吉林省不同地区牛肠道病毒遗传变异分析

为了解近年来吉林省牛肠道病毒(bovine enteroviruses,BEV)感染流行情况及病毒株分子变异特征,本研究利用双抗体夹心ELISA方法,对采集于吉林省不同地区的326份疑似BEV感染的牛粪便样品进行检测,并对ELISA检测出的阳性样品进行病毒分离培养;同时对分离毒株5′UTR基因序列进行扩增、序列比对分析。结果表明,不同地区的牛群均存在程度不同的肠道病毒感染;BEV分离毒株的核苷酸序列与本实验室2012年分离的国内首株E种牛肠道病毒HY12基因序列的同源性为86.2%~96.9%。其中从公主岭地区分离的毒株GZL-6与HY12毒株差异性最大,其同源性只有86.2%;而与HY12同地区分离出的HY68毒株同源性只有86.3%。国内外现有BEV毒株序列遗传进化树分析结果显示,从吉林省新分离到11株BEV与HY12处在同一个分支。上述结果表明,新近分离的BEV毒株,无论源于HY12毒株的原地区还是其他不同地区,均有不同程度的核苷酸序列差异。本研究为BEV感染的诊断、防治及肠道病毒进化变异研究打下基础。     

从吉林省肉牛场新发疫病分离出E种肠道病毒

从吉林省某牛场发生的临床上以发热、咳嗽、呼吸困难、严重腹泻、高发病率和死亡率为特征的新发疫病病牛体内分离到大小为20³0nm和15030nm和150²50nm的2株病毒。病毒生物学特性、理化学特性和分子生物学特性显示,20250nm的2株病毒。病毒生物学特性、理化学特性和分子生物学特性显示,20³0nm的病毒粒子为牛肠道病毒。该病毒命名为HY12毒株。病毒5′端非编码区的核苷酸序列分析结果表明,HY12毒株与国外分离株SL305的同源性最高,为90%;而与国内分离毒株的同源性只有75%。系统进化树分析发现,HY12毒株属于肠道病毒属的E种肠道病毒。本研究首次在国内从临床表现为呼吸道和消化道症状的病牛体内分离出E种肠道病毒,该结果将为牛肠道病毒感染的诊断及防治提供依据。     

广西PRRSV分离株GXNN1396全基因序列分析

前期我们实验室分离鉴定了一株nsP2蛋白缺失49个氨基酸(aa)的猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)GXNN1396株。为了进一步对该毒株全基因组序列特性进行分析,将GXNN1396株病毒在Marc-145细胞上传至第3代,收集细胞上清,抽提该病毒RNA。用RT-PCR检测方法对GXNN1396基因组进行分段扩增、克隆、序列比较和遗传进化分析。结果表明,GXNN1 396全长15 263核苷酸(nt),不包括5′帽子结构和3′Poly A尾。其中,5′非翻译区(5′UTR)长为189nt,3′UTR长151nt,ORF1a、ORF1b、ORF2、ORF3、ORF4、ORF5、ORF6、ORF7分别为7 422、4 382、771、765、537、603、525nt和372nt。与国内外的PRRSV毒株核苷酸序列的同源性进行了比较显示,GXNN1396与欧洲经典毒株LV和VR2332株的同源性分别为61%和88.8%,与TJ、JXwn06、JXA1在全基因上的同源性高达97.2%~97.3%,说明GXNN1396株是一株典型的美洲型PRRSV毒株。遗传进化分析表明美洲型PRRSV主要分为3个亚群,GXNN1396与高致病性PRRSV毒株属于同一分支。     

猪捷申病毒4型的分离鉴定及VP1基因序列分析

为了对2021年7月份四川省某猪场送检的疑似感染猪捷申病毒(Poreine teschovirus, PTV)的猪腹泻粪便样品进行鉴定,试验将送检的病料接种ST细胞进行病毒分离,采用血凝试验、理化特性、RT-PCR进行鉴定,测序序列基于VP1基因构建系统发育树并进行同源性分析。结果表明：从疑似病料中分离出1株RNA病毒,ST细胞感染24 h后出现明显的细胞病变,该病毒不能凝集猪红细胞,耐酸,对氯仿及胰蛋白酶有一定的抵抗能力,对热敏感,二价阳离子(如Mg²⁺)可提高分离毒株对高温环境的抵抗力;结合RT-PCR和VP1基因比对分析可知该毒株为PTV,命名为Sichuan2021;经测定含量为1×10^6.75 TCID₅₀/mL;分离毒株Sichuan2021与PTV-4毒株位于同一分支,且与参考毒株10BJ02(JQ975417)和SH1(KJ881010)的亲缘关系最近,核苷酸相似性分别为92.8%和92.5%。说明分离毒株Sichuan2021为PTV-4。     

犬细小病毒山东流行株分离鉴定及其全基因组测序分析

为了解山东地区犬细小病毒的流行及其变异情况,应用F81细胞从山东地区送检的发病犬粪便中分离出4株细小病毒,根据PCR和电镜技术对其进行鉴定,并对分离株的全基因组进行克隆测序与序列分析。结果表明:所分离到的4株病毒均能在F81细胞上产生明显的细胞病变,经PCR及电镜观察鉴定为犬细小病毒,分别命名为QN1/QN2/QN3/QN4株。全基因组分析结果显示,除QN3株的基因组全长为4 756 nt外,其余3株均为4 757 nt;4个分离株之间全序列核苷酸同源性为99.31%,与GenBank登录的10株具有代表性的CPV核苷酸序列比对,同源性为98.2%⁹9.9%;VP2基因的核苷酸序列同源性为98.5%99.9%;VP2基因的核苷酸序列同源性为98.5%⁹9.9%,氨基酸序列同源性为98.1%99.9%,氨基酸序列同源性为98.1%¹00%;表明各分离毒株的亲缘关系较近,同属于NewCPV-2a亚型。     

猪德尔塔冠状病毒TJ1株的分离鉴定及生物学特性分析

本研究旨在获得猪德尔塔冠状病毒（porcine deltacoronavirus,PDCoV）分离株,并对其生物学特性进行探讨。将RT-PCR检测PDCoV阳性样品无菌处理后接种猪肾（PK-15）细胞并连续传代培养,通过细胞病变、M基因序列分析及耐热、耐酸等试验对细胞培养物进行鉴定,采用Reed-Muench法测定PDCoV的TCID₅₀,应用5×10^4.0 TCID₅₀/mL的病毒悬液接种11日龄仔猪并观察临床症状。结果显示,试验成功分离到1株PDCoV,将其命名为TJ₁株,该病毒的第5代病毒效价为10^4.5 TCID₅₀/mL;TJ₁株对脂溶剂氯仿和乙醚不敏感,耐酸,在pH 3.0的环境下稳定,对热较敏感,在50℃条件下1 h便可将其灭活;其M基因和GenBank中已发表的PDCoV M基因核苷酸序列同源性为94%~99%;致病力试验结果显示,该病毒可引起仔猪发生腹泻,发病率100%。本研究成功分离了1株PDCoV毒株TJ₁株,对该分离株生物学特性进行初步研究,为进一步开展PDCoV相关研究奠定了基础。     

一株牛肠道病毒的分离与鉴定

本研究从山西某奶牛场的泌乳奶牛粪便样品中分离得到一株牛肠道病毒(BEV),命名为HLJ-3531/2013。理化特性鉴定结果表明,该病毒粒子呈典型小RNA病毒粒子形态,直径为25~30nm,无囊膜;该病毒在p H3~9时稳定,对氯仿、乙醚、胰酶等均有一定的抗性,但50℃可迅速被破坏,1mol/L Mg SO4能显著提高该病毒对热的抵抗力。采用随机引物通过RT-PCR扩增获得病毒部分VP2及VP4蛋白编码区的DNA片段,序列分析结果表明,其核苷酸序列与Gen Bank登录的参考病毒株核苷酸序列同源性为65.0%~79.2%,其中与德国分离株D3/98株同源性最高,为79.2%。进化树分析其可能为EV-E种群中新的基因型。此前中国已分离得到的三株牛肠道病毒均为EV-F,该病毒株与中国已分离株分属于不同的血清型。     

广西猪瘟流行毒株E2基因的序列分析

对从广西南宁和柳州分离的2株猪瘟病毒E2基因进行了测序。应用DNAstar序列分析软件对所测2个毒株GXNN、GXLZ的E2基因序列与猪瘟兔化弱毒株和石门(Shimen)株进行了比较分析。结果显示，GXNN、GXLZ株与猪瘟兔化弱毒株核苷酸序列的同源性分别为82．1％和82．6％，推导氨基酸序列的同源性分别为87．9％和88．7％；GXNN、GXLZ株与Shimen株核苷酸序列的同源性分别为83．6％和84．0％，推导氨基酸序列的同源性分别为89．3％和90．1％。GXNN、GXLZ株与猪瘟兔化弱毒株和Shimen株的核苷酸序列和氨基酸序列都有明显差异。     

广东省鸡传染性贫血病毒编码区基因的克隆与分子进化分析

为了解鸡传染性贫血病毒(chicken anemia virus,CAV)广东分离株变异情况,通过PCR方法克隆了于2012年分离到的10株CAV的编码区序列,并对其进行了测序及分子进化分析。结果显示,广东CAV分离株编码区全长1 823bp,含有3个互相重叠的开放阅读框(ORF)。序列分析表明,广东省CAV分离株与GenBank上已发表的其他36株CAV比较,VP1核苷酸的同源性在94.1%⁹9.2%之间,推导出的氨基酸的同源性在95.3%99.2%之间,推导出的氨基酸的同源性在95.3%⁹9.3%之间;VP2的核苷酸同源性在98.2%99.3%之间;VP2的核苷酸同源性在98.2%¹00%之间,推导出的氨基酸的同源性在95.9%100%之间,推导出的氨基酸的同源性在95.9%⁹9.5%之间;VP3的核苷酸同源性在97.8%99.5%之间;VP3的核苷酸同源性在97.8%¹00%之间,推导出的氨基酸的同源性在95.1%100%之间,推导出的氨基酸的同源性在95.1%⁹9.2%之间;VP1蛋白共有17个位点发生了变异,VP2蛋白共有11个位点发生了变异,VP3蛋白共有6个位点发生了变异。分子进化分析显示,10株CAV广东分离株主要位于两个分支,其中9株CAV分离株与GenBank上已发表的35株CAV处于一个大分支,而GDN-12与分离株KC414026处于另外一个小分支,由此得出其中9株广东CAV分离株是目前主要的流行毒株。     

一株猪伪狂犬病病毒变异株的分离鉴定

为了解广东省猪伪狂犬病病毒（pseudorabies virus，PRV）野毒株的基因变异及遗传演化的情况，本试验对广东佛山疑似暴发伪狂犬病的猪场采集的病料（脑、肺脏、扁桃体、肝脏、脾脏）进行了PCR鉴定，初步鉴定为PRV毒株后，将阳性病料接种非洲绿猴肾细胞（Vero），进行毒株传代培养，对分离毒株进行PCR检测及小鼠感染试验，证实该病毒为PRV，并命名为PRV FS-2015株；并对该毒株进行细胞病变观察、病毒TCID₅₀测定、毒株gC和TK基因扩增及序列分析。结果显示，PRV FS-2015株TCID₅₀为10^-7.5/0.1 mL。PRV FS-2015株的gC和TK基因序列与国内外PRV参考毒株进行同源性比对分析发现，其核苷酸序列同源性分别为95.8%~100.0%和99.4%~100.0%，氨基酸同源性分别为92.3%~100.0%和98.7%~100.0%。遗传进化分析表明，PRV FS-2015株与国内近几年分离的PRV变异株GY、ZJ01、HB1201、HN1201、JS2012、BJ/YT和BP属于同一分支，同源性较高，亲缘关系更近；但与PRV经典株Kaplan、Becker、NIA3、Kolchis、Bartha、Yangsan、Min-A、SS和SL株的同源性较低，基因变异较大，表明PRV FS-2015毒株属于近几年流行的变异株。本研究结果可为广东省伪狂犬病的防控工作和疫苗株的选择提供科学依据。     

沈阳地区1株猪流行性腹泻病毒S1基因序列测定与分析

利用PEDV的S1基因的特异性引物,克隆了沈阳地区1株PEDV流行毒株(LNSY-2017)的S1基因,并通过S1基因序列比对,分析了此病毒株与其他相关毒株的亲缘关系。结果显示:LNSY-2017株S1基因(2 372 bp)与我国疫苗株CV777(2 364 bp)相比,存在16个核苷酸的插入和8个核苷酸的缺失,导致推导的氨基酸序列存在6个氨基酸的插入(⁵⁶G、⁵⁹QGVN⁶²和⁶⁹G)和6个氨基酸的缺失(⁷³N、¹⁵⁷FA¹⁵⁸、³⁸⁰YL³⁸¹和⁵²¹G),且在2个主要中和抗体表位(aa499～637和aa763～770)有11处氨基酸的突变。遗传进化分析结果显示,LNSY-2017与主要的疫苗株同源性较低(91.4%～92.5%),而与2012年韩国毒株、美国2013年毒株以及中国近年来流行毒株同源性最高(97.0%～98.7%),属于基因G2b型。结果表明,沈阳地区的PEDV流行株已经发生很大变异,因此很有必要加强对PEDV变异的监测。     

福建省一株猪瘟病毒流行毒株全基因组序列测定与分析

根据GenBank公布的猪瘟病毒(CSFV)标准参考毒株全基因组序列,设计11对引物,应用RTPCR方法分别对11个片段进行福建流行毒株CN-FJLY的全基因组扩增,与参考毒株进行序列分析比较。结果表明,福建流行毒株CN-FJLY基因组全长为12 296bp,与参考毒株SXCDK、HEBZ、GXWZ02、HNLY-2011和Zj0801的全基因组核苷酸同源性为93.0%～97.0%,而与1.1亚群的中国强毒Shimen、疫苗株HCLV全基因组核苷酸同源性为84.4%～85.3%。基于全基因组及E2基因构建的遗传进化树分析结果表明福建流行毒株CN-FJLY属于2.1b亚群,与Shimen株、HCLV疫苗株亲缘关系较远。与HCLV相比较CN-FJLY基因组变异较大的是5′UTR、Ems、E2、p7、NS2、NS5A、NS5B和3′UTR。综上说明福建省猪瘟病毒流行毒株正在向远离疫苗株的方向变异。     

猪伪狂犬病病毒变异毒株HeNZK-2014的分离鉴定及gE基因序列分析

为了解猪伪狂犬病病毒（PRV）变异毒株的特点,本研究采集临床疑似PRV感染发病猪的淋巴结等组织样品进行PCR鉴定,选取仅PRV阳性的组织样品经研磨除菌后取上清接种于PK-15细胞进行病毒分离培养、蚀斑纯化、PCR和间接免疫荧光法（IFA）鉴定,采用Reed-Muench法测定PRV的TCID₅₀,接种小鼠并观察临床症状,对纯化的PRV和死亡小鼠脑组织样品进行gE基因PCR扩增及测序分析。结果显示,PRV阳性病料接种于PK-15细胞24 h后出现典型细胞病变（CPE）,经3轮蚀斑纯化后PCR和IFA鉴定结果均为阳性,分离株命名为HeNZK-2014,其TCID₅₀为10^-9.77/0.1 mL;以1×10⁸个TCID₅₀病毒悬液接种小鼠22 h后可引起小鼠出现奇痒、撕咬、死亡等典型猪伪狂犬病症状,死亡小鼠脑组织样品PRV PCR检测结果为阳性;纯化病毒和死亡小鼠脑组织样品gE基因核苷酸序列同源性为100.0%,与GenBank中2011年以前登录的经典毒株位于不同分支,与2011年之后中国流行毒株位于同一分支,在第48和496位各有1个天冬氨酸（D）的插入,具有变异毒株的典型特征。本研究成功分离了1株PRV变异毒株,为进一步开展针对PRV变异毒株的疫苗及其防控研究奠定了基础。     

Ⅰ群4型禽腺病毒Y17215-1株体外增殖规律及免疫原性研究

为探讨禽腺病毒4型分离株Y17215-1的体外增殖特性和免疫原性,本研究以LMH细胞为模型,摸索Y17215-1株最佳接种剂量和收获时间;通过活毒滴鼻接种和灭活疫苗肌肉注射的方式免疫SPF鸡,测定其免疫原性。结果显示：Y17215-1株0.1 MOI接种LMH细胞,培养48～72 h病毒滴度达到峰值10^8.625 TCID₅₀/mL。该病毒经肌肉注射对42日龄SPF鸡具有较强致病性,LD₅₀为10^3.000 TCID₅₀/0.2 mL。以10^7.676 TCID₅₀的Y17215-1株滴鼻免疫21日龄SPF鸡,免疫后7 d 100%试验鸡产生中和抗体,14 d达到高峰。以Y17215-1株制备灭活疫苗肌肉注射免疫21日龄SPF鸡(10^7.676 TCID₅₀/羽),免疫后7 d 70%试验鸡产生中和抗体,21 d达到高峰。在免疫后21 d用1000LD₅₀的Y17215...     

猪伪狂犬病病毒野毒株的分离鉴定及gC、gD基因序列分析

2019年河南某猪场暴发疑似猪伪狂犬病疫情,本试验采集发病猪的病料组织,进行伪狂犬病病毒(PRV)毒株的分离鉴定,并分析分离毒株的生物学特性。结果显示：分离毒株HNCY的TCID₅₀为10^-8.48/0.1 mL;一步生长曲线显示,分离毒株在12～24 h复制较快,48 h到达最高峰;分离毒株对小鼠具有较强的致死性,且肺脏中病毒含量最高;序列分析显示,HNCY株gC基因核苷酸序列与国内外PRV分离毒株的同源性为95.9%～100.0%,gD基因同源性为98.9%～100.0%;gC氨基酸序列与国内外PRV分离毒株的同源性为92.9%～100.0%,gD氨基酸同源性为97.5%～100.0%,且国内同源性高于国外;遗传进化分析显示,HNCY分离株gC、gD基因与欧美毒株在不同的大分支上,亲缘关系远;与国内分离株在同一分支上,且与2011年之前分离的PRV毒株在不同的小分支上,表明HNCY分离株属于国内变异毒株。     

牛病毒性腹泻病毒JY株分离鉴定

为了对疑似含有牛病毒性腹泻病毒(bovine viral diarrhea virus,BVDV)的种公牛精液进行检测并分离病毒,本研究采用细胞培养、免疫荧光及纳米PCR技术,对采自吉林省某牛病毒性腹泻(BVD)发病牛场中使用的种公牛精液进行检测与病毒分离。共采公牛精液8份,接种牛肾细胞系(MDBK)进行分离培养。分离得到阳性毒株为非致细胞病变(NCP)型,测得第4代病毒效价为10^6.25TCID₅₀/mL。纳米PCR检测5′-UTR和E2基因,测序后与GenBank上已发表的BVDV流行毒株核酸序列比对和进化分析。结果表明,分离毒株属于BVDV-1型,与BVDVJL株亲缘关系最近,5′-UTR核苷酸同源性为100%,E2基因核苷酸同源性为99.3%,命名为BVDVJY株。研究显示,本次采集的种公牛精液携带BVDV-1型毒株。该牛场BVD的发生疑似与种公牛精液带毒有关,对牛场BVD的防治起到警示作用。     

二株广西猪繁殖与呼吸综合征流行毒M基因的克隆和序列分析

广西一些养殖场频繁发生以母猪流产、死胎、木乃伊等为特征的流行性传染病,怀疑为猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)所致.利用针对PRRSV的N基因的特异性引物P1和P2,通过RT-PCR技术对分别从广西贵港市(GXGG)和南宁市(GXNN)收集到的可疑病料进行检测,结果两份为阳性.合成针对M基因的引物M1和M2,分别扩增了GXGG和GXNN两株PRRSV的M基因,并进行克隆和测序,得到长582个核苷酸的目的基因片段.应用DNAStar序列分析软件对所测的两个广西毒株与国内外已发表的ATCC VR-2332、LV和CH-la毒株进行同源性比较.分析表明,GXGG与ATCC VR-2332、LV、CH-la的核苷酸同源性分别为95.6%、69.5%、97.7%;GXNN与ATCC VR-2332、LV、CH-la的核酸同源性分别为94.9%、69.5%、97.3%.对推定的氨基酸序列进行了比较,GXGG与ATCC VR-2332、LV、CH-la的氨基酸同源性分别为97.7%、80.5%、97.7%;GXNN与ATCC VR-2332、LV、CH-la的氨基酸同源性分别为98.3%、79.9%、97.1%.说明广西流行毒株与ATCC VR-2332和CH-la的同源性很高,而与LV毒株的同源性很低.从本研究构建的系统发育树分析,广西流行的PRRSV与ATCC VR-2332株的亲缘关系比较密切.     

牛肠道病毒的分离鉴定

本研究从内蒙古某奶牛场的犊牛粪便样品中分离的一株牛肠道病毒(BEV),命名为BHM26,通过电镜观察显示和分子生物学鉴定,发现病毒粒子在细胞浆中呈结晶状排列,单一病毒粒子呈典型小RNA病毒粒子形态,直径为25nm～30nm,无囊膜;病毒的部分3D蛋白编码区和全长3'UTR区段的1 026bpDNA片段的RT-PCR扩增和序列分析表明,其核苷酸序列与GenBank登录的参考病毒株核苷酸序列同源性为71.9%～87%,其中与BEV Wye-3A株同源性最高,为87%.分析表明中国BEV分离株与国外参考毒株具有较大差异.     

2株Ⅰ群禽腺病毒的分离鉴定及致病性分析

为了解山东省禽腺病毒（fowl adenovirus,FAdV）毒株的基因遗传演化情况及致病性,本试验对山东省两家疑似暴发鸡包涵体肝炎和心包积液综合征鸡场采集的病料（肝脏、脾脏）进行PCR鉴定,并将鉴定为FAdV的2份阳性病料提取病毒液,接种鸡肝癌细胞（LMH）进行毒株传代培养和细胞病变（CPE）观察、PCR检测、TCID₅₀测定、鸡胚致病性试验、SPF鸡回归试验、病毒hexon部分基因扩增及序列分析。结果显示,试验成功分离到2株FAdV,2株分离株细胞传第1代即可观察到CPE,PCR均可扩增出大小为500 bp的片段,且2株分离株细胞F5代TCID₅₀分别为10^-7.75/0.1 mL和10^-7.60/0.1 mL,均对7日龄SPF鸡胚有强致病性;第1分离株和第2分离株对21日龄SPF鸡攻毒死亡率分别为80%和15%。hexon基因核苷酸同源性分析结果显示,第1分离株与FAdV-4株同源性最高（99.57%）,第2分离株与FAdV-8b株同源性最高（99.18%）。这2株FAdV分离株均与Ⅰ群禽腺病毒同源,与火鸡出血性肠炎病毒（HEV）所在的血清Ⅱ群及减蛋综合征病毒（EDSV）所在的血清Ⅲ群禽腺病毒位于不同分支。第1分离株基因型为C型,血清型为4型,命名为FAdV-SDC4株;第2分离株基因型为E型,血清型为8b型,命名为FAdV-SDE8b株。综上所述,FAdV-SDC4和FAdV-SDE8b株属于近几年国内流行毒株。本研究结果可为鸡包涵体肝炎、心包积液综合征的防控工作和疫苗株的选择提供科学依据。     

一株1型非洲马瘟疫苗毒种的初步鉴定

为做好非洲马瘟疫苗的储备性研究,以更好应对我国周边地区非洲马瘟疫情传入风险,对中国兽医微生物菌种保藏管理中心的一株1型非洲马瘟病毒鼠脑组织毒进行了复壮和细胞适应性培养,并对其病毒含量、特异性、对小鼠毒力等进行测定。结果显示,该毒种在Vero细胞连续传代至F10代后病变产生明显,病毒含量可稳定在10^6.5 TCID₅₀/0.1mL以上;对小鼠毒力表现稳定,细胞适应毒也可达10^6.5 LD₅₀/0.1mL。根据OIE参考引物进行RT-PCR鉴定,序列比对证实该毒株为血清1型,与泰国毒株THA2020/01拥有99.7%的同源性。血清学试验结果表明,该毒株可被非洲马瘟1型特异性血清中和。本研究获得了一株Vero细胞适应毒,可作为良好的疫苗毒株候选株,适用于规模化生产,为疫苗储备奠定良好基础。