临床疗效。     

霍乱弧菌O1群有毒株和无毒株的蛋白质谱特征分析

目的 利用双向电泳和质谱鉴定技术探讨环境和人体中霍乱弧菌蛋白表达的差异.方法 利用适当的裂解液处理霍乱弧菌,提取全菌蛋白;采用pH梯度等电聚焦对全菌蛋白进行双向电泳;考马斯亮蓝染色后获得双向电泳图谱,并利用ImageMaster 2D Elite 5.0图像分析软件进行分析,所得的数据采用SPSS15.0进行统计分析,找出差异蛋白;在此基础上,胰蛋白酶消化这些特殊差异蛋白,并进行质谱(MALDI-TOF-MS)分析.结果 获得1032±22个蛋白斑点,蛋白主要集中在等电点(PI)4.00～7.20之间,重复胶的匹配点数为1025±24,匹配率为96.30%;发现了有明显差异的21个蛋白点,并用质谱鉴定了其中4种蛋白.结论 获得了环境和人体中霍乱弧菌蛋白的差异表达蛋白.     

活血化瘀类中药制剂的临床不良反应分析

目的：临床研究本院活血化瘀类中药制剂引起的不良反应及基本规律。方法选取苍溪县东青中心卫生院2013年1月~2014年1月住院患者中活血化瘀中药制剂药临床应用数据及出现不良反应的58例患者进行系统分析。结果通过对1年来中心卫生院的活血化瘀类中药制剂使用情况进行分析,其中使用率最高的是血塞通、疏血通、丹参川芎嗪等注射液,而不良反应率最高的是血塞通注射液、香丹注射液、丹参注射液等,不良反应中对患者皮肤、消化系统影响相对比较大。结论通过对活血化瘀中药制剂的不良反应进行临床分析,笔者建议医院应该加强中药类制剂药物的合理使用管理力度,针对可能出现的不良反应应采取预防措施,避免对患者的身心健康造成影响。     

中药防治脑缺血的蛋白质组学研究进展

<正>脑缺血(cerebral ischemia)是一种由多种原因导致大脑、小脑或脑干局部或多部位供血不足所引起的相应神经功能缺失症状的疾病,具有发病率高、致残率高和病死率高等特点。目前,我国正在逐步进入到老龄化社会,脑缺血的发病率日益增长,脑缺血不仅成为我国重大公共卫生问题,而且患病率呈现出上升和年轻化趋势,已经严重影响到患者的生存和生活质量。因此,研究脑缺血的防治显得尤为重要。中药是在中医理论指导下用于预防和治疗疾病或调节     

恶性胶质瘤细胞SHG-44诱导分化后的差异蛋白质组双向电泳分析

目的用双向电泳分析诺帝诱导胶质瘤细胞SHG-44分化后的差异蛋白质组,为进一步了解这些差异蛋白质的作用打下基础。方法将诺帝诱导胶质瘤细胞SHG-44分化后的总蛋白及其相应的空白对照组细胞总蛋白进行双向电泳分离,重复3次后用PDQuest7.1软件比较分析蛋白质表达差异并获得差异蛋白质的相对分子质量、等电点等信息。结果诺帝诱导胶质瘤细胞SHG-44分化后有23个差异蛋白点,其中21个蛋白点表达下调,2个蛋白点表达上调。结论诺帝诱导胶质瘤细胞SHG-44分化后大部分蛋白质表达下调,推测诺帝诱导胶质瘤细胞SHG-44分化时蛋白表达以抑制作用为主。     

肺腺癌和癌旁组织蛋白质表达谱差异的研究

通过比较肺癌患者癌组织和癌旁组织的二维凝胶电泳图谱(two-dimensional electrophoresis,2DE),以寻找肺癌相关蛋白、肺癌患者癌组织和癌旁组织,采用固相pH梯度(immobilized pH gradient,IPG)2DE分离总蛋白质,凝胶经银染显后,ImageMaster 2D图像分析软件进行比较分析、识别差异表达的蛋白质并进行质谱鉴定获取肺癌相关蛋白信息。结果分析得到肺癌组织蛋白点709个,癌旁组织蛋白点722个,选择表达量差异达3倍以上的40个,进行胶内酶解,基质辅助电离解析飞行时间质谱(MALDI TOF MS)获得肽质量指纹图谱(PMF),搜寻蛋白质数据库,得到7个肺癌标志物的候选蛋白,但这些差异蛋白点在肺癌发生发展中的作用需要进一步研究。     

THP-1单核细胞氧化低密度脂蛋白过程中基因表达谱的改变

目的检测与巨噬细胞氧化低密度脂蛋白可能相关的信号传导相关蛋白基因。方法利用低密度脂蛋白作用人单核细胞系THP-1,通过基因芯片分析人信号相关蛋白的表达谱,期望获得阐明氧化机制的有价值的线索。结果在被检测的1 651个基因中,13个基因的表达变化超过了2倍以上,其中9个基因表达增加,4个基因表达减少。在表达增加的基因中,有2个基因已在新近的报道中被认为可能与动脉粥样硬化相关。结论我们的发现可能为揭示巨噬细胞氧化低密度脂蛋白的机制提供全新的思路。     

miR-146a对THP-1细胞靶基因AUF1调控及细胞因子表达的影响

目的探讨miR-146a对人急性单核白血病细胞系(THP-1)靶基因AU碱基富集区结合降解因子1(AUF1)表达的调控及细胞因子表达的影响。方法构建miR-146a过表达及抑制表达慢病毒载体并转染THP-1细胞,以正常培养的THP-1细胞为对照。用实时定量PCR法检测THP-1细胞AUF1 mRNA表达;蛋白质印迹法检测THP-1细胞AUF1蛋白的表达;酶联免疫吸附试验检测THP-1细胞培养基上清液白细胞介素-8(IL-8)及白细胞介素-35(IL-35)浓度。结果过表达miR-146a,可导致THP-1细胞AUF1 mRNA及蛋白表达下调(P0.01,P0.05);THP-1细胞上清液IL-8及IL-35浓度降低(P0.01,P0.05)。抑制miR-146a表达,导致THP-1细胞上清液IL-8及IL-35浓度明显增高(P0.01,P0.01)。结论 AUF1是miR-146a的靶基因。miR-146a可以调控THP-1细胞上清液IL-8、IL-35浓度。IL-8的改变引起相应IL-35的改变,一起参与炎性反应。     

刚地弓形虫培养上清抑制THP-1细胞株增殖

目的提取弓形虫体外细胞共培养上清,研究上清对人急性单核细胞白血病细胞株THP-1增殖及细胞周期的影响。方法取对数生长期的THP-1细胞(浓度为5×105/mL)分别接种于不同细胞培养瓶,对照组加入含10%胎牛血清RPMI-1640,实验组加入相同体积不同数量(2×107、4×107和8×107/mL)弓形虫速殖子培养上清孵育不同时间后,MTT法检测THP-1细胞增殖率;流式细胞仪检测细胞周期;Western blot检测细胞核转录因子NF-κB/P65与周期蛋白CYCLIND1表达或活性。结果弓形虫培养上清呈时间剂量依赖性抑制THP-1细胞株增殖,使细胞周期在G0/G1期产生阻滞;8×107/mL数量组的THP-1细胞48 h抑制率可达(23.71±0.56)%,G0/M1期细胞比例达(58.53±1.03)%,较对照组比较有明显差异(P<0.05),且处理组THP-1细胞株的NF-κB/P65、cyclin D1蛋白表达量下降。结论刚地弓形虫培养上清能够通过NF-κB信号途径下调cyclin D1蛋白表达引起人急性单核细胞白血病细胞株THP-1 G0/G1期阻滞。     

刚地弓形虫培养上清对THP-1增殖的影响及可能机制

 利用弓形虫速殖子细胞内寄生的特性和对宿主细胞生物学行为的影响,提取弓形虫体外细胞共培养上清,并研究上清对人急性单核细胞白血病细胞THP-1增殖及细胞周期的影响。方法 取对数生长期的THP-1细胞（浓度为5×105）分别接种于不同细胞培养瓶,对照组加入含10%胎牛血清RPMI-1640,试验组加入相同体积不同数量(2×107mL-1、 4×107mL-1、 8×107 mL-1 )弓形虫速殖子培养上清孵育不同时间后, MTT法检测THP-1细胞增殖抑制率;流式细胞仪检测细胞周期改变;以Western印迹方法分析上清作用48h后细胞核转录因子NF-κB/p65与周期蛋白cyclinD1表达或活性的变化。结果 MTT法检测结果显示弓形虫培养上清抑制THP-1细胞株增殖,且呈时间剂量依赖性。流式细胞仪检测显示处理组细胞周期在G0/G1期产生阻滞; Western印迹方法分析THP-1细胞株的NF-κB/p65、cyclin D1 蛋白表达量下降,结论 刚地弓形虫培养上清能够抑制人急性单核细胞白血病细胞THP-1细胞株增殖并可通过细胞株的NF-κB信号途径来下调cyclin D1蛋白表达引起人急性单核细胞白血病细胞THP-1细胞株G0/G1期阻滞。     

肺炎嗜衣原体CPAF诱导THP-1细胞产生前炎症细胞因子和凋亡

目的 研究肺炎嗜衣原体(Chlamydophila pneumoniae,Cpn)衣原体蛋白酶样活性因子(Chlamydial protease-like activity factor,CPAF)能否在体外诱导人单核细胞THP-1产生前炎症细胞因子和凋亡,为进一步探索Cpn感染宿主致病的分子机制提供实验依据.方法 将Cpn CPAF全基因克隆于pGEX6p-2载体上,在大肠杆菌(E coli)中诱导表达重组蛋白,经去内毒素纯化柱和琼脂糖凝胶FF获得纯化且无脂多糖(LPS)污染的重组蛋白GST-CPAF.以不同浓度的该蛋白作用于THP-1,ELISA检测TNF-α吨和IL-6水平.MTT法检测经该蛋白处理后THP-1的增生或抑制作用,用Hoechst33258荧光染色、DNA片段化分析、Armexin V-FITC-PI染色法检测细胞凋亡情况.结果 制备的莺组蛋白GST-CPAF以时间和剂量依赖方式刺激THP-1分泌TNF-α和IL-6,并以剂量依赖方式抑制THP-1增殖;当GST-CPAF刺激THP-1细胞24 h后,能诱导细胞调亡.结论 制备的Cpn重组蛋白GST-CPAF能诱导THP-1产生前炎症细胞因子和凋亡,可能是Cpn致病机制中的一个因素.     

人单核细胞株THP-1中HMGN2的分离纯化

目的:从人单核细胞株THP-1中分离与纯化HMGN2抗菌肽,探讨HMGN2分子抗菌作用。方法:采用HPLC分离纯化,琼脂糖弥散法筛选纯化组分的抗菌活性,对活性组分进行Tricine-SDS-PAGE电泳初步测定分子量。结果:从人THP-1细胞中分离纯化出的HMGN2抗菌肽,对致病性大肠杆菌54080有抗菌活性。结论:HMGN2是一种抗菌分子,可能参与了体内的天然免疫防御作用。     

熊果酸对单核细胞白血病细胞作用机制的初步研究

目的 探讨熊果酸在体外对单核细胞白血病细胞株THP-1（human acute monocytic leukemia cell line）的增殖抑制和杀伤机制。方法 采用MTT法和流式细胞术检测熊果酸对THP-1细胞的增殖抑制和杀伤效应．hoechst33258荧光染色观察DNA片段化。结果 熊果酸对THP-1细胞具有增殖抑制和杀伤效应，并呈浓度和时间依赖性。在熊果酸作用下THP-1细胞DNA受损，出现凋亡征象，G1期细胞数减少，细胞主要阻滞在S期。结论 熊果酸在体外能诱导THP-1细胞凋亡。     

人单核细胞系THP-1中HMGN2的分离纯化及其抗菌活性

 目的 从人单核细胞株THP-1中分离与纯化HMGN2抗菌肽,应用微量琼脂糖弥散法检测抗菌活性,以探讨HMGN2分子的抗菌作用。方法 采用HPLC分离纯化, 琼脂糖弥散法筛选纯化有抗菌活性的组分,用Tricine-SDS-PAGE电泳初步测定其分子质量,以质谱法进行分子质量的精确分析。结果 从人THP-1细胞中分离纯化出HMGN2抗菌肽, 琼脂糖弥散法检测显示其对大肠杆菌氨苄青霉素耐药株ML-35p有较强的抑菌活性,对大肠杆菌标准株ATCC25922和临床分离株54080亦有较强的抗菌活性,而对金黄色葡萄球菌ATCC25923未检测出抗菌活性。结论：HMGN2是一种抗菌分子,可能参与了体内的天然免疫防御作用。     

钙离子对重组创伤弧菌溶细胞素诱导THP-1细胞损伤的影响机制

目的 研究重组创伤弧菌溶细胞素( rVvhA)诱导人单核细胞白血病细胞(THP-1)的凋亡机制及其Ca2+的变化.方法 采用CCK-8法、激光共聚焦显微镜结合Fluo 3/AM法、流式细胞术结合AnnexinV -PI标记等检测rVvhA对THP-1细胞的影响,并观察胞内Ca2+浓度变化.结 果rVvhA可诱导THP-1细胞发生凋亡并引起细胞内Ca2+浓度升高,细胞内钙离子螯合剂BAPTA-AM处理组胞内钙离子升高幅度远高于细胞外钙离子螯合剂EGTA处理组.结论 rVvhA具有诱导THP-1细胞凋亡的生物学活性,并能引起细胞内Ca2+浓度升高,升高的Ca2+主要源于胞外钙离子内流.     

NPM1基因突变表达对THP-1白血病细胞增殖和凋亡的作用探讨

 摘要：目的 探讨核仁磷酸蛋白（NPM1）基因突变对白血病细胞增殖潜能和凋亡发生的影响。方法 将携带NPM1 A型突变（NPM1 mA）的重组质粒载体pEGFPC1-NPM1 mA转染白血病THP-1细胞系,构建稳定表达NPM1 A型突变蛋白的白血病细胞株(THP-1 mA),同时设立未处理组（THP-1）和空载体转染组（THP-1 C1）作为对照。通过MTT试验观察细胞体外增殖能力,流式细胞术分析细胞周期分布及凋亡发生率的改变;采用RT-PCR和Western blot分别检测细胞凋亡相关蛋白（Bax和Bcl-2）mRNA及蛋白表达水平。结果 与未处理组和空载体转染组细胞相比较,携NPM1突变体的THP-1 mA细胞体外增殖能力明显增强,S期细胞比例明显增高,G1期细胞比例显著减低;而NPM1突变体转染后THP-1细胞的凋亡率没有显著变化,同时细胞凋亡相关蛋白Bax, Bcl-2的mRNA和蛋白表达以及Bax/Bcl-2比值亦未见明显改变。结论 NPM1突变基因能够促进白血病细胞的体外增殖能力,而对白血病细胞凋亡无显著影响,这为进一步阐明NPM1突变与AML的关系提供了新的科学依据。