基于网络药理学探讨解毒抗癌方治疗原发性肝癌的作用机制

目的：基于网络药理学研究解毒抗癌方治疗原发性肝癌（Hepatocellular Carcinoma,HCC）的主要活性成分与作用机制。方法：首先,通过中药系统药理学数据库与分析平台（Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP）检索解毒抗癌方的主要有效成分及关联靶点;通过OMIM和GeneCard数据库检索HCC的主要靶点;通过R语言绘制韦恩图,筛取解毒抗癌方治疗HCC交集靶点;利用Cytoscape 3.8.2软件构建中药-活性成分-靶点相互作用网络。其次,利用String数据平台构建蛋白质-蛋白质相互作用（Present Pain Intensity,PPI）网络。最后,使用Bioconductor平台和R语言,进行基因本体论（Gene Ontology,GO）富集分析、京都基因、基因组百科全书（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG）通路富集分析。结果：解毒抗癌方治疗HCC的关键成分可能为槲皮素、木犀草素...     

基于GEO芯片挖掘联合网络药理学分析解毒化瘀颗粒治疗肝癌的分子机制

目的 采用GEO基因芯片挖掘、网络药理学及分子对接技术分析解毒化瘀颗粒治疗肝癌的作用机制。方法 从GEO数据库下载肝癌的基因芯片数据集,利用R软件筛选出显著性差异基因,从TCMSP、SymMap、SwissTargetPrediction等数据库获取解毒化瘀颗粒的活性成分、药物靶点,运用Cytoscape软件及STRING、DAVID等平台,对药物-疾病交集靶点进行PPI、GO、KEGG分析,使用PyMOL、AutoDockTools1、AutoDock Vina等软件对活性成分-核心靶点进行分子对接验证。结果 得到肝癌显著性差异基因1 423个、解毒化瘀颗粒作用靶点682个,筛选出药物-疾病交集靶点122个。PPI拓扑分析得出的核心靶点有ESR1、PTGS2、CYP3A4、MMP9、AR、CYP1A1、PTPRC、TYMS、CDK1等。GO功能富集分析主要涉及氧化还原过程、环氧酶P450途径、细胞外泌体、ATP结合等,KEGG通路分析主要富集在化学致癌作用通路、细胞色素P450代谢通路、花生四烯酸代谢通路、P53信号通路、PI3K-Akt信号通路等。分子对接验证显示各主要活性成分与核...     

基于网络药理学探讨清肝化瘀颗粒对非酒精性脂肪性肝病和肝癌“异病同治”的作用机制

目的:基于网络药理学研究方法,探讨清肝化瘀颗粒治疗非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)和肝癌的有效成分、作用靶点及可能作用机制,并为其对NAFLD和肝癌“异病同治”的合理性阐释提供依据.方法:通过多个中药与疾病数据库,运用网络药理学筛选清肝化瘀颗粒治疗NAFLD和肝癌的主要有效成分与作用靶点.通过STRING 11.0分析...     

基于网络药理学和分子对接探讨左金丸治疗肝癌的作用机制

目的:运用网络药理学和分子对接方法探讨左金丸治疗肝癌的作用机制.方法:从TCMSP和BATMAN-TCM数据库获取左金丸的化合物及其相应靶点,检索GeneCards、OMIM和TTD 3个数据库获得肝癌的相关靶基因,取两者靶基因交集得到左金丸治疗肝癌的预测靶基因;运用Cytoscape 3.7.1软件构建左金丸-化合物-靶点-肝癌和PPI网络图;运用R软件对预测靶基因进行GO和KEGG富集分析;最后运用分子对接技术对关键化合物和靶点进行验证.结果:共获取左金丸35个化合物及173个相应靶点,左金丸与肝癌的共同靶点有103个.PPI结果表明AKT1、MAPK1、TP53、JUN和RELA可能为左金丸治疗肝癌的关键靶点.富集分析示左金丸可能通过乙型肝炎、卡波西肉瘤相关疱疹病毒感染、人巨细胞病毒感染、丙型肝炎、MAPK信号通路、肝癌等信号通路抗肝癌.分子对接结果示槲皮素和黄连素均能与AKT1和MAPK1稳定结合.结论:本研究初步揭示了左金丸通过多成分、多靶点、多通路治疗肝癌的作用机制,为后续左金丸治疗肝癌提供理论参考.     

基于网络药理学探讨扶正强筋片治疗重症肌无力的作用机制

目的：基于网络药理学探讨扶正强筋片治疗重症肌无力（MG）的潜在作用机制。方法：在中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）中筛选出扶正强筋片的活性成分,利用TCMSP的靶点预测模型来寻找中药活性成分的潜在生物学靶点。利用GeneCards数据库、DisGeNet数据库和TTD数据库获得重症肌无力的疾病相关靶点基因。利用韦恩图获得药物靶点和疾病靶点的交集基因。利用Cytoscape的Bisogenet模块对药物和疾病的共有基因进行蛋白质相互作用网络构建,获得扶正强筋片治疗重症肌无力的关键基因模块和相关靶点。使用Metascape数据库和DAVID数据库对药物和疾病交集基因进行GO和KEGG富集分析。使用实时定量基因扩增荧光检测系统（qPCR）检测扶正强筋片对成肌细胞靶点基因的影响。结果：通过生物信息学结合网络药理学分析,获得扶正强筋片中96个主要活性成分、263个药物靶点;疾病相关数据库筛选获得990个重症肌无力相关靶点,KEGG分析获得99条相关信号通路。扶正强筋片治疗重症肌无力的主要成分为槲皮素、山奈酚、木犀草素、豆甾醇等,关键的潜在靶点为TP53、EGFR、ESR1、Cullin...     

基于网络药理学和生物信息学探讨并验证槲皮素治疗肝癌的靶点和机制

目的 采用网络药理学方法分析槲皮素治疗肝癌的相关分子生物学机制。方法 TCMSP数据库和Pubchem数据库筛选出槲皮素作用靶点,GeneCards、OMIM和TTD数据库筛选出肝癌疾病作用靶点。利用Ri386 4.0.5软件、STRING数据库和Cytoscape 3.6.2进行蛋白互作分析,利用R语言程序、GlueGO和DAVID 6.8进行GO和KEGG信号通路富集分析,利用iGEMDOCK软件和Systemsdock数据库进行分子对接来预测槲皮素对肝癌的结合作用。采用CCK8检测槲皮素对HepG2、Hep3B、Huh-7三种肝癌细胞增殖影响,ELISA法检测槲皮素干预HepG2细胞后肿瘤坏死因子(tumor necrosis factor,TNF)-α、白细胞介素(interleukin,IL)-6、IL-1β水平,Western blot和高内涵细胞成像分析系统分别检测槲皮素干预HepG2细胞前后醛糖还原酶(aldoketo reductase family 1 member B1,AKR1B1)的表达。结果 筛选出槲皮素的自身靶点299个,筛选出槲皮素作用于肝癌的靶点70个...     

基于网络药理学和分子对接探讨清热利胆颗粒治疗胆石症的作用机制

目的 基于网络药理学及分子对接探讨清热利胆颗粒治疗胆石症的作用机制。方法 通过检索TCMSP数据库获取清热利胆颗粒相关药物的主要活性成分和潜在作用靶点。利用Genecards数据库获得胆石症相关靶点,并筛选出清热利胆颗粒治疗胆石症的潜在靶点。将潜在靶点导入String数据库构建潜在靶点的PPI网络,然后利用Cytoscape 3.9.0软件绘制“药物-成分-靶点”网络图。再对核心靶标进行GO富集分析和KEGG通路富集分析。最后使用AutoDOCK1.5.6软件对活性成分和相关靶点进行分子对接。结果 经TCMSP数据库筛选后得到清热利胆颗粒活性成份共75种,主要参与成分为槲皮素、山柰酚、β-谷固醇、豆甾醇、柚皮素等,涉及胆石症相关靶点107个,通过PPI网络分析后我们得知AKT1、IL-6、TNF、EGFR、JUN是核心靶点。GO富集分析的结果显示清热利胆颗粒涉及生物过程为1407个,涉及细胞组成67个,而涉及分子功能119个。主要通过脂质结合、氧化还原酶活性、转录因子结合、信号受体调节活性、DNA结合转录因子结合等分子功能发挥作用。KEGG富集分析显示清热利胆颗粒涉及通路160条,主要...     

基于网络药理学方法探讨香附治疗肝癌的作用机制

目的:采用网络药理学的方法探讨香附治疗肝癌的作用机制.方法:运用中药系统药理学数据库与分析平台检索香附的活性成分及其作用靶点,通过GeneCards和OMIM数据库检索肝癌的相关靶点;应用Cytoscape 3.7.0软件构建香附-活性成分-肝癌-靶点相互作用网络,通过STRING数据库分析绘制靶点与蛋白相互作用的...     

基于网络药理学的龙菊清肝胶囊治疗原发性高血压作用机制研究

目的 探讨龙菊清肝胶囊治疗原发性高血压的潜在活性成分和可能作用机制.方法 通过TCMSP、OMIM、DigSee等数据库获取龙菊清肝胶囊中的活性成分和潜在靶点以及原发性高血压相关人类靶点.取两者交集靶点导入STRING中进行蛋白互作分析,运用Cytoscape构建化合物-化合物靶点网络,蛋白互作网络以及药物-化合物-原...     

基于网络药理学和分子对接法探寻清宣止咳颗粒治疗儿童新型冠状病毒肺炎活性化合物

目的:探寻清宣止咳颗粒治疗儿童新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的活性化合物。方法:借助中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索清宣止咳颗粒中桑叶、薄荷、苦杏仁、桔梗、白芍、枳壳,陈皮、紫菀、甘草的化学成分和作用靶点。通过UniProt、GeneCards等数据库查询靶点对应的基因,进而运用Cytoscape 3.7.2构建化合物-靶点(基因)网络,通过DAVID进行基因本体(GO)功能富集分析和基于京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,预测其作用机制。结果:化合物-靶点网络包含141个化合物和相应靶点292个,关键靶点涉及PTGS2、ESR1、HSP90AA1、CALM1、AR等。GO功能富集分析得到GO条目339个(P<0.05),其中生物过程(BP)条目244个,细胞组成(CC)条目33个,分子功能(MF)条目62个。KEGG通路富集筛选得到96条信号通路(P<0.05),涉及小细胞肺癌、非小细胞肺癌、T细胞受体信号通路等。分子对接结果显示槲皮素、山柰酚、木犀草素等核心化合物与新冠病毒的亲和力与推荐用药相似。结论:清宣止咳颗粒中的有效活性成分可能通过作用于PTGS2、HSP90AA1、ESR1等靶点调节多条信号通路从而抑制新型冠状病毒肺炎作用。     

基于网络药理学研究肝复方治疗肝癌的分子机制

目的:基于网络药理学方法,探究肝复方有效活性物质治疗肝癌的相关作用靶点及潜在分子机制.方法:通过检索中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)及国内外文献筛选出肝复方药味中的化合物以及相关靶点蛋白.通过Gen-eCards数据库获取肝癌相关疾病靶点.运用Cytoscape 3.2.1软件构建药物-有效成分-靶点网...     

肝爽颗粒对肝硬化和抑郁症“异病同治”的网络药理学机制分析

[目的]通过网络药理学分析肝硬化和抑郁症的共同发病机制。构建肝爽颗粒中药-成分-靶点网络、蛋白互作网络,初步探索肝爽颗粒“异病同治”肝硬化和抑郁症的共同作用机制。[方法]通过OMIM和Drugbank数据库获取肝硬化和抑郁症相关靶点,结合TCMID、TCMSP和Batman-TCM数据库及相关技术平台挖掘肝爽颗粒化学成分和作用靶点。使用Ingenuity Pathway Analysis(IPA)软件,寻找肝硬化和抑郁症靶点相关的共同通路和功能。将肝爽颗粒治疗两种疾病的共同作用靶点导入BioGPS和Genecards数据库中获得组织和亚细胞分布,并进行通路和功能注释分析,绘制疾病治疗网络。[结果]肝硬化和抑郁症的共同潜在发病机制可能与免疫功能失调(树突细胞成熟、Th1和Th2活化信号通路、白细胞迁移)、炎症反应(急性期反应信号、糖皮质激素受体信号、HMGB1信号、器官炎症反应)和糖脂代谢异常(肝脏胆汁淤积、葡萄糖代谢障碍、糖尿病)相关。肝爽颗粒可能通过免疫调控、抗炎和调节糖脂代谢作用治疗两种疾病。[结论]肝硬化和抑郁症共同发病机制涉及免疫功能失调、炎症反应和糖脂代谢异常。肝爽颗粒可能通过调节免疫功能和糖脂代谢治疗两种疾病,为深入阐述肝爽颗粒治疗作用及药理机制提供方向。     

清肝化瘀颗粒对不同性别大鼠的长期毒性研究

目的观察清肝化瘀颗粒连续灌胃对不同性别大鼠的长期毒性,为拟定临床人体用药安全剂量提供参考。方法将160只SD大鼠随机分成4组,每组40只,雌雄各半。清肝化瘀颗粒低、中、高剂量组分别予1.95 g/kg、3.90 g/kg、7.80 g/kg的清肝化瘀颗粒灌胃,对照组给予等体积实验动物饮用水灌胃,均1次/d,连续灌胃6个月。分别在给药中期(第91天)、给药末期(雄鼠第182天、雌鼠第183天)及恢复期(灌胃结束后第28天)观察各组大鼠的一般状况、体重、摄食量、尿量及饮水量变化,检测血液常规、血清生化学指标及脏器系数、组织病理学变化。结果各组大鼠实验期间均未见死亡及异常生命活动表现,摄食量、尿量及饮水量均正常,仅清肝化瘀颗粒高剂量组大鼠体重在给药7 d明显低于对照组(P<0.05)。给药第91天及给药末期,清肝化瘀颗粒各剂量组不同性别大鼠尿酮体、尿蛋白量、尿白细胞计数及血液红细胞计数、血细胞比容(HCT)、平均红细胞容积(MCV)、血红蛋白(Hb)、血糖(GLU)、总胆固醇(TC)、γ-谷氨酰转肽酶(GGT)、总胆红素(TBil)及钠离子(Na⁺)、钾离子(K⁺)、氯离子(Cl^-)水平出现变化,但无明确的毒理学意义,灌胃结束后第28天尿液指标、血液常规各项指标均正常。清肝化瘀颗粒中、高剂量组与对照组比较部分脏器系数显著增高,清肝化瘀颗粒高剂量组可出现与受试药物相关的病变程度较轻的病理改变;灌胃结束后第28天除清肝化瘀颗粒高剂量组雄性大鼠的甲状腺轻度病变外,其余脏器未见明显的毒性损伤。结论清肝化瘀颗粒对大鼠的长期毒性较低,17.44 g生药/kg(相当于临床拟用剂量的26倍)为大鼠的无明显不良影响剂量。     

基于GEO芯片及网络药理学探讨夏桑菊颗粒治疗高血压病的机制研究

[目的] 基于基因表达汇编（GEO）芯片、网络药理学及分子对接技术探讨夏桑菊颗粒治疗高血压病的作用机制。[方法] 利用TCMSP数据库获取和筛选夏桑菊颗粒的活性成分及成分靶点构建“中药-化合物-靶点”网络；利用GEO芯片技术、GeneCards、OMIM、TTD数据库获取并筛选高血压病的疾病靶点；将成分靶点与疾病靶点取交集靶点构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络，两次处理筛选关键靶点；对交集靶点进行基因本体（GO）及京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析；将关键靶点前4位与其对应活性成分进行分子对接分析。[结果] 获得成分靶点194个、疾病靶点2 168个、交集靶点126个、关键靶点6个；GO和KEGG富集分析显示夏桑菊颗粒主要与对激素、无机物、氮化合物、脂多糖、细胞外刺激等的反应等生物过程有关，主要富集通路涉及脂质与动脉粥样硬化、晚期糖基化产物-晚期糖基化终末产物受体（AGE-RAGE）、磷酸酰肌醇3-激酶-丝苏氨酸蛋白激酶（PI3K-AKT）、丝裂原活化蛋白激酶（MAPK）、肿瘤坏死因子（TNF）等信号通路；分子对接结果显示关键靶点与活性成分结合良好。[结论] 夏桑菊颗粒可通过多成分-多靶点-多途径发挥作用，为其防治高血压病临床使用提供了一定的参考依据。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨糖网明目颗粒治疗糖尿病视网膜病变的作用机制

[目的] 通过网络药理学和分子对接技术研究糖网明目颗粒治疗糖尿病视网膜病变（DR）的潜在分子机制,为糖网明目颗粒防治DR新药研发提供方向。[方法] 在中药系统药理分析平台（TCMSP）检索糖网明目颗粒组成药物的化学成分信息,通过PharmMapper服务器,Disgenet和GeneCards数据库建立活性成分靶点数据库和DR靶基因数据库,进行靶点匹配获取药物-疾病共同靶点。随后构建PPI网络图,并筛选核心靶点,构建中药-活性成分-核心靶点网络图。用R-4.1.1对药物-疾病共同靶点进行GO和KEGG富集分析。最后使用AutoDock软件进行分子对接分析,并用Pymol和Discovery Studio软件将结果可视化。在此基础上通过体外细胞实验对上述结果进行验证。[结果] 本文筛选得到糖网明目颗粒-DR共同靶点62个;GO富集分析确定了226个项目,KEGG通路富集筛选得到163条信号通路,主要有糖尿病并发症中的晚期糖基化产物（AGE）-晚期糖基化终末产物受体（RAGE）信号通路、肿瘤坏死因子（TNF）信号通路、FoxO信号通路等多种途径。分子对接结果显示糖网明目颗粒的有效成分木犀草素、表儿茶素及花生四烯酸等能与靶蛋白骨形态发生蛋白2（BMP2）、表皮生长因子受体（EGFR）和纤维连接蛋白1（FN1）等形成较为稳定的分子结合。在高糖诱导的人视网膜母瘤细胞Y79中,糖网明目颗粒能够抑制EGFR和丝裂原活化蛋白激酶（MAPK）14的蛋白表达。[结论] 本研究初步探讨了糖网明目颗粒治疗DR的作用机制,结果表明糖网明目颗粒治疗DR具有多成分,多靶点,多途径协同发挥药效的特点,为后续深入研发提供指导与部分依据。     

清肝冲剂与补肾冲剂治疗慢性丙型肝炎疗效的对比研究

目的：从临床、生化、病理三方面评价清肝冲剂、补肾冲剂两方治疗慢性丙型肝炎（丙肝）的疗效，探讨中医治疗丙肝的治法治则。方法：慢性丙肝患者66例，其中清肝冲剂治疗组（清肝组）36例，补肾冲剂治疗组（补肾组）18例，两方均每次30g，每日3次，连服6个月；空白对照组12例。动态观察临床表现、生化指标，并比较治疗前后肝组织病理学变化。结果：两方治疗后临床症状改善显著，均可使天冬氨酸转氨酶（AST）、丙氨酸转氨酶（ALT）显著下降。清肝冲剂尚能升高白蛋白，降低碱性磷酸酶（ALP）。对照组ALT无变化，AST继续升高。病理学观察表明：清肝组42．2％（14／33例）炎症分级下降，21．2％（7／33例）纤维化分期下降；补肾组35．7％（5／14例）炎症分级下降，21．4％（3／14例）纤维化分期下降；对照组20．0％（2／10例）炎症分级下降，30．0％（3／10例）纤维化分期上升。半定量积分表明：清肝组上述两项指标积分均显著下降（P＜0．05）；补肾组只有炎症积分显著下降，对照组炎症积分轻度上升，纤维化积分显著上升（P＜0．05）。结论：清肝、补肾冲剂两方治疗后能显著改善症状，降低ALT、AST，减轻肝内炎性损伤，减缓或逆转肝纤维化，且远期疗效稳定。清肝冲剂疗效相对优于补肾冲剂，提示慢性丙肝治疗当以清利为主，清肝利湿健脾法更适合慢性丙肝治疗。     

基于网络药理学探讨清感秋饮防治咽炎的作用和机制

[目的] 探究清感秋饮（QGQY）防治咽炎的作用和可能的机制。[方法] 网络药理学方面,借助中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）和中医药证候关联数据库（SymMap）筛选QGQY的活性成分,通过TCMSP数据库检索与活性成分相关的作用靶点;通过人类基因数据库（GeneCards）和基因-疾病关联数据库（DisGeNET）获取咽炎相关靶点;取QGQY和咽炎靶点交集,构建蛋白相互作用（PPI）网络,利用注释可视化和集成发现数据库（DAVID）进行基因本体论（GO）功能富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,预测QGQY抑制咽炎可能的作用靶点和信号通路。实验研究方面,以脂多糖（LPS）诱导的人单核细胞THP-1和小鼠巨噬细胞RAW264.7为炎症细胞模型,用实时荧光定量聚合酶链式反应（PCR）法检测QGQY对LPS诱导的THP-1细胞中炎症因子表达的影响;用一氧化氮（NO）试剂盒检测QGQY对LPS诱导的RAW264.7细胞NO释放的影响;通过双荧光素酶报告系统评价QGQY对炎症通路核因子κB（NF-κB）启动子活性的影响。[结果] 网络药理学方法共筛选得到QGQY的活性成分191个,对应靶点276个;咽炎相关靶点562个,成分靶点与疾病靶点取交集共获得靶点59个;构建PPI网络,经拓扑及聚类分析后获得QGQY抑制咽炎的关键靶点包括信号传导及转录激活蛋白3（STAT3）、肿瘤坏死因子（TNF）、白细胞介素-6（IL-6）、白细胞介素-1β（IL-1β）、白细胞介素-10（IL-10）、干扰素诱导蛋白-10（IP-10）等,功能富集分析涉及生物过程、细胞组分、分子功能的GO条目共372个,主要参与药物反应、细胞凋亡、细胞外间隙、酶结合、细胞因子活性等方面,KEGG富集通路得到85条,主要包括TNF、缺氧诱导因子-1（HIF-1）、T细胞受体、NF-κB等炎症信号通路。细胞实验结果显示,QGQY可以显著降低LPS诱导的THP-1细胞中炎症因子TNF-α、IL-1β、IL-6、核因子κB抑制蛋白α（IKBα）和IP-10的表达以及RAW264.7细胞中NO的生成,还可以抑制TNF-α诱导的NF-κB启动子的活性。[结论] QGQY通过多成分、多靶点、多途径方式抑制咽炎的发生发展,并具有显著的抗炎作用。     

基于网络药理学探讨丹红化瘀口服液治疗深静脉血栓的作用机制

目的 基于网络药理学方法探讨丹红化瘀口服液治疗深静脉血栓(deep vein thrombosis,DVT)的作用机制.方法 利用中药系统药理学技术平台数据库(TCMSP)获取丹红化瘀口服液的主要化学成分及作用靶点,利用Uniprot数据库对获取的作用靶点进行规范化处理;通过DisGeNet、GeneCards、OMI...     

基于网络药理学和分子对接探讨鸡血藤治疗肺癌的分子作用机制

通过网络药理学和分子对接方法探讨鸡血藤治疗非小细胞肺癌的分子机制研究.以中药鸡血藤Spatholobi Caulis为对象,通过在中药药理学系统分析平台(TCMSP)数据库中获得鸡血藤中活性成分和相应潜在的药物靶点,利用GeneCards数据库收集癌症相关基因,借助Cytoscape软件构建鸡血藤活性成分-作用靶点-通...