华支睾吸虫LAP2基因的生物信息学分析及克隆表达、组织定位

目的利用生物信息学方法分析华支睾吸虫LAP2全长基因的结构和功能,并将该基因克隆至原核表达载体进行表达、纯化,为进一步研究LAP2功能奠定基础。方法利用生物信息学相关软件,分析华支睾吸虫LAP2基因及其蛋白的结构、生物学和免疫学功能特征。针对LAP2的EST序列的编码区设计引物,从华支睾吸虫囊蚴cDNA质粒中扩增目的基因,克隆到原核表达质粒pET-28a（＋）中,经PCR、双酶切及DNA测序鉴定的阳性克隆诱导目的蛋白表达、亲和层析纯化、免疫印迹鉴定及组化定位。结果华支睾吸虫LAP2基因全长为1761bp,其编码序列长度为1662bp,编码553个氨基酸,理论分子量是59696.5Da,与人的该基因氨基酸序列相似性为26.7%,一致性仅为15.4%。该基因在大肠杆菌中可被高效表达,纯化的重组蛋白能被感染华支睾吸虫的大鼠血清识别,免疫组化结果表明该重组蛋白定位于华支睾吸虫成虫的肠支及表膜。结论华支睾吸虫LAP2在大肠杆菌中呈高效的可溶性表达,具有良好的抗原活性,可能为华支睾吸虫成虫分泌排泄抗原的组份之一。     

华支睾吸虫ATP合酶B亚基全长基因的生物信息学分析

目的从华支睾吸虫全长cDNA质粒文库中识别ATP合酶B亚基,利用生物信息学方法预测其结构和功能特征,用以指导实验研究。方法利用生物信息学网站的各种在线分析工具和Vector NT Isuite软件包,识别华支睾吸虫ATP合酶B亚基基因并预测编码蛋白质的各种结构与功能特征,并根据该基因构建种系分子进化树。结果Blastx分析该基因为全长基因,属于ATP合酶B亚基家族,其分子进化树与种系进化过程非常吻合。该基因全长1008bp,编码300个氨基酸,含有线粒体转运肽、两个跨膜区、一个核定位序列和多个磷酸化位点,具有较稳定的理化性质。结论ATP合酶B亚基是一个理想的真核种系进化的分子标志。华支睾吸虫ATP合酶B亚基具有线粒体和细胞核的双重定位序列,提示该蛋白可能在华支睾吸虫的能量代谢途径中发挥独特的调节作用。     

江门市新会区华支睾吸虫病流行现状调查与分析

目的了解江门市新会区华支睾吸虫病的流行现状,确定华支睾吸虫病的高危人群,提供当地华支睾吸虫病感染因素的线索。方法采用免疫酶联吸附法检测血清中华支睾吸虫特异性抗体;采用改良加藤氏法检测粪便虫卵;采用消化法检测淡水鱼中华支睾吸虫囊蚴;进行问卷调查华支睾吸虫感染相关的生活和行为方式;同时采用病例对照方法分析影响华支睾吸虫感染的相关流行因素。结果共调查1720人,华支睾吸虫平均感染率为18.14%,男性感染率高于女性（P〈0.001）。各年龄组均有感染,感染率差异有统计学意义（P〈0.001）。共调查常见淡水鱼6种共273尾,6种淡水鱼体内均查到华支睾吸虫囊蚴。病例对照研究显示,吃半熟鱼习惯及外出饮食等行为是最重要的危险因子。结论新会区华支睾吸虫病流行范围广,感染率高,已经成为一个严重的公共卫生问题,应积极开展综合性防控工作。     

阳山县餐馆淡水鱼品肝吸虫感染状况的调查

目的根据国家肝吸虫病综合防治示范区的要求,对辖区内餐馆的淡水鱼品进行卫生监测,了解华支睾吸虫感染情况,为国家制定餐馆经营淡水鱼卫生标准提供科学依据。方法对辖区内大、中、小餐馆随机各抽取3～6间,采用压片法和全消化法检测淡水鱼品中华支睾吸虫的感染情况;检查炊具（刀、砧板）华支睾吸虫囊蚴污染情况。结果 2008-2009年共检查餐馆24间,7种淡水鱼共411条,发现有5种淡水鱼共61条有华支睾吸虫囊蚴,其中专供食鱼生的鲩鱼90条中有2条检出华支睾吸虫囊蚴,占2.22%,未发现炊具污染。结论鲩鱼中的华支睾吸虫囊蚴是主要的感染来源,其感染状况可作为制定餐馆经营淡水鱼品卫生标准的指标。     

华支睾吸虫卵黄前体蛋白B基因的识别、序列分析和克隆表达

为识别和克隆华支睾吸虫新基因 ,对华支睾cDNA质粒文库进行随机筛选并测序 ,并利用在线生物信息学工具进行序列分析 ,识别华支睾吸虫未知基因 ,同时根据PGEX -4T- 1多克隆位点及未知基因的序列设计引物 ,PCR扩增目的基因 ,并构建原核重组质粒。结果发现了CsvpB基因 ,其完整阅读框含 76 2个碱基 ,编码 2 5 4个氨基酸 ,理论分子量为 2 7. 7kDa。序列分析表明 ,CsvpB蛋白与其它物种的卵黄前体蛋白有较高的同源性 ,所构建的重组原核表达质粒PGEX- 4T- 1 vpB经PCR、双酶切及测序证实与目标基因相符。     

华支睾吸虫感染患者血清Th1/Th2细胞因子水平检测及意义

目的研究华支睾吸虫病患者血清中Th1/Th2细胞因子IL-2和IL-4的水平变化,并探讨其在肝吸虫致病机制中的作用。方法分别采集华支睾吸虫病人和健康人的血清,用ELISA方法检测血清中Th1/Th2细胞因子IL-2和IL-4的水平。结果华支睾吸虫病人血清IL-2的水平与正常对照组相比(P<0.01)显著降低,IL-4的水平与正常对照组相比显著升高(P<0.05)。结论华支睾吸虫感染病人血清细胞因子水平异常,表现为Th1型细胞因子水平下降,Th2型细胞因子水平升高,病人细胞免疫功能下降,体液免疫功能增强升高,本研究结果表明肝吸虫感染后引起的细胞因子紊乱参与肝吸虫致病过程。     

深圳市南山区人群华支睾吸虫感染现状调查

目的了解深圳市南山区各类人群华支睾吸虫感染现状。方法采用整群抽样方法调查不同类型人群，使用“肝吸虫抗体检测试剂盒”，采用酶联免疫吸附试验（ELISA）检测血清华支睾吸虫IgG抗体。结果共调查5185人，华支睾吸虫感染率5．77％。其中，机关事业单位工作人员感染率为6．47％，本地企业员工感染率为3．04％，外来务工人员感染率为1．59％，主动检测人员感染率为32．26％。男性感染率高于女性，40岁年龄组感染率最高。结论本地区属于华支睾吸虫感染的低流行区，机关事业单位工作人员是重点防治人群，应加强宣传教育，同时做好食品卫生整治工作，切断华支睾吸虫的感染来源。     

珠海市农村地区2010年华支睾吸虫感染情况调查及其危险因素分析

目的了解珠海市农村地区华支睾吸虫感染和流行现状,为制定防治规划提供科学依据。方法采用改良加藤厚涂片法（kato-katz法）检查华支睾吸虫虫卵,并进行华支睾吸虫知晓和防治状况调查。结果本次抽样调查斗门区5个乡镇共1000人,检出华支睾吸虫感染者63人,以中年男性为主,总感染率为6.3%（63/1000）。被调查者对于肝吸虫防治知识的知晓率为87.8%,生熟食品砧板分开成为感染华支睾吸虫病的保护性因素（OR=0.11,OR95%C.I.（0.02-0.62）。结论珠海市农村地区华支睾吸虫感染率低于全省平均水平,肝吸虫防治知识知晓率较高,生熟食品砧板分开是感染华支睾吸虫病的保护因素。     

华支睾吸虫感染与肝胆疾病的关系

本文综述了华支睾吸虫病与其他肝胆疾病的误诊情况和华支睾吸虫感染与胆囊炎、胆管炎、胆石症、其他肝胆疾病及癌症的关系。临床医生若能提高对华支睾吸虫感染与其他肝胆疾病的鉴别水平,减少误诊;人群增强自我保健意识,改变不良的饮食习惯,将可有效控制华支睾吸虫感染。     

一种华支睾吸虫亲肌素样基因的克隆、表达与免疫学功能初步研究

目的对新发现的华支睾吸虫亲肌素样蛋白（CsMLP）进行克隆、原核表达,初步了解其重组产物的免疫学功能。方法应用生物信息学分析软件,分析CsMLP的序列特点和基本理化特征;将CsMLP基因克隆到原核表达质粒pET．28a（＋）中,诱导表达并用镍离子金属螯合剂亲和层析柱进行纯化,用纯化的CsMLP蛋白免疫SD大鼠获得抗血清;用Westernblot进行免疫反应性及免疫原性分析;应用免疫荧光方法观察CsMLP在华支睾吸虫成虫的定位。结果该cDNA序列全长为900bp,编码190个氨基酸,具有Calponin功能域;PCR、双酶切及DNA测序结果均表明pET．28a（＋）-CsMLP重组质粒构建成功;SDS—PAGE结果表明目的基因在大肠杆菌BL21／DE3中获得高效表达,分子量为21300Mr;经亲和层析获得了高纯度蛋白;重组蛋白可被其免疫的SD大鼠血清、感染了华支睾吸虫的SD大鼠血清识别;CsMLP主要定位于虫体富含肌肉组织的口、腹吸盘、咽部,在表膜、肠壁也有分布。结论CsMLP可在原核表达系统中呈现高效的可溶性表达,具有免疫原性．其主要分布在华支睾吸虫肌肉丰富的组织。     

生物信息学分析牛带绦虫烯醇酶基因及其蛋白的结构和特性

目的 分析和预测牛带绦虫成虫烯醇酶基因及其编码蛋白的结构和功能,用于指导其生物学功能的实验研究。方法 利用生物信息学网站的各种在线分析工具,并结合其它大型生物信息学分析软件包,如Vector NTI suite,分析从牛带绦虫全长cDNA质粒文库中识别的烯醇酶基因的结构和编码区序列,并分析、预测编码的蛋白质的理化特性、抗原表位、翻译后的修饰、功能域、亚细胞定位、拓扑结构、二级结构、三维空间构象等。结果 该基因全长1 641 bp,编码区为133～1 096 bp,编码320个氨基酸,相对分子量理论预测值为34866.8 Mr。具有一从内到外的跨膜区,无各种亚细胞定位序列,具有多个潜在的磷酸化位点,蛋白的理化性质稳定。有13个主要的B细胞抗原表位。结论 通过生物信息学分析从牛带绦虫成虫cDNA质粒文库中发现烯醇酶基因,并预测得到其结构与功能方面的信息。     

E基因在辛德毕斯病毒与辛德毕斯样病毒细胞感染特性中的作用

目的 寻找辛德毕斯病毒(YN87448病毒)与辛德毕斯样病毒(XJ-160病毒)对细胞感染特性差异的分子基础.方法 生物信息学比较两种病毒糖蛋白基因一级结构及二级结构,分析二者之间的差异,并利用病毒基因重组等现代分子生物学技术构建重组病毒来研究糖蛋白基因在病毒感染细胞特性中的贡献.结果 生物信息学分析显示,YN87448病毒和XJ-160病毒基因组分别具有11 717和11 626核苷酸序列,具有相同的基因组结构特征;两种病毒E基因氨基酸的疏水性主峰基本相同但存在82个散在分布的氨基酸差异位点.病毒基因重组研究结果显示,将XJ-160病毒E基因替换为YN87448病毒E基因的重组病毒(XJ-160/YE1E2)无论在致细胞病变时间,空斑形成直径,还是在病毒功能蛋白的表达等方面均完全体现YN87448病毒特征,而与XJ-160病毒野毒株的表现完全不同.结论 E基因在辛德毕斯病毒与辛德毕斯样病毒细胞感染特性差异方面起着重要作用,这一结果为从分子生物学角度解释两病毒间生物学差异提供了分子生物学理论依据.     

人T细胞免疫球蛋白粘蛋白-4基因真核表达载体的构建和生物信息学分析

目的:构建人T细胞免疫球蛋白粘蛋白-4(TIM-4)基因的真核表达载体,用生物信息学分析了解TIM-4蛋白的特性。方法:采用Trizol法从人外周血单个核细胞提取总mRNA,逆转录合成cDNA,以此为模版,两步法RT-PCR扩增TIM-4,将其克隆至表达载体pcDNA3.1(+)中,构建FTIM-4质粒,通过PCR及测序进行鉴定。同时,我们构建pEGFP-N1-TIM-4真核表达载体,并测序鉴定其准确性;将pEGFP-N1-TIM-4质粒转染CHO细胞,用RT-PCR和荧光显微镜证实其表达。应用生物信息学初步分析TIM-4蛋白的物理化学性质、结构域和功能。结果:从逆转录的cDNA扩增出TIM-4;经PCR、酶切鉴定、测序分析表明扩增产物与GenBank提供的序列完全相同。真核表达载体pEGFP-N1-TIM-4在CHO细胞中稳定表达,表达蛋白主要位于细胞质和细胞膜上。生物信息学分析表明TIM-4蛋白为不稳定亲水性蛋白,有1个跨膜螺旋结构,含约10.32%的α-螺旋,29.89%的延伸链,59.79%的不规则卷曲,有1段由24个氨基酸组成的信号肽。亚细胞主要定位于细胞质、细胞核、分泌系统的小囊泡、线粒体、内质网、高尔基体上。功能分析预测该蛋白具有受体和信号转导功能。结论:成功构建TIM-4基因真核表达载体,利用生物信息学分析洞察了TIM-4蛋白的性质,为进一步研究该基因的免疫调节机制奠定了基础。     

生物信息学分析亚洲牛带绦虫WD40基因及其蛋白质的结构与功能

目的 分析和预测亚洲牛带绦虫WD40基因及其编码蛋白的结构和特性，用于指导其生物学功能的实验研究。方法 利用美国国家生物技术信息中心（NCBI，http：／／www．ncbi．nlm．nih．gov／）、瑞士生物信息学研究所的蛋白分析专家系统（ExPASY，http：／／ca．expasy．org／）和IEDBAnalysisRecource提供的各种生物信息学在线分析程序，结合其它生物信息学分析软件包如Pcgene和VectorNTIsuite，从亚洲牛带绦虫全长cDNA质粒文库中识别WIMO基因及其编码区，分析、预测该基因编码的蛋白质的理化特性、翻译后的修饰位点、功能域、亚细胞定位、拓扑结构、二级结构、三维空间构象等。结果 该基因全长1208bp，编码区为81～1056bp，编码402个氨基酸，为全长基因；无跨膜区，具有多个磷酸化位点，蛋白的理化性质稳定，理论分子量为35942．4；没有质体、线粒体定位序列；预测该蛋白表面有三个亲水性强的线性表位和三个B细胞抗原表位。结论 应用生物信息方法从亚洲牛带绦虫成虫cDNA文库中识别出了亚洲牛带绦虫WD40基因，并对其所编码的蛋白质的结构与功能进行了预测。     

大肠埃希菌O157：H7Tir基因的生物信息学分析

目的扩增和测序肠出血型大肠埃希菌O157：H7 tir打基因,利用生物信息学预测分析其结构和功能特征．以探讨Tir作为疫苗候选抗原的可能性。方法利用PCR技术扩增fir基因并测序,应用生物信息学网站在线分析工具和vectorNTISUite软件分析Tir蛋白结构和生物学功能,预测B细胞抗原表位。结果该基因全长1674bp,编码558个氨基酸,蛋白质总体亲水性高,有稳定的理化性质。含有3个结构和功能域,两段穿膜结构,多个磷酸化位点,预测20个B细胞线性表位。结论Tir毒力因子是很有前景的疫苗候选抗原,为肠出血型大肠埃希菌O157：H7的疫苗研究提供了理论依据。     

Impact of TGF-b on breast cancer from a quantitative proteomic analysis

There has been much active research in bioinformatics to support our understanding of oncogenesis and tumor progression. Most research relies on mRNA gene expression data to identify marker genes or cancer specific gene networks. However, considering that proteins are functional molecules that carry out the biological tasks of genes, they can be direct markers of biological functions. Protein abundance data on a genome scale have not been investigated in depth due to the limited availability of high throughput protein assays. This hindrance is chiefly caused by a lack of robust techniques such as RT-PCR (real-time polymerase chain reaction). In this study, we quantified phospho-proteomes of breast cancer cell lines treated with TGF-beta (transforming growth factor beta). To discover biomarkers and observe changes in the signaling pathways related to breast cancer, we applied a protein network-based approach to generate a classifier of subnet markers. The accuracy of that classifier outperformed other network-based classification algorithms, and current feature selection and classification algorithms. Moreover, many cancer-related proteins were identified in those sub-networks. Each sub-network provides functional insights and can serve as a potential marker for TGF-beta treatments. After interpreting the roles of proteins in sub-networks with various signaling pathways, we found strong candidate proteins and various related interactions that are expected to affect breast cancer outcomes. These results demonstrate the high quality of the quantified phospho-proteomes data and show that our network construction and classification method is appropriate for an analysis of this type of data.     

刚地弓形虫SAG3基因体外扩增及生物信息学分析

目的获取刚地弓形虫（Toxoplasma gondii）RH株表面抗原SAG3目的基因片段,对其结构和功能进行生物信息学分析,预测其编码蛋白作为候选抗原基因的可行性。方法提取弓形虫的基因组DNA,自行设计一对寡核苷酸引物,PCR体外扩增SAG3基因,用生物信息学方法对SAG3蛋白的理化性质、结构和功能进行预测。结果扩增出的基因片段约1174bp,测序后鉴定其为弓形虫RH株SAG3基因片段。预测SAG3蛋白相对分子质量约为41785．2。能形成两个功能结构域,氨基酸序列的前38（或39）位为信号肽序列。通过多种预测方法分析SAG3氨基酸序列抗原表位可能位于第10、50、80、95、160、180、220、250、300、330和360位点内或附近。结论成功获得SAG3基因,为深入研究该基因结构奠定了基础。     

房室间隔畸形患者GATA-4基因一个新的突变功能初步研究

目的 探讨先天性房室间隔畸形患者GATA-4基因的突变以及对所发现的突变点进行功能初步分析.方法 选择的50例汉族先天性房室间隔畸形患者,用聚合酶链反应方法扩增GATA-4基因6个外显子编码区和邻近序列后分别直接测序,并与100名同民族健康者比较;利用生物信息学方法预测点突变对GATA-4蛋白结构和功能影响;以野生型pcDNA3.1-GATA4为模板,用基因定点突变的方法构建突变型GATA-4真核表达载体,在体外和ANF报告质粒共转染Hela细胞,48 h后检测下游报告基因的活性.结果 发现GATA-4基因一个新的杂合子H436Y突变,在NCBI的SNP数据库中未见报道,且在100名对照者中也未发现;GATA-4基因编码第436位组氨酸在生物进化过程中处于高度保守;SIFT和PolyPhen程序预测H436Y突变可能影响GATA-4蛋白质的功能;突变型GATA-4 H436Y质粒激活下游报告基因活性明显下降,与野生型GATA-4质粒相比是(53.8±6.6)%,差异具有统计学意义(P<0.01).结论 GATA-4基因H436Y杂合子突变可能是中国汉族先天性房室间隔畸形致病原因之一.     

Computationally analyzing the possible biological function of YJL103C--an ORF potentially involved in the regulation of energy process in yeast

Although the complete genomes of a number of organisms have been sequenced, the biological functions of many genes are still not known. Because experimentally studying the functions of those genes one by one requires tremendous time, it is vital to use published resources like microarray gene expression data for computational analysis of gene functions. One example is YJL103C, a yeast gene of unknown function in the Saccharomyces Genome Database (SGD). It is possible to quickly infer its biological function by computational analysis. In this study, we present an efficient model to explore the biological function of a novel gene using microarray data. We showed that the expression pattern of YJL103C is most similar to the genes in the energy group and respiratory chain subgroup. We further found that YJL103C contains a HAP2,3,4 box in its promoter region and a cytochrome C heme-binding signature in its protein sequence. Our findings define a potential role for YJL103C in the regulation of energy metabolism, specifically in the process of oxidative phosphorylation. Similar bioinformatics methods can be applied to infer the biological functions of other novel genes in organisms for which microarray data are available. In this work, we selected a single gene of unknown function as a case study. By focusing on the power of computer analysis and bioinformatics on the available microarray data, we have determined the likely biological function of YJL103C. Our study provides a method by which to explore the potential function of other genes currently annotated as having an unknown function in any organism for which global gene expression data are available.     

OY-TES-1在肿瘤组织中的表达及生物信息学分析

目的:了解OY-TES-1mRNA及其蛋白在肿瘤组织中的表达情况,初步探讨其结构与功能.方法:利用定量PCR和免疫组织化学技术检测肿瘤组织中OY-TES-1的表达,结合生物信息学技术分析其结构和功能.结果:肿瘤与瘤旁组织中目的基因mRNA的表达频率分别为61.95%和59.57%,其中肝细胞癌72.97%、脑膜瘤55.56%、胶质瘤57.50%,肿瘤组织中该基因mRNA的表达量明显高于瘤旁组织.目的蛋白在胃癌的阳性率为25.00%,肝细胞癌40.00%,结肠癌46.67%,而瘤旁组织与肺癌均为阴性反应.生物信息学分析提示目的蛋白富含螺旋结构,具有一个信号肽、多种修饰位点及sp32结构域,存在较多T、 B细胞表位且主要位于目的蛋白的羧基端.结论:OY-TES-1mRNA及其蛋白均可在肿瘤组织中表达,生物信息学分析结果提示该蛋白功能的多样性.