槐杞黄颗粒干预狼疮性肾炎的物质基础与作用机制：网络药理学和分子对接技术

[目的] 基于网络药理学和分子对接技术探究槐杞黄颗粒干预狼疮性肾炎的物质基础与作用机制。[方法] 通过TCMSP、BATMAN-TCM获取槐杞黄颗粒的主要活性成分及作用靶点；通过GeneCards、OMIM、TTD获取狼疮性肾炎疾病靶点；利用VENNY平台获取药物和疾病的交集靶点；运用Cytoscape软件构建药物-活性成分-交集靶点-疾病网络图；将交集靶点录入STRING平台和Cytoscape软件中构建蛋白互作网络图；利用Metascape平台进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析；利用AutoDock Tools软件进行分子对接操作；最后利用Pymol软件对分子对接结果进行可视化分析。[结果] 共获取到56个槐杞黄颗粒的有效成分和211个成分作用靶点，其中核心活性成分以槲皮素、山柰酚、黄芩素、β-谷甾醇、黄豆黄素等作为代表；获取到狼疮性肾炎的疾病靶点1 822个；得到117个药物与疾病的交集靶点；通过构建蛋白互作网络图获取到核心靶点以血管内皮生长因子A（VEGFA）、c-fos原癌基因蛋白（FOS）、基质金属蛋白酶-9（MMP-9）、环氧化酶2（PTGS2）、靶向核因子κB抑制剂α（NFKBIA）等作为代表；GO功能富集分析共获取1 926条结果，KEGG通路富集分析得到195条结果，涉及到的主要通路以糖尿病并发症中的糖基化终末产物（AGE）-糖基化终末产物受体（RAGE）信号通路、肿瘤坏死因子（TNF）信号通路、白细胞介素（IL）-17信号通路、辅助性T 细胞17（Th17）细胞分化信号通路、低氧诱导因子（HIF-1）信号通路、磷脂酰肌醇3激酶（PI3K） -蛋白激酶B（Akt）信号通路等为主。分子对接的结果显示，β-谷甾醇与MMP-9、VEGFA、FOS，槲皮素与VEGFA、FOS，黄豆黄素与FOS，山奈酚与MMP-9等对接后结合能相对较小，提示这可能是槐杞黄颗粒干预狼疮性肾炎的关键作用途径。[结论] 研究初步揭示了槐杞黄颗粒可通过多成分、多靶点、多通路来干预狼疮性肾炎的进程。     

基于网络药理学及实验验证探讨薰衣草对皮肤光损伤的防护作用机制

目的 运用网络药理学和分子对接技术预测薰衣草防护皮肤光损伤的活性成分及作用机制，并通过动物实验进一步验证可能的信号通路。方法 通过SwissTargetPrediction，PharmMapper数据库和查阅文献获取薰衣草的活性成分及潜在作用靶点；通过GeneCards、在线人类孟德尔遗传数据库（OMIM）、DrugBank和DisGeNET数据库获取皮肤光损伤相关靶点；筛选获得两者的共同靶标后，采用STRING分析靶点蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络，利用Cytoscape 3.8.2软件中“CytoNCA”插件对该PPI网络做拓扑分析和核心靶点筛选，使用DAVID数据库对交集靶点进行基因本体（GO）功能注释和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析，选取薰衣草中的活性成分和信号通路上的蛋白通过AutoDock vina 1.1.2软件进行分子对接验证；最后通过UVB辐照小鼠背部裸露皮肤建立光损伤模型，肉眼观察小鼠的皮肤状态，采用苏木素-伊红（HE）和苦味酸-酸性品红法（VG）染色观察小鼠皮肤组织病理学改变，采用蛋白免疫印迹法（Western blot）检测小鼠皮肤组织中蛋白的表达水平，进一步验证关键的信号通路。结果 该研究共筛选出薰衣草活性成分6个，潜在靶点526个，预测疾病相关靶点2 688个，药物-疾病交集靶点258个，PPI网络筛选出核心靶点16个，KEGG通路分析筛选了113条相关信号通路，其中磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B（PI3K/Akt）通路、核转录因子-κB（NF-κB）信号通路可能在薰衣草防护皮肤光损伤中起关键作用，分子对接结果显示，活性成分和信号通路上的蛋白对接良好。动物实验结果表明，薰衣草总黄酮能够明显改善小鼠皮肤外观状态和组织病理学，并显著降低磷酸化（p）-PI3K、p-Akt、B细胞淋巴瘤（Bcl）-2蛋白的相对表达水平（P<0.05、P<0.01），明显升高Bcl-2相关X蛋白（Bax）的相对表达量（P<0.05）。结论 该结果表明，薰衣草抗皮肤光损伤具有多成分、多靶点、多通路协同作用的特点，为后续深入研究薰衣草抗皮肤光损伤的复杂机制提供依据。     

基于网络药理学探讨当归-牛膝防治骨关节炎的作用机制＊

目的 运用网络药理学、分子对接、细胞验证方法，探讨当归-牛膝防治骨关节炎（Osteoarthritis，OA）的作用机制。方法 从TCMSP筛选当归-牛膝的活性成分，并用Swiss Target Prediction预测其作用靶点；从GEO、GeneCards、DisGeNET、TTD数据库收集OA相关靶点。取活性成分与OA交集靶点，借助Cytoscape 3.8.2的BisoGenet构建交集靶点的蛋白相互作用（Protein-protein interaction，PPI）网络，CytoNCA拓扑分析获得PPI核心靶点，ClueGO对PPI核心靶点进行GO和KEGG富集分析。运用Autodock 4.2软件对关键活性成分与核心靶点进行分子对接。构建IL-1β诱导的软骨炎症细胞模型，RT-PCR与流式细胞仪验证预测结果。结果 研究显示当归-牛膝活性成分与OA的交集靶点183个，PPI核心靶点373个；PPI核心靶点的GO富集分析涉及有丝分裂细胞周期相变等调控，KEGG涉及细胞周期、泛素介导的蛋白水解等信号通路；分子对接显示槲皮素、汉黄芩素、山奈酚与关键核心靶点ESR1、RELA、MAPK1、CDKN1A、CDK2具有较好亲和力。RT-PCR显示核心药效成分可调节细胞周期信号通路靶点的mRNA表达水平，增加软骨细胞的S、G₂/M期比例，提高软骨指标ACAN、COL2、SOX9的mRNA表达水平。结论 该研究验证了当归-牛膝药对可介导细胞周期信号通路而促使炎症软骨细胞的软骨增殖与修复，其防治OA的综合机制可涉及调节软骨细胞周期相变、促进软骨的增殖与修复、抗炎、抗凋亡等方面的多靶点、多途径机制，对临床实践具有重要指导意义。关键词： 网络药理学 当归 牛膝 骨关节炎 分子对接 作用机制 细胞周期     

基于网络药理学与分子对接方法探讨黄山药干预冠心病的作用机制研究＊

目的 运用网络药理学和分子对接的方法研究黄山药干预冠心病（coronary heart disease，CHD）的多成分、多靶点、多通路作用机制，旨在为其基础研究及临床应用提供依据。方法 通过PharmMapper数据库检索并筛选黄山药的活性成分及作用靶点，利用GeneCards、DisGeNet、OMIM、DRUGBANK筛选冠心病相关靶点，取两者交集靶点；利用STRING11.0获得蛋白互作关系，并通过Cytoscape3.7.2 构建PPI网络，MCODE插件分析黄山药干预冠心病关键靶点；采用R3.6.1中的ClsuterProfiler程序包进行GO、KEGG基因富集分析，得到黄山药干预冠心病的潜在作用通路，并利用Cytoscape3.7.2构建成分-靶点-通路图；采用 AutoDock Tools 1.5.6、MOE2019进行分子对接研究。结果 黄山药中筛选得到10个活性成分，其中涉及冠心病作用靶点62个，MCODE分析最终筛选出10个关键靶点；分子对接验证亦显示评分大于4.25者占总数90%，大于5者占88.3%，即大部分靶点与成分的结合活性较好；KEGG富集分析关键靶点主要被富集在MAPK 信号通路、Ras信号通路、PI3K-Akt信号通路、雌激素信号通路、IL-17信号通路等20个显著相关通路，涉及炎症反应、免疫调节等140个显著相关生物过程。结论 基于网络药理学探讨了黄山药干预冠心病多成分-多靶点-多通路的作用特点，预测黄山药主要活性成分胡萝卜苷、延龄草苷、新甾体皂苷、progeninⅢ等，可能通过ALB、EGFR、SRC、MAPKs等靶点，作用于MAPK、雌激素、Ras、PI3K/Akt等信号通路干预冠心病，分子对接结果显示，黄山药中的核心化合物胡萝卜苷、延龄草苷、新甾体皂苷、progeninⅢ等与主要靶点（ALB、EGFR、SRC、MAPK1）的结合活性较强，为进一步开展黄山药干预冠心病作用机制研究提供了新的思路和方法。     

基于网络药理学与分子对接技术的“陈皮-山楂”药对治疗高脂血症的作用机制研究※

目的 基于网络药理学和分子对接技术探讨“陈皮-山楂”药对治疗高脂血症（HLP）的作用机制。方法 通过使用TCMSP、ETCM和BATMAN-TCM数据库筛选陈皮、山楂的活性成分和作用靶点;通过Genecards、Disgenet和OMIM数据库获取HLP潜在作用靶点;通过Venny网站获取“陈皮-山楂”药对与疾病的交集靶点;使用Cytoscape软件构建活性“成分-疾病-交集靶点”网络图;使用String数据库和Cytoscape软件构建交集靶点蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络;利用Metascape数据库对交集靶点进行基因本体（GO）生物功能分析及京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析;最后利用AutoDock Vina软件对主要活性成分和关键靶点进行分子对接。结果 得到“陈皮-山楂”药对潜在活性成分71个、潜在作用靶点414个,HPL疾病靶点1056个,其中成分与疾病交集靶点共88个;GO生物过程作用于激素反应、细胞对激素刺激的反应等602个条目,GO细胞组分富集作用于转录调节复合物、囊泡腔等23个条目,GO分子功能富集作用于核受体活性、配体激活转录因子活性等47个条目;KEGG通路分析共得到127条通路,与脂肪细胞因子信号通路、PPAR信号通路和AMPK信号通路等有关;分子对接结果证实主要活性成分槲皮素、柚皮素与关键靶点PPARA、TP53结合能力良好。结论 “陈皮-山楂”药对可通过多成分、多靶点、多途径发挥对高脂血症的治疗作用。     

基于网络药理学的升陷汤治疗心力衰竭的作用机制研究＊

目的 基于网络药理学方法探讨升陷汤治疗心力衰竭（heart failure，HF）的潜在作用机制。方法 采用TCMSP、TCM-MESH、化学专业数据库、ETCM平台筛选出升陷汤的活性成分，利用TCMSP靶点预测模型预测活性成分的潜在靶点；利用Genecards、OMIM、Disgenet、DigSee数据库检索心力衰竭的相关靶点；利用Biogenet分别对药物与疾病靶点进行蛋白质相互作用网络进行构建，并提取交集网络以获得升陷汤治疗心力衰竭的关键靶点；利用Metascape对关键靶点进行GO和KEGG富集分析。结果 得到药效成分60个、药物靶点156个、心力衰竭靶点1387个，最终获得关键靶点197个、KEGG通路157条。升陷汤治疗心力衰竭主要成分为槲皮素、山奈酚、黄芪多糖、黄芪甲苷等，关键靶点为TP53、ESR1、FN1、UBC、TNF-α，关键的生物学进程和通路可能包括PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路、TLR信号通路、HIF-1α信号通路、FoxO信号通路、细胞周期信号通路等。结论 本研究初步揭示了升陷汤多成分、多靶点、多途径治疗心力衰竭的机制，为升陷汤的临床开发利用提供了依据。     

基于GEO芯片及网络药理学探讨夏桑菊颗粒治疗高血压病的机制研究

[目的] 基于基因表达汇编（GEO）芯片、网络药理学及分子对接技术探讨夏桑菊颗粒治疗高血压病的作用机制。[方法] 利用TCMSP数据库获取和筛选夏桑菊颗粒的活性成分及成分靶点构建“中药-化合物-靶点”网络；利用GEO芯片技术、GeneCards、OMIM、TTD数据库获取并筛选高血压病的疾病靶点；将成分靶点与疾病靶点取交集靶点构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络，两次处理筛选关键靶点；对交集靶点进行基因本体（GO）及京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析；将关键靶点前4位与其对应活性成分进行分子对接分析。[结果] 获得成分靶点194个、疾病靶点2 168个、交集靶点126个、关键靶点6个；GO和KEGG富集分析显示夏桑菊颗粒主要与对激素、无机物、氮化合物、脂多糖、细胞外刺激等的反应等生物过程有关，主要富集通路涉及脂质与动脉粥样硬化、晚期糖基化产物-晚期糖基化终末产物受体（AGE-RAGE）、磷酸酰肌醇3-激酶-丝苏氨酸蛋白激酶（PI3K-AKT）、丝裂原活化蛋白激酶（MAPK）、肿瘤坏死因子（TNF）等信号通路；分子对接结果显示关键靶点与活性成分结合良好。[结论] 夏桑菊颗粒可通过多成分-多靶点-多途径发挥作用，为其防治高血压病临床使用提供了一定的参考依据。     

基于网络药理学及实验验证初步探讨麦门冬汤治疗肺纤维化的作用机制＊

目的 运用网络药理学的方法来研讨麦门冬汤治疗肺纤维化（Pulmonary fibrosis，PF）的作用机制。方法 利用数据库分别筛选麦门冬汤各药材的活性成分及对应的靶点，并获得肺纤维化相关的治疗靶点，提取成分与疾病的交集靶点；构建“成分-靶点-通路”网络，对靶点进行KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）通路富集和GO（Gene Ontology）生物功能分析，进一步对度值评分较高的分子及靶点进行分子对接分析，评估成分与靶点的结合活性。结果 筛选得到麦门冬汤有145个活性成分，疾病与活性成分共有靶点704个，网络分析结果显示麦门冬汤活性成分涉及血管内皮生长因子、信号转导与转录激活因子3、半胱氨酸蛋白酶3、酪氨酸受体激酶SRC等相关的50个蛋白靶点，药物可通过影响多种细胞分化及生物酶活性来调节AGE-RAGE信号通路、癌症信号通路及人类巨细胞病毒感染等信号通路从而发挥治疗肺纤维化的作用，分子对接结果显示β-谷甾醇、豆甾醇、山奈酚、原阿片碱、白桦脂酸、槲皮素化合物与靶点AKT1、GAPDH、STAT3、MAPK3有较低的结合能，表明以上小分子具有潜在的抑制肺纤维化活性；体外实验表明麦门冬汤可促进MRC-5人胚肺成纤维细胞中AKT1、p-AKT蛋白表达，下调VEGF蛋白。结论 麦门冬汤治疗肺纤维化的作用具有多成分-多靶点-多途径的特点，该研究可为麦门冬汤的现代化研究提供新的研究思路和方向。     

基于网络药理学及分子对接探讨当归补血汤治疗动脉粥样硬化潜在作用机制研究＊

目的 通过网络药理学及分子对接探讨当归补血汤治疗动脉粥样硬化的功效物质基础和作用机制。方法 依托TCMSP和TCMID数据库筛选出当归补血汤的活性成分和蛋白靶点，通过GeneCards数据库搜集动脉粥样硬化发病靶点，将成分靶点与疾病靶点取交集筛选出关键靶点；再通过STRING 11.0平台、Omicshare分析平台进行蛋白互作（PPI）网络、GO功能富集分析和KEGG 通路富集分析，找出核心成分及枢纽基因，通过分子对接，进一步明确其发挥治疗效用的分子机制。结果 筛选得到当归补血汤治疗动脉粥样硬化14个化合物成分，36个关键靶点，GO功能富集分析和KEGG 通路富集分析筛选得到前20条信号通路，主要集中在炎症、心血管疾病、内分泌和代谢疾病等相关信号通路，分子对接结果显示3种度值较高的活性化合物与四类枢纽靶点蛋白均存在较强的结合作用，异鼠李素和AKT1蛋白结合性最强。结论 当归补血汤中槲皮素、山奈酚、异鼠李素等核心活性成分可通过作用于TNF、IL1B、IL6、AKT1等相关枢纽靶点，调节与炎症、氧化应激、脂质代谢相关的通路，达到治疗动脉粥样硬化的作用。     

基于网络药理学和分子对接探讨益肾健骨方治疗绝经后乳腺癌患者骨质疏松的机制及实验验证＊

目的 运用网络药理学和分子对接的方法研究益肾健骨方治疗绝经后乳腺癌骨质疏松症的作用机制。方法 通过中药系统药理数据库和分析平台（TCMSP）和中医综合数据库（TCMID）获取益肾健骨方的活性成分和靶点，以口服生物利用度（OB）≥30%和类药性（DL）≥0.18为阈值进行潜在活性成分筛选。通过药物靶标数据库（TTD）、药物数据库（DrugBank）、疾病相关的基因与突变位点数据库（DisGenet）数据库收集疾病靶点，筛选出与益肾健骨方的交集靶点。运用Cytoscape3.7.2构建疾病-化合物-靶点网络，蛋白相互作用网络（PPI）。采用Metascape进行基因本体（GO）功能富集分析和京都基因与基因百科全书（KEGG）通路富集分析，通过分子对接将关键靶点和潜在靶点与活性成分的相互作用进行验证。结果 益肾健骨方中共筛选到药代动力学较好的活性成分β-谷甾醇、谷甾醇、豆甾醇、槲皮苷、山柰酚等113种，得到GO富集条目（P<0.05）1048条，KEGG通路富集得到84条信号通路（P<0.05）。分子对接结果显示槲皮苷与核心靶点和潜在靶点结合稳定，涉及肿瘤通路、人乳头瘤病毒感染通路、PI3K-Akt信号通路等。大鼠体内实验验证益肾健骨方可以增加骨小梁密度及骨组织胶原溶剂比，改善大鼠骨质疏松状态。结论 益肾健骨方可能通过多靶点、多通路治疗乳腺癌绝经后骨质疏松症。     

基于网络药理学与分子对接技术探索丹参饮治疗慢性心力衰竭的作用机制研究※

目的 运用网络药理学与分子对接技术探索丹参饮治疗慢性心力衰竭的作用机制。方法 通过TCMSP数据库筛选丹参饮中药有效化学成分与对应靶点蛋白,利用GeneCards、PharmGKB、Therapeutic Target Database（TTD）以及DrugBank数据库收集慢性心力衰竭疾病相关靶点,通过R软件获取疾病与药物交集靶点。利用Cytoscape3.9.1软件构建“丹参饮-成分-慢性心力衰竭-靶点”网络关系图,通过STRING网站构建PPI蛋白互作网络关系,绘制可视化图形。基于R软件基因本体论（Gene Ontology,GO）富集分析和京都基因与基因组百科全书（Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG）富集分析语言包对交集靶点进行富集分析;通过Autodock Vina软件对关键化学成分与关键靶点进行对接分析,利用Pymol软件实现分子对接可视化。结果 筛选后获得药物有效化学成分78种,对应靶点134个,疾病靶点2096个,取两者交集获得92个潜在治疗靶点;丹参饮治疗慢性心力衰竭的核心化学成分为木犀草素、丹参酮ⅡA、β-谷甾醇,核心靶点为STAT3、AKT1和TP53蛋白;KEGG富集分析显示主要信号通路是PI3K-Akt信号通路,分子对接结果表明核心成分与关键靶点均能结合稳定。结论 丹参饮通过多成分、多靶点、多通路治疗慢性心力衰竭。     

基于网络药理学与分子对接挖掘地锦草抗类风湿关节炎的作用机制※

目的 通过网络药理学和分子对接实验挖掘地锦草对类风湿关节炎的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）、中药分子作用机制的生物信息学分析工具（Batman-TCM）、基因组注释数据库（GeneCard）、人类孟德尔遗传数据库（OMIM）以及文献检索获取地锦草的活性成分、作用靶点、类风湿关节炎相关靶点，String数据库构建蛋白互作网络，Cytoscape 3.8.0构建成分-靶点-疾病网络，Bioconductor进行GO功能富集和KEGG通路分析，AutoDockVina分子对接验证。结果 共获得15个主要活性成分和38个关键靶点。GO功能富集分析得到53个分子功能条目，主要涉及DNA结合转录因子结合、核糖核酸聚合酶II特异性脱氧核糖核酸结合转录因子结合受体配体活性、泛素蛋白连接酶结合、泛素样蛋白连接酶结合、核受体活性；KEGG 通路富集分析得到 89条信号通路，主要包含脂质与动脉粥样硬化、流体切应力与动脉粥样硬化、肿瘤坏死因子信号通路、细胞凋亡、化学致癌-受体激活、白细胞介素-17信号通路等；分子对接验证发现槲皮素、山奈酚、4''，5-二羟基黄酮与关键抗类风湿关节炎靶点蛋白结合较好，4''，5-二羟基黄酮与AR靶点形成最佳结合。结论 地锦草主要通过PTGS1、AR、DPP4、HSP90AA1、RELA等靶基因对炎症因子、细胞凋亡及相关功能进行调节而发挥治疗类风湿关节炎的作用。     

基于网络药理学及实验验证探讨新疆紫草抗肝癌作用机制

目的 运用网络药理学方法探究新疆紫草抗肝癌的物质基础和作用机制，并通过分子对接和实验验证新疆紫草抗肝癌潜在靶点。方法 通过中国知网（CNKI）、中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）等数据库检索文献收集新疆紫草主要活性成分；根据药物的药物动力学（ADME）特性，通过FAFDrug4平台对活性成分进行筛选；利用多个数据库搜集筛选化合物和肝癌作用靶点，并绘制韦恩图分析；借助Cytoscape软件和STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络；用DAVID数据库对关键靶点进行基因本体（GO）富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析；通过Autodock对核心通路上的靶点进行分子对接；细胞增殖与活性检测（CCK-8）实验验证5种萘醌类化合物的活性；根据预测结果在H22荷瘤小鼠模型中，采用苏木素-伊红（HE）染色法、酶联免疫吸附测定法（ELISA）、蛋白免疫印迹法（Western blot）验证异戊酰紫草素抗肝癌关键靶点。结果 共筛选出55个活性成分，有效成分抗肝癌靶点34个；“药物-活性成分-靶点-疾病”中，度值较高的活性分子主要是萘醌类成分；PPI网络得到多个紫草抗肝癌核心靶点，KEGG筛选通路22条，主要作用于磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B（PI3K/Akt）、血管内皮生长因子（VEGF）、肿瘤坏死因子（TNF）等信号通路，分子对接结果表明，5种紫草萘醌类成分与PI3K/Akt信号通路靶点亲和力良好。CCK-8和动物实验结果说明脂溶性成分异戊酰紫草素有着较好的抗癌潜力，高剂量组可显著降低荷瘤小鼠血清中VEGF、甲胎蛋白（AFP）水平，升高干扰素-γ（IFN-γ）水平（P<0.05，P<0.01），并显著下调磷酸化（p）-Akt（Ser473）、B细胞淋巴瘤（Bcl）-2蛋白表达，上调Bcl-2家族抗凋亡因子（Bad）蛋白的表达（P<0.01）。结论 新疆紫草可以通过PI3K/Akt信号通路抑制肝癌细胞增殖、肿瘤血管生成并诱导癌细胞凋亡，为后续深入探讨其具体机制提供了思路和线索。     

基于网络药理学和分子对接探究防己茯苓汤治疗缺血再灌注急性肾损伤的作用机制

目的 基于网络药理学和实验验证探究防己茯苓汤治疗缺血再灌注急性肾损伤（AKI）的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）数据库和文献挖掘收集防己茯苓汤活性成分，利用SwissTargetPrediction预测活性成分作用靶点；借助GeneCards、在线人类孟德尔遗传数据库（OMIM）、疾病相关的基因与突变位点数据库（DisGeNET）、治疗靶标数据库（TTD）收集AKI靶点；利用STRING平台构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络；采用Metascape平台对核心靶点进行基因本体（GO）富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路分析；利用Cytoscape软件构建药物-活性成分-作用靶点-疾病网络图和活性成分-作用靶点-信号通路网络图；使用AutoDock进行分子对接；最后采用动物实验验证分析结果。结果 筛选出防己茯苓汤活性成分137种及药物靶点858个，AKI疾病靶点1 294个，防己茯苓汤治疗AKI作用靶点267个，其中磷脂酰肌醇3-激酶调节亚基1（PIK3R1）、磷脂酰肌醇3-激酶催化亚单位α（PIK3CA）、原癌基因酪氨酸蛋白激酶（SRC）、蛋白激酶B1（Akt1）、促分裂原活化的蛋白激酶3（MAPK3）为防己茯苓汤治疗AKI的关键靶点，GO富集分析得到1 609个结果，主要涉及细胞对脂质的反应、膜筏、蛋白激酶活性等，KEGG通路分析则与PI3K/Akt信号通路、趋化因子信号通路、Toll样受体（TLR）信号通路等140条通路有关，分子对接则发现核心活性成分和关键靶点均有良好的结合能力，苏木精-伊红（HE）染色结果表明防己茯苓汤能明显改善AKI的病理学状态，血清学结果则显示血清肌酐（SCr）、尿素氮（BUN）水平明显下降。结论 该研究初步探讨了防己茯苓汤治疗AKI的作用机制，发现防己茯苓汤治疗AKI具有多成分、多靶点、多通路的作用特点，为后续进一步深入研究具体作用机制奠定基础。     

麻杏石甘汤“异病同治”肺炎支原体肺炎与支气管哮喘的网络药理学机制研究

[目的] 研究利用网络药理学及分子对接技术探究麻杏石甘汤“异病同治”肺炎支气体肺炎（MPP）与支气管哮喘（BA）的共同潜在靶点及作用机制。[方法] 通过检索中药系统药理学数据库和分析平台（TCMSP）与中国知识资源总库（CNKI）筛选麻杏石甘汤的活性成分及其作用靶点,运用UniProt数据库将其进行标准化。运用GeneCards、OMIM数据库收集MPP与BA疾病相关靶点。利用Venny2.1获取药物-疾病共有靶点。利用Cytoscape3.9.1软件构建疾病-药物-成分-靶点网络;将交集靶点输入STRING数据库进行蛋白相互作用蛋白相互作用（PPI）网络构建。利用DAVID数据库对共同靶点进行GO富集分析和KEGG通路富集分析。最后利用AutoDockTools软件将核心成分与关键靶点进行分子对接。[结果] 筛选得到麻杏石甘汤有效成分123种,相关靶点208个。MPP疾病靶点374个,BA疾病靶点2 623个,药物-疾病交集靶点46个。GO富集分析获得生物过程276个（P<0.05）,细胞组成15个（P<0.05）,分子功能33个（P<0.05）。KEGG通路富集分析获得麻杏石甘汤治疗MPP与BA的共同通路主要有糖尿病并发症晚期糖基化终产物及其受体（AGE-RAGE）信号通路、白细胞介素-17（IL-17）信号通路、肿瘤坏死因子（TNF）信号通路、低氧诱导因子-1（HIF-1）信号通路等;分子对接表明核心成分与关键靶点多能形成稳定结构。[结论] 麻杏石甘汤通过多成分、多靶点、多途径的特点治疗MPP与BA,为中医“异病同治|理论提供新的思路,同时也为麻杏石甘汤的临床应用及机制研究提供了生物信息学依据。     

联合液相-质谱分析和网络药理学方法探讨清热活血方防治动脉粥样硬化的作用机制＊

目的 联合液相-质谱（liquid-mass spectrometry，LC-MS）分析和网络药理学方法探究由清热活血方防治动脉粥样硬化（atherosclerosis，AS）的潜在靶点。方法 首先，采用LC-MS定性分析对清热活血方化学成分进行鉴定，并将得到的成分输入Swiss Target Prediction数据库进行目标靶点预测，并采用Cytoscape 3.7.1构建清热活血方活性成分-核心靶点网络；其次，从疾病数据库中收集AS相关靶点；将AS相关靶点与清热活血方靶点取交集，得到清热活血方抗AS靶点，并制作靶标蛋白相互作用网，然后进行GO（Gene Ontology）和KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）富集分析。之后，随机将50只雄性ApoE^-/-小鼠分为空白组、模型组、清热活血方低、中、高剂量组，并通过高脂饮食的方式建立ApoE^-/-小鼠AS模型，清热活血方组给予低、中、高剂量药物干预，16周末取主动脉组织，对筛选出的通路进行基因和蛋白水平的验证。最后，将LC-MS定量分析筛选出含量最高的两个成分，与筛选出的通路基因进行分子对接，将靶基因进行二次筛选。结果 LC-MS分析清热活血方共筛选出中68个活性成分，对应靶标223个；通过检索疾病数据库，去除重复后共得到与AS相关疾病靶点3291个；将清热活血方对应靶标与AS靶点取交集得到136个核心基因。GO富集分析结果显示包含炎症反应的调控、膜微域和配体-激活转录因子活性等的参与；KEGG通路富集分析结果显示涉及PI3K/Akt等47条清热活血方抗AS信号通路。WB和RT-qPCR结果提示，清热活血方可以下调p-PI3K/PI3K和p-Akt/Akt水平，且可下调PI3K/Akt通路的13个基因表达水平。LC-MS定量分析得出黄芩苷和丹酚酸B是含量最多的两个成分，与PI3K/Akt通路上的13个基因进行分子对接，结果提示RXRA基因与黄芩苷和丹酚酸B自由结合能最低。结论 清热活血方可能通过介导RXRA基因调控PI3K/Akt信号通路实现抗AS作用，本研究为清热活血方干预AS提供新思路和新靶点。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨黄芪-紫苏子配伍治疗慢性阻塞性肺疾病的作用机制＊

目的 采用网络药理学和分子对接技术研究黄芪-紫苏子配伍治疗慢性阻塞性肺疾病（COPD）的主要化学成分、可能的作用靶点以及相关信号通路，探讨其多成分-多靶点-多通路的潜在作用机制。方法 通过TCMSP数据库检索黄芪-紫苏子的化学成分；运用PubChem数据库和Swiss Target Prediction数据库筛选其潜在靶点；借助GeneCards数据库检索COPD相关靶点，与黄芪-紫苏子化合物靶点进行交集筛选出共同靶点作为研究靶点；使用Cytoscape3.2.1软件构建“中药-化学成分-靶点-疾病”网络；将上述共同靶点导入String数据库获取数据后在Cytoscape3.2.1软件中构建蛋白质-蛋白质相互作用网络（protein-protein interaction，PPI），然后进行核心靶点筛选；利用Metascape数据库进行GO和KEGG通路富集分析；使用RCSB PDB数据库、Pymol和Autodock Vina软件进行分子对接；采用A549细胞进行体外活性实验评价槲皮素和异鼠李素的抗炎作用，验证网络药理学及分子对接结果的科学准确性。结果 黄芪-紫苏子的“中药-化学成分-靶点-疾病”网络包含34个化学成分和74个治疗COPD的潜在靶点，其核心化学成分主要为黄酮类化合物；另PPI网络中核心靶点主要涉及ALB、TP53、AKT1等；GO功能富集得到GOBP条目1841条，GOCC条目109条，GOMF条目105条；KEGG通路富集筛选得到130条信号通路，其中靶点在AGE-RAGE信号通路、PI3K-AKT 信号通路和HIF-1信号通路等富集较为集中。分子对接结果显示，黄芪和紫苏子的核心化合物中的黄芪异黄烷苷、木犀草素、槲皮素以及异鼠李素等黄酮类成分对ALB具有较高亲和力。体外活性验证中槲皮素和异鼠李素具有显著的抗炎活性。结论 黄芪-紫苏子配伍可通过多成分、多靶点和多通路调控炎症因子释放，达到治疗COPD的效果，为其分子机制研究奠定一定的基础。     

基于网络药理学探讨二妙散治疗湿疹的作用机制※

目的 通过网络药理学和分子对接技术探究二妙散治疗湿疹的作用机制。方法 运用中药系统药理学分析平台（TCMSP），结合文献报道，获取二妙散的活性成分和作用靶点，借助Uniprot数据库对靶点蛋白名称进行规范；通过GeneCards、Disgenet收集湿疹相关靶点；运用在线Venny作图平台，得到二妙散治疗湿疹的潜在作用靶点；利用STRING平台构建潜在靶点PPI网络，并将其导入Cytoscape 3.7.1进行图像优化及提取核心基因；通过DAVID数据库对潜在作用靶点进行富集分析，采用Cytoscape 3.7.1构建“中药-化合物-靶点-湿疹”网络并进行拓扑分析，使用Autodock软件对核心活性成分和潜在关键靶点进行分子对接验证。结果 二妙散治疗湿疹可能与槲皮素、汉黄芩素、豆甾醇等29个活性成分有关，AKT1、IL6、TNF等为关键靶点；富集分析得到GO条目651条，KEGG通路120条，主要涉及TNF信号通路、利什曼病信号通路等；分子对接结果显示，上述活性成分与相关靶点具有较好的结合活性。结论 二妙散中多种活性成分通过作用于AKT1、IL6、TNF等关键靶点，调节多条信号通路，发挥治疗湿疹的作用。     

运用网络药理学探讨桑麻止咳汤治疗西北燥证兼慢性支气管炎的作用机制

[目的] 运用网络药理学探讨桑麻止咳汤治疗西北燥证兼慢性支气管炎的作用机制。[方法] 利用多个数据库获取药物有效成分、疾病靶点,取两者交集基因。通过STRING和DAVID数据库构建蛋白相互作用网络和富集分析,运用Cytoscape建立中药-成分-疾病靶点网络。运用Autodock Vina软件进行分子对接验证。[结果] 筛选得到桑麻止咳汤活性成分287个,药物靶点1 147个,疾病靶点213个。基因本体（GO）富集分析得到93个条目,京都基目与基因组百科（KEGG）通路富集分析确立了49条相关通路。分子对接结果显示药物主要活性成分与核心靶点结合活性良好。[结论] 研究发现,桑麻止咳汤可能通过白细胞介素-17（IL-17）和晚期糖基化终产物及其受体（AGE-RAGE）等信号通路影响肿瘤坏死因子（TNF）、基质金属蛋白酶（MMP9）、白蛋白（ALB）和MMP1等靶蛋白的表达,槲皮素、棕榈酸、山奈酚和芹菜素可能是其发挥多靶点和多途径治疗西北燥证兼慢性支气管炎的主要成分。     

基于网络药理学和分子对接探讨六君子汤治疗胃肠功能障碍的作用机制※

目的 基于网络药理学及分子对接技术分析六君子汤治疗胃肠功能障碍的核心成分、共作用靶点及通路。方法 通过中药系统药理学数据库和分析平台（TCM-SP）数据库进行检索并筛选六君子汤的活性成分及作用靶点,运用Disgenet、MOIM、Genecards数据库检索胃肠功能障碍的相关作用靶点,取二者靶点交集,应用STRING平台及Cytoscape 3.10.0软件构建六君子汤-成分-靶点蛋白-疾病互作网络图;凭借微生信平台对所得交集靶点进行富集分析并绘制GO和KEGG富集分析图,最终使用pymol和AutoDock软件实现分子对接可视化。结果 六君子汤药物活性成分共131个,药物靶点218个,疾病相关靶点1376个,药物与疾病共靶点108个,GO分析中生物过程3584条,细胞组成186条,分子功能348条,KEGG分析获得通路229条,分子对接结果显示主要活性成分与核心靶点对接成功,具有良好的结合活性。结论 六君子汤可能通过槲皮素、7-甲氧基-2-甲基异黄酮、木犀草素、豆甾醇、山奈酚等有效成分,作用于STAT3、TP53、MAPK3、AKT1、MAPK1等靶点,参与糖尿病并发症通路、卡波西肉瘤相关病毒感染等信号通路,实现调节胃肠动力、抗炎等作用,从而改善胃肠功能障碍患者预后。