铜绿假单胞菌quiP基因实时荧光定量PCR标准质粒的构建

目的：制备用于铜绿假单胞菌PAO1 quiP基因（PA1032）实时荧光定量PCR检测的质粒标准品pMD18-quiP。方法：通过PCR扩增出目的片断,纯化后连接至pMD18-T载体,转化宿主菌E.coli DH5α,获得阳性克隆,通过PCR扩增、双酶切鉴定和测序分析,确认重组质粒完整正确,大量抽提重组质粒,测定其拷贝浓度,10倍稀释成梯度标准品,并进行荧光定量PCR检测分析。结果：quiP基因目的片段成功重组至pMD18-T载体上,获得的重组质粒保持了目的片段的特异性和序列完整性。梯度浓度标准质粒的荧光定量PCR结果显示,循环阈值（Ct）与起始模板量的对数值之间有着良好的线性关系。结论：成功构建了quiP基因实时荧光定量PCR质粒标准品。     

人POT1基因实时荧光PCR相对定量法的建立

目的：建立SYBR Green Ⅰ实时荧光PCR定量检测人POT1基因的方法。方法：依据人POT1基因及参照基因TBP基因序列设计引物,以人类乳腺癌细胞系MCF-7总RNA逆转录合成的cDNA为模版,以TBP基因为参照基因,应用SYBR Green Ⅰ实时荧光定量PCR检测POT1基因的表达。结果：POT1和TBP基因熔解曲线为单峰,无杂峰及二聚体。POT1基因及参照基因TBP基因扩增效率相同（直线斜率0．0171〈0．1）。POT1基因批内变异与批间变异分别为1.3％和2.1％;TBP基因批内变异与批间变异分别为1．2％和2．6％。结论：建立了SYBR Green Ⅰ实时定量检测人类POT1基因的方法,该方法简单快速,经济,灵敏度高,特异性和重复性好,可用于人类POT1基因的定量分析。     

人类疱疹病毒8型实时荧光定量PCR外标准品的构建

目的构建人类疱疹病毒8型(HHV-8)基因质粒标准品,以便快速、灵敏、可靠地检测与HHV-8相关疾病患者的病毒载量。方法提取HHV-8基因组DNA,以HHV-8 ORF26为目的基因设计引物,进行PCR扩增;纯化目的片段与pMD19-T Vector连接并转化到大肠杆菌中;提取重组质粒DNA,并行PCR、测序鉴定,计算重组质粒原液拷贝数浓度并制备梯度浓度标准品,实时荧光定量PCR(Real-time FQ-PCR)构建标准曲线。结果 HHV-8ORF26目的片段制备成功,获得稳定的重组质粒,保证了目的片段的特异性和序列完整性,标准曲线参数良好,外标准品阈值循环数(Ct)与其相应梯度稀释浓度呈良好的线性关系,扩增效率高。结论成功构建了HHV-8的Real-time FQ-PCR外标准品,可以快速检测样品中的HHV-8载量。     

分子信标实时荧光定量PCR构绵羊PrP基因质粒和标准曲线

目的为能够用实时荧光定量PCR研究消化系统PrPmRNA的表达水平,构建目的基因PrP的标准品质粒和标准曲线。方法根据GenBank中绵羊基因编码区保守序列,设计特异性引物和分子信标探针;提取总RNA,经反转录、RT—PCR后,提取质粒,PCR-SSCP及测序鉴定,获得ARQ质粒;将质粒梯度稀释,进行荧光定量PCR,获得标准曲线及回归方程。结果结果显示,本实验设计的分子信标具有特异性强、灵敏度高和结果准确的特性;标准曲线相关系数r。=0．999,表明线性关系好,成功构建了目的基因的标准品质粒和标准曲线。     

实时荧光定量PCR检测人类EZH2基因方法的建立

目的:建立SYBR Green Ⅰ实时荧光PCR定量检测人类EZH2基因的方法.方法:将EZH2 RT-PCR扩增片段克隆入载体pGEM-T后,经测序鉴定正确后,进行纯化和定量及系列稀释,应用SYBR Green Ⅰ实时荧光定量PCR检测EZH2,建立标准曲线,熔解曲线分析产物的特异性.结果:该法检测的最低拷贝数为10,线性范围为101～108拷贝,相关系数r为-1.00,104copies/μl标本的批内变异系数(CV)和日间CV分别为1.0%和2.7%.熔解曲线分析显示单一的峰,熔解温度(Tm)为(83.42±0.13)℃.结论:实时荧光定量PCR方法检测EZH2基因,具有高敏感性、高特异性和高精确性等优点,可作为进一步研究EZH2的方法.     

实时荧光定量PCR和甲基化特异性PCR检测结直肠癌APC、MLH1基因甲基化状态

背景：启动子区甲基化致肿瘤抑制基因失活在结直肠癌的发生、发展中起重要作用,检测肿瘤相关基因的甲基化状态,可能为寻找新的结直肠癌诊断、预后相关标记物提供依据.目的：比较实时荧光定量PCR（FO-PCR）与甲基化特异性PCR（MSP）检测基因甲基化状态的差异.方法：以FQ-PCR检测66例结直肠癌组织和20例癌旁组织中与结直肠癌的发生、发展相关的抑癌基因APC和错配修复基因MLH1的甲基化状态,同时以MSP检测结直肠癌组织中APC基因的甲基化状态.结果：根据FQ-PCR结果,结直肠癌组织中APC、MLH1基因甲基化阳性率显著高于癌旁组织（48.5%和54.5%对0%和0%,P=0.000）.FQ-PCR和MSP可检出的甲基化阳性对照DNA最低浓度分别为0.015 ng/μl和1.5 ng/μl,两者对APC基因甲基化状态的检测结果差异有统计学意义（P＜0.05）.结论：在DNA甲基化的检测手段中,FQ-PCR的敏感度优于MSP.     

实时荧光定量PCR技术检测肺炎衣原体的诊断价值

目的探讨实时荧光定量PCR技术检测肺炎衣原体的诊断价值。方法对呼吸道感染的186例患者的痰液分别采用实时荧光定量PCR技术和基因测序检测,以评价实时荧光定量PCR技术检测肺炎衣原体感染的准确性。结果实时荧光定量PCR检测肺炎衣原体的灵敏度为100.0%,特异度为93.1%,阳性预期值为80.8%,阴性预期值为100.0%,准确率为94.6%。结论实时荧光定量PCR技术检测肺炎衣原体具有较高的可靠性,适用于临床快速诊断肺炎衣原体感染的相关疾病。     

实时荧光定量PCR技术检测食管鳞癌c-myc mRNA的表达

目的 探讨c-myc mRNA表达与食管鳞癌发病的关系.方法 采用实时荧光定量PCR法检测24例食管鳞癌患者食管鳞癌组织和正常食管鳞状上皮组织、癌旁食管鳞状上皮组织中c-myc mRNA的表达.结果 食管鳞癌组织与癌旁食管鳞状上皮组织c-myc基因的表达量相近,二者均明显高于正常食管鳞状上皮组织(P<0.05).结论 c-myc基因在食管鳞状上皮癌变过程的早期阶段起重要作用.     

人类SUZ12基因实时荧光定量PCR检测方法的建立

目的:建立SYBR Green I实时荧光PCR定量检测人类SUZ12基因的方法.方法:将SUZ12 RT-PCR扩增片段克隆入载体pGEM-T后,经测序鉴定正确后,进行纯化和定量及系列稀释,应用SYBR Green I实时荧光定量PCR检测SUZ12,建立标准曲线,熔解曲线分析产物的特异性.结果:该法检测的最低拷贝数为14.2,线性范围为1.42×10~1-1.42×10~8拷贝,相关系数r为-1.00,1.42×10~7拷贝/L标本的批内变异系数(CV)和日间CV分别为1.8%和2.8%.熔解曲线分析显示单一的峰,熔解温度(melting temperature,Tm)为(81.37±0.16)℃.结论:实时荧光定量PCR方法检测SUZ12基因,快速有效、灵敏度高、特异性好.     

实时荧光定量PCR检测恙虫病东方体

目的建立检测恙虫病东方体的实时荧光定量PCR(quantitative real-ti me PCR)方法。方法根据恙虫病东方体56kD外膜蛋白基因序列设计引物和探针,以克隆的56kD基因片段作DNA模板,建立实时荧光定量PCR检测方法。结果建立的荧光定量PCR标准曲线的循环阈值(Ct)与模板拷贝数呈良好的线性关系(r=0.999)。荧光定量PCR检测恙虫病东方体的灵敏度约为套式PCR的100倍,并且具有良好的重复性。用该定量PCR检测其它相关立克次体和病原菌DNA样本,检出结果均为0。用该定量PCR检测恙虫病东方体实验感染小鼠的血、脾脏、肺脏、肝脏标本,结果脾脏中东方体出现最早和检出量最多,肝脏和肺脏次之。血中的恙虫病东方体量较低。结论本研究建立的荧光定量PCR方法具有很高的特异性和敏感性,可用于东方体感染早期血样本的快速检测作恙虫病感染早期诊断,并且可以定量分析评价恙虫病东方体感染的程度。     

实时荧光定量PCR检测布鲁杆菌方法的应用

目的 探讨实时荧光定量PCR(FQ-PCR)用于布鲁杆菌检测的可行性.方法 根据布鲁杆菌BCSP31基因设计合成1对引物和TaqMan探针,以克隆有布鲁杆菌基因片段的PMD18-T质粒作为标准品DNA模板,进行FQ-PCR检测,绘制标准曲线;对所应用的方法分别进行敏感性、特异性及重复性分析;并对临床血液标本进行FQ-PCR,与临床诊断进行比较.结果 用标准品DNA建立的定量标准曲线的循环阈值(Ct)与模板拷贝数呈良好的线性关系(r=0.999);FQ-PCR检测的灵敏度拷贝数为5个/μl,普通PCR为5×102个/μl,FQ-PCR是普通PCR的100倍;用FQ-PCR检测6株布鲁杆菌菌株及5株非布鲁杆菌菌株,布鲁杆菌均检出较强荧光信号,非布鲁杆菌未检出;5×103个拷贝/μl标准品DNA检测后,Ct值批内变异系数(CV)为0.71%,批间CV为7.23%;用FQ-PCR检测临床确诊阳性血标本24份,检出阳性19份,符合率为79%(19/24),阴性对照血标本31份,全部阴性,阴性符合率为100%(31/31),临床症状可疑标本30份,检出阳性2份.结论 用FQ-PCR方法检测布鲁杆菌具有高度敏感性、特异性及良好的重复性,与临床阳性及阴性标本的符合率较高,可用于快速检测各种样本中的微量布鲁杆菌以及作为布鲁杆菌感染的实验室检测方法.     

实时荧光定量PCR检测布鲁杆菌方法的应用

Objective To discuss a real-time fluorescence quantitative polymerase chain reaction (FQ-PCR) wether if can be used to detect Brucella. Methods According to the BCSP31 gene sequences specific for Brucella, one pair of primers and one TaqMan probe were designed. A real-time PCR was developed with the BCSP31 fragments cloned into PMD18-T vector. The standard cure was established and the sensitivity, the species specificity and the stability of the assay were evaluated. The clinical blood specimens were detected by QT-PCR and compared with clinical diagnosis. Results The standard curve was established with the standard template and the relationship between the Ct and the DNA copy number was linear(r=0.999). The sensitivity of the real-time PCR was 5 copies/μl. The sensitivity of the common PCR was 5×102 copies/μl. The sensitivity was about 100 times higher than common PCR. Species specificity of this FQ-PCR assay evaluated using genomic DNA from 6 Bmcella strains and 5 non-Brucella strains and strong fluorescence was detected in all Brucella strains. The CV of intra-assay and inter-assay reproducibility were 0.71%,7.23%, reprectively. Twenty-four specimens from clinical brucellosis cases, 19 showed positive, the positive coincident rate was 79%(19/24). The negative results were obtained for all 31 negative control, and the negative coincident rate was 100%(31/31). Two were positive from all 30 specimens clinically suspected. Conclusions Highly specific, sensitive, repeatable and coincidental with clinic, this FQ-PCR is quite useful for rapid detection of tiny DNA of Brucella in various samples and laboratory diagnosis.     

国产实时荧光定量PCR试剂与GeneXpert MTB/RIF检测结核分枝杆菌的对比分析

目的评价国产实时荧光定量PCR(FQ-PCR)试剂与GeneXpert MTB/RIF(简称“GeneXpert”)检测痰标本结核分枝杆菌的临床应用价值,并比较两者的检测效能。方法收集2017年1月至2018年12月于深圳市南山区慢性病防治院就诊的210例疑似肺结核患者的痰标本,同时做涂片镜检、BACTEC MGIT 960(简称“MGIT 960”)培养、GeneXpert和FQ-PCR检测。以MGIT 960培养为参考,比较GeneXpert和FQ-PCR检测的敏感度、特异度、阳性预测值、阴性预测值,比较两者与MGIT 960培养结果的一致性及两者之间的一致性。按照涂片镜检结果分级报告标准,将痰标本分为荷菌量逐步递增的6个组,即阴性组、少量组、+组、++组、+++组、++++组,比较GeneXpert和FQ-PCR检测各个组阈值循环数(Ct值)均值的差异。结果GeneXpert检测的敏感度、特异度、阳性预测值、阴性预测值分别为83.7%(123/147)、87.9%(51/58)、94.6%(123/130)、68.0%(51/75);FQ-PCR检测的敏感度、特异度、阳性预测值、阴性预测值分别为83.7%(123/147)、89.8%(53/59)、95.3%(123/129)、68.8%(53/77)。FQ-PCR、GeneXpert分别与MGIT 960行Kappa检验,一致性分别为85.4%(176/206)和84.9%(174/205),Kappa值分别为0.70、0.66;对GeneXpert和FQ-PCR检测结果行Kappa检验,一致性为92.8%(194/209),Kappa值为0.85。FQ-PCR检测显示,阴性组与少量组的Ct值均值比较[(33.87±5.00)和(27.29±1.30)个],差异有统计学意义(t=5.56,P<0.001);GeneXpert检测分别为(33.32±6.05)和(23.99±3.36)个,差异有统计学意义(t=5.19,P<0.001)。检测涂片阴性标本时,FQ-PCR与GeneXpert检测的Ct值均值[(33.87±5.00)和(33.32±6.05)个]差异无统计学意义(t=0.32,P=0.750);检测涂片阳性(少量组、+组、++组、+++组、++++组)标本时,FQ-PCR检测的Ct值均值[分别为(27.29±1.30)、(27.95±2.85)、(25.88±3.62)、(24.79±2.46)、(22.38±2.72)个]均明显高于GeneXpert检测[分别为(23.99±3.36)、(23.10±4.05)、(20.22±2.81)、(20.31±4.16)、(16.48±2.78)个],差异均有统计学意义(t值分别为2.60、4.71、6.08、3.85、9.02,P值分别为0.030、<0.001、<0.001、<0.001、<0.001)。结论国产FQ-PCR试剂与GeneXpert检测结果一致性较好,对结核病大规模筛查、降低检测成本具有临床应用价值。     

血管紧张素转移酶mRNA在胃癌中的表达

目的 定量分析血管紧张素转移酶(ACE)mRNA在胃癌组织和癌旁组织的表达及其临床意义.方法 采用实时荧光定量PCR检测34例胃癌组织及对应癌旁组织ACE mRNA表达水平,分析其与分化程度、临床分期和转移状态等临床病理特征的相关性.结果 ACE mRNA在胃癌组织中的表达显著高于癌旁组织(P=0.003).胃癌组织ACE mRNA表达与分化程度、临床分期和转移状态等临床病理特征无相关性(P＞0.05).结论 ACE mRNA在胃癌组织中呈明显高表达,提示其与胃癌的发病密切相关.     

肝癌相关基因表达的荧光定量PCR检测及分子诊断指数的建立

目的:研究肝细胞癌相关基因表达,建立肝癌分子诊断指数,以期能更准确的诊断肝癌.方法:采用实时荧光定量PCR检测40例肝细胞癌患者癌组织和配对的癌旁2 cm及手术切缘组织、10例肝硬化组织、10例正常肝脏组织中11个基因的表达,以管家基因G3PDH为对照,2-ΔΔCT法计算目的基因相对表达量,挑选出特异性好且与正常肝、肝...     

人G1型轮状病毒TaqMan荧光定量检测方法的建立与应用

目的本研究旨在建立一种快速准确定量检测人G1型轮状病毒的TaqMan探针荧光实时PCR检测方法。方法以轮状病毒VP6基因为靶基因,分别设计2对引物及其相应的TaqMan探针,扩增目的片段,将目的片段克隆于PCDNA3.1+载体上,体外转录获得RNA,系列稀释后为标准品,建立TaqMan探针荧光定量实时PCR检测方法并对该方法进行验证。结果　设计实验找到最优条件下的引物浓度(250 nmol/L)、探针浓度(300 nmol/L);通过对引起腹泻的人柯萨奇病毒、呼肠孤病毒等进行检测,结果均为阴性,表明该方法具有很好的特异性。该方法的最低检测量为5 copies/μL。对该方法进行重复性实验,发现变异率均小于1%,重复性好。用已建立的方法对4份粪便临床样品进行3次重复试验,病毒RNA的检出率为100%。结论本实验初步建立了人G1型轮状病毒TaqMan探针荧光实时PCR检测方法,为G1型轮状病毒的诊断、检测和分子流行病学研究提供了一种新的方法。     

尖锐湿疣患者荧光定量PCR检测结果分析

目的探讨尖锐湿疣患者疣体中人乳头瘤病毒(HPV)分型、基因含量及其意义。方法采用荧光定量PCR技术(FQ-PCR)检测尖锐湿疣患者疣体中HPV-DNA含量及其型别。结果169例尖锐湿疣患者经FQ-PCR检测后168例(99.41%)阳性,其中HPV6/11型阳性150例(88.76%),平均1.2×107拷贝/ml;HPV16/18型阳性13例(7.69%),平均2.3×106拷贝/ml;HPV6/11和HPV16/18型同时阳性5例(2.96%),平均1.0×107拷贝/ml;4型均阴性1例(0.59%),定量为0×10拷贝/ml。结论HPV6/11型是尖锐湿疣发病的主要型别,尖锐湿疣患者疣体中HPV-DNA含量与其是否复发无明显关系,FQ-PCR可作为尖锐湿疣早期诊断的指标。     

110例尖锐湿疣患者FQ-PCR检测结果分析

目的 探讨尖锐湿疣患者人乳头瘤病毒(HPV)感染分型及其意义. 方法 采用荧光定量PCR技术(FQ-PCR)检测男女尖锐湿疣患者HPV感染分型. 结果 男性患者44例,检出阳性37例(84.09%),分型结果以HPV6/11型为主(91.89%);女性患者外阴标本33例,检出阳性26例(78.78%),分型结果以HPV6/11型为主(53.84%);宫颈标本33例,检出阳性19例(57.57%),分型结果以HPV6/11型为主(57.89%). 结论 HPV6/11型是尖锐湿疣发病的主要型别,荧光定量聚合酶链反应(FQ-PCR)可作为尖锐湿疣诊断的指标.