重庆市472名MSM中新发现HIV-1感染者分子传播网络特征

目的 分析2019-2021年重庆市MSM新发现472例HIV-1感染者分子网络特征,为精准干预相关人群中HIV-1传播提供实验室依据。方法 收集重庆市疾病预防控制中心性病门诊2019-2021年新报告的MSM感染者血浆样本,扩增pol区基因并测序,构建该人群HIV-1传播分子网络,采用χ2检验进行成簇相关因素分析。结果从580例感染者中,共获得pol区基因序列472条。472例感染者分别属于9种基因亚型,主要亚型为CRF07＿BC(344,72.88%)和CRF01＿AE(96,20.34%),其他亚型包括CRF55＿01B(18,3.81%)、B(4,0.85%)、CRF08＿BC(6,1.27%)等。在基因距离0.8%时,共产生32个分子簇,入网率27.33%(129/472),以CRF07＿BC入网最高,占82.95%(107/129)。结论MSM中新报告HIV-1感染者病毒基因呈现多样性,并存在传播活跃者。应对传播活跃者实施精准干预,以降低该人群的新发感染率。     

2018年广西崇左边境ART人群HIV-1分子网络特征分析

目的 构建广西边境崇左市四个边境县接受ART的HIV/AIDS患者的本底分子网络并识别重点人群,为当地防控艾滋病进行重点干预提供依据.方法 纳入2018年1-9月在广西崇左市大新县、宁明县、凭祥市、龙州县四个地区进行常规CD4细胞检测的在治HIV/AIDS患者作为研究对象,并收集研究对象基本信息,使用HIV-TRACE...     

2018年新报告HIV-1感染者省际传播特征分析

目的 分析省际1 型艾滋病病毒(HIV-1)的传播特征,为实施精准防控进而减少HIV-1在我国的流行提供科学数据.方法 对2018年当年新报告的HIV-1感染者进行抽样调查.收集血样并提取病毒核糖核酸,获得pol区部分片段的序列,构建系统进化树.运用HIV-TRACE构建分子网络并筛选出跨省分子簇.结果 共调查31个省...     

HIV分子传播网络研究进展北大核心

艾滋病病毒(HIV)分子传播网络是目前新兴的一种分子流行病学方法,用于了解HIV的流行状态和指导HIV感染人群中高危病毒传播者的靶向干预。相比国内的研究,有关HIV分子传播网络的研究在国外开展较多。文章就HIV分子传播网络的相关概念、构建方法和分析方法进行综述,以期为今后国内的HIV分子传播网络研究提供相关参考。     

安徽省阜阳市新报告HIV感染者耐药及分子传播网络研究

目的 分析安徽省阜阳市2020-2021年新报告HIV感染者主要亚型毒株的分子流行特征及传播网络情况,为当地制订有效的干预措施提供依据。方法 2020年1月至2021年12月共收集阜阳市新报告感染HIV-1血液样本589份,扩增pol基因和测序,运用美国斯坦福大学耐药数据库进行耐药突变分析,构建系统进化树,提取传播网络并分析其特征,对研究对象进入网络的相关因素进行分析。结果 成功扩增获得589名HIV感染者的pol区基因序列,主要的亚型为CRF07＿BC(34.8%),B(30.4%)和CRF01＿AE(22.4%),新报告感染者总体耐药率为8.6%。三个主要亚型分别以0.5%作为基因距离阈值构建了分子传播网络,入网率分别为B(41.3%)、CRF07＿BC(34.6%)和CRF01＿AE(20.5%)。对进入网络的影响因素进行分析,多因素Logistic回归结果显示,年龄>50岁（与<30岁相比,a OR=2.419,95%CI:1.189～4.921）、CRF07＿BC（与CRF01＿AE相比,a OR=1.875,95%CI:1.085～3.242）、B亚型（与CRF...     

淮安市新报告HIV-1感染者的分子传播网络特征研究

目的 了解淮安市新报告人感染HIV-1毒株的流行特征、亚型及分子传播网络特征。方法 采集淮安籍HIV-1确证阳性感染者血液标本,利用巢式(RT-)PCR方法扩增pol基因片段,测序并构建分子传播网络。结果 淮安市新报告人感染的HIV-1基因亚型有9种,分别为CRF01＿AE (38.5%,47/122)、CRF07＿BC (38.5%,47/122)、CRF67＿01B (8.2%,10/122)、CRF68＿01B (4.9%,6/122)、B (3.3%,4/122)、CRF08＿BC (3.3%,4/122)、CRF55＿01B (1.6%,2/122)、CRF85＿BC (0.8%,1/122)和CRF52＿01B (0.8%,1/122)。60条pol基因序列形成10个分子传播簇,入网率为49.2%,其中最大的分子传播网络由CRF07＿BC基因型构成。logistic回归分析显示已婚有配偶(与丧偶相比,OR=0.242,95%CI:0.006-0.972)、同性传播(与异性传播相比,OR=2.113,95%CI:1.020-4.377)、基因型CRF07＿BC (与其他重组型...     

云南省HIV-1分子流行病学研究及实践进展北大核心CSCD

HIV分子流行病学研究在HIV基因分型、病毒重组鉴定、传播源追踪、传播链和高风险传播者发现等方面发挥着重要作用。云南省是中国艾滋病最早流行的地区,随着时间的推移,云南省HIV的传播范围及传播方式发生了极大转变。多种HIV毒株在云南省的流行成为病毒重组变异的基础,使云南省HIV-1基因型呈现出明显的地域性、复杂性和多样性,也给云南省艾滋病防治工作带来挑战。本文对云南省近30年HIV-1基因亚型特征及变异趋势进行回顾和分析,总结流行规律,为艾滋病防治提供参考依据。     

河北省治疗前人群HIV-1耐药毒株分子传播网络研究

目的 了解河北省抗病毒治疗前人群HIV-1耐药毒株流行与分子传播网络情况。方法 用in-house的方法扩增HIV-1 pol区基因序列,并利用TN93模型计算pol序列基因距离,构建HIV-1分子网络图。结果 研究发现17名HIV-1感染者出现耐药突变,耐药突变率为6.16%(17/276),其中,NNRTI类耐药率为4.35%(12/276),PI类耐药率为1.09%(3/276), NRTI类耐药率为0.36%(1/276),NNRTI类和PI类双重耐药率为0.36%(1/276);多因素Logistic回归分析显示年龄和亚型是HIV-1产生耐药的影响因素,虽然HIV-1耐药突变在CRF07_BC(2.44%)亚型中的分布明显低于CRF01_AE(8.03%)和B(3.70%)亚型,然而CRF07_BC序列构建的分子传播网络最多,传播速度最快。结论 河北省治疗前HIV-1耐药突变处于较高水平, 应制定措施实时监测未治疗人群中HIV-1耐药毒株流行情况。     

母乳喂养传播HIV-1的回顾性定群研究

目的探讨母乳喂养传播艾滋病病毒Ⅰ型（HIV-1）的机会及其影响因素。方法对来自某地一次输血感染HIV-1的母亲出生的子女进行回顾性定群研究,并采集血标本检测HIV抗体。结果母乳喂养组的母婴传播率为37.3%（25/67）,远高于非母乳喂养组的11.1%（3/27）。母亲感染1年内是母乳喂养传播率第一峰值期,第1-2年是谷底期,第3-9年逐年上升,第7-9年是第二峰值期,第二峰值高于第一峰值。存在不同母婴传播因素的母乳喂养传播率,均显著高于人工喂养组或家庭日常生活接触组。母乳喂养9个月以下未发现母乳喂养传播者,而母乳喂养10个月以上的传播率逐渐升高。结论母乳喂养是HIV-1传播的主要危险因素。     

甘肃省部分地区2020-2021年新报告HIV/AIDS患者治前耐药及分子传播网络特征分析

目的 分析甘肃省部分地区新报告HIV/AIDS患者分子传播网络特征,为精准干预相关人群中HIV-1传播提供实验室依据。方法 反转录和巢式PCR扩增样本pol区基因并测序,采用MEGA 7.0软件构建系统进化树分析亚型,通过美国斯坦福大学HIV耐药数据库在线软件工具分析耐药突变位点,Hyphy和Cytoscape 3.9.1软件生成分子网络,Logistic回归模型对入网率的影响因素进行分析。结果 收集甘肃省部分地区2020-2021年新报告病例血浆样本331份,成功获得pol区基因序列303条,共发现11种亚型和流行重组型,主要为CRF07＿BC(58.1%)、CRF01＿AE(21.1%)、B(6.9%)和CRF55＿01B (5.3%)。治疗前耐药率为4.0%,NNRTI类耐药率最高为3.3%,主要耐药位点是K103 N/S (1.7%)。分子网络最适基因距离为1.2%,在此基因距离时共形成33个分子簇,91条序列入网,入网率为30.0%。对进入网络的影响因素进行分析,多因素Logistic回归结果显示,CRF07＿BC（与CRF01＿AE相比）、河西地区（与陇东南地区相比）更容易...     

黑龙江省2018年新发现HIV-1感染者毒株亚型分子簇及耐药情况

目的 分析黑龙江省HIV-1感染者的毒株亚型构成、分子簇形成和耐药株流行情况.方法 对2018年1-6月期间新诊断的、尚未进行抗病毒治疗的黑龙江省HIV-1感染者,采集血样、提取病毒RNA,采用反转录聚合酶链式反应(RT-PCR)/巢式PCR方法扩增HIV-1 pol基因,测序后进行生物信息学分析.结果 获得157例H...     

HIV-1夫妻间传播的回顾性队列研究

目的研究艾滋病病毒Ⅰ型（HIV-1）的夫妻间传播率,为预防控制性传播提供科学依据。方法在某农村地区,2000—2007年陆续发现的110对配偶-方为HIV-1感染者,均为1990—1997年间-次性输血而感染,无其他感染因素,感染后与配偶无保护性生活7．51年,感染者的配偶否认除夫妻无保护性传播以外的艾滋病传播因素。对感染者配偶用酶联免疫吸附试验和免疫印迹试验（Western—blot）检测HIV抗体。结果HIV-1的夫妻间传播率为17．3％,年均传播率为2．3％。其中妻子传给丈夫的概率为19．1％,平均年感染机率2．7％;丈夫传给妻子的概率为9．5％,平均年感染机率1．1％。无保护性生活时间越长、妻子感染时丈夫的年龄越小感染率越高,测算夫妻间每次无保护性交的感染机率为0．024％～0．032％。HIV阳性妻子每次无保护性交传染给丈夫的机率是0．028％～0．037％;HIV阳性丈夫每次无保护性交传染给妻子的机率是0．011％～0．015％。结论在夫妻-方感染日期明确、夫妻无保护性生活年限明确的情况下,得到的HIV-1的夫妻传播率,对预防控制艾滋病性传播具有重要的指导意义。     

浙江省北部区域人类免疫缺陷病毒1型的分子传播特征

目的:通过构建浙江省北部区域(嘉兴市和湖州市)人类免疫缺陷病毒1型(human immunodeficiency virus type 1,HIV-1)流行株的分子传播网络,探索HIV-1在该区域的传播特征。方法:以2017年嘉兴市和湖州市新诊断的371例人类免疫缺陷病毒(human immunodeficiency ...     

HIV分子传播网络助力我国艾滋病精准防控

<正>根据联合国艾滋病规划署的估计,截至2021年底,全球约3 840万人感染HIV,当年新发感染者150万人,约65万人死于艾滋病相关疾病[1]。尽管近年来在UNAIDS “90-90-90”倡议和治疗作为预防等举措下,艾滋病防控取得了巨大进步,但仍未能在2020年实现年新发感染人数和艾滋病相关死亡人数分别降低到50万的目标[2]。UNAIDS的报告显示目前全球在降低艾滋病新发感染、提高ART覆盖率和降低艾滋病相关死亡方面的进展已经放缓。     

2019-2020年昆明市MSM HIV-1感染者中整合酶抑制剂耐药及分子网络特征

目的 了解昆明市MSM HIV-1感染者中整合酶抑制剂（INSTIs）耐药流行情况及分子网络特征。方法收集2019-2020年昆明市新报告HIV-1抗体阳性的MSM血浆样本202份,提取病毒RNA,通过反转录和巢式聚合酶链式反应对编码整合酶的基因片段进行扩增和测序,并分析序列的基因型、基因距离、整合酶抑制剂的耐药突变位点,构建分子网络。结果 在获得的163份样品的整合酶区基因片段中,主要的基因型为C亚型（50.9%,83/163）和CRF01＿AE(27.6%,45/163),其他包括URF(12.9%,21/163),CRF55＿01B(5.5%,9/163)和B亚型（3.1%,5/163）。其中B亚型的基因距离最大,其次为CRF01＿AE,而C亚型和CRF55＿01B小于前两者。在研究对象中检出1例样品携带INSTIs的辅助耐药突变位点G163K,耐药位点检出率为0.6%(1/163)。共有60条序列进入网络,≤20岁年龄组的感染者更容易成簇。结论 昆明MSM中INSTIs的耐药率仍处于较低的流行水平。低年龄组的MSM更活跃,在干预措施的覆盖和有效实施上还有待进一步提高。     

陕西省HIV-1流行态势研究进展

近年来,HIV-1在陕西省的流行一直处于增长趋势,且其流行特征不断发生变化,流行情况日益复杂.加之,陕西与四川、河南等HIV-1高发省份毗邻,因此,实时关注该地区HIV-1的分子流行病学特征十分必要.本文综述了陕西HIV-1的流行病学、分子流行病学研究进展,主要从HIV-1感染、传播、亚型分布等方面阐述其动态变化特征和...     

珠海市HIV-1感染者抗病毒治疗前耐药情况和影响因素分析

目的 了解珠海市抗病毒治疗前的HIV-1感染者耐药情况和影响因素,为艾滋病防控工作提供依据.方法 以2014-2020年期间珠海市新确证的636例HIV-1感染者为研究对象,采集血浆,扩增pol区基因序列,进行基因定型和耐药突变分析.结果 获得484条pol基因序列,通过进化分析发现7种HIV-1基因亚型和2种重组体,...     

江西省HIV-1基因序列流行特征分析

目的对江西省艾滋病病毒1型(HIV1)感染者进行基因亚型分析,了解HIV1的流行情况、亚型种类、毒株来源及其变异特征等,为政府部门预防控制决策提供技术资料。方法传统流行病学与分子流行病学相结合,对江西省27例HIV1感染者进行流行病学相关因素分析和基因序列、系统进化树分析。结果江西省HIV1感染人群中流行的毒株主要为HIV1CRF01AE,占6897%(20/29),其次为泰国B(B’)、CRF07BC、C三种亚型。序列分析表明,20份样品与泰国代表株相近,与CRF01AETH90CM240平均基因距离为947±271;3份样品与我国BC重组代表株相近,与BC重组代表株(CRF07BCCN97C54A)平均基因距离为566±241;3份样品与BCNRL42相近,与代表株BCNRL42平均基因距离为502±103;1份样品与印度代表株(CIN95IN21068)相近,基因距离为1299。而与已知的其它亚型国际参考株间的平均基因距离都在20%以上。系统进化树分析表明,27份样品与其相应的亚型共享序列聚集在一起,并远离其它国际参考株。吸毒人群中几乎全为HIV1CRF01AE,组内基因距离293±140(n=13),经性传播的四种亚型均有。结论目前江西省HIV1感染者中流行毒株为CRF01AE、CRF07BC、泰国B(B′)、C四种亚型,以CRF01AE为主。CRF01AE主要在吸毒人群中传播,局部爆发或流行时间大约有2年半左右,江西省HIV流行已     

温州市2019年新诊断HIV-1感染者的病毒基因型分析

目的 分析温州市2019年新诊断HIV-1感染者的病毒基因型,揭示亚型分布特点及流行趋势.方法 采集232例HIV-1感染者血浆样本,采用巢式PCR扩增pol区基因,于Los Alamos HIV database下载参考序列,构建系统进化树确定基因亚型,利用HIV Blast工具进行同源性分析.结果 获得199例感染...     

HIV-1型前病毒基因检测芯片的研制及应用

目的研制艾滋病病毒1型(HIV-1)前病毒基因检测芯片，并将其应用到临床样本的检测中。方法合成多对引物，经筛选实验后选出6对适宜的引物用于逆转录-聚合酶链反应(RT—PCR)，扩增HIV基因组gag区(保守区)6个HIV目的基因片段，扩增小鼠GAPDH基因片段作为阳性内参片段，PCR扩增辣椒红素基因片段作为阴性对照片段。将上述片段克隆到pMD18-T载体上，从中选取3个HIV-1目的片段、阳性对照片段和阴性对照片段进行PCR扩增，扩增产物经纯化后点在尼龙膜上，制备成核酸检测芯片。地高辛PCR标记样本核酸与芯片杂交后，用酶联显色，分析结果。结果共检测了98份阳性样本和30个阴性样本，敏感性达93．9％，特异性为100．0％。结论该HIV-1前病毒基因检测芯片成本较低，具有较高的特异性和灵敏度，可以用于HIV-1感染和母婴传播的早期诊断。