应用Illumina MiSeq高通量测序技术解析梅干菜中细菌多样性

采用Illumina MiSeq高通量测序技术对恩施地区梅干菜中细菌多样性进行解析,同时使用传统纯培养技术对乳酸菌进行分离鉴定。结果表明,恩施地区梅干菜中含量最高的优势细菌门为硬壁菌门（Firmicutes）,其平均相对含量高达60.70%。优势细菌属为乳酸杆菌属（Lactobacillus）、假单胞菌属（Pseudomonas）、葡萄球菌属（Staphylococcus）、魏斯氏菌属（Weissella）、鞘脂单胞菌属（Sphingomonas）、嗜冷杆菌属（Psychrobacter）、四联球菌属（Tetragenococcus）和棒状杆菌属（Corynebacterium）,其平均相对含量分别为60.50%、8.69%、2.86%、1.73%、1.28%、1.07%、1.03%、1.00%。采用传统培养方法从梅干菜分离出5种共12株乳酸菌,经分子生物学鉴定分别为植物乳杆菌（Lactobacillus plantarum）、短乳杆菌（Lactobacillus brevis）,副干酪乳杆菌副干酪亚种（Lactobacillus paracasei subsp. paracasei）、食品乳杆菌（Lactobacillus alimentarius）和融合魏斯氏菌（Weissella confusa）。恩施地区梅干菜中的细菌主要以乳酸菌为主,且乳酸杆菌多样性较高。     

河套地区中温大曲细菌菌群多样性解析及其风味品质评价

为解析内蒙古河套地区中温大曲细菌类群及风味品质,该研究采用Illumina MiSeq高通量测序技术对采集自该地区的5份中温大曲细菌菌群结构及功能进行解析,同时采用电子鼻技术检测大曲风味品质,并通过纯培养技术对大曲中可培养芽孢杆菌（Bacillus）进行分离鉴定。结果表明,大曲中优势细菌属包括高温放线菌属（Thermoactinomyces）、乳杆菌属（Lactobacillus）、葡萄球菌属（Staphylococcus）、糖多孢菌属（Saccharopolyspora）、魏斯氏菌属（Weissella）、水杆菌属（Aquabacterium）、芽孢杆菌属（Bacillus）、嗜糖假单胞菌属（Pelomonas）、明串珠球菌属（Leuconostoc）、片球菌属（Pediococcus）和青枯菌属（Ralstonia）,累积平均相对含量为89.31%。其中Bacillus与有机硫化物、萜类物质、氮氧化物和芳香类物质之间存在显著正相关性（P<0.05）,Saccharopolyspora与有机硫化物呈显著正相关（P<0.05）。基因功能预测显示,大曲细菌菌群基因在氨基酸运输...     

基于变性梯度凝胶电泳和MiSeq高通量测序技术分析恩施地区腊肉的细菌多样性

以采集自湖北省恩施地区的5个腊肉样品为研究对象,采用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(polymerase?chain?reaction-denatured?gradient?gel?electrophoresis,PCR-DGGE)与MiSeq高通量测序技术相结合的方法对其中所含微生物的多样性进行解析。PCR-DGGE结果表明,腊肉样品中的细菌主要为葡萄球菌属(Staphylococcus)、嗜冷杆菌属(Psychrobacter)、乳酸杆菌属(Lactobacillus)和假交替单胞菌属(Pseudoalteromonas);MiSeq高通量测序结果表明,腊肉中的细菌门主要为硬壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria),其平均相对含量分别为54.05%和44.28%,细菌属主要为葡萄球菌属(Staphylococcus)、嗜冷杆菌属(Psychrobacter)、假交替单胞菌属(Pseudoalteromonas)、环丝菌属(Brochothrix)、科贝特氏菌属(Cobetia)和不动细菌属(Acinetobacter),其平均相对含量分别为40.18%、24.02%、9.37%、8.53%、4.71%和2.31%;在分类操作单元(operational taxonomic units,OTU)水平上,发现252个核心OTU,累计平均相对含量高达74.22%。由此可见,PCR-DGGE和MiSeq高通量测序的结果综合分析得出恩施地区腊肉中的细菌主要为葡萄球菌属(Staphylococcus)、嗜冷杆菌属(Psychrobacter)和假交替单胞菌属(Pseudoalteromonas)。     

建始地区酸豇豆盐水细菌多样性及乳酸菌分离鉴定

该研究采用MiSeq高通量测序技术对酸豇豆盐水的细菌多样性进行了解析,并通过纯培养方式分离了其中的乳酸菌。结果发现,细菌以硬壁菌门（Firmicutes）和变形菌门（Proteobacteria）为主,平均相对含量分别为84.41%和10.52%;细菌属以乳酸杆菌属（Lactobacillus）、魏斯氏菌属（Weissella）、葡萄球菌属（Staphylococcus）、假单胞菌属（Pseudomonas）和片球菌属（Pediococcus）为主,平均相对含量分别为57.02%、9.33%、7.07%、4.73%和3.40%;发现44个操作分类单元（OTU）存在于所有样品中,所包括序列占总序列数的25.06%,其中有6个、11个和13个分别被鉴定为假单胞菌属（Pseudomonas）、魏斯氏菌属（Weissella）和乳酸杆菌属（Lactobacillus）,所含序列平均含量分别为4.61%、4.97%和14.46%;通过纯培养共分离出了13株乳酸菌,其中12株被鉴定为植物乳杆菌（Lactobacillus plantarum）。由此可见,乳酸杆菌为建始地区酸豇豆盐水中的优势细菌,且乳酸杆菌主要为植物乳杆菌。     

山西河曲与内蒙古五原酸粥细菌类群结构及其基因功能的比较分析

该研究采用MiSeq高通量测序技术解析了河曲地区和五原地区酸粥的细菌群落结构差异，并探讨了其优势细菌属间的相关关系，最后对其细菌的基因功能进行了预测。结果发现，五原酸粥中的细菌丰度与多样性均显著高于河曲酸粥；所有酸粥样本共含有2个优势细菌门，分别为厚壁菌门(Firmicutes, 75.85%)和变形菌门(Proteobacteria, 23.31%);含有12个优势细菌属，分别为乳酸杆菌属(Lactobacillus,41.95%)、醋杆菌属(Acetobacter,14.10%)、芽孢杆菌属(Bacillus,6.72%)、梭菌属(Clostridium,6.69%)和戊糖片球菌(Pediococcus,5.36%)等，乳酸菌累计相对含量为59.19%;两个地区酸粥中Acetobacter和魏斯氏菌(Weissella)的含量存在显著差异。相关性分析显示，除Lactobacillus和肠球菌属(Enterococcus)间为显著负相关关系外，Clostridium与Weissella,乳球菌属(Lactococcus)与Acetobacter和Enterococcus以及气单胞菌属...     

盐渍青菜的细菌菌群结构DGGE分析及产酸细菌分离鉴定

采用变性梯度凝胶电泳技术(denatured gradient gel electrophoresis,DGGE)对不同盐渍青菜样品的细菌菌群结构进行了分析。对优势条带测序分析表明,盐渍青菜中主要的优势细菌是乳杆菌属(Lactobacillus)、魏斯氏菌属(Weissella)、糖多孢菌属(Saccharopolyspora)、短芽孢杆菌属(Brevibacillus)细菌。在腌渍初期,海源菌属(Idiomarina)与海洋杆菌属(Marinobacter)细菌较丰富,在腌渍后期明显减少。乳杆菌属细菌在腌渍14、26个月的青菜中含量丰富,在腌渍2个月的青菜中含量较少。通过分离培养技术从盐渍青菜中分离获得23株产酸细菌,通过16S rDNA序列分析初步确定戊糖乳杆菌(Pediococcus pentosaceus)8株,枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)与植物乳杆菌(Lactobacillus plantarum)各5株,解淀粉芽孢杆菌(Bacillus amyloliquefaciens)2株,溶血性葡萄球菌(Staphylococcus hominis)、解淀粉芽孢杆菌植物亚种(Bacillus amyloliquefaciens subsp.plantarum)、短乳杆菌(Lactobacillus brevis)各1株。DGGE操作简便,能够较好地反映盐渍青菜的细菌菌群变化,在盐渍青菜的细菌菌群结构分析中具有独特的优势。分离获得的产酸细菌可为盐渍工艺改进提供菌种资源。     

热风干燥大曲在贮存期细菌群落结构的变化

本文通过高通量测序技术对热风干燥大曲在贮存期细菌群落结构进行研究,旨在探究热风干燥对大曲在贮存期细菌群落结构的影响。研究发现,热风干燥大曲随着贮存时间的增加细菌丰富度呈先增后减,而细菌群落多样性随着贮存时间在增加。大曲中Firmicutes(厚壁菌门)为绝对优势菌门,Weissella(魏斯氏菌属)为绝对优势菌属。热风干燥大曲于曲库贮存能促进Staphylococcus(葡萄球菌属)细菌的生长,而对Lactobacillus(乳杆菌属)细菌的生长有一定的抑制作用,于实验室贮存对Kroppenstedtia属和Bacillus(芽孢杆菌属)细菌的生长有促进作用。随着贮存时间的增加,实验室贮存能使热风干燥大曲的Paenibacillus(类芽孢杆菌属)、Pseudogracilibacillus(假纤细芽孢杆菌属)、Kroppenstedtia和Melghirimyces(迈勒吉尔霉菌属)细菌的丰度进一步提升。随着大曲贮存时间的增加,于曲库贮存的热风干燥大曲细菌数量趋于稳定。     

农家豆瓣酱细菌多样性及其对品质影响的评价

在使用Illumina MiSeq高通量测序技术对农家豆瓣酱细菌多样性进行解析的基础上,结合电子舌和电子鼻技术对豆瓣酱的品质进行评价。结果表明,在门水平上Firmicutes(硬壁菌门)、Proteobacteria(变形菌门)和Actinobacteria(放线菌门)的相对含量累计高达95. 08%。在属水平上相对含量大于5%的细菌属分别为Bacillus(芽孢杆菌属,20. 69%)、Staphylococcus(葡萄球菌属,20. 50%)、Corynebacterium(棒状杆菌,7. 42%)、Pediococcus(片球菌属,7. 09%)和Lactobacillus(乳酸杆菌属,6. 30%)。经Pearson相关性分析发现,大部分优势细菌属与农家豆瓣酱的缺陷型指标呈显著正相关(P 0. 05),而肠杆菌属、片球菌属和芽孢杆菌属对农家豆瓣酱发酵过程具有促进作用。由此可知,部分优势细菌属对农家豆瓣酱的品质和安全性具有较大影响。     

遵义地区莽椒细菌多样性及PICRUSt基因功能预测分析

该研究采用传统培养和Illumina MiSeq高通量测序技术相结合的方法对莽椒样品中的细菌多样性进行了解析。结果表明,17株分离菌全部为乳酸菌,且16株为乳杆菌。在门水平上,Firmicutes(硬壁菌门)和Proteobacteria(变形菌门)为绝对优势菌门,累计占比为99. 39%;在属水平上,优势菌属为Lactobacillus(乳杆菌属,41. 37%)、Pseudomonas(假单胞菌属,16. 64%)、Weissella(魏斯氏菌属,14. 96%)、Enterobacter(肠杆菌属,5. 04%)、Pediococcus(片球菌属,2. 48%)、Klebsiella(克雷伯氏菌属,2. 40%)和Bacillus(芽孢杆菌属,1. 33%)。从MG-RAST数据中下载湖北省当阳地区鲊广椒测序数据,进一步对莽椒和鲊广椒细菌多样性进行了分析。基因功能和表型结果表明,莽椒中细菌在生长繁殖等方面显著较低,而在革兰氏阴性菌和致病潜力的相对强度上显著较高。相关性检验发现优势细菌属对碳水化合物代谢、核酸代谢和蛋白质代谢等具有显著影响。由此可知该本研究对后续乳酸菌遗传多样性研究和产业化推动具有积极的意义。     

凯里地区辣椒酸细菌群落多样性及其乳酸菌分离鉴定

利用Illumina MiSeq高通量测序技术对凯里地区辣椒酸中细菌群落多样性进行研究,并结合传统纯培养技术对样品中乳酸菌进行分离鉴定。结果显示,样品中优势细菌门为厚壁菌门（Firmicutes）和变形菌门（Proteobacteria）,相对含量分别为77.9%和19.59%;优势细菌属为乳酸杆菌（Lactobacillus）、假单胞菌属（Pseudomonas）、肠杆菌属（Enterobacterales）、Lelliottia、芽孢杆菌属（Bacillus）、葡萄球菌属（Staphylococcus）和寡养单胞菌属（Stenotrophomonas）,相对含量分别为72.02%、5.59%、3.97%、5.30%、1.64%、1.07%和1.02%。同时,采用纯培养技术从辣椒酸中分离出了43株细菌,其中34株被鉴定为乳酸杆菌,6株为芽孢杆菌,3株为葡萄球菌。由此可见,乳酸杆菌为凯里地区辣椒酸中的优势细菌,且主要为植物乳杆菌;同时分离出了葡萄球菌,提示传统发酵辣椒酸存在一定的食品安全风险,应引起重视。