基于二代测序技术的转录组测序生物信息分析

随着二代测序技术和生物信息学的发展,越来越多的科研人员通过转录组测序(RNAseq)研究基因表达调控、疾病发生机制和遗传育种上的问题。面对测序所产生的大量数据,生物信息学分析策略对于数据的解读显得尤为重要。本文结合不同RNA(mRNA、LncRNA、miRNA和circRNA)的特点,对转录组测序中的几类分析流程及其所涉及的软件和数据库分别做简要的介绍,为RNAseq的生信分析研究提供参考。     

单细胞转录组测序联合空间转录组测序在纤维化疾病研究中的应用进展

单细胞转录组测序联合空间转录组测序可解析组织内每一个细胞的转录组表达谱和空间位置信息,有助于探究细胞的基因表达水平和组织的三维重建,解读细胞异质性,理解细胞间的联系和相互作用,对于深入探讨疾病发生和发展的细胞与分子机制具有重要意义。纤维化疾病累及全身多个器官,病程极为复杂,缺乏有效的抗纤维化治疗方法,因此仍需加强对此类疾病的全面认识。近年来,单细胞转录组测序联合空间转录组测序已应用于纤维化疾病的病理生理机制研究中,取得了较多进展。本文简要介绍单细胞转录组测序联合空间转录组测序技术,并对其在纤维化疾病研究中的应用进展作一综述。     

TSGF与直肠癌新辅助放化疗敏感性的相关性研究

目的：探讨TSGF在直肠癌新辅助治疗疗效评价中的价值。方法整群选取2013年6月—2015年7月就诊于该院的55例直肠癌患者,行新辅助放化疗,于新辅助治疗前、治疗后1周及6周分别行TSGF、CEA检测,新辅助治疗前、治疗后6周分别行盆腔MRI检查,观察新辅助放疗前后TSGF、CEA、直肠肿瘤大小的变化情况。结果 TSGF在新辅助治疗前为(140.79±50.98)U/ml,治疗结束后1周为(106.88±37.67)U/ml,结束后6周为(93.08±38.72) U/ml,下降明显,差异有统计学意义(P<0.01）;新辅助治疗前肿瘤大小为(9.87±1.07）cm,治疗后大小为(6.46±1.91）cm,差异有统计学意义(P<0.01）;肿瘤大小的变化与TSGF呈正相关(r=0.784,P<0.01）,与CEA呈负相关(r=-0.085,P=0.053）。结论 TSGF可作为直肠癌新辅助治疗疗效的评价指标之一。     

转录组测序技术在癫痫诊疗中的应用

随着时代发展,转录组测序(RNA-sequencing,RNA-seq)技术逐渐广泛应用于医学、动植物学等领域,通过高通量测序平台,对一个生物体中全部的RNA进行测序分析,获得高通量转录组数据,可揭示物种基因表达的规律及差异.癫痫是一种多病因脑部疾病,发病机制尚未明确,RNA-seq技术对癫痫诊治及新药研发有重要价值,...     

茯苓菌落褐变的转录组测序分析

【目的】探究中药茯苓菌落褐变的相关基因,为进一步验证茯苓菌丝褐变相关基因及探讨其分子机理奠定基础。【方法】对茯苓正常与褐变菌丝体共4个样品的转录组进行测序,并与茯苓参考基因组进行序列比对,并基于比对结果进行各基因在不同样品中的表达量分析。【结果】共鉴定到12 383个转录本,发掘新基因1 017个,其中260个得到功能注释;发现正常菌落与3个不同程度褐变菌落有336个共同差异基因。【结论】茯苓菌落褐变的转录组测序分析发现系列差异表达基因,部分基因的表达量倍数差异达到数百倍甚至上千倍,它们的相关功能值得进行深入分析。     

单细胞转录组测序技术及其在肿瘤研究中的应用

单细胞转录组测序是指对单个细胞的全部RNA进行逆转录、扩增和测序,再进行生物信息学分析的技术。自2009年Tang等基于高通量测序平台开始单细胞转录组测序之后,该技术发展突飞猛进。由于该技术能在单细胞水平诠释细胞的异质性,因此已广泛应用于生命科学各领域尤其是肿瘤等疾病研究。本文将主要综述单细胞转录组测序技术流程和技术发展,及其在肿瘤异质性、肿瘤转移、肿瘤微环境、肿瘤药物等研究中的应用进展。     

空间转录组测序技术在肿瘤发生发展机制中的应用及前景

恶性肿瘤是一类死亡率较高的疾病, 其发生、发展机制较为复杂, 基因组测序技术对揭示肿瘤作用机制有一定意义。肿瘤组织中的细胞具有异质性, 而细胞的空间位置分布对其异质性及组织生物功能有一定的影响。近几年, 空间转录组测序技术发展迅速, 可以对组织中细胞进行高通量、高分辨率的空间转录分析, 从空间层面上展示转录组信息, 揭示生物组织的细胞构成以及细胞间的相互作用关系。本文将对空间转录组测序技术在肿瘤中的应用进行阐述、前景进行展望。     

二代测序技术在结直肠癌基因组测序中应用的研究进展

二代测序技术在结直肠癌（CRC）领域中的应用已经越来越广泛。根据测序目的的不同,二代测序技术主要分为全基因组测序、全外显子测序、转录组测序和靶向深度测序等。本文简要概述了这几种二代测序技术在CRC基因组研究中的应用。     

单细胞转录组测序技术及其在肿瘤研究中的应用进展

单细胞转录组测序是指对单个细胞的全部RNA进行逆转录、扩增和测序后再进行生物信息学分析的技术,近年来发展迅猛。该技术能在单细胞水平诠释细胞的异质性,已广泛应用于生命科学各领域尤其是肿瘤等疾病的研究。本文主要介绍单细胞转录组测序技术的流程和技术发展,同时分析总结其在肿瘤异质性、肿瘤转移、肿瘤微环境和抗肿瘤药物研发等方面的应用进展。     

术前新辅助放化疗对低位直肠癌患者PTEN表达的影响

目的 探讨术前口服卡培他滨与放疗联合治疗对低位直肠癌的疗效及磷酸酶与张力蛋白同源物(PTEN)蛋白在此过程中的表达变化.方法 66例低位直肠癌患者均给予术前新辅助放化疗:口服卡培他滨1650 mg·m-2·d-1分两次服用,总服药2个疗程;化疗同时开始体外放疗,2 Gy/d,每周治疗5 d,总剂量为50 Gy.观察术前新辅助放化疗的疗效,并应用反转录-聚合酶链反应(RT-PCR)和Western印迹技术检测患者PTEN的表达变化.结果 92.4%(61/66)的患者按计划完成新辅助放化疗.87.9%(58/66)的患者肿瘤分期降级,癌灶范围缩小距肛缘的距离增大.所有患者均施行根治性切除术,保肛率达90.9%(60/66),85.5%的患者肛门括约肌功能良好.随访发现患者术后2年生存率为87.9%(58/66),仍然健在患者的生存期25～60个月,平均35.3个月;PTEN mRNA和蛋白在新辅助治疗前直肠癌组织中表达量均明显低于手术后直肠癌组织(P=0.0079、0.0269).结论 低位直肠癌术前采用术前新辅助放化疗确实能达到肿瘤降期、提高手术切除率和保肛成功率等目的,增加PTEN表达、促进癌细胞凋亡、取得了较高的生存率,是治疗低立直肠癌的一种有效辅助措施.     

术前新辅助放化疗在T3期直肠癌患者中的疗效研究

目的：对术前新辅助放化疗用于T3期直肠癌患者的临床疗效进行观察。方法纳入T3期且无远处转移的直肠癌患者137例,根据是否接受术前新辅助放化疗分为新辅助放化疗组（n=76）及无新辅助放化疗对照组（n=61）。术前新辅助放化疗按标准方案进行,结束后评估患者情况并进行直肠癌根治手术。所有患者手术后观察其围术期并发症情况,并纳入随访,记录患者死亡、复发情况。结果新辅助放化疗组中53例（69.7%）出现肿瘤体积缩小,接受保留肛门手术比例高于对照组（44.7% vs 13.1%,P<0.05）。2组患者之间围术期并发症发生率相似,差异无统计学意义（P>0.05）。新辅助放化疗组3年肿瘤局部复发率（26.3%）显著低于对照组（37.7%）,差异有统计学意义（P<0.05）。结论 T3期直肠癌患者手术前接受新辅助放化疗可增加保肛手术比例,改善远期预后。     

术前放化疗、放疗与单纯手术对中低位直肠癌患者免疫功能的影响

目的 探讨术前放化疗、放疗及单纯手术对中低位直肠癌患者细胞免疫功能的影响.方法 90例中低位直肠癌患者非随机同期分为术前放疗组、术前放化疗组、单纯手术组(对照组)3组,每组各有30例患者.术前放疗组采用常规分割放疗,三野照射总剂量30 Gy,照射次数10次,约2周.术前放化疗组的化疗采用口服卡培他滨的单药方案,每日1000 mg/m2,连用2周,休息1周,共2个疗程;放疗选择在口服化疗药两天后进行,方法同单纯放疗组.单纯手术组术前不接受放化疗.放化疗组和放疗组患者均于相关治疗结束3周后手术.分别于入院当天、手术前1 d、术后7 d及术后1个月抽取患者外周血,采用流式细胞术检测患者外周血中T细胞亚群百分率(CD3+、CD4+、CD8+、CD4+/CD8+)及NK细胞含量变化.结果 放疗前后,术前放疗组和术前放化疗组CD3+、CD4+、CD8+、CD4+/CD8+、NK细胞水平差异无统计学意义(P>0.05);3组患者手术后1周CD3+、CD4+、CD4+/CD8+、NK细胞水平均明显降低,CD8+升高(P<0.05),术后1个月CD3+、CD4+、CD4+/CD8+、NK细胞含量均明显升高,CD8+明显降低(P<0.05),但各组间在不同治疗时段内细胞免疫差异无统计学意义(P>0.05).结论 术前放化疗作为一种中低位直肠癌新的有效治疗方法,对患者的细胞免疫功能无明显影响.     

多模态磁共振成像对局部进展期直肠癌新辅助放化疗反应的评估

目的 探讨基于多模态 MRI 的术前磁共振肿瘤退缩分级（mrTRG）联合基线 MRI 形态学参数评估局部进展期直肠癌新辅助放化疗（NCRT）反应的诊断能效。 方法 收集 2019 年 5 月至 2023 年 9 月在中国科学院合肥肿瘤医院、中国科学技术大学附属第一医院西区（安徽省肿瘤医院）接受 NCRT 后进行手术治疗的 48 例局部进展期直肠癌（T3～T4 期）患者临床资料,根据术后肿瘤病理退缩分级（pTRG）分为反应好组（n=19）和反应差组（n=29）。所有患者在 NCRT 前后均进行多模态高分辨直肠磁共振检查（MRI）,以 pTRG 为金标准,采用 Kappa 检验分析 mrTRG 的诊断效能,比较两组患者基线 MRI 形态学参数,采用受试者工作特征（ROC）曲线确定 mrTRG 联合 MRI 形态学参数评估 NCRT 反应的诊断效能。 结果 采用改良的二分法肿瘤退缩分级方案,mrTRG 与 pTRG 诊断一致性提高,Kappa 值为 0.698（95%CI：0.492～0.904,P＜0.05）。单因素分析显示,影响 NCRT 反应的形态学参数包括基线 T₃a 期及环周切缘（CRM）（P＜0.05）。mrTRG、基线 T₃a 期、CRM 评估 NCRT 反应的曲线下面积（AUC）分别为 0.842、0.693、0.721,联合评估的灵敏度为 89.5%,特异度为 82.8%,AUC 为 0.907,显著优于基线形态学参数（P＜0.05）,但与 mrTRG 的诊断效能差异无统计学意义（P＞0.05）。结论 术前 mrTRG 联合基线形态学参数对评估直肠癌 NCRT 反应具有较高的诊断效能,可为临床制定个体化治疗方案提供影像学依据。     

cT2期直肠癌术前MRI分期的价值

目的探讨早期直肠癌术前磁共振成像(MRI)分期的准确性。方法回顾性分析2015年12月～2018年9月在我院行根治性手术治疗的47例分期为cT2N0-1M0期和c T2NxM0期的早期直肠癌患者,所有患者术前均行盆腔MRI检查,且在检查后2周内行根治性手术,术前均未行新辅助治疗。分析比较术后病理分期与术前MRI分期的差异。结果 MRI检查T分期准确率为53.2%,T分期低估比例为27.7%,高估比例为19.1%;中段直肠癌MRI的T分期准确率最低(38.1%);MRI检查N分期准确率为54.2%。MRI对N分期诊断的灵敏度为63.2%,特异度为20.0%。Kappa检验显示MRI的N分期和病理N分期的一致性差(κ=-0.138,P=0.477);MRI对下段直肠癌N分期准确率最低(50.0%)。结论研究结果提示MRI在鉴别早期直肠癌T2期和判断淋巴结是否转移的准确性均较低,特别是在中下段直肠癌患者,准确性更低。     

中低位直肠癌术前短程与长程同步放化疗的临床疗效比较

目的 比较改良的术前短程同步放化疗与经典的术前长程同步放化疗对局部晚期中低位直肠癌的临床近期疗效和急性放射性毒性反应.方法 中低位局部晚期直肠癌按治疗方法分组,42例行改良的术前短程同步放化疗（短程组）,45例行经典的术前长程同步放化疗（长程组）.短程组剂量为30 ～ 39Gy/10～13 f/2～3周,配合5-Fu 225 mg/（m2·d）持续静脉泵入,休息3～4周行手术治疗.长程组靶区剂量45 ～50.4 Gy/25～28 f/5～6周,放疗的d1-4和d22-25配合5-Fu 400 mg/（m2·d）微电脑持续泵入,放疗完成后休息4～6周行手术.比较两组的临床近期疗效和急性放射性毒性反应.结果 短程组和长程组的总有效率（CR＋ PR）分别为88.09％和86.67％,肿瘤消退分级（TRG）4级分别为14.29％和17.78％,保肛率分别为69.05％和71.11％,T分期降期率分别为76.19％和73.33％,N分期降期率分别为52.38％和57.78％,差异均无统计学意义（P＞0.05）.两组术后肠梗阻、吻合口瘘和伤口愈合不良的发生率差异无统计学意义（P＞0.05）.短程组的急性放射性下消化道反应明显低于长程组（P＜0.05）,而皮肤反应、膀胱反应、骨髓抑制差异无统计学意义（P＞0.05）.结论 短程组和长程组的临床有效率、病理反应率和保肛率相似,没有增加术后的并发症;短程组的下消化道放疗反应低于长程组,值得临床推广.     

经直肠超声术前评估直肠癌保肛与非保肛手术方案的选择

目的 探讨经直肠超声（Transrectal ultrasound,TRUS）术前评估直肠癌对于预测保肛与非保肛手术方案选择的价值。方法纳入病理诊断为直肠癌且肿瘤下缘距齿状线≤10cm者49例,其中行保肛手术38例,非保肛手术11例。所有患者术前行TRUS评估,记录术前TRUS分期和预计手术方案,与术后病理分期和实际手术方案进行比较。结果UT分期与术后PT分期有关,而与术后PN分期无关。肿瘤下缘距齿状线距离,当此距离≥7cm时一律选用保肛手术;当此距离〈7cm时,若肿瘤厚度〈13mm时,一般选用保肛手术。结论运用TRUS对直肠癌患者行术前评估,可以得到肿瘤厚度,肿瘤下缘距齿状线距离和uT分期3个影响手术方案的客观指标,为临床医师预测保肛或非保肛手术方案提供依据。     

65岁以上老年女性乳腺癌临床病理特点及预后分析

目的 探讨老年乳腺癌的临床病理特点、治疗方案以及影响预后因素.方法 回顾性分析中国医学科学院肿瘤医院外科自1989年1月至2003年12月收治的399例65岁以上老年乳腺癌患者资料.结果 全组患者均经手术治疗,病理类型以浸润性导管癌为主(337/399,85.5%),雌、孕激素受体阳性率分别为71.4%和69.6%.全组总的5及10年生存率分别为78.9%和56.3%.单因素分析显示ER、PR状态、T分期、淋巴结状态以及组织学分化程度是影响预后的主要因素(P<0.05).多因素分析显示雌激素受体状态、组织分化程度、淋巴结状态是影响预后的独立因素.结论 老年乳腺癌的治疗应采用以综合治疗为主的方案,其中外科手术和内分泌治疗具有重要的地位,但手术方式应根据患者的具体情况而个体化选择.雌激素受体状态、淋巴结转移状态和组织学分化程度是影响预后的独立因素.     

加速超分割再程放疗同步卡培他滨治疗直肠癌术后局部区域复发

目的 评价加速超分割(CAF)同步卡培他滨再程放疗治疗直肠癌术后局部区域复发的局部控制率、生存期和毒副作用.方法 从2004年6月至2008年1月对53例直肠癌术后辅助放疗后局部区域复发患者,应用CAF再程放疗同步卡培他滨化疗.放疗3D-CRTCAF,1.2 Gy/f,2次/d,2次间隔6 h.同步行卡培他滨850 mg/m~2,2次/d,d_(1～14),d_(22～35).36 Gy/30 f/3 w后CT复查,评价能否手术,不能手术切除者根据肿瘤退缩情况重新勾画靶区,总Dt52.8～57.6 Gy.放疗期间化疗2周期,结束后化疗2周期.结果 完全缓解率9.8%,部分缓解率45.1%,有效率54.9%,无变化29.4%,进展15.7%.对部分缓解的23例患者进行影像学评价,其中23.5%患者接受了手术切除,R0、R1切除率分别为21.6%和1.9%.中位疾病进展时间10.5个月,全组1年生存率84.3%,2年生存率61.1%.结论 CAF再程放疗同步卡培他滨治疗直肠癌术后局部区域复发可提高局部控制率、增加手术切除率和R0切除率,延长生存期,生活质量提高,毒副反应可耐受.     

基于二代测序技术探究食管鳞癌分子生物学特征及临床意义

目的 利用二代测序技术(NGS)对基因突变频率进行分析,探究食管鳞癌(ESCC)基因突变特征,寻找潜在的靶向治疗和免疫治疗靶点。 方法 随机收集49例山东省立医院确诊的ESCC患者的石蜡肿瘤组织样本,进行DNA提取,采用Illumina HiSeq4000测序平台对416个肿瘤相关基因进行捕获测序,测序结果进行生物信息学分析。 结果 发现TP53基因突变频率最高,并发现了多个ESCC潜在治疗靶点。EGFR 19del突变率和扩增率均为4.08%,未见EGFR L858R突变及KRAS突变;HER2和MET基因扩增发生率均为2.04%;BRCA1/2基因失活突变率约为8.06%;另外,MSI阳性率约为4.76%。提示携带相关靶点突变的患者可能是靶向治疗或免疫治疗的潜在获益人群。 结论 通过高通量检测技术发现ESCC多个潜在治疗靶点,对患者临床治疗方案的制定有重要意义。